ポケットモンスター 1997年版（ポケモンアニメ第1シリーズ）

カントー編
カントー地方のマサラタウンに暮らす主人公・サトシは、オーキド博士からピカチュウとモンスターボール、ポケモン図鑑をもらい、ポケモンマスターを目指して冒険の旅に出発。ニビジム、クチバジムなどでの激しいバトルや、行く先々でのポケモンたちとの出会い。ポケモンたちの不思議な話やユーモアたっぷりの表情なども交えたポケモンTVアニメシリーズ第1弾。

オレンジ諸島編
マサラタウンからオレンジ諸島へ旅立つサトシ。オレンジリーグをはじめ、今までなかったスタイルで繰り広げられる新鮮なポケモンバトルの数々、新しい仲間ケンジとの出会い、ポケモン進化の不思議、3VS3のバトル、四天王の登場、シゲルたちをはじめとするライバルの再登場などバラエティに富んだ展開。前シリーズから、よりポケモンの世界が広がり人気となったオレンジ諸島編。

ジョウト編（金銀編）
舞台をジョウト地方へ移し、ワカバタウンから新しい旅に出たサトシ。ポケモンもチコリータ、ヒノアラシ、ワニノコといったおなじみの3匹をはじめ、ホーホー、キレイハナ、ブルー、ハピナス、サニーゴなどなど、金銀編ではさらに新しい仲間達がぞくぞく登場。いろいろなジムでのバトルや楽しいポケモンコンテストシーンの数々も見逃せない。

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主人公サトシが住むマサラタウンでは、10歳になるとポケットモンスターを取り扱うことが許される。この世界には、様々なポケモンが棲息していて、人間と共存している。サトシは、ポケモン大好き少年。 ポケモンについては人一倍、好奇心が旺盛でほかの子どもたちよりもポケモンについての知識はある。そして、待ちに待った10歳になり、ポケモントレーナーになるべく、修行の旅に出る日がやってきた。旅に連れ添う最初のポケモンは、町の研究家オーキド博士からもらえることになっていた。サトシは、最初にもらうポケモンを予め決めていたが、肝心の出発日に 寝妨、遅刻してしまう。サトシが欲しかったポケモンは、先に旅立った3人の少年たちが持っていってしまった。サトシは残った4つ目のモンスターボールを手にした。 それは、ピカチュウという電気系のポケモンで、なかなか人間になつかないポケモンだった。かくして、サトシとピカチュウは旅立ったが、案の定、ピカチュウはサトシの言うことをきかない。そうこうしてるうちに、サトシとピカチュウは、野生のポケモン、オニスズメの大群に襲われてしまう。ピカチュウは、傷つき瀕死になる。そのピカチュウを必死に守るサトシ。サトシの気持ちにピカチュウは、最後の力を振り絞って応え、10万ボルトの電撃攻撃で、オニスズメの大群を駆逐する。

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オニスズメの大群から逃げる途 中、カスミという女の子から近くのトキワシティにポケモンを治療してくれる病院、ポケモンセンターがあることを聞いた。やっとの思いでトキワシティに着いたサトシは、瀕死のピカチュウを治療するためポケモンセンターを探すが、 怪しい者と思われ、町の婦人警官ジュンサーに尋問されてしまう。 オーキド博士からもらったポケモン図鑑で身分が明らかになり、ジュンサーのサイドカーでいっきにポケモンセンターに到着。ポケモンセンターの看護婦ジョーイの手によってピカチュウの治療が始まった。そこに、最近ポケモンを乱獲しているという悪の結社「ロケット団」の一味、ムサシとコジロウ、 そしてロケット団のボスのポケモンであるニャースたちが襲ってきた。ポケモンセンターは、ロケット団のポケモン、アーボとドガースによって破壊される。それに立ち向かうサトシ、そしてサトシを追ってやってきた少女 カスミだが、戦えるポケモンがいない。ピンチのサトシたちのところに、ぎりぎり回復したピカチュウが大勢の仲間と参戦。大電撃で ロケット団たちをやっつける。駆逐する。

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トキワシティから、トキワの森にやってきたサトシとピカチュウとカスミ。サトシは森のポケモン、キャタピーを発見。さっそくモンスターボールでゲット。サトシは、初めてのゲットに大喜び。しかし、カスミは虫系が大嫌い。キャタピーは、カスミにじゃれようとするが、カスミは逃げまどう。その夜、一行は森の中で野宿する。サトシとカスミが寝静まったころキャタピーは、ピカチュウに自分の夢を語る。それは将来、みごとなバタフリーに進化することであった。次の日、サトシは野生のピジョンを発見。さっそく仲間にしたばかりのキャタピーを出して戦わせようとするが、カスミに叱られる。戦いには相性が大切！鳥ポケモンに虫ポケモンを向かわせるのはナンセンス！サトシはピカチュウに交代させ、ようやくピジョンをゲット。そこにロケット団が現れる。珍しいポケモンを探している彼らにとってサトシのピカチュウも標的になった。ロケット団とサトシのポケモン勝負が展開される。ロケット団のアーボとドガースにピジョンとピカチュウがやられピンチになるサトシ。残った頼みの綱、キャタピーで大逆転！勝利のキャタピーは、突然糸を吐き、自分の体を覆ってしまう。かくして、キャタピーはトランセルへと進化したのだった。

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トキワの森をさまようサトシたちは、謎の少年サムライに遭遇する。彼はこの森を通過するポケモントレーナー修行者と勝負することでポケモントレーナーとしての腕を磨いていた。そして、サトシもその標的のひとりにされた。サムライとサトシのポケモンバトルが始まったが、両者なかなか勝負がつかないところにスピアーの大群が襲ってきた。勝負はいったんおあずけ。サムライは、ひとまず避難するために立ち去った。サトシも勝負で出していたトランセルをモンスターボールに収納しようとしたが、わずかの差でスピアーたちにトランセルを奪われてしまう。ピカチュウの電撃でその場をしのいだサトシたちだったが、トランセルはいない。トランセルを探すサトシたち。やっと発見したところはスピアーになる前のさなぎ状態のコクーンたちの巣であった。サトシたちがトランセルを救出するところにロケット団が邪魔に入る。その騒ぎに、さなぎのコクーンたちが目覚めてスピアーと化し、一斉に襲ってきた。状況を分かっていないロケット団をおとりに逃げるサトシは、トランセルを救出する。サトシたちに襲いかかるスピアーを体をはって守るトランセルにスピアーの針が突き刺さる。トランセルの体が裂けたが、次の瞬間バタフリーに進化した。サトシはバタフリーに眠り粉を指示し、スピアーの大群とロケット団を眠らせてしまう。そのサトシとバタフリーの戦いぶりに感心するサムライであった。

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ニビシティの入口にやってきたサトシたちは、石を売る変なおやじムノーと出会う。サトシがポケモントレーナーの修行中であることを知ったムノーは、サトシたちを町のポケモンセンターまで案内する。ポケモンセンターでポケモンリーグのポスターを見たサトシは、リーグに出場するためにはポケモンジムのトレーナーに勝負で勝って、バッジを集めなければならないことを知る。さっそくこの町のジムに行き、トレーナーのタケシに挑戦するが、あっけなくやられてしまう。ムノーは、元気をなくしているサトシを励ます。そして、サトシはポケモンリーグに出場出来ないでいるタケシの事情をかいま見る。タケシは十人の兄弟たちを一人で養っているので、町から出られないのだ。タケシに対するイメージが崩れたサトシだが、バッジをゲットする闘志は変わらない。再びタケシに挑戦するためにピカチュウと猛特訓に取り組んだ。そして、再び試合の時が来た。

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ポケモンジムでトレーナー対決に挑戦したサトシ。ついに岩ポケモンの使い手タケシを打ち破り、グレーバッジを手に入れることが出来た。そして、仲間を一人増やした一行は、次に目指すハナダシティへの近道を通るためオツキミ山の洞窟へやってきた。しかし、洞窟の入口でものすごい数のズバットに襲われている一人の研究員を見つけたサトシたちは、ピカチュウの電撃で彼を助ける。助けられて大感激の科学研修員リカオは、サトシたちを洞窟の中へ案内してあげることにしたのだが、そこには傷ついたポケモンたちがいっぱい。その理由は、月の石を探して人々がどんどん山の中に入ってきて、ポケモンの生息地が荒らされているからだというのだ。と、サトシたちの目の前を、両手で小さな光る石を抱えてトコトコと歩いていくポケモン…ピッピが現れた。

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トレーナーバッジを集めるため、サトシはハナダシティへと向かっていた。ハナダジムでポケモン対決に臨むのがその目的だが、なぜかカスミはハナダシティには行きたくないと言って、途中で姿を消してしまう。そんなカスミのことはお構いなしで、サトシとピカチュウはハナダシティのハナダジムへと一目散で向かっていく。到着すると、外見はヘンテコな水族館のような建物。さらに、建物の中に入ってみると、これがまた美人三姉妹によるシンクロナイズドスイミングショーが行われていて、サトシ・ピカチュウはすっかり演技に夢中になってしまう。さて、果たしてここが本当にハナダジムなのか？目の前で演技をしている美人三姉妹の正体は…？そして、サトシは新たなバッジをゲットできるのか…？

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2つ目のバッジをゲットして、サトシたちは威風堂々と次の目的地、クチバシティへと向かっていた。その途中、今まで一度もポケモン対決で負けたことがないという猛獣使いのアキラというトレーナーがいるという噂を耳にするサトシたち。10連勝中で勢いが止まらないサトシにとって、これは何よりの対戦相手とばかりそのジムへと向かう。ついたジムの正面にはデカデカと「ポケモンリーグ非公認ジム」と書かれ、そして、巨大な電光掲示板には「ただいま98連勝中」と並々ならぬ自信をアピールしている様子。見事100連勝の暁には、ポケモンバッジ入手の旅に出るというアキラは目標達成寸前。さて、10連勝中のサトシと98連勝中のアキラの対決はどちらに軍配が上がるのだろうか？

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深い深い森の中、その上霧であたりは真っ白闇。何とサトシたち３人は道に迷ってしまった。仕方なくあきらめてしばし休息することにしたが、サトシは薪を拾うため更に森の中に入っていった。そこに偶然、一人の少年が5人の同級生に囲まれていじめられている所に出くわしてしまう。その少年たちは、話の内容からポケモントレーナー予備校・ポケモンゼミナール（通称ポケゼミ）の生徒らしいことがわかる。ポケゼミとは、卒業すると実技試験なしでポケモンリーグに出場する資格がもらえるため、ポケモントレーナーを目指す子どものあこがれの予備校であるのだが、超金持ちの子どもしか入学できない「噂の名門校」でもある。しかし、生徒達の表情に暗い影が見えるのには何か訳があるようだ。

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またまた道に迷ったサトシ一行。吊り橋から川に落ちたり、落とし穴があったり、網にひっかかったりと悪戦苦闘しながらようやくたどり着いたのは、地図にも載っていないポケモン落ち武者村であった。この村では、戦いに傷ついたり、捨てられたポケモンたちが逃げてきて療養しているのだが、そんなポケモンたちの面倒を看ているミドリと言う心優しいお姉さんであった。そんな姿に心打たれたサトシたちは、傷ついたポケモンたちの世話をしようとするのだが、その時、ロケット団たちもこの村へ向かっていた。

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クチバシティに向かって進むサトシたちは、峠で衰弱したヒトカゲと出会う。岩の上で誰かを待っている様子のヒトカゲ。サトシは早速ゲットしようとするが失敗、あきらめてポケモンセンターへと向かう。そこでダイスケという少年に会うが、彼こそがヒトカゲを捨てた張本人だった。

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意気揚々と進むサトシたちの前に立ちはだかるゼニガメ軍団。こともあろうにロケット団と手を組み、サトシたちは捕らえられてしまう。瀕死の状態で檻に入れられたピカチュウ。サトシは、ピカチュウを救うために傷薬を買いに走るが、タイム・リミットは刻一刻と迫り・・・。

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森を抜け砂浜にたどり着いたサトシ一行。断崖の先に光る灯台を見つけ、そこに住むポケモン研究家のマサキと出会う。マサキはまだ誰も見たこともない、世界でたった一匹のポケモンを待っているところだった。やがて、霧の向こうに巨大な影が現われる。はたして、幻のポケモンは存在するのだろうか？

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遂にクチバシティにたどり着いたサトシたち。まずは腹ごしらえ にポケモンセンターへと向かうが、そこでサトシたちは、負傷し治療 を受けているポケモンを何匹も目撃する。全員クチバジムのマチスにやられたと聞き、恐れおののくサトシとピカチュウ。だが、バッジをゲットするためサトシはマチスに戦いを挑む。嫌がるピカチュウの前に現れたのはライチュウだった。圧倒的な 強さのライチュウにピカチュウは全く歯が立たず…。

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外国船が停泊する港に着いたサトシ一行。ポケモントレーナーのパーティー券を手に入れ、サントアンヌ号に乗り込む。船の中にはたくさんのポケモントレーナーがひしめきあっており、サトシはそこで知り合ったジェントルマンにポケモンの交換を持ちかけられる。ジェントルマンのラッタとバタフリーを交換するサトシ。折しもサントアンヌ号がロケット団に乗っ取られる。パーティーはポケモンを奪おうとするロケット団の罠だったのだ。

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サトシたちを乗せてクチバシティの港を出港したサントアンヌ号。船上パーティーはやはりロケット団の陰謀であった。そのドタバタの最中、いつのまにか湾外に出たサントアンヌ号は嵐に遭難。乗客、乗員は救命ボートで脱出したが、サトシ、ピカチュウ、カスミ、タケシ、そしてロケット団のムサシ、コジロウ、ニャースは船内に取り残され船は沈没してしまう。サトシたちとロケット団の決死の脱出劇がはじまる。

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海上で竜の怒りの竜巻に吹き飛ばされたサトシ、カスミ、タケシとロケット団たち。サトシは竜巻の中でピカチュウとヒトカゲ、ゼニガメ、フシギダネが入ったモンスターボールを失ってしまう。そしてサトシたち3人、ピカチュウ、ヒトカゲ、ゼニガメ、フシギダネの4匹、ロケット団2人はそれぞれある島の別々の海岸に打ち上げられる。かくして主人たちとポケモンたちはお互いに探そうとするが、なにやら妙な島。巨大ポケモンがたくさん棲息していそう。いったいこの島はどこなのか？

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やっとのことで無人島から脱出したサトシたちは、この世界で一番のリゾート地といわれるアオプルコにやってきた。椰子の実が並ぶ美しいビーチがどこまでも続いている。サトシたちのバカンスが始まる。サトシは海の家を経営している老人リュウのクルーザーを乗り回し壊してしまう。修理代を弁償するため客引きのアルバイトをするサトシたちだが、商売敵のオババがロケット団のムサシとコジロウを使って邪魔をしてくる。そして町内会の旅行で来ていたオーキド博士とサトシの母ハナコにも再会。オーキド博士の提案でサトシたちは「日焼け美人と仮装ポケモンコンテスト」を開く。

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サトシたちは本土へ戻れる連絡船が出ているハトバーポートにやってきた。そこにはアオプリコにいたオババの従兄弟オババがいた。地元のオババは成金で、美しい湾の珊瑚礁地帯に巨大な豪華ホテルの建設をして一大リゾート地にしようとしていた。しかし、そこはタッツーやメノクラゲなどの海のポケモンたちにとって大切な珊瑚礁地帯だった。メノクラゲの大群はオババのホテル建設を妨害する。オババと海パン少年軍団はメノクラゲ撃退のキャンペーンを張る。メノクラゲの大群を退治した人には賞金100万円が送られるというものだ。当然、ロケット団のムサシとコジロウも乱入。ロケット団がクラゲ退治用に海に撒いた三杯酢は逆にメノクラゲを巨大なドククラゲにしてしまった。巨大ドククラゲの人間たちへの大逆襲が始まる。

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サトシたちはヤマブキシティを目指してアオプルコ島を離れてようやくある湊町にたどり着く。港は夏祭の真っ最中だった。サトシたち一行は旅の疲れを癒すため、ロケット団のムサシとコジロウは小銭を稼ぐため夏祭に参加する。タケシとコジロウは、祭りの日に開帳されるある神社の秘宝絵巻に魅入ってしまう。それは岬にある“乙女が岩”の言い伝えにまつわる美少女の絵だった。神主の説明によると、その絵は2000年前に戦場に捕らえられた恋人を待ち尽くして岩になって死んだ乙女だという。そして、毎年この季節になると、その乙女の幽霊が男の旅人の精気を奪うという。タケシとコジロウもその幽霊にとりつかれてしまう。果たして幽霊の狙いは何か？そしてその正体は･･･？

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ヤマブキシティを目指して旅するサトシたちは断崖絶壁が続く道に出た。一行がそこに見た物は海の上で群れをなして飛ぶバタフリー。ポケモンブリーダーのタケシ日く、バタフリーの産卵の季節なのだ。バタフリーはこの季節になると子孫繁栄のため相手を見つけて海を渡るのだ。サトシは自分のバタフリーを取り出して群れへと向かわせた。サトシのバタフリーはピンク色したバタフリーに求愛のダンスを贈るが、どうやらふられた様子。サトシ、カスミ、タケシはふられたバタフリーを励ますが、バタフリーはショックで立ち直れない。そこへロケット団がバタフリーの大群を乱獲しに現われた。サトシのバタフリーがお気に入りのピンクバタフリーもロケット団に捕獲されてしまう。バタフリーは救出するためロケット団に立ち向かう。果たしてバタフリーはピンクバタフリーをゲットできるか…？

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やっとの思いでヤマブキシティにたどり着いたサトシたち一向。そこには超能力ポケモンを操る少女ナツメのジムがる。ジムトレーナーのナツメに勝てばゴールドバッジが獲得できる。勢い込んで勝負に挑むサトシとピカチュウ。サトシの挑戦を快く受けるナツメだがサトシが負けたら「自分の友達になる」という奇妙な条件を提示する。ジムの公式戦が始まった。サトシのピカチュウはナツメのポケモン、ケーシィには歯が立たない。試合中のケーシィは進化してユンゲラーとなり協力な超能力でもってピカチュウを叩きのめしサトシは敗北する。ナツメはサトシ、タケシ、カスミを超能力でミニチュア化しておもちゃにしてしまう。サトシたちはナツメの魔の手から逃れられるのか？

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ナツメの超能力ポケモンに勝つためには幽霊ポケモンで戦わなければならないことを知ったサトシ。さっそっく幽霊ポケモンをゲットするために幽霊ポケモンが住んでいるといわれるポケモンタワーがあるシオンタウンにやってきた。ポケモンタワーにはロケット団のムサシ、コジロウ、ニャースも先回りしてサトシたちを待ち伏せていたがそこに住む幽霊ポケモンのゴース、ゲンガ―、ゴーストにやっつけられてしまう。サトシは幽霊ポケモンをゲットできるか…？

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シオンタウンでユーレイポケモンをゲットしたのかしないのか？訳の分からない状態で再びヤマブキシティにやってきたサトシたち。無論、ナツメのジムでゴールドバッジをゲットするためだ。ナツメの超能力ポケモンに勝つためにはユーレイポケモンでなければ勝てない。ところが肝心要の試合の時にシオンシティでゲットしたつもりのユーレイポケモンがいなくなってしまった。そしてタケシとカスミはナツメの超能力で再び捕らわれてしまう。サトシはタケシとカスミを救出できるか…？

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タマムシティに向かう途中のとある場所でサトシたちは野生のポケモン・マンキーに遭遇する。マンキーはひとたび暴れ出すろ手がつけられなくなるポケモン。サトシたちはひょんなことでマンキーを怒らせてしまい襲われる。そのドサクサに紛れてピカチュウヲゲットしようとするロケット団が乱入するが事態は最悪の状況になる。マンキーは更に凶暴なオコリザルに進化してしまう。サトシはオコリザルをゲットできるのか？

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タマムシシティに着いたサトシ一行。その町には大きなデパートやマンション、豪華なゲームセンターなどが立ち並んでいて、終始良い匂いが漂っていた。デパートにはきれいなミニスカートの女性店員たちが香水を売っていてカスミとタケシが店員の講釈に夢中になっていた。香水の価値を認めようとしないサトシはデパートを追い出され、一人ジムに向かう。しかし、タマムシジムにも入室を拒まれたサトシ。サトシがデパートで批判した香水はこのジムで製造していたのだ。サトシはバッジをゲットできるか？

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サトシ一行は最近子どもたちの行方不明が多発している町にやってきた。ひょんなきっかけでこの町のジュンサーと協力して子どもたちを捜すことになった。さっそくポケモンセンターで聞き込み捜査をするがジョーイはそれどころではなかった。このセンターのポケモンたちはどういう訳だが元気にならない。ジュンサーはここ数日、謎の睡眠波がこの町一帯に漂っていることを明かす。サトシたちは子どもたちの行方不明とポケモンたちが元気がないことと関係があるかもしれないと推測する。ロケット団もその睡眠波のおおもとを狙っていた。果たしてその睡眠波の先にはなにがあるのだろうか？

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タケシがどうしてもよってみたいと言うので“シザーズストリート”にやってきたサトシたち。ここはポケモンの美容室が多いことで有名なブリーダーたちの町なのだ。そしてタケシのお目当ての店“ロコン”がある。ポケモン美容室“ロコン”の店長ユキは、ポケモンブリーダーコンテスト最優秀賞を3年連続で受賞している達人。しかし、最近インチキファッションを流行らせている“らぶりーちゃーみー”という店が荒稼ぎをしていて正統派を困らせている。

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セキチクシティの郊外でサトシたちは格闘ポケモンのエビワラーと遭遇。思わずゲットしようとするサトシだが、野生のエビワラーではなかった。逆にコテンパンにやられてしまうサトシとピカチュウ。持ち主のアノキはP1グランプリ(ポケモンナンバー1グランプリ)の優勝を狙って日夜トレーニングを重ね、家族を顧みることはない。アノキの娘マナミは、家に帰って来ない父の目を覚まさせたい気持ちをサトシたちに打ち明ける。かくしてP1グランプリに挑戦することになったサトシ一行。そこへロケット団も乱入。試合は大混戦となる。

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工業都市のグンジョウシティについたサトシ一行。旅の疲れか、ピカチュウの様子がおかしい。ほっぺたの電気袋が帯電してビリビリしている。ポケモンセンターへ駆け込みジョーイさんに診断してもらおうとしたそのとき、町全体が突然停電になってしまった。原因は港近くの発電所にありそうだとにらんだサトシたちは乗り込んでいく。そこでサトシは電気ポケモンのコイルとヘドロから生まれたポケモン・ベトベターの群れに出くわす。いったいどうなっているのか？

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深い山道に迷ってしまったサトシ、タケシ、カスミとピカチュウ。地図にも載っていないけもの道を進んでいたとき、突然、大きな爆発音がとどろいた。ビックリした一行はあわてて突き進むと、トラクターが行き交う巨大ダムの建設現場に出た。サトシたちは、工事現場の監督から優秀なポケモントレーナーを募っているという話を聞く。理由は、このところ地中のポケモン、ディグダたちに邪魔されてダムの建設が進まず困っており、ディグダ退治をしてもらおうと公募したのだという。見事退治に成功したトレーナーには豪華温泉旅行無料招待券がもらえるとあって、たくさんのトレーナーが集まっていた。その中には、ライバル、シゲルの顔も……。

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サトシにとって次なるバッジゲットの公認ジム｢セキチクジム｣はからくり忍者屋敷だった。やっとの思いでジムの場所を見つけて入ったものの、複雑なからくりにてこずってしまう。そこに現われたくのいち風のトレーナー・アヤが勝負を挑んできた。アヤとの勝負に勝ったところで、いよいよジムトレーナーのキョウとの公式戦が始まったのだが……。忍者屋敷の幾重にも仕掛けられた戦いにロケット団も乱入して、試合は大乱戦。果たしてサトシはバッジをゲットできるのか？

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サトシ一行が通りがかったのは、ポケモン放牧民であるララミー族が住む大草原。
そこで年に一度、ポケモンの成長の成果を競うポケモンレースが行われることをララミー族の少女フウコから聞かされる。しかしレースの優勝候補であるフウコの身にロケット団の魔の手が……。負傷したフウコはレースをいったんあきらめようとするが、その熱い思いをサトシに託す。さて、サトシ、タケシ、カスミ、そしてロケット団まで参加となったレースの結果はいかに……。

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ポケモン取り放題のサファリゾーンに向かう途中、サトシたちはジャングル地帯に足を踏み入れてしまう。そこがポケモン保護地区とは知らずラッキーをゲットしようとしたサトシは、サファリ保護官のジュンサーに逮捕されてしまう。保護官と話をする中でサトシは許してもらえたのだが、ポケモン密猟者がいることを知らされる。そこでサトシたちは保護官と一緒に密猟者を追ってジャングルの中へ突き進んでいく。そしてジャングルにはガルーラの群れを操る一人の少年が……。少年の名はターサン。その生い立ちには何かヒミツがあるようだ。

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ついにサファリゾーンに入ったサトシたちはサファリゾーンの管理人であるカイザーじいさんと出会う。じいさんの事務所でこのサファリゾーンのルールを聞かされたサトシたちは、そこで大切に飾られた一枚の写真を見つける。それは、あの伝説のポケモン、ミニリュウと若き日のカイザー青年の写真だった。サトシはミニリュウの存在を必死に確かめるが、カイザーじいさんは否定するばかり。サファリゾーンにはポケモン取り放題のうわさを聞きつけてロケット団もやってきて大騒ぎ！

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旅の途中にはいろいろなものに出くわすものである。久しぶりに町に戻ったサトシ一行は、全長20キロメートルにもなる長い長い橋を目の前にする。橋の向こうのサニータウンに行くためには何としてでもその橋を渡らなければならないのだが、この長い橋は自動車か自転車専用のもの。そこでサトシたちは何とか橋を渡るために自転車を買おうとするが、とてもその余裕もなく途方にくれてしまう。とにかくポケモンセンターによって対策を考えることにするサトシたちだったが、そこではサニータウンへ薬を届ける仕事が思いがけなく待ち構えていた。

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突然の大雨、雨やどりできる場所を探したサトシたちは、野原に一軒ぽつんとたつ薄気味の悪い小屋を見つける。嫌がるカスミを連れて小屋に足を踏み入れてみると、中には何かが動く気配が……お化け屋敷!?ところがそこはモノマネハウス。メタモンのトレーナーであるイミテが住む小屋だったのだ。メタモンに興味のあるサトシは、ピカチュウとメタモンのポケモン勝負を申し出る。

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欠番

3人は通りかかった美しい森でひと休みしていた。のんびり良い気分で過ごしていると、草むらの影からこちらを見つめる何かに気づいたピカチュウだが…。

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林の中の道を行くサトシ一行は、エサと水の入った皿が用意され、木の幹にひもでつながれた一匹の進化ポケモン、イーブイに出会う。一見すると捨て犬のようだが、イーブイの首には「ストンタウン3丁目14番地・タイチ」とこのイーブイのトレーナーの住所と名前が刻まれたメダルが付いていた。地図を広げればストンタウンはすぐ目の前の町。そこで、サトシたちはイーブイを連れてその住所を訪ねることにした。たどり着いたストンタウン3丁目14番地にはビバリーヒルズの豪邸もかくやと言わんばかりの大きな家が建っていた。また、その中からは大歓声と拍手が聞こえてくる。さて、この豪邸の中にはイーブイのトレーナーがいるのであろうか？

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旅を続ければお腹も減るもの。腹ペコになったサトシたちは、食べ物を探してとある村へやってきた。しかし、この村のパン屋にも八百屋にも食料は一切ないし、レストランにも何もない状態。途方に暮れるサトシたちがお腹が空きすぎて動けなくなっているところに村の長老が現れ、ご馳走をしてくれることになった。そして、長老の家では干ばつで作物が取れなくなっている村の現状を聞かされるサトシたちであったが、雨も降っているのにどうしてこの様な状態になっているのかが分からない。原因究明のため、サトシたちは、ご馳走の恩返しに干上がってしまった川の上流へと調査に出かけることになった。

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すさまじい砂嵐の中、サトシ一行が足を踏み入れてしまったのはダークシティ。名前が“ダーク”だけあって街はとても荒れ果てていて、真っ白闇からメインストリートには人っ子一人いない。その時怪しい人影が現れ、サトシたちめがけて石を投げつけてきた。一方、街のレストランで聞いた話では、この街は旅のポケモントレーナーたちを巻き込んで、2つのポケモンジムがポケモンリーグ公認ジムの座をかけて所かまわずポケモン勝負をしているという。それで街中が荒れ放題になっているというのだが、さて、サトシたちもそんな争いの渦に巻き込まれてしまうのか？

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ゴールデンウィークもポケモン修業の旅を続けているサトシたちには休みはなかった。そんな彼らの前に突如として現れたのはカーニバル。大はしゃぎのサトシ、タケシ、そしてピカチュウであったがその中で一軒、さえないマジックショーを行っている小屋があった。そこのマジシャン・マギーに是非アシスタントになってほしいと懇願されるカスミ。だが、マジックの下手なマギーは小屋をくびになってしまう。そんなマギーに同情したサトシ、カスミ、タケシは彼を元気づけるために一緒にポケモン・マジックショーをすることを提案する。

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旅を続けるサトシ一行。そして、またまた相変わらずのロケット団。しかし、今日は何だか様子がおかしい。と言うのも、ニャースの額の小判が赤く点滅して、高熱のためこのまま放っておけば死んでしまうかもしれない状態なのだ。しかし、ムサシとコジロウはオロオロするばかり。その時、そんな彼らの目の前に現われたのは一人の少女。ニャースが苦しんでいる姿に見かねて、少女は自分のリュックの中から束にした薬草を出し、テキパキと粉末にして水に溶かしニャースに飲ませてあげた。すると、みるみるうちにニャースの顔から赤みが消えていった…。

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トボトボと歩くサトシたち。日も暮れてしまい砂漠の中で野宿するはめに…。すると前方にきらびやかな光が見え、けばけばしいネオンだらけの街が現われた。そこは24時間にぎやかで、夜がない街として有名なネオンタウン。街の人は眠るヒマも惜しんで遊んだりしているらしい。しかし、街の様子が華々しい反面、人々はみんなイライラして怒りっぽい。だから、喧嘩も日常茶飯事でジュンサーも大忙し。夜もろくに眠れないほど騒々しい街はもうたくさんとばかりサトシたちは静かな林の中へ…。そして、偶然にも歌うポケモン・プリンの姿を見つける。

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サトシたちは、大渓谷のある美しい風景で有名なグランパキャニオンにさしかかっていた。しかし、そこにはグランパキャニオンへ向かう人々の波、波、波。それも、リュックサックを背負ったり、ツルハシを持ったり、みんな冒険家のような格好をしている。一体、グランパキャニオンには何があるのか全く考えつかないサトシであったが、そこに見慣れた顔が一つ…ライバルのシゲルではないか！シゲルの話しによると、すでに絶滅したポケモンの化石が見つかって、古代のポケモンの化石発掘ブームが起こっているというのだ。

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いい気持ちで眠っていたサトシたち。しかし、眠っている間にピカチュウに何かあったようだ。のどに何かをつまらせたらしく、次第に苦しい表情が濃くなっているピカチュウ。これは、すぐにポケモンセンターに連れていってやるしか手はないようだ。ピカチュウを背負って走り出すサトシだが、ここからポケモンセンターはかなり遠い。とにかく近くの救急病院に駆け込むことにしたのだが、病院の扉の前には無情にも「本日休診」のプレートが…。ピカチュウは助かるのか？

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サトシたちがとある村の入口にさしかかった時、見慣れぬ立札を見つけて立ち止まった。そこには、どこかで見た顔…。そう、ちょっと幼いが、まさしくロケット団のコジロウと思われる顔写真が貼ってあるではないか。と、突然、燕尾服の大男が現れ、サトシたちを無理矢理大きなリムジンに放り込み、連れ去ってしまった。これは、ロケット団の仕業なのかと思いきや、どうやらロケット団にも、いやコジロウ自身も覚えがないらしい。
不思議に思ったロケット団は、不審なリムジンを追うことにした。

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ポケモン・トレーナーを目指して旅を続けるサトシたちも、旅の途中で一息入れることはあるもの…。岩に腰掛けてポケモン図鑑を見つめるサトシの目に、ネギを持った面白そうなポケモン・カモネギの姿がうつった。どうやら、このカモネギ、その昔乱獲されたために数が非常に少ない貴重なポケモンらしい。貴重なポケモンと聞いてじっとしていられないサトシであったが、そんな時、木々の間からネギをフリフリ、行進のようにやってきたのはカモネギではないか…。

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とある街のポケモンセンターを訪れたサトシ一行。そこで、オーキド博士からのメッセージが届いていることをジョーイから知らされたサトシは、早速、オーキド博士に連絡を取ってみた。久しぶりに話をするサトシとオーキド博士であったが、その際にポケモン図鑑がバージョンアップしたことを耳にする。すぐさまポケモンセンターで図鑑をバージョンアップさせ、新たに発見されたポケモンの情報も手に入れ、新たな旅に備えるサトシたちであった。

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旅の途中、林の中で山男トレーナーとポケモン勝負となったサトシ。山男のサイホーンに対して、サトシはフシギダネで挑んだのだが、フシギダネの調子がいつもと違う。何だかおかしいフシギダネの様子にピカチュウも心配顔。やっとのことでサイホーンには勝ったフシギダネであったが、そのままポケモンセンターへ連れていくことにした。ジョーイに助けを求めるサトシたちであったが、一体、フシギダネに何が起こったのだろうか‥？

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全国的に、3月3日はひなまつり。この日、町をあげて女の子の天下になるのがオヒナタウンだ。年に一度のひなまつりで、一年分の観光収入を稼ぎ出すこの町では、今日一日、女の子のわがままはどんなことでも許されることになっている。そして、町のあらゆるお店はバーゲン会場と化し、男の子はみんな女の子に振り回されている様子。その中で、ご多分に漏れずカスミ、そしてムサシも大フィーバーといった感じ。この二人にとっては最高の一日になりそうだ。

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田舎道を進むサトシたち一行は、ポケモン鯉のぼりが上がっている保育園の前を通りがかった。すると、その保育園の先生らしき女性が駆け寄って来てサトシたちを待っていたというのだ。と言うのも、今日はこどもの日ということでポケモントレーナーが保育園に来てくれて特別に子どもたちをポケモンと遊ばせてくれることになっていたため勘違いをされたようなのだが、そこに約束していたポケモントレーナーが急に来れなくなったという連絡が入ってしまう。困っている人を目の前にしては黙っていられないサトシたちは、ここで人助けとばかりにみんなでポケモンを子どもたちと遊ばせてあげることにする。

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ハイキングコースを進むサトシたち。7つ目のジムがあるグレン島を目指して今日も旅を続けていた。そして、相変わらずのロケット団もサトシたちのポケモンを横取りする機会をうかがうように後を追っていた。そこへ、「泥棒！」という叫び声。きっとそれはロケット団の仕業！と思いきや、いかにも泥棒スタイルの男で、大きな袋を抱えて逃げているではないか。そして、その怪しい男を追いかけるガーディと「逃がすなーっ！」という叫び声。一瞬、周りに緊張が走るが、それはガーディに警察犬としての訓練を行っていたのであった。

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草むらの中から、超望遠レンズがニョキッと出て、サトシたちに狙いをつけている。楽しいお食事タイムを撮影し、邪魔をしようとしているのは天才カメラマン・トオルであった。どうやら自然な姿のピカチュウを撮るのが目的だったようだが、このトオル、伝説のポケモン「プテラ」の写真を撮ること成功した有名カメラマンらしい。そんなことはお構いなしのサトシたちであったが、彼の写真に対する熱意に負けてピカチュウを撮ることはOKしてあげる。しかし、慣れないピカチュウはちょっと緊張気味のようだ。

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サトシは本当にポケモンをゲットする実力があるのかと疑いはじめたカスミ。そんなカスミの疑いを晴らすには「ポケモンリーグ検定試験を受けるしかない！」とトオルに助言されて、サトシは検定試験にチャレンジすることになった。この試験とは筆記と実技の総合点で合否の判定を行い、合格者にはポケモンリーグ挑戦資格バッジが与えられると言うから試験会場には見かけたことのある色々な人の姿があり、あのジョーイさんや、もちろんロケット団の姿も…。しかし、第一問目から非常に難しい問題でサトシには歯が立ちそうにもない。

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通りがかった街で新装開店中の「お姉さんの育て屋」を見かけたサトシたち。その店は大繁盛のようで店先には子供たちが行列を作っている。さて、この「育て屋」には忙しくてポケモンを自分で育てられない子どもたちがポケモンを預けに来ているのだが、良い育て屋だとちゃんと進化もさせてくれるので、カスミもそれに紛れてコダックを預けてしまうことにした。もちろん育て屋への注文は「コダックの表情をもっとキリリとさせて、自分でモノを考えられるようになること！」なのだが、果たしてコダックはどうなるのだろうか？

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ポケモンリーグへの出場を果たすべく、グレンジムでクリムゾンバッジをゲットしようとするサトシ一行は、グレン島へ向かうためフェリーで大海原を突き進んでいた。島のポケモン研究所では強いポケモンを育てる研究をしていて、ポケモントレーナーたちのめっかでもあるらしいという噂を信じて胸を高鳴らせるサトシであったが、そこへアロハシャツを着た、いかにもリゾートスタイルといった感じのシゲルに出くわす。そして、いつもの調子でシゲルは観光地であるグレン島にジムなんて存在するワケがないと言うのであった。

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グレンジムの戦いで苦戦を強いられたサトシは、ボロボロになったピカチュウをグレン島の温泉でゆっくり休ませてやることにした。 しかし、どうしてもバトルに納得のいかないサトシは、タケシとカスミの反対する中、再度、戦いを挑もうとする。が、そんな中、温泉の底がグラグラと音を立て始めた。温泉の下で何かが起こったに違いないと感じたサトシたちは、地下へと駆け下りていくのであった。

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グレン島を離れることにしたサトシたちであったが、港で偶然、助けを求めるカメールに出くわした。ピカチュウに早口でまくし立てるカメールだが、何やら緊急事態が発生しているらしく、カメールはひととおり話し終わるといきなり海へ飛び込んでしまった。それを追ってゼニガメも海の中へ‥。そして、サトシたちもそれに続くことにした。目指すはカメを横から見たような小さな島。地図にも載っていない島であった。

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カスミのタッツーの元気がない。きっと長い間水の中を泳がせていないから運動不足になっているらしい。かわいそうなタッツーのためにサトシたちは大きなプールがあるカスミの実家・ハナダシティのハナダジムへと立ち寄ることにした。一年ぶりに訪れるジムの壁には「豪華絢爛水中バレエショー・有名水中バレリーナ、ハナダシティへ凱旋」の文字が踊るポスターが…。懐かしさを感じながらハナダジムにもどると、カスミを待ち受けていたのは３人の姉たち。どうやらカスミをバレリーナに仕立てて水中バレエショーをやるらしい。それも明日からと言うから大変だ。

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町中に現れたピッピの姿を追うサトシたち。しかし、夢中になりすぎて荷物を置きっぱなしにした3人は何者かにリュックを盗まれてしまう。とにかく、ジュンサーさんに届けるのが先決と交番に向かうと、ジュンサーさんは大勢の盗難の被害にあった人に囲まれていた。そんな人混みの中、それらの盗難の犯人はきっと宇宙人の仕業に違いないと断言する男が現れる。自称・宇宙人研究家を名乗るその男に数々の証拠を見せつけられ、また謎のＵＦＯを見たという目撃証言まで飛び出し、ひょんなことでサトシたちも宇宙人探しに駆り出されることになった。

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トキワシティにやってきたサトシたち。めざすはグリーンバッジのあるトキワジムだ。サトシにとってはポケモンリーグへの出場権がかかった8個目のバッジになるため、燃え上がる闘志を隠すことが出来ない。そして、サトシの前に現れたのはライバルのシゲル。シゲルはと言えば、既にバッジを10個もゲットして余裕たっぷりの様子。今日はマサラタウンンに帰る途中でトキワジムのリーダーと腕試で来たと言い残して、さっさとジムの中へ突進していった。またもやシゲルに先を越されてしまったサトシは大慌てしているうちにトゲピーを蹴り上げてしまう。そして行方不明のトゲピー探しが始まる。

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ふるさとマサラタウンを目の前にして、自然と足が早くなるサトシ。しかし、見えない壁に道を阻まれ前に進めなくなってしまう。バリヤーポケモンのバリヤードがはりついて得意のパントマイムで壁を作っているらしい。

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世界中の子どもたちが楽しみにしているクリスマス。そしてあのロケット団もクリスマスを心待ちにしていた。なぜならロケット団は、サンタクロースを捕まえてプレゼントを全部ゲットする作戦を練っていたからである。

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わかれ道で近道を選んだサトシたちは雪山を越えなければならないはめに……。世界一のポケモンマスターになるためには雪山ごときに負けるわけにはいかないと、先へ進むサトシたち。だが、周りはエベレストのような雪山ばかり、磁石もきかなくなって、そのうえ吹雪におそわれて……。

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とうとう故郷のマサラタウンに帰ってきたサトシ。久しぶりにわが家で朝を迎えられたのも束の間、変な夢とともにバリヤードにたたき起こされた。タケシの作る朝御飯を食べた後、サトシは久しぶりにオーキド博士のもとへピカチュウ、トゲピーと挨拶に出かけたのだが、そこにはシゲルの姿もあった。オーキド博士からは二人は将来ポケモンマスターとなる有望な新人だと言われるが、先ずはこれまで二人が辿ってきた旅を博士の前で振り返ることになる。そして、ポケモンリーグが行われる場所と時期をオーキド博士から知らされる。

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ポケモンリーグに備え、マサラタウンで自主トレを始めたサトシ。今度こそは気合い十分…と思いきや、サトシのママ、それにカスミ、タケシは年に一度の町内会の旅行でビンヌという海のリゾート地へ行くこととなり、サトシは置いてきぼりにされる。とりあえずオーキド博士の元へ向かい何とかしようとするが、博士はコンピューターの前で頭を抱えて悩んでいる様子。博士にも分からない問題があるらしく、これはポケモン学の権威であるニシノモリ教授に聞くしかないという結論に達したのだが、その教授はカスミたちが向かったビンヌと言う街に住んでいるらしい。良い言い訳を見つけたとばかりにサトシもビンヌへ向かうことにする。

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海の街、ビンヌにやってきたサトシたちであったが、ここでもポケモンリーグに備えてしっかりジョギングを行っていた。しかし、道は車で大混雑。ジュンサーさんが交通整理に当たるほどであったが、混雑の理由は今日、20年に一度のビッグ・チューズデーがこの海岸にやってくるためであった。サーフボードをかかえたサーファーたちは伝説になるためにビッグ・チューズデーの大波を待っているのであった。そんな中、海を見つめている一匹のピカチュウに気付く。

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マサラタウンに戻ったサトシであったが、自主トレはいっこうに進まない様子。苦し紛れに山でも行くことにするサトシたちであったが途中で道に迷ってしまう始末。と、そこ『ムラサメ植物園』と言う名の温室があり、中からその職員・イワカゼという青年が現われた。怪しい者と間違えられ火炎放射器を向けられるサトシたちであったが、疑いが解けると植物園のなかでポケモンたちを遊ばせてあげることにした。しかし、植物園のポケモンマタタビのせいでサトシとフシギダネは大変なことになってしまう…。

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今日は自主トレのためにキャンプ場へやってきたサトシたち。早速、テントを張りカレーの支度を始めたが、そこへ映画監督を名乗る男が現れた。どうやら有名な映画監督らしいのだが、今回はプクリンをヒロインとした世界最高のポケモンラブロマンスを撮ろうとしているらしい。しかし、この映画に主演する俳優ポケモンが決まっていないので、これからそのオーディションを行うと言う。そこで、サトシたちもロケット団も自分のポケモンを主演俳優にさせようと必死になる。

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ポケモン映画の完成試写会が映画の都と言われるホリウッドで行われる。しかし、ニャースにはそのホリウッドでの苦い思い出があるらしい…。昔、小学校の門の前に捨てられていたニャースは華やかだったホリウッドをめざした。なぜなら、ホリウッドに行けば夢は必ずかなうと信じて、また、きっとおいしい料理にもすぐにありつけるだろうと思ったからである。しかし、実際はおいしい料理どころか苦くて辛い思い出しか作られなかった。そして、ニャースがしゃべれるようになった理由もここホリウッドにあるらしい。

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サトシはポケモンリーグ戦本番が近づき、あせっていた。なかなか思うように自主トレもできず、トレーナー四天王の一人であるシバのビデオを見ながらぜひ弟子入りしたいものだと思っていた。雲の上の人であるシバであるが、サトシの母であるハナコからの情報によると、マサラタウンに近いミヤーザーキ山でシバを見かけた人がいるとのことであった。そんなことを聞いて黙ってはおれないサトシは、とにかく山をめざして突き進んでいくのであった。すると、山道の向こうからすごい土ぼこりが立って、すさまじい振動と共に何かが近づいて来るではないか…それは巨大なイワークであった。

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きたるポケモンリーグに備えて山の中で自主トレの真っ最中のサトシ達。ふとしたはずみでタケシが手にしたのは、かつて栄えたという「古代ポケモニア文明の遺跡の一部だった。ちょうど遺跡の調査団と出くわしたサトシ達は、一晩にして滅びたと言われるこの伝説の文明の謎解きに力を貸すことにする。ところが遺跡のお宝を狙うロケット団が掘り出した黒い結晶石から、今まで見たこともないような巨大なゲンガーが出現してしまった。このままでは山のふもとのマサラタウンがあぶない！サトシは自分の町を守ることができるのか？

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サトシたちは1週間後に迫ったポケモンリーグに出場するため、マサラタウンを離れ一路セキエイ高原を目指して旅立った。その途中、サイゾウと言う名の男から手持ちバッジ全てを賭けた勝負を挑まれる。受けて立ったサトシは手強いサイゾウのガラガラに勝利するが、サイゾウがサトシに勝負を仕掛けたのは自分のバッジが何者かに奪い取られた為だと聞かされる。サイゾウのバッジゲットの苦労に共感し、バッジを奪った一味に人間の言葉をしゃべるニャースがいると聞いたサトシたちはバッジを取り返すのに一肌脱ぐことにする。

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ポケモンリーグに参加するためにセキエイ高原にやってきたサトシは、高まる気持ちを抑えきれず興奮していた。そんなサトシ達の目の前に現れたのはポケモンリーグの聖火を手にたずさえたランナーと、それを沿道で見送る人々の姿だった。リーグに参加する選手とポケモン達の健闘を神様に願うために期間中燃やし続けられる聖火は、伝説のポケモンからとったものと言われている。自分も聖火ランナーに加わりたいと思ったサトシはポケモンリーグ委員会の会長に飛び入り参加を認めてもらう。ところが聖なる炎を我がものにしようとロケット団がサトシの目の前に立ちはだかる。

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開会式を無事終えて「ポケモンリーグ・セキエイ大会」がいよいよスタートする。一回戦にのぞむサトシが戦う舞台は、“水のフィールド”、対戦相手はコームという名のキザなトレーナーだ。ゼニガメをゲットしているとはいえ、水際のポケモンバトルに慣れていないサトシをカスミとタケシが心配する。テレビ電話のモニターにオーキド博士と共に映ったのは以前ゲットしたまま忘れていたクラブの姿。サトシはさそっく博士にクラブの転送を頼むが、一度もバトルの経験がないこのクラブ、果たして強豪ひしめくリーグ戦の中で活躍することができるのだろうか。

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サトシはポケモンリーグセキエイ大会の第一回戦をなんとクラブだけで勝ち抜いた。そして相手のナッシーを倒したときにクラブはキングラーへと進化した。続いて迎えた第二回戦、岩のフィールドでの戦いにも勝ってハラペコになったサトシはピカチュウとレストランで食事をすようと外に出る。しかし戦いで疲れたポケモンたちを回復されるのを忘れていた為、急いでポケモンセンターに駆けつけたがアクシデントのために大混雑。とりあえずレストランで食事を済ませたサトシが入ったポケモンセンターはいつもと何かが違っていた。

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ポケモンリーグもいよいよ第四回戦、サトシは敵情視察も兼ねてシゲルの戦いを見に来ていた。そこでサトシが目にしたのは、あのシゲルが敗退する姿だった。ライバルであり、リーグに対して自信満々だったシゲルの四回戦落ちに少なからずショックを受けるサトシだったが、時間は待ってはくれない。サトシの試合が間もなく草のフィールドで開始される。相手はジョウチャンタウン出身の美人トレーナー、カオルコだ。かわいい顔に似合わず攻撃的なバトルを仕掛けてくるカオルコにサトシは一体どう立ち向かうのか？

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ポケモンリーグ第四回戦を勝ち抜いたサトシも今日はポケモンたちの休養のため試合はお休み。ママのおいしい手料理をたいらげたサトシたちだったが、直後に乗ったエレベーターが突然止まってしまい、さあ大変。そこに偶然乗り合わせたポケモン好きな少年の知恵によって危機を脱した一同。少年はヒロシと名乗ってサトシと別れたが、二人はおたがいポケモンリーグの選手として再び顔を合わせることになる。そこへ、突然「ポケモンの健康診断」を行うという情報が飛び込んできたが、何やらあやしげな雰囲気が…。

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ポケモンリーグセキエイ大会もいよいよメインスタジアムで戦う第五回戦に突入。サトシの対戦相手はリーグで巡り合い、友達になったヒロシだった。おたがいに全力を尽くして戦う事をふたりは誓い合う。間もなく試合が始まる頃になってヒロシからサトシに一本の電話が入った。もう一度サトシと話がしたいと言うヒロシに呼び出され、サトシは外へ出るが何とそれはロケット団が仕組んだ罠だったのだ。ロケット団に捕らわれたサトシ、このままでは試合に間に合わず不戦敗になってしまう。果たしてサトシは無事に試合会場までたどり着けるのだろうか？

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親友のヒロシとポケモンリーグ第五回戦を戦ったサトシ。勝負はほぼ互角に見えたが最後に勝利を手にしたのはヒロシの方だった。ヒロシに負けたショックの為か御飯も食べずにすっかり落ち込んでしまったサトシ。しかし、テレビでヒロシの戦う第六回戦が間もなく始まると知り会場に駆けつける。いよいよ始まる第六回戦。ヒロシは6体のポケモンを駆使したバトルを一体どう戦うのだろうか？そしてポケモンリーグセキエイ大会を征するのは誰なのか…？

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セキエイ高原で、ポケモンリーグを戦ったサトシたちは、久しぶりにふるさとのマサラタウンに戻ってきた。サトシのポケモンリーグでの健闘をたたえて、オーキド博士邸ではポケモンたちと一緒に盛大なパーティーが行われていた。しかしながら、楽しいパーティー会場にはいつものように変装したロケット団の姿が…。今回もパーティに紛れてポケモンたちをゲットしようとする作戦だ。そして、パーティー会場はロケット団とポケモンたち、サトシたちで大パニックになってしまう…。

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サトシたちは、オーキド博士に頼まれて、不思議なモンスターボールを受け取るためにオレンジ諸島のダイダイ島へ向かうことになった。しかし、そのダイダイ島までどうやって行くのかが問題でサトシたちが思案していると、偶然、お店のタカラクジ抽選で特賞の飛行船の旅が当たってしまう。これを利用しない手はないと考えたサトシたちは、飛行船でオレンジ諸島に出発することになった。しかし、その飛行船の乗務員はなんと理由あってロケット団。さて、この先、どんな旅が待っているのであろうか？

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ようやくダイダイ島にたどり着いたサトシたち一行は、ギラギラと照りつける南国の日差しの中、ウチキド博士の研究所を探し始めた。先ずは手がかりとしてポケモンセンターを訪ねると、そこでは日焼けしたジョーイさんとハイビスカスをつけたラッキーがお出迎えをしてくれた。そして、ウチキド博士の研究所を案内してもうと、そこはリゾートホテルのようなたたずまいであった。3人の助手たちから研究所の裏手に案内されると、そこには探していたウチキド博士が…。そして、不思議なモンスターボールを目の当たりにするサトシたちであった。

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飛行船は眠ったままのサトシたちを乗せ、大空を飛んでいた。しかし、木の葉のように漂う飛行船はゆっくりと落下し始め、ジャングルが生い茂る島に墜落してしまう。命拾いは何とかしたものの、サトシたちは歩けど歩けど人ひとり見かけることができない。ここは無人島なのか！とあきらめかけていると、そこに団体の観光客たちがドタドタと現れた。ここはボンタン島という観光スポットらしく、観光船の港には「ボンタン島へようこそ」という看板があちこちに揚げてある。そして、リゾート風の町並みを行くサトシたちはいじめられている子供のラプラスの姿を見つける。

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ボンタン島で知り合ったポケモン・ウォッチャーのケンジと一緒に、オレンジ諸島の旅を続けるサトシたち。ラプラスの背中に乗ってサトシ、カスミ、ケンジは海の上をスイスイと進んでいく。そして途中、オーキド博士と連絡を取るためにナツカン島のポケモンセンターに立ち寄った。博士とはうまく連絡を取れたが、ポケモン・ウォッチャーのケンジは博士と気軽に話が出来るサトシがとても羨ましい様子。と、言うのもケンジの夢はオーキド博士にじぶんの書いたレポートを見てもらうことらしい。しかし、サトシはと言うと、ここナツカン島にあるジムのことが気掛かりでしょうがない様子である。

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ナツカンジムでオレンジ諸島、初のジム戦に挑んだサトシ。そして、今日はまた次の島を目指してラプラスの背中に乗って海の上を進んでいた。と、ケンジの双眼鏡にキンカン島の姿が入ってきた。しかし、これまでの島とは違ってキンカン島は高層ビル群建ち並ぶ商業都市であった。サトシたちが上陸すると、埠頭ではポケモンたちがトレーナーたちに襲いかかって悲鳴をあげている姿に遭遇する。それに合わせるように、さとしのピカチュウやカスミのトゲピーも何かに反応して走り去ってしまった。ポケモンたちの姿が一斉に目の前から消えてしまったのである。

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海面にキラキラと光るモノを見つけたラプラス。引き上げてみると、それは空き瓶だったのだが、中には「クリスタルのイワークを言うポケモンについて、知っている人がいたらぜひ教えてください。」と言う手紙が入っていた。差出人はポンカン島のマサミと言う人らしいのだが、そんなサトシたちの目の前にはポンカン島。ガラス工芸品で有名な島らしく住人はほとんどがガラス職人というこの島で、サトシたちは偶然にも手紙の差出人であるマサミという幼い女の子に出会うことになる。

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ラプラスに乗って海を行くサトシ達だったが、突然の大渦巻きに巻き込まれピンカン島（とう）に流れ着いた。ケンジが言うにはピンカン島はいくつもの渦に取り囲まれており、どんなポケモンいるのか知られていないらしい。島のポケモンを観察し始めたケンジは体がピンク色の珍しいサイホーンを発見する。サトシはいいところを見せようとしてサイホーンに近づくが、一同は興奮したサイホーンに追い回される羽目になってしまう。

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二隻の船の後を追ってサトシ達が着いた島には絶滅したと言われるポケモン「カブト」の謎が隠されているらしい。先に着いていた発掘調査隊とＴＶクルーにサトシ達は興味津々で同行することに…。ところが行く先々で一行を待っていたのは数々の危機。そして、その裏には怪しい人影が…。果たしてサトシ達一行は「カブト」の謎を明らかに出来るのだろうか？

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旅を続けるサトシ達の前に現れたポケモン一座のショーボート。このボートはポケモンの歌や踊りやお芝居を見せてくれる旅芸人の船だ。サトシ達はこの楽しいショーボートを観に行くが、そこで出会った一座のケイとライチョウとのコンビネーションはいまいちの様子。サトシはお安い御用とケイたちのコーチを買って出るが、過去のある事件がケイとライチョウとの間をぎくしゃくさせている事を聴かされる。

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旅の途中、ハッサク島（とう）という島でひと休みをしていたサトシ達だったが、ふとしたはずみでコダックが海に落ちてしまう。コダックは水系ポケモンでありながら溺れてしまいサトシ達にも気付かれず、小舟で釣りをしていたツバキという少女とメノクラゲに救われる。トレーナーのカスミと再会を果たしたコダックだったが、コダックの体の一部には以前と変化している部分があるのだった。

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オレンジリーグ出場を目指してバッジゲットの旅を続けるサトシ達。ある日、海上ですれ違った一隻の船。異常に速いスピードを出す船には、ポケモンウオッチャーのケンジ曰く「ジョーイさん風の人が漕いでいた。」という。半信半疑のサトシ達だったが、船の主がジョーイさんならば何かよほどの事があったに違いないと、船の後を追うことにする。そして、たどり着いた島でサトシ達が目にしたものはポケモンと人間の足跡、そして異常に大きいコイキングであった。

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オレンジリーグ2つ目のジム、ネーブルジムを目指して海を行くサトシ達。たどりついた目的地のネーブル島（とう）には妙な静けさが漂っていた。そこに、ウクレレを挽き鳴らしながら現れた陽気な男。「ダン」と名乗る男はやけに馴れ馴れしくサトシ達に話しかけてくる。ダンと共にネーブルジムを目指すサトシだったがその目前にそびえるのは険しい山。どうやらネーブルジムにたどり着くには、この山を自力で登らなければいけないらしい。

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オレンジリーグに出場するための二つ目のバッジをゲットしたサトシ達。次にたどり着いたのは七つの島にザボンが沢山なっているというザボン七島（とう）。軽い気持ちで島に立ち寄ったサトシ達だったが、ひょんな事から島の住民のナナにザボン泥棒と間違えられてしまう。誤解を解いたサトシ達はナナが度重なるザボン泥棒の被害に悩まされていると聞かされる。一体ザボン泥棒の正体は何者なのだろうか…。

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島から島へオレンジ諸島の旅を続けるサトシ達は一晩休むためにスダチ島（とう）へ上陸した。海辺のポケモンセンターでオーキド博士と連絡をとったサトシ達は、ちょうどスダチ島の近海で発見された沈没船から三百年前のオレンジリーグの優勝トロフィーと思しきお宝が発見されたことを知る。そして、そのトロフィーは、サトシ達が今いるスダチ島の博物館に飾ってあるという。早速、明日の朝に見に行こうと計画するサトシ達だったが、お宝の話をロケット団もすでに聞きつけていた…。

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今日もオレンジ諸島の旅を続けるサトシ達。そして、それを付け狙うロケット団。いつものようにサトシ達に撃退されるロケット団だったが、今回ニャースだけはムサシ、コジロウとは別方向に飛ばされるはめに…。ニャースが着地したのは、オウゴンカン島（とう）という名の島で、そこの島民は白き満月の晩に伝説の”おニャース様”が現れると信じてニャース像を拝んでいた。島民は偶然島に落下したロケット団のニャースを伝説の”おニャース様”としてもてなし始めるが…。

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森の深い穏やかな島、マーコット島に立ち寄ったサトシたち。虫ポケモンが多く棲息しているこの島に、ポケモンウォッチャーのケンジは大よろこび。一方、虫嫌いのカスミはあまり乗り気ではない。コンパンのレーダーとマリルの聴力を頼りに森の奥へと進むサトシ達は、傷ついたストライクを発見した。傷の手当てをしようと訪れたポケモンセンターで、そのストライクがボス争いに負けて傷ついたのだと知るサトシ達。ストライクをゲットしたケンジは、自分がストライクの誇りを傷つけたことを知り、悩む。そんなケンジとストライクに、サトシは新しいボスへのリターンマッチを持ちかけるが…。

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お腹がすいたサトシたちは、無人島で一休みすることに。島には果物や木の実がたくさんあり、サトシたちは、一日のんびりと滞在することに決める。新しい仲間、ストライクとどうにか仲良くなったピカチュウたち。だが、リザードンは相変わらず好戦的な態度を表す。そんな中、砂浜で眠っているサトシたちのポケモンをゲットしようと、ロケット団が現れて…

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オレンジ諸島マンダリン島にたどり着いたサトシたち一行は、ストリートファイターたちに次々とバトルを申し込まれる。続けざまのバトルにぶっちぎり連勝のサトシはまたまた調子に乗っている。だが、みんながバトルで盛り上がっていたのは四天王のカンナがマンダリン島に来ているからなのだった。カンナファンのカスミは大喜び。早速カンナにバトルを申し込むサトシだが、全く相手にされない。バトルがしたくてたまらないサトシは、通行人のおじさんに勝負を申し込むが、まだ使いこなせていないリザードンに手こずるばかり。リザードンが暴れ出したその時、カンナが事態収拾に現れる。だが、彼女が出したポケモンは、何とヤドランだった…!!

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マンダリン島で旅を続けるサトシたちはヤンべラの街を訪れる。そこでエミリという少女に出会ったサトシたちは、彼女がメリーというニドランを探していることを知る。さっそく捜索に協力するサトシたちだが、今度はジョンというオスのニドランを探している少年、ラルフに出会う。エミリとラルフは顔を合わせるやいなやケンカを始める。お互いがお互いのニドランを取ったと思い込んでいるのだ。公園でジョンとメリーを見つけたサトシたちは、２匹が恋をしていることに気づく。だが、飼い主であるラルフとエミリは無情にも２匹を引き離してしまうのだった…。

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オレンジリーグの次なるジム、ユズジムのあるビッグシティを目指すサトシたちは、マンダリン島の大平原を進む途中で雷雨にあう。あわてて逃げようとするサトシたちを助けてくれたのは、平原でコイルの放牧を営むフォードだった。折りもおり、落雷でポケモンセンターが停電し、フォードたちが助けに行くことに。しかし、そこにコイルを狙ったロケット団が登場、フォードは負傷してしまう…！動けないフォードに代わってポケモンセンターにいくことを引き受けたサトシ。だが、またまたロケット団にジャマされて…。

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ついにビッグシティに到着するサトシたち。だが喜んだのもつかの間、全員地下道に落ちてしまう。地下への出口を探すサトシたちは、ふいに現れた怪獣にフシギダネを連れ去られてしまった！一方、サトたちは地下道に降りてきたジュンサーさんに捕まり、鉄格子に入れられる羽目に…。怪獣と無関係と分かり、釈放されたサトシ達は、近頃ビッグシティに現れるナゾの生物の話を聞かされる。マンホールから現れるナゾの怪獣は、夜な夜な人々の食料を奪っているのだった。人間に害は与えていないが、市長はその怪獣を退治することを計画。そのことを知ったサトシ達は何とか阻止しようと試みるが…。

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ユズジムを目指してユズ島に向かうサトシたち一行は、荒波にもまれているパウワウを発見する。そのパウワウには幼い少女、マリーがしがみついていた。波に飲まれようとしたマリーを間一髪、カスミが助ける。島に着き、マリーの兄、ジギーに出迎えられるサトシたち。ジギーはなんとユズジムのリーダーだという。早速バトルを申し込むサトシは、勝負の前に技テストを受けさせられる。そしてその夜、ジギーに食事に誘われたカスミは、ユズジムに残って欲しいと頼まれるのだった…。翌日、複雑な思いを抱いたカスミが見守る中、バッジを賭けて、サトシとジギーの戦いが始まった…!!

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オレンジリーグに出場するため旅を続けるサトシたちは、ロケット団のしかけたワナにまんまとはまり、ピカチュウをさらわれてしまう。いつもの失敗を繰り返さないようにと重装備のロケット団。絶縁体プロテクターでピカチュウの電撃をシャットアウト、おまけにニャースの体にピカチュウをくくりつける！　完璧かと思われた作戦だったが、空からピジョットの攻撃を受け、なんとピカチュウとニャースがつながれたまま、さらわれてしまう…!!

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次のジムを目指して旅を続けるサトシたちは、クルーザーに乗ったヒデという少年に声をかけられる。オレンジリーグに挑戦しているヒデは、ユズジムでのうわさを聞いて、サトシに挑戦してきたのだった。サトシのピカチュウに対し、ヒデが出してきたのはニョロボン。電気系に弱いはずの水系ポケモンだが、相性に関係なく、ピカチュウに勝利する。続いてサトシが選んだのはなんとリザードン。が、相変わらずサトシの言うことを聞かないリザードンは、ニョロボンの冷凍ビームに倒れてしまう…！

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ウンシュウ島に上陸したサトシたち一行は、港の倉庫街で火事に遭遇する。サトシとカスミは、ゼニガメとヒトデマンで火を消そうとするが、失敗。間一髪のところを消防隊のチームカメールに助けられる。だが、かつてゼニガメ団にいたサトシのゼニガメは、消防団としてのプライドからくやしさを感じていた。ゼニガメの気持ちを思いやったサトシは、チームカメールのキャプテン、ラッセルにゼニガメ対カメールの勝負を申し込むが…。

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クネン島にたどり着いたサトシたちは、嵐のため一週間も島を離れることができず、食料も底をついていた。そこに現れたのは、頭から草を生やした草マスター、ジュンジ。さっそくバトルを始めるサトシとジュンジ。だが、空腹のあまりボーっとしたサトシは、カビゴンを出してしまう。さらにカビゴンのモンスターボールが壊れ、サトシたちは眠ったままのカビゴンをポケモンセンターまで運ぶはめに。さらにその途中、急流に巻き込まれ、滝に落ちてしまう…。

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リュウチン島にたどり着いたサトシたち一行。リュウチンジムのリーダーとのバトルにワクワクするサトシだが、突然現れたルリコという女性にいきなり抱きしめられる。早とちりをしていたルリコは、自分の息子とサトシをまちがえたのだ。だが、なんとこのルリコこそ、リュウチンジムのリーダーだった！さっそくルリコにバトルを申し込むサトシ。勝負方法はポケモンを２匹同時に使うダブルス戦。ルリコが出してきたポケモンは、フーディンとガラガラ。対するサトシは、ピカチュウとリザードンでバトルに臨むが…。

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リュウチンジムで４個目のバッチをゲットし、カンキツ島への旅を続けるサトシたちは、コイキング専門のポケモンウォッチャー・ミドリカワさんと出会う。カンキツ島で生まれたコイキングたちは､成長すると海へ旅立ち、再び島へと戻ってくるのだという。一方、ロケット団は、大量のコイキングを捕まえて、ギャラドスに進化させる計画を立てていた…。

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オレンジリーグ・ウィナーズカップに向けて、トレーニングにはげむサトシとケンジは、ラフレシアのしびれ粉を吸ってしまう。一行は、ポケモンセンターがない島に滞在していたため、カスミとピカチュウは途方に暮れてしまう。ポケモン図鑑によると、アシレ水草を煎じて飲めば治るらしい。さっそく、アシレ水草を探しに行くカスミ。一方、ロケット団も、ラフレシアのしびれ粉に倒れたムサシのために、アシレ水草を探していた。アシレ草はニョロモの近くにあることが多いことから、ニョロモを探し求めるカスミ。だが、そこへロケット団が現れて…。

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オレンジリーグ・ウィナーズカップに挑戦するため、カンキツ島を目指すサトシたち。ウィナーズカップを制覇するためには、ヘッドリーダーとの６対６のバトルに勝利しなければならない。ヘッドリーダーのユウジは、伝説のポケモン、カイリュー使いだ。サトシはさっそくバトルに使う６体を選出、眠ったまま起きないカビゴンとケンタロスを交換する。そして、いよいよウィナーズカップが幕を開ける…。

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ユウジに２勝したサトシ。だが、３回戦目のゲンガーには苦戦を強いられる。サトシは、ケンタロスに代えてラプラスを投入するが、両者相討ちとなってしまう…!!ポケモン３体が戦闘不能になったところでフィールドチェンジ。手持ちのポケモンはユウジが３体、サトシが５体だ。フシギダネを戦闘不能にされながらも、なんとかユウジのポケモン５体に勝利したサトシ。そしてついに、ユウジのカイリューが姿を現す…!!

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オレンジリーグ名誉トレーナーに認定され殿堂入りしたサトシは、カンキツ島を後にし、再び海の旅へ。その途中、一行はラプラスの群れに遭遇する。その群れの中には、なんとサトシのラプラスの母親がいた！だが、ラプラスの群れは、サトシのラプラスを受け入れようとしない。ラプラスの群れは、密漁団に襲われたせいで人間を恐れ、サトシたちといるラプラスを拒絶しているのだった…。

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小舟でデコポン島へ上陸するサトシたち。だがデコポン島には、人っ子ひとり見当たらない。誰かいないかと探しているうちに、トゲピーはサトシたちとはぐれてしまう。そこでビリリダマと出会ったトゲピーは、すぐにビリリダマと仲良くなる。なんとかビリリダマとトゲピーを引き離そうとするカスミ。しかし、いつのまにかマルマインのむれに囲まれてしまい…。

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やっとマサラタウンに帰ってきたサトシたち一行。家に帰ると、なんとそこにはタケシがいた！なぜウチキド博士の元から帰ってきたのか不思議がるサトシたちだが、タケシはその問いには答えようとしない。サトシたちはさっそく、ＧＳボールを届けにオーキド博士のところへ向かう。みんなで再会をよろこんだのもつかの間、ＧＳボールをうばいにロケット団が現れる。そこへシゲルも現れて…!!

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ロケット団に襲われ、間一髪のところでシゲルに助けられたサトシたち。サトシは、さっそくシゲルとポケモンバトルをすることに。おたがい一番自信のあるポケモンで、一対一で勝負をすることになる。タケシが審判を買って出て、サトシ・ピカチュウVSシゲル・イーブイの熱い戦いが始まった！だが、サトシはシゲルにあっけなく負けてしまう。ぼう然とするサトシをよそに、シゲルはジョートリーグに出場するため旅立って行った。そんなシゲルを追って、サトシも新たなる旅に出ることを決心する。

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マサラタウンから始まったサトシの旅。彼の旅はすなわちポケモンマスターへの道でもある。セキエイリーグへの出場を果たし、オーキド博士のお使いをかねてオレンジ諸島をめぐり、オレンジリーグの名誉トレーナーにもなった。意気揚々とマサラタウンに帰ってきたサトシだが、そこで再会した幼なじみのシゲルにあっさり負けてしまう。シゲルはひとまわり大きく成長し「過去は過去」と、ジョウトリーグを目指して旅立ってしまっていた。そうとなれば、じっとしていられない。オーキド博士から託されたＧＳボールのお使いもあり、サトシもジョウト地方へ旅立つのだった。 オレンジ諸島で知り合ったケンジは、念願のオーキド博士の助手となって研究所に残ることになる。サトシとピカチュウはもちろん、カスミとトゲピー、そして、なにやらわけありのタケシも一緒の旅がまた始まった。

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ジョウトリーグへの登録を済ませたサトシは、キキョウシティに向かっていた。途中、チコリータを連れた新人トレーナー、ナナコに出会う。ナナコは、プロ野球のエレブーズのファンで、黄色とシマ模様のポケモンが大好きだという。ナナコはサトシに早速勝負を挑んでくるが、あっさりと負けてしまう。悔しがるナナコの前にロケット団が現れて、サトシとの再勝負をけしかけるが。

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キキョウジムを目指し、森の中を歩き続けるサトシたちは、森林警備隊のモリオに出会う。枯れ木の多いこの森は、以前は美しい生態系を保っていた森だったのだが、別の森からカイロスが蜜を求めてやって来たため、森の秩序を乱されてしまったのだった。モリオは、カイロスの生態系に何が起こったのかを調査するために、ヘラクロスのいる森にやって来たのだ。さっそくサトシたちは、モリオに助っ人を申し出る。だが、カイロスの森へ続く吊り橋が、何者かによって谷に落とされていた…。

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キキョウジムへの旅を続けるサトシたちは、広い谷にたどり着く。そこでドンファンを発見したサトシは早速ゲットしようとするが、飼い主のヒイラギが現れる。サトシはヒイラギにバトルを申し込むが、「勝負向きでないから」と断られてしまう。ヒイラギのドンファンは、メノウを見つけるよう訓練されていたのだった。 その噂を聞きつけたロケット団は、ヒイラギのドンファンを奪って、メノウを大量に手に入れようとするが…。

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旅の途中、森の中で迷ってしまったサトシたちは、深い霧の中で幻覚を見てしまう。そこに現れたシゲルに「この森はホーホーがいないと抜け出すことが出来ない」と言われる。早速ホーホーをゲットしようと意気込むサトシの前に不意に現れた子供のホーホー。その後を追いかけたサトシたちがたどり着いたのは、小さな神社だった。そこでは、スズというおばあさんが、この森を通り抜けるために幻覚を見破る能力のあるホーホーを貸し出していたのだ。しかし、サトシたちが借りることの出来るホーホーは、まだ一度も森を通り抜けたことのない、半人前のホーホーなのだった…。

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深い森を越え、たどり着いたラフォールタウン。サトシたちは、ここで年に一度のポケモンパフォーマンス大会が開かれることを知る。そこで、キレイハナのダンスユニット、ヒッキーズを率いるヒカルという少女と出会うサトシたち。ヒカルも大会出場を目指しているのだが、ラストの大技、ムーンサルトが上手くいかずに悩んでいるのだった。 そこへ、サトシの後を付けてきたロケット団が現れ、歩行者天国を独占しようとするが、キレイハナのダンシングバトルであっさりとやられてしまう。

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旅を続けるサトシたちが通りかかったコクモタウン。このコクモタウンに「怪盗猫八」を名乗る泥棒が現れた！この町ではその昔、伝説の大泥棒「怪盗猫八」がニャースをパートナーに盗みを働いていた。その大泥棒を捕まえたのが、コクモタウン第八代ジュンサーとイトマル。それ以来、コクモタウンでは、警察ポケモンとしてイトマルが育てられるようになったのだ。サトシたちは早速「怪盗猫八」退治に協力を申し出るが…。

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高級住宅街にたどり着いたサトシたちは、首にリボンを付けたブルーを見つける。ブルーのご主人のカネヨは、見つけてくれた御礼にと、サトシたちを自分の屋敷に招待する。カネヨの家は豪華なお屋敷で、ブルーはそこで何不自由のない生活を送っていた。だが、何となく元気のないブルーを見て、タケシはブルーがここでの生活に嫌気がさし、家出したのではないかと推測する。そんなブルーに、カネヨはお見合いをさせることに。タケシはカネヨに「ブルーを自然に育てて欲しい」と訴えるが、そこにロケット団が現れて、ブルーをさらっていってしまう…。

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メジカタウンを訪れたサトシたちは、子供のオドシシに出会う。タケシは怯えているオドシシに近寄り警戒を解くが、その時、町の真ん中にオドシシの大群が現れた！慌てて逃げるサトシたち。しかし、あれほどいたオドシシの大群は、いつの間にか消えていた…？ジュンサーさんから事情聴衆を受けるサトシたちは、最近メジカパークに住み着いたオドシシの大群が、町中を暴れて大変だったという話を聞かされる。だがそれは、子供のオドシシが作った幻覚だったのだ…。

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ウエストリーグの出場を目指して次のジムに向かうサトシたちは、野原で野生とおぼしきチコリータに出くわす。早速ゲットしようと、フシギダネを繰り返しバトルに挑むサトシだったが、なかなか手強いチコリータにとうとうリザードンを出すことに…。かなりのダメージを受けながら、それでも屈すること無くバトルを続けようとする野生のチコリータだったが、ついには力尽き気絶してしまう。サトシは、チコリータをポケモンセンターに連れて行こうと抱き上げるが…。

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旅の途中、サトシ一行はヨシノシティで一休み。川のほとりでモンスターボールの手入れをしていたサトシだったが、大事なGSボールをミズウオポケモンのヌオーにうっかり持ち去られてしまう。ヌオーの後を追い、GSボールを取り戻そうとするサトシ。そして、これを機にヌオーをゲットしようとするカスミだったが、そこへ駆けつけたジュンサーから「ヌオー保護条例違反の現行犯」でサトシたちは逮捕されそうになってしまう･･･。

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キキョウジムを目指すサトシたちは、6体のレディバを操るマコトという少女と出会う。6体ものレディバを見事に操る秘密、それは、先祖から代々伝わる笛にあるという。その笛を狙って謎の二人組が近づいてきた。

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サトシたちは、キキョウシティに向かう途中ハッピータウンにたどり着いた。この町のポケモンセンターでは、しあわせのポケモンのハピナスがジョーイさんの助手を務めているのだ。ハピナスは、サトシたちを世話しようとするが、張り切りすぎてやることすべてが裏目に出てしまい、有り難いやら迷惑やら･･･。その晩、腹ぺこのロケット団は、サトシたちのいるポケモンセンターに食料とポケモンゲットのために忍び込むが、ロケット団のムサシはハピナスに見つかってしまう。ムサシに抱きついて離れようとしないこのハピナス、どうやらムサシとは浅からぬ縁らしいのだが･･･。

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ジョウトリーグを目指すサトシたちは、最初のジムがあるキキョウシティにやってきた。ジムバトルの行なわれるキキョウジムをさがすサトシたちだったが、ジムへの道をたずねようとしたところで、子供たちがピカチュウに群がりだして立ち往生。そこへ現われたのは、美女のサユリ。彼女は、子供たちの通うキキョウシティのポケモン学校で、ポケモントレーナーの育成に務める女教師なのだった。せっかくだからと、見学を申し込むタケシの勢いに押され学校に足を踏み入れた一行は、校長のジョバンニ先生から一日先生を任命されるが…。

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サトシたちは、ジョウトリーグで最初のリーグ戦に臨むためキキョウジムまでやってきた。勝負への意気込みを見せるサトシだったが、突然”ポケモン審査委員会”を名乗る怪しい一団に呼び止められる。突如ピカチュウを抱き上げた一団は走って逃げだそうとする。なんと“ポケモン審査委員会”とは、ロケット団の変装だったのだ。ピカチュウを取り返そうとロケット団を追うサトシたち。あわや今回は、ロケット団の完全勝利かと思われたその時、空を滑るように現れた1つの影。「とりポケモン？」「いや、よく見ろ」颯爽と現われた一機のハングライダーが、ホーホーと共に鮮やかにピカチュウを救い出した。ハングライダーを操るその人は、キキョウジムのリーダー、ハヤトその人だったのだ。

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キキョウシティを出発し、次のジムを目指して旅を続けるサトシたち。道中ふと、あたりを見回すと立ち並ぶ木立の向こうに大きな別荘がいくつも見える。どうやらこの辺は高級別荘のようだ。そこへ、突然現われたのは、みずねずみポケモンのマリル。水系ポケモンには目がないカスミは早速ゲットしようと試みるが、モンスターボールには全く反応しない上に大声で泣き出す始末。尻尾に結ばれたリボンからどうやらすでにゲット済みらしいこのマリル。果たしてトレーナーは一体どんな人物なのか？そして、泣き虫のマリルに秘められた過去とは？

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旅の途中、木陰で昼寝するサトシたち。遊び相手のピカチュウもお昼寝中なので、トゲピーはとっても退屈そう。芝生に座り込み、空を見上げていたトゲピーもやがて眠ってしまう。そこへ、近くの森に住むオタチがやってきて、丸まったまま眠るトゲピーに興味を示しだした。のん気に高いびきをかいているサトシたちをしり目に、オタチは眠ったままのトゲピーを転がして遊んでいた。やがて目を覚ましたトゲピーは初めて見るオタチに大喜びで飛び跳ねていたが、石につまづいてしまったからさあ大変！コロコロと丘を転がり落ちるオタチとトゲピー。もう誰にも止められない！二体のポケモンの行方や如何に！？

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旅を続けるサトシたちは、ジョウト地方東部の自然公園“リザフィックバレー”にたどり着く。ここはリザードンの有名な生息地なのだが、普通の人は立入禁止になっているという。そこで、美女のリザードン使いジークに出会うサトシたち。ジークはその体に染みついた香りから、サトシがリザードンを持っていることを言い当てて見せる。そしてサトシたちを“リザフィックバレー”内へと招き入れる･･･。普通の人間の立ち入ることが出来ない場所へサトシを案内するジークの真意とは？そしてサトシとリザードンは一体どうなってしまうのか･･･！？

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ジョウトリーグ出場のためヒワダジムを目指して、旅を続けるサトシたち。道中のどが渇いていた一行に、水を分けてくれたのはチサトという少女。チサトは近くのソーラータウンに住んでおり、そこで”たいようポケモン”のキマワリを育てているという。なんでもこの街では年に１回キマワリの美しさを競う”キマワリコンテスト”がおこなわれるというのだ。優勝したキマワリを育てた者が、キマワリマスターとして表彰されるというこのコンテストを目指してチサトもキマワリ育てに励んでいたのだが、１番育ちのいいキマワリが最近めっきり元気をなくしているという。サトシたちはチサトの為にキマワリの元気を回復させようとするが･･･。

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サトシはヒワダジムに向かう途中、塾帰りの少年からポケモンバトルの挑戦を受ける。サトシはチコリータで勝負にのぞむが、相手はなかなか手強く苦戦。チコリータをモンスターボールに戻し、ピカチュウをバトルに投入しようとするサトシだったが、チコリータは頑としてそれを受け入れようとしなかった。いつまでも機嫌を損ねたままでいるチコリータ。そこへ現われたのは、いつもと少し風貌の違うジョーイさん。聞けば彼女は、ポケモンの心のケアをするセラピーを行っているという。サトシたちは、ジョーイさんの診療室でチコリータの機嫌が悪い原因を調べてもらうことにするが･･･。

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道中サトシたちは“わたくさポケモン”のハネッコに出会う。強い風に吹かれると飛ばされてしまうという性質を持つハネッコを追い掛けていくと、そこには一人の少女が。アズサと名乗る少女は、自分のハネッコを育てながら天気予報にその性質を利用できないか観察しているのだという。そんなハネッコの中で一匹だけ飛べない仲間がいた。しかし、それはハネッコではなく、自分をハネッコだと思い込んでいるナゾノクサだったのだ。そこへ、ハネッコの大量ゲットを目論むロケット団があらわれて･･･。

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サトシは旅の途中、聞き慣れないポケモンの鳴き声を耳にする。 タケシにそれは”とびさそりポケモン”のグライガーだと教えられ、 興味を抱くサトシ。と、突然ロケット団の落とし穴にはまってしまうサトシたち。続くロケット団の激しい水攻めに絶体絶命のピンチか！？その時、どこかで聞いた鳴き声と共に、突如として現われた謎の 影がサトシたちを救い出した。サトシたちを救った影の正体は、一 体のグライガーと、グライガーを模したコスチュームに身を包んだ男だった。男は自ら“愛と正義の使者、グライガーマン”と名乗る。 この男、果たして何者なのか？

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サトシたちはヒワダタウンにむかう道中の草原地帯で”わたげポケモン”のメリープを放牧している親子に出会う。娘のカレンは年に一度、村で開かれるカーニバルのことを考えるあまり、メリープの世話が手につかない様子。カーニバルで開催されるポケモンバトルは村人だけが参加でき、カレンは自分のメリープでの参加を考えていたのだ。しかし、母のエレンは娘の未熟さと、メリープ品評会の準備に忙しい事を理由に参加を許そうとしない。そんな親子を見かねたサトシたち一行は、メリープの世話を願い出る。

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旅の途中の森の中、サトシたちの目の前にハッサムが突如として立ちはだかった。ピカチュウは戦闘態勢をとるが、2体は互いに隙を与えずにらみ合いに…。沈黙を破ったのは木々に身を隠していた ハッサムのトレーナー、ムラマサだった。彼は実力のあるトレーナ ーを求めてこの森で腕試しをしていたのだ。腕前を認められたサトシはムラマサが開くポケモンバトルの道場へと案内される。ここでは若手トレーナーが自らとポケモンを鍛えようとして集っているのだ。そこで最強を誇るシンゴは道場の二代目。サトシはムラマサに請われ、データしか信じないシンゴの目を覚まそうとバトルを申し込むが…。

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旅の途中、森で道に迷ったサトシたち。「おい！」と呼び止める 声に振り向けば、そこにはガラの悪そうな少年が立っていた。少年 はこの辺に生息するというヒノアラシを探しているという。「お前 たちは手をだすなよ」と横柄に言い放つ少年だったが、サトシたちは俄然張り切ってヒノアラシをゲ ットしようと単独行動を始めてしまう。その直後、タケシとカスミの目の前に大きな影が飛び出してきた。その正体はニャース型の巨大ロボット。乗り込んでいるのはロケッ ト団、今回の狙いは一体…!?

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サトシたちは目下の目的地、ヒワダタウンまでついにやってきた。 ジムリーダー戦に望む前に、オーキド博士から託されたGSボールを 見てもらうため、ガンテツさんをたずねる事にする。その頃ロケット団の面々は、手持ちの水を飲み冬くし、奥の手と ばかりにデイグダ型穴掘りロポで地下水脈を掘り当てようとする。 掘り進むうちに洞窟のような広い空間に突き当たるが、付近に立ててある看板には”ヤドンの井戸“と書いてあった。一方、町中へと進んだサトシたちの目に飛び込んできたのは、ど こへ行ってもヤドンだらけという、あまりに異様な光景だった。

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ジョウトリーグ第２のジム、ヒワダジムのあるヒワダタウンに着いたサトシたちは、ロケット団の手からヤドンの井戸を守り、モンスターボール職人・ガンテツを救い出した。オーキド博士のお使いでＧＳボールをガンテツに渡したサトシ一行は、ぼんぐりの実からモンスターボールを作ってもらえると聞き、喜び勇んでガンテツの孫娘のチエと裏山へ向かった。ぼんぐりの木が茂る裏山で見つけた”みのみしポケモン”のクヌギダマにタケシは興味津々、そんな一行をぼんぐりゲット目当てのロケット団は落とし穴で待ち構えていた･･･。

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いよいよヒワダジムのジムバトルに望むサトシ。植物園のようなこのジムには虫ポケモンがいっぱいだ。ジムリーダーのツクシは「歩く虫ポケ大百科」の異名を持つ。果たしてサトシは勝利することができるのだろうか。

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サトシたちはウバメの森で、カモネギのトレーニングに励む少年ナオトに出会った。すぐにナオトと別れ、次なる街へ向かおうとしていた矢先、慌ててナオトがサトシたちのもとに駆け込んできた！

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コガネシティをめざすサトシたちは海岸沿いでソーナンスとトレーナーのテルに出会う。どうやらポケモン交換フェスティバルでソーナンスを他のポケモンと交換するみたいだ。だがフェスティバルにはロケット団が…。

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旅の途中、ポケモンたちの健康チェックをとポケモンセンターに立ち寄ったサトシたち。ジョーイさんからポケモン消防隊がその力と技を競い合う「消防グランプリ」が行われることを聞き、サトシは自分たちのポケモンで参加しようとやる気満々。その後、オレンジ諸島で出会ったラッセルと彼が率いる消防隊「チーム・カメール」と再会したのもつかの間、グランプリの控え室で一行は、サトシのゼニガメがかってリーダーだった「ゼニガメ団」に遭遇する。強敵ひしめく中、リーダーを欠いたゼニガメ団は実力を発揮できない様子。果たしてグランプリの行方は……。

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サトシたちはコガネジムへ向かう旅の途中、山道でかわいらしい屋根の建物に目を奪われる。その建物は保母のサナエが一人で“みずうおポケモン”のウパーを世話する“ウパーの保育園”なのだった。一同、愛くるしいウパーの姿に心和ませるが、特に水系ポケモンに目がないカスミはそのかわいらしさにすっかり夢中。そこへサナエの一人暮らしの母が怪我をしたという急報が入り、サトシたちは保育園のウパーの世話を任されることに。一流のポケモンブリーダーを目指すタケシが先頭に立ち、ウパーたちの世話が始まるが……。

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サトシたちは旅の途中、“ようせいポケモン”のブルーに出くわした。頭のリボンに見覚えのあるこのブルー。どうやら以前にカネヨのところで出会ったブルーのようだ。カスミは走り去るブルーの後を追うが見失ってしまう。そこにひょっこり現われたのは、“ふうせんポケモン”のプリン。得意の歌を歌い出し、辺りにいたサトシ一行とブルー、そしてロケット団までもが眠りに落ちてしまう。眠りから覚めたサトシたちはさっきとはうってかわってしょんぼりしているプリンを発見する。どうやらプリンは、寝ている間に顔に落書きされたことに腹を立てたブルーによって、お気に入りのマイクを奪い取られてしまったらしい。

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コガネシティに向かって一路、森を行くサトシ一行。ところが、キャンプ中にテントを何者かに荒らされてしまい、サトシは今まで大事に使ってきたリュックを盗まれてしまう。その翌日、付近のポケモンセンターのジョーイさんもまた、買い物帰りに食料を何者かに盗まれる。犯人を探すうちにばったり出くわしたサトシ一行とジョーイさんは、手がかりとして残された足跡を追ううちに森の奥深くに入り込んで行く……。日は沈み、辺りを照らす満月が雲間に姿を消すと、不気味なポケモンの鳴き声がやみに響き渡りはじめた。一行はダークポケモン・デルビルの群れにいつのまにか囲まれていた……。

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サトシたちはコガネシティに向かう旅の途中、カスミから川で釣りを教わっていた。ところが待てども待てども結果はさっぱり。ついには釣り名人を自認してはばからないカスミまでもがヤカンを釣り上げる始末。そこへ突然水しぶきとともに現われたのは、おおあごポケモンのワニノコだった。サトシは｢いざゲット｣とばかりにモンスターボールを投げようとするが、水系ポケモンに目のないカスミが黙っているはずもなく、二人の間で激しい争奪戦が始まる。はたしてこのワニノコ、いったいだれがゲットするのか!?

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サトシたち一行は道中、峠の橋を通るポケモントレーナーをことごとく打ち負かすという凄腕トレーナーのうわさを耳にする。さっそくそのトレーナーにバトルを挑もうと張り切るサトシだったが、橋のかかる高台にはタケシ好みの美しい少女がたたずんでいるだけ。すかさず少女にかけより自己紹介するタケシ。しかし、ミキと名乗る少女はタケシが炎系のポケモンを持っていることを知るや、突然ポケモンバトルを挑んできた。“よろいどりポケモン”のエアームドで苦手なはずの炎系ポケモンに挑戦する彼女こそが、うわさの凄腕トレーナーの正体だったのだ。

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ジョウトリーグを目指し、次なる目的地コガネシティに向かうサトシ一行。とある湖畔でポケモンたちと一休みしていたところ「りるりる～♪」とかわいい歌声が聞こえてきた。入り江の岩場から響く歌声は“みずうさぎポケモン”のマリルリのものだった。それを見つけたサトシのワニノコはすっかりマリルリに一目惚れ。陽気なワニノコはマリルリの手を取りダンスで好意を示すが、マリルリはプイとどこかへ行ってしまう。ちょうどその頃、ゴルダックとポッポを連れたヒバリという少女がサトシたちの前に現われた。ヒバリは気まぐれで時々姿を消すクセのあるという自分のマリルリを探しにやってきたというが……。

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昼なお暗い森の中をコガネシティ目指して進むサトシたちは、木の枝とえさ箱のかっこうをした男、トリガイに出会う。この森はふくろうポケモンのヨルノズクのすみかになっていて、中でもひときわかしこく珍しいという“色違いのヨルノズク”がいて、トリガイがあれこれ手をつくしてもなかなかゲットできないという。前からとりポケモンをゲットしたいと思っていたサトシは、自分が“色違いのヨルノズク”をゲットしてみせると言うが、頭のいいヨルノズクにただ振り回されるばかり。はたしてこのかしこい“色違いのヨルノズク”ゲットにサトシはどう挑むのか？

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サトシたち一行の休けいタイム、いつもはモンスターボールの中のポケモンたちも、今日はみんな外に出してもらう、のびのび過ごしていた。しかしそこへ突然現われたロケット団が投網でサトシたちのポケモンを文字通り一網打尽にしてしまう。珍しく作戦が成功し、はしゃぐロケット団。ところがそのとき、森の中からリングマの群れが現われた。大あわてで逃げ出すロケット団とサトシたち。ようやくリングマをふり切って、ふと気づくとサトシたちと一緒にムサシが、そしてロケット団にはカスミが！　お互い紅一点が入れ替わってしまった2つのグループ。リングマに囲まれた緊張状態の中、いったいどうなる!?

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サトシたちはコガネシティに向かう途中の森で｢ゴーストポケモン多発地域！｣と書かれた看板を目にする。ゴーストタイプにはエスパータイプのポケモンが有利なのだが、頼りになるのはカスミのコダックのみというありさま。不安を隠せない一行の前に突然姿を現したのは“くびながポケモン”のキリンリキとそのトレーナーのチェリーという少女。彼女の住むブレンタウンではタチの悪いゴーストポケモンに対抗するため古くから一家に一匹はポケモンを育てる風習があるという……。

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サトシたちはコガネジムに向かう途中に立ち寄った町で、子どもたちが本を見てなにやら騒いでいるのを見つける。聞けばそれは人をポケモンにたとえてうらなう“ポケモンうらない”について書かれた本で、よく当たると最近評判なのだとか。うらないと聞いてすっかり興味しんしんのカスミはサトシたちを連れて町外れの老夫婦が営むポケモンの育て屋にやってくる。ここでうわさのポケモンうらないの本が買えるというのだが……。

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コガネジムでのジム戦を目指していたサトシ一行はついに大都会コガネシティに到着した。いざジムバトルと、やる気満々のサトシたちだったが訪ねた先のコガネジムは留守だった。すっかり気勢をそがれた一行は、気分転換にウインドーショッピングとしゃれこむが慣れない都会で道に迷ってしまう。そんな折り、ピカチュウは曲がり角で女の子が連れていたピッピと出合い頭にぶつかってしまう。世話好きな女の子は一行の道案内を買って出るが…。

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コガネジムのジムリーダー、アカネにバトルを挑んだもののアカネのミルタンクの強烈な“ころがる”攻撃の前に完敗を喫したサトシとピカチュウたち。ポケモンセンターでポケモンたちの体力を回復させたとはいえ、サトシはアカネのミルタンクに打ち勝つ術を見いだせないでいた。アカネはそんなサトシをミルタンクの放牧を行っている町外れの牧場に案内するが、そこに突然姿を現したのは栄養満点の乳製品を狙うロケット団たちだった。

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サトシは、コガネシティのレストランでラジオ番組プロデューサーのアラシから、人気番組「ポケモンストリート」への出演を依頼される。コガネジムのバッジをゲットした者がゲストに招かれるコーナーがあるというのだ。ラジオ塔内のスタジオで無事出演を終えたサトシたちだったが、塔内では放送予定だったラジオドラマの収録テープが壊れてしまって上を下への大騒ぎ。サトシたちは偶然にも腹話術師になりすましてラジオ塔に忍び込んでいたロケット団と生放送でラジオドラマに出演することになってしまう。

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コガネバッジをゲットし次なる目的地エンジュシティを目指して旅を続けるサトシたち。道中通りかかった自然公園では「虫取り大会大会」が催されていた。サトシはやる気満々で参加を申し込むが、そこで出くわしたのは以前に出会ったトレーナーのナナコとチコリータのコンビ。今回の虫取り大会では絶対にサトシに負けないと意気込むナナコ。たがいに負けず嫌いな二人はおおいに盛り上がるが、会場には虫ポケモンと共にピカチュウゲットを目論むロケット団が潜んでいた…。

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エンジュシティに向かって旅を続けるサトシたち。大きな川に差し掛かり橋を渡ろうとするが、数日前の大雨で流されていて渡れない。川で投網をしているおじいさんに頼み込んで、なんとか川を渡ろうとするが、おじいさんは付近の森に生息するウソッキーという珍しいポケモンを見せてくれたら、一行を船で向こう岸に渡してくれるという。さっそくウソッキー探しを開始するサトシたちだったが、ウソッキーは木によく似た形をしており、一筋縄では見つけられない様子。そんな折り、森をうろつくサトシたちは、ウソッキーの事で口論をしている研究員風の男女に出くわす。

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旅の途中、オーキド博士に呼ばれちょっと寄り道をしたサトシたち。やってきたのは古代ポケモンの化石がたくさん発見されているというアルフの遺跡。ここではオーキド博士の教え子でサタケという人物が発掘をしており、何でも、この度凄い発見をしたというので、オーキド博士も招かれたのだという。未知なる古代ポケモンの世界にすっかり興味津々のサトシたちは、発掘現場を見学した後、オープン前の「古代ポケモンパーク」なる施設に通される。そこで彼らが目にしたものは…。

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旅の途中、オニドリルに追われていたポッポを見つけたサトシたち。ヨルノズクの催眠術で無事救い出すが、そのポッポは手紙を運んでいる途中だった。そこへワタリと名乗る少年が駆けつけた。彼の祖父デンジロウは、近くの街で離島など、通信の不便な所へ伝書ポッポで手紙を届ける“ポッポ屋”を営んでいるという。祖父を尊敬し、自分もポッポ屋を継ぎたいというワタリに対し、時代遅れのこの仕事は自分の代限りと言い切るデンジロウ。しかし、突然のハプニングで帰還しないポッポたちの行方をワタリが追跡することになる…。

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エンジュシティに向かう旅の途中、突然のどしゃ降りにあってしまったサトシたち。あわてて雨宿りをしようと駆け込んだのは、稲光りにその不気味なシルエットを浮かび上がらせる何とも怪しげな洋館だった。灯りひとつ無い屋敷の中で一休みする一行だったが、一息ついたのも束の間、雷鳴と共に「ギャァァァァ～ッ！」という悲鳴が…。この洋館には一体何が潜んでいるのか…？そして、そこでサトシたちが目にしたのは想像を絶する光景であった…！？

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サトシたち一行は旅の道中、突然現われた“あばれケンタロス”に遭遇する。突進してくるケンタロスをサトシたちは何とか避けるが、その先にはひとりの老人が…。サトシはフシギダネと絶妙のコンビネーションで暴走ケンタロスをくい止めたところ、助けた老人にトレーナーとしての腕を気に入られ家に招待されることに…。着いた先では数々のポケモンが格闘修行に汗を流していた。聞けば老人の家は格闘系ポケモン専門のポケモン道場で、サトシを自分の跡継ぎにしようと考えているらしいのだが…。

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エンジュシティを目指して旅を続けるサトシたちは、いつのまにかジャングルの中へ…。エイパムが捨てたバナナの皮で滑って転んだ拍子に、天然の温泉を見つけた一行は大喜び。サトシはビーチボールを出してポケモンたちと戯れるが、ふとしたタイミングでボールはジャングルの茂みの奥へ跳ねていってしまう。サトシの頼みに勢いよくボール探しに飛び出したチコリータ、そしてそれに続くワニノコとヒノアラシ。果たしてこの３匹、サトシの手を離れ何事もなくボールを見つけて帰って来られるのだろうか…？小さな大冒険はまだ始まったばかりだ…。

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旅の途中、川のほとりで一休みしていたサトシたち。ポケモンたちも気持ちよく水浴びをしていたが、カスミのニョロゾが、突然現われたニョロボンに殴られてしまう。ニョロボンは、釣り竿を持ったトキオという少年のポケモンだった。彼はカスミの育て方が悪いからポケモンもパッとしないのだと言い放つ。怒り心頭のカスミは、フタバ湖で催されるアズマオウ・フィッシング大会にトキオが出場すると聞き、自らも大会にエントリーする。果たして大会荒らしで有名なトキオに、カスミは勝てるのだろうか…？

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ポケモンセンターに寄る度にメールチェックをするまめなタケシ。何やら大喜びしているかと思えば、以前シザーストリートで出会ったポケモンのトップリーダー、ユキさんからメールが来た様子。彼女は、ジョウトのブロウタウンで行われるブリーダーの大会に出場するため、パートナーのポケモンを探しているらしいのだ。早速一行は、ブロウタウンに向かう。再会を喜ぶ一同。ユキさんは、タケシに預けていたロコンで大会に出場することにするが、会場にはユキさんの学生時代からの良きライバル、ヒビキも来ており、手強い相手になりそうだ。果たして大会の栄冠は誰の手に輝くのか？

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エンジュシティを目指す旅の途中、食いしん坊のサトシは食べ過ぎが原因で腹痛になってしまう。近くに医者はなく、タケシも薬を切らしていたため、一行は立ち往生。ちょうどそこへ現われた小柄なおじいさんは、サトシに丸薬を与え、たちどころに腹痛を治してしまう。ツボ老人と名乗るこのおじいさんは、近くの庵で木や草から秘伝の漢方薬を作っているのだという。この秘伝にはあるポケモンが深く関係しているというのだが…。果たしてそのポケモンとは一体何なのだろうか？

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道中の峠道でサトシたちは、トレーナー同士のポケモンバトルを目撃する。なんと片方のトレーナーはサトシのライバル、シゲルではないか。シゲルはイーブイから進化させた“げっこうポケモン”のブラッキーで見事に相手を打ち負かす。久しぶりに目の当たりにしたライバルのバトルに我慢できなくなったサトシ。シゲルにバトルを申し込むが、にべもなく断られてしまう。悔しさの余り、ポケモンセンターのレストランでヤケ食いをするサトシだったが、突然街全体が停電で真っ暗になってしまう。時を同じくして、山中にいたシゲルも街の異変に気付くが…。

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サトシ一行はエンジュシティを目指す道中、森の中で“いつつぼしポケモン”のレディアンを見つける。後を追うサトシとピカチュウだったが、突然吹き付けてきた強風にレディアンともども飛ばされてしまう。強風の正体はピジョンの“かぜおこし”。森林警備隊のシロウとその父が、時折山の上空で吹く強風に慣れさせるため、レディアンの特訓をしていたのだった。父が用事で山を下りたため、シロウはサトシたちと共に特訓を続けるが、そこに突然ロケット団が現れて…。

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エンジュシティを目指して旅を続けるサトシたち。一行は道中“がまんポケモン”のソーナンスに出会うが、それも一体どころではなくやたら多い。どうしたことかと思えば、そのソーナンスたちは付近の村へ続々と歩いていくではないか。気のいい村の青年ノリオによると、この村の人々は全員ソーナンスを持っており、その心和ませる姿を愛してやまないのだという。そして今日は、年に一回行われるソーナンスを祭る盛大な“ソーナンス祭り”の日だったのだ。村中がお祭りムードにわく中、ソーナンスを持ったムサシたちロケット団の一行が偶然通りかかって…。

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道中立ち寄ったポケモンセンターでサトシ一行は、ものまね芸人少女イミテと再会する。かつてはイミテの半人前なメタモンが立派に変身できるように協力したサトシたちだったが、今や彼女も今度開かれる「ポケモン大演芸祭」に招待されるほどの腕前にその芸を高めていた。久々の再会を喜び合う一同、すっかり一人前のメタモン“メタちゃん”も元気そうだ。と、その時ジョーイさんに診察を受けていたイミテのもう一体のメタモンが戻ってきた。この新米のメタモンもどうやら問題を抱えているらしいのだが…。

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エンジュシティをめざす旅の途中、森の中でサトシは一匹のブルーを目にする。そのブルーは見覚えのあるリボンを耳に付けていた。「カネヨさんのブルーに違いない」サトシは以前出会った大金持ちのカネヨさんの元から逃げたブルーだと主張するがカスミたちは半信半疑。さらに道を行くと一行は行き倒れの男を発見。助けてみてビックリ！見覚えのあるその男は大金持ちのカネヨさんの召使いではないか。と、突然そこへ雄叫びと共に現れたのは件のカネヨ。しかし、その姿は以前とはすっかりと見違え、まるでターザンの様なたくましさ。一体彼女に何が起こったのか…！？

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旅の途中でちょっと一休みのサトシたち。カスミは少女らしく咲き乱れる花と戯れていたところ、大嫌いな虫ポケモンに遭遇してしまう。それは“あしながポケモン”のアリアドスであった。ひきつるカスミをよそに始めてみるポケモンに感心するサトシ。と、そこへコンパンと共に現れたのは真っ赤な忍者装束に身を包んだくのいち。セキチクジムのジムリーダー、キョウの妹、アヤであった。どこからともなく響く老人の声に従いアリアドスはアヤのコンパンとバトルを繰り広げるが、アヤは謎の老人の前に破れてしまう。巧みなポケモン忍法を操るこの老人の正体とは一体…？

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サトシは旅の途中“うすばねポケモン”のヤンヤンマに帽子を持って行かれてしまう。あわてて追いかけるサトシ。そこへ、ヤンヤンマのトレーナーでヒロトと名乗る少年があらわれた。彼はガラス屋の息子で、羽根から発する衝撃波で町中のガラスを割ってしまうこのヤンヤンマに手を焼いているらしい。親にヤンヤンマを捨てるように言われて困っているヒロトのためにサトシたちは一肌脱ぐことにする。

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サトシたちの目の前に山が見えてきた。これを越えればエンジュジムのあるエンジュシティだ。辺りには野生の草ポケモンが多数生息しており、サトシはハネッコ進化系ポケモンのポポッコに目を奪われる。と、そこに少年が駆けてきた。ポポッコはミノルと名乗るその少年のポケモンらしい。彼はポポッコと共にエンジュシティで年に一回開かれる“くさポケモントーナメント”に出場をするのだという。それを聞いたサトシもさっそく出場を決意するが…。

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エンジュジムに向かって旅を続けるサトシたち。道中どこからかかぐわしい果実の香りが漂ってくる。小高い丘を越えたところに果樹園があったのだ。果樹園の入り口までやってきたサトシたちだったが、ひょんな事からピカチュウに果実泥棒の疑いがかけられてしまい、さあ大変。この果樹園では最近ポケモンに果実をかじられる被害が相次いでいるらしい。果たしてその真犯人とは…？

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サトシたちはエンジュシティに近いとある山岳地帯にさしかかった所で“ダークポケモン”のヘルガーを見かける。ヘルガーは鞄をさげており野生のポケモンではない様子。と、そこへ突如あらわれたロケット団。サトシのピカチュウを奪うため一行を襲撃するが、そのどさくさにカスミのトゲピーはサトシたちとはぐれてしまう。ひとりぼっちで心細いトゲピーのそばに偶然通りかかったのはさっきのヘルガー。見るに見かねてヘルガーはトゲピーと行動を共にする。はてさて、この凸凹珍道中のゆくえやいかに？

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高台から見下ろすと眼下に広がるには碁盤目状の整然とした町並み。サトシたちはついにエンジュシティにたどり着いたのだ。古式ゆかしいこの街のシンボル“すずの塔”お近くにあるというエンジュジムを目指し駆け出すサトシ。しかし、一行の目の前にそびえ立つ塔は半壊状態でまるで火事でやけたような有様。一体この塔には何があったのか…。

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エンジュシティにたどり着いたサトシたちが出会った、エンジュシティのジムリーダー、マツバ。彼は伝説のポケモン・ホウオウとコンタクトできる一族の末裔であり、ゴーストポケモンの使い手だ。ゴーストポケモンとのバトル経験が少ないサトシにタケシは切り札は“ヨルノズク”だとアドバイスするが…。果たしてサトシはエンジュのジムバトルを制することができるのか？

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マツバとのジム戦を終えたサトシたちは大きなエンジュシティにもうしばらく止まることにした。まずは腹ごしらえと評判のお団子屋に入った一行の目に映ったのは街で催されるお茶会のポスター。女の子のカスミは興味津々で行きたくてしょうがない様子。そこへ迷い込んできた一匹のイーブイ。このイーブイ、後からやってきたカスミと同じ年頃の少女、サクラのポケモンだという。そして偶然にもカスミが行きたがっていたお茶会はサクラと４人の姉が主催したものだったのだ。

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サトシはタケシが昼食の準備をしている最中、これまでジョウトリーグで手に入れた４つのジムバッジを嬉しそうに磨いていた。そこへ、あらわれたのは三羽の“くらやみポケモン”ヤミカラスだった。陽気な芸を見せサトシたちを楽しませるヤミカラスだったが、一瞬の隙をついて三羽はサトシの虎の子のバッジを奪い逃げ出した。相当な知能犯のヤミカラスたちからサトシはバッジを取り戻せるのか…？

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サトシはタケシが昼食の準備をしている最中、アサギシティへむかうサトシたち。照りつける太陽に山道をゆく一行の喉はカラカラ。近くを流れていた川はすでに干上がっており行き倒れ寸前。最も近い僻地のポケモンセンターを目指して歩く一行は、風化しかけた古代文明の遺跡にたどり着く。遺跡のあちこちにはテッポウオの彫刻が多く見られ、ここもかつては水の豊かな土地だったようだが…。

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不気味な雰囲気の森を進むサトシたち。タケシによれば、どうもこの辺りに凶悪なポケモンが出没するという噂があるらしい。カスミは嫌いな虫ポケモンではないかと、すっかり弱気に。夕刻を過ぎ、サトシたちは無人の山小屋を発見しそこで泊まることにするが、外で怪しい物音が…例の凶悪なポケモンの噂は本当なのか!?

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サトシたちはアサギシティに向かう道中、かつて旅の途中に出会ったカメラマンのトオルと再会する。最近までくさポケモンの撮影に凝っていたトオルは、目下のところ伝説のとりポケモン“フリーザー”を撮影しようと目撃情報のあった場所を探し回っていたのだ。そこへ、突如隕石のようなものが落下してきて一同は仰天。よく見ればそれは氷漬けになったヒマナッツだった。

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再会したトオルと共に伝説のポケモン“フリーザー”を探して雪山までやって来たサトシたち。お弁当でも食べて一息入れようとしたところ、食いしん坊の“いのぶたポケモン”ウリムーがカスミのサンドイッチめがけて突進してきた。このウリムーはコユキという少女とその父親が連れて来ていたものだった。ウリムーの能力を利用して親子は温泉探しをしているというのだが…。

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サトシたち一行とカメラマンのトオルは伝説のポケモン“フリーザー”を追い求め、付近で最も高いシラユキ山（やま）へとやってきた。軽装で雪道を進む一行は小高くなった岩場のてっぺんで凍りついた姿のプリンを発見する。サトシによって救われたプリンは何故か山の頂上を指さしてご立腹。もしや、頂上に行けばフリーザーに出会えるかもしれない…。サトシたちは先のポケモンセンターで作戦を練ることにする。

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トオルと別れ、次の街へと谷間を進むサトシたち。そこへ突風が吹きつけ、はずみで大岩が一行めがけて崩れ落ちてきた！と、その時、谷間の一角から飛び出した3つの影がサトシたちを間一髪で救い出した。それは、ハルカとユタカの兄弟が率いる3匹のウインディだった。彼女たちは険しい自然の中、街から街へ色々な荷物を運ぶのを仕事にしているのだという。一行は“ほのおのいし”を山の向こうまで届けるというハルカたちと行動を共にする。

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サトシたちは道中、虫取り網を片手に地面を掘り返している少年を見かける。以前ノコッチが大量発生したときに近所の子どもたちはみんなノコッチをゲットしたのだがキイチはその時、街を離れていたためゲットし損ねたというのだ。サトシたちは友達の輪に入れないキイチの為にノコッチゲットを手伝うことにするが…。

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アサギシティを目指して旅を続けるサトシたち一行。道中、彼らを待ち伏せるあやしい影が…ロケット団の3人だ。変装でまんまとサトシをだまし、ピカチュウを特製のオリに閉じこめたロケット団。ついに、悲願達成かと思ったのも束の間、オリを抱えていたムサシのソーナンスが岩につまずきピカチュウはサトシの元に。しかし、特製のオリは専用のカギがないと開かないという。カギを持ったソーナンスは衝撃で飛ばされ行方不明に…ソーナンス、遭難す！？

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アサギシティへ向かう道中、食事の準備をしていたタケシが突然たおれてしまう。どうやら、ここ数日の強行軍がたたり熱を出してしまったらしい。責任感の強いタケシはポケモンたちの世話を休むわけにはいかないと無理をするが、足腰が立たない。サトシとピカチュウたちはタケシを休ませて彼の仕事を引き受けることにするが、はてさてどうなる事やら…。

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旅の途中、リキシータウンなる街に立ち寄ったサトシたち。そこでは“おおあごポケモン”のオーダイルがいろんなポケモンを相手にバトルの特訓を行っていた。水系ポケモンに目のないカスミはすっかり興奮気味。どうやらオーダイルはトレーナーのライデンと共にポケモン大相撲の優勝を目指しているらしいのだが…。

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山道を歩くサトシたち。さっきからピカチュウの様子がおかしい、どうやらバテ気味のようだ。と、突然あらわれた謎の老人が一行に話しかけてきた。彼はこの辺は電気エネルギーを吸収してしまう特殊な土地だと言い、驚いたことにピカチュウにまでポケモン語で話しかけたのだ。ポケモンの言葉がわかるというこの老人は一体何者なのだろうか？

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とある森の中でタケシのゴルバットが気を失っている女性を発見した。考古学の研究員ナツキは遺跡の調査中に土砂崩れに遇ってしまったのだ。サトシたちはナツキを助け起こし無事を確認するが、調査に必要な超音波探知器が壊れてしまったらしく、一行は調査を手伝うことに…。遥か昔、黄金の仮面と杖を使ってポケモンを自由に操る女王がいたという伝説が残るこの遺跡、何か秘密がありそうだ。

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サトシたちが道中立ち寄ったホワイトタウン。ここの街並みは歴史遺産の候補にも挙がるほどの美しさで一行も思わず感動。ところが突然の悲鳴に気が付けば、街が誇る白い壁をさまざまな色に塗り替えようとする者がいるではないか。その犯人はなんと３匹の“えかきポケモン”ドーブルであった。サトシたちは落書き現場に偶然通りかかった為、この騒動に巻き込まれてしまうが…。

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アサギシティを目指し旅を続けるサトシたち。ポケモンセンターが近くにないため野宿の支度をしていたが、通りかかった少女ユメカが転びそうになったところをタケシが救ったことから、一行はユメカの自宅に世話になることに。いつもは美人と見ればすかさずアタックするはずのタケシだったが、今回ばかりは勝手が違いユメカの猛烈ラブアタックにすっかりタジタジ。いったいどうしちゃったの！？

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旅の途中、とある高原を通りかかった一行。吹き抜ける風の心地よさに、サトシもポケモンたちもそろってひなたぼっこ。丁度お腹もすいたのでランチの準備がはじまり、サトシもチコリータと薪を探しに近くをうろつくが、高原にポツンと建っていた謎の建物に閉じこめられてしまう。さらに、そこにはお宝目当てに忍び込んでいたロケット団がいたからさあ大変！一体どうなる事やら…。

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サトシのチコリータは無事ベイリーフに進化したが、まだ自分の力をコントロールできない様子。以前のようにサトシに甘えようとすると勢い余って吹っ飛ばしてしまうこともしばしばだ。サトシもしょうがないと思いつつ調子があわず困ってしまう。そんな折り、ベイリーフはサトシに注意されたことから傷つき家出をしてしまう。河原までやってきたひとりぼっちのベイリーフは足を滑らせ川に落ちてしまう…。

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サトシ一行は道中の草むらで“ことりポケモン”のネイティと少年のコンビに出くわした。しかし、少年は話しかけるとそそくさとその場を立ち去ってしまう。その後、立ち寄ったナットタウンではフェスティバルが開かれており集まったポケモン大道芸人たちで大にぎわい。エイパムの竹馬乗りやストライクの紙きり芸等々が並ぶ中、ネイティの占いにも人だかりが…そこにはさっきの少年の姿もあった。

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道中の草原に、奇妙なバツ印を見つけたサトシ達。ミステリーサークルか！？と思いきや、上空を気球で通りかかった少年トビオからそれは気球競技の標的だと教えられる。一行はトビオの家に招かれもてなしを受けるが、ひょんな事から明日行われるポケモン気球大会に出場することに…。トビオの父お手製のピカチュウ気球で大会に挑むサトシたち、はたして結果はいかに？

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街なかで女の子ばかりの人だかりを見かけたサトシ達。興味津々でのぞき込もうとしたところ、人垣をかき分け出てきたサングラスに帽子姿の男から毛布にくるまれた何かを渡される。「しばらく預かってくれ！」と、男は言い残しその場を去ったが…。サトシの手元に残されたのは何とも愛くるしい“くちづけポケモン”ムチュールだった。男の正体はいったい何者なのか？そしてムチュールとの関係は…？

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湖のほとりでキャンプをしていたサトシ一行。「ザザザ…」という音に気付けば、湖面にはサイドンらしきポケモンの背ビレが…しかし、岩系ポケモンのサイドンがなぜ水中に？通りかかった美女エリコによれば、それは“なみのり”をおぼえたサイドンなのだという。彼女は足を怪我したおばあさんの移動を助ける為に湖の下にトンネルを掘っていたのだが、この“なみのりサイドン”の力がどうしても必要なのだとか。サトシ達はエリコに協力しようとするが…。

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次の街を目指すサトシ達を突如覆う黒い影。何かと思えば上空を通過する巨大な飛行船のものだった。近くに降り立つこの飛行船に惹かれて一行は発着所に向かうが、そこでは乗務員がポケモンの医者を探していた。ポケモンの治療に心得のあるタケシが名乗りをあげ、案内された船内にはゴージャスな美人姉妹が待っていた。彼女たちがかわいがっているカクレオンがどうやら船酔いしたらしい。丁度その頃、ロケット団はこの巨大飛行船を丸ごと奪おうと企んでいた…。

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サトシたちが見つけたのは、水がきらきらと輝き、心地良い風が吹き抜けるアラタマ池と呼ばれる池だった。 しかし、その池の中から「ザザザ…。」といきなり何者かが現れた。それはなんとこの池のほとりにある、ポケモンセンターのジョーイさんではないか。それを知ったカスミは大感激！！何故ならアラタマ池のジョーイさんは水系ポケモン好きの間でも憧れの名医だからだ。 しかし、皆はジョーイさんの意外な事実を聞かされ、だーいショック！！！一体ジョーイさんに何が！？

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次のジムをめざし旅を続けるサトシたち。砂漠を越えればあと一歩でアサギシティーだー！！と思いきや、その砂漠で立ちふさがるのは、またもやピカチュウをねらってやってきたロケット団。ドガーズに対抗し、サトシが持ち出したのはヒノアラシだった。 だが、大変なことにドガーズの煙幕に、ヒノアラシの火炎が引火して大爆発！！あれれ？一瞬にしてヒノアラシがきえてしまった！？ヒノアラシを探しながらポケモンセンターによったサトシ達は、そこでポケモンの傷を癒すといわれる不思議なオアシスの話を耳にする……。

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ようやくアサギシティにたどり着いたサトシたち。ひさびさのジム戦に挑もうと、アサギジムの門をたたいた。中で待ち受けていたのは、体は小さいにもかかわらずサトシらに堂々に挑む女の子。 アサギバッジを手に入れるために勝負にでたサトシだったが、突然ふと目の前に現れた美少女に止められてしまった！！実は、この美少女こそ本物のジムリーダーのミカンであり、戦いに挑んできた女の子はコナツという名のジムの見習いであったのだ。その後残念なことに、ジムリーダーのミカンから「今はジム戦を行うことができない。」と告げられてしまった。一体なぜ？何かわけがありそうだ！！

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アサギシティでのジム戦をやむなく一時断念したサトシ一行。アサギバッジのゲットは後回し、次はタンバジムに挑戦だ！とタンバシティーにやってきた。途中、海沿いの道から「どりゃぁぁぁぁー！えいっ！やぁー！」と声が聞こえてくる。何事かとのぞいてみると、道着を身にまとったオヤジが、ゴーリキーと共に猛特訓に励んでいる。なんだか凄そうなこのオヤジ。聞いてみるとタンバジムのジムリーダーではないか！サトシは手強そうな相手にヒヤリ……。 はたしてこのオヤジからバッジを手に入れることができるのだろうか。

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言い伝えによると、謎のポケモンが潜んでいるという“うずまき列島”の話を耳にしたサトシ一同は、胸をわくわくさせながらその島へ向かう船に乗った。 しかし、その船にはまたまたロケット団が。ロケット団をやっつけるため攻撃をしかけたピカチュウだったが、誤って船の一部を破壊してしまった！海には渦潮がもの凄い勢いで迫っているというのにサトシたちは海に投げ出されてしまう。このままでは皆、渦潮に呑み込まれてしまうぞ！！どうなる！？サトシたち！

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うずまきカップ挑戦を目指し、うずまき列島の旅をスタートさせたサトシ達は途中、飛太という青年に出会い、デカポッポ島なる島の話を聞かされる。名前が一風変わっているその島、そこにいるポケモンも普通ではないという！？そのポケモンの正体というのはポッポ。形はありふれているようだが……なんとなんと大きさがふつうの3倍ある上に、空も飛ぶこともできないのだという！なんとも不思議なこの島に、一体何事が起こったのか？サトシ達一行は飛太に連れられてデカポッポ島に足を踏み入れることになった！！

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うずまき列島の青岩島に上陸したサトシたちは、次の町を目指す途中「ブルーレイク」という湖のある山頂に立ち寄ることにした。道中、突然目の前に現れたのは、あんこうポケモンのチョンチーとダイキという名の少年であった。こんな山中にどうしてチョンチーが！？聞いてみるとブルーレイクはチョンチーたちが卵からかえって育つ、うまれ故郷なのだという。そして、サトシたちが旅を続けるように、チョンチーたちにもふるさとを離れ、海を目指さなければならない旅があったのだ。 チョンチーたちの旅を見届けることを決めたサトシたち。チョンチーたちの身になにも起こらなければよいのだが…。

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うずまきカップ出場に向けて旅を続けるサトシ一行は、黄岩島にたどりついた。黄岩島は呼び名のとおり岩が黄色く、サニーゴがたくさん生息している島である。カスミはかねてからの願いである、サニーゴがゲットできるとワクワクしていた。そんな矢先、驚いたことに海からズズーッと流されてくるのは一軒の家だった！！屋根の上にみえるのはなんと、元気なサニーゴと、一人の少女。なぜこんな信じられないことが起きているの？

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うずまきカップが行われる赤岩島へ行く船に乗るため、オギシティーの港に辿り着いたサトシ達であったが、1日1便しか出ないという船に乗り遅れて、立ち往生していた。そんなとき、声をかけてくれた女性ルカが、彼女の船で赤岩島まで連れて行ってくれることに。かなり年季の入った船の中でサトシたちが見つけたもの、それはなんと古い海図であった。これは一体なんの地図なのか？まさか宝の山がねむっている！？

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ようやく、うずまきカップの開催地である赤岩島（せきがんとう）のカクイシティに辿り着いたサトシたち。その街は、サトシたちと同様、戦いに挑もうとやってきた多くのポケモントレーナーでごったがえしていた。明日はいよいよカップ予選開始だ！と、やる気満々のサトシたちであったが、影ではそんなサトシたちを目で追う怪しき何者かの姿が…。そして、サトシらの目の前に現れたこの怪しき者の正体、それはポケモントレーナーのハチロウであった。突然何を言うかと思えば、すがるようにサトシたちとのバトルを願い出てきた！？しかしハチロウのこのバトルの申し出には、なにかワケがあるようだ……。

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見事うずまきカップ予選を勝ち抜いたサトシとカスミ。次はいよいよ本線だ！コロシアム中響きわたる歓声の中始まった開会式には、きらびやかな衣装を身にまとった美しい女性が現れた。彼女はうずまき列島の文化と伝統を守りつづける海の神官（しんかん）マヤ。そんな彼女の言葉によれば、カップ優勝者にはある賞品を贈呈する…と。優勝者のみがゲットできるこの賞品、一体どんな代物なのか！ サトシたちは優勝を目指し、闘志を燃やす！！

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うずまきカップ２戦目にして早くもバトルで衝突してしまったサトシとカスミ。戦いで使えるポケモンはたったの２体。２体のポケモンが戦闘不能になった時点で勝敗が決まる。水ポケモンマスターのプライドにかけて負けるわけにはいかない！と豪語するカスミ。一方、どんなバトルでも勝ってみせる！と意地を見せるサトシ。両者一歩も譲らないまま始まったバトル、はたしてその結果は！？

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うずまきカップも終わり、再びアサギシティに戻ることにしたサトシたちは、連絡船が出るボウゼタウンへ向かっていた。 しかしサトシたちの知らぬ所では、こそこそと陰謀を企てる黒い影が。ロケット団がせっせと落とし穴を仕掛けていたのだ。今どき落とし穴に引っ掛かるわけなんて……と思っていたのも束の間。実にあっけなく落とし穴にはまってしまったサトシたち。しかしもっとうわてなのが、仕掛けた落とし穴にまんまと自分ではまり、読んで字のごとく墓穴を掘ってしまったロケット団！こうして穴の中にはまってしまったサトシたちとロケット団だが、そこで彼らはある不可解な出来事に遭遇した！！

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海底に眠る沈没船から“ぎんいろのはね”を発見したサトシたちは、町には、たくさんのショップが立ち並び、島の特産品であるぎんいろのはねグッズが売られていた。途中サトシたちはアクセサリーショップオーナーのユリコに出会い、彼女の店に立ち寄ることに。店の中には美しいアクセサリーが並べられているが、なんとこのアクセサリーは銀岩島でしか採ることのできないギンガン石からできているとのこと。そして、この石から作られたぎんいろのはねのアクセサリーはお守りとしての価値があるのだという。島の人々に信じられている銀色の羽に秘められた力とは！？

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謎のポケモンのさらなる手がかりを求めて、沖島にやってきたサトシたちであったが、そこでポケモンリーグセキエイ大会を共に戦ったヒロシとばったり再会する。聞けば、ヒロシもまた、謎のポケモンのうわさをかぎつけてここまでやってきたのだという。目的はただ一つ。謎のポケモンを求めて、共に海にくり出したサトシとヒロシたちであったが、そこで見かけたのは、海の中でポケモンとたわむれる一人の少年。謎のポケモンについて聞こうと声をかけるが、少年は何も知らないという…。なんだかあやしい素振りのこの少年、なにか隠しているような…。

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ついにサトシらの目の前に姿を現した幻のポケモン・ルギアの親子。そこでポケモンリーグセキエイ大会を共に戦ったヒロシとばったり再会する。聞けば、ヒロシもまた、謎のポケモンのうわさをかぎつけてここまでやってきたのだという。しかしそれを狙っていたロケット団のナンバ博士らの手によって、子供のルギアが奪い去られてしまった！親のルギアは怒り狂い、ものすごい威力で海を荒らしはじめる。なんとかルギアの怒りを静めようとするサトシたちだったが、ルギアの怒りは最高潮に達して止まない。サトシたちは親ルギアをしずめるために、「かならず子供のルギアを取り戻してみせる！」とかたく約束する。果たしてサトシたちはルギアとの約束を守り、子供ルギアを取り戻すことができるのだろうか！？

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連れ去られた子供のルギアを助け出すため、ロケット団のナンバ博士たちの基地に向かったサトシたちであったが、子供のルギアをおとりにして親のルギアを捕獲しようとするナンバ博士らのワナにかかり、なんと親ルギアまでもが捕らわれてしまった!!　ナンバ博士らのたくらみ、それはルギアの底知れぬ怒りのパワーを利用して、人類のために強大なエネルギーを開発することであったのだ！「そうはさせるもんか！」と立ち向かうサトシたちであったが、まったく歯が立たない。このままではルギアはナンバ博士らの実験材料となってしまう!!

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うずまき列島の旅を終え、再びアサギシティに戻るために船乗り場にやってきたサトシ一行。そこで見かけたおじいさんに定期船の出発時間をたずねると、明日の午前中まで船は出ないとのこと。だが、明日の朝にはジム戦をひかえているため、どうしても今日中にはアサギシティにたどり着きたい一行は困り果てるが、そんなサトシにおじいさんは、ホーホー航空の存在を教えてくれた。そこなら飛行機でアサギシティまで連れて行ってくれるというのだ。手段は選ばず！と、とにかくホーホー航空に向かったサトシたち。しかし、そこで待ち受けていた人物というのが…!?

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６つ目のバッジをゲットするため、再びアサギシティにやってきたサトシたちは、待ちに待ったジムリーダーミカンとのバトルを目前にひかえ、海岸で猛特訓にはげんでいた。そこへ現れたのはまたもやロケット団。今回は、新兵器ソーナンスロボでピカチュウゲット作戦に出てきた！サトシたちのどんな攻撃にもびくともしないソーナンスロボ。たじろぐ彼らの目の前に突如現れたのは、ミカンであった。そして彼女は、ハガネールを持ち出し、あっという間にロケット団をやっつけてしまった！ミカンに感謝…と言いたいところではあるが、この後サトシはミカンと対決しなければならない。さて、サトシはこの手ごわい相手を倒してバッジを手に入れることができるのだろうか!?

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次の町へ向かう途中にオーキド博士に連絡を入れたサトシたち。かつてはポケモンたちが仲良くすみ分けて暮らしていたオーキド邸の庭。しかし今となっては、ポケモンたちの陣地争いで毎日ケンカがたえず、博士の手に負える状態ではないという。なんとかして以前のような平和を取り戻したいと願うオーキド博士。そんな博士がサトシに頼んだこと、それはフシギダネに仲立ちしてもらい、争いを止めてもらうことであった。やる気満々のフシギダネを見て、オーキド博士に彼を預けることにしたサトシ。さて、フシギダネは無事任務を果たし、帰ってくることができるのであろうか!?

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次の町を目指して、エンジュシティを再び訪れたサトシたち。そこで美人５人姉妹の一人、サクラと会う約束をし、久しぶりの再会を楽しみに待っていた。すると、そんな彼らの前に突然エーフィが現れた。あまりの美しさにみとれる一行であったが、なんとこのエーフィの持ち主はサクラだった。サクラの家に招待された一行。そこで彼らを迎えてくれたのは勢ぞろいした美人姉妹の面々であった。５人の美女を目の前に、舞い上がるタケシ。しかし残念なことに、サクラ以外の姉妹は、皆そろって踊りを習いに出てしまった。だが、美人姉妹が向かった踊りの教室、そこには何やら怪しい影がひそんでいて…。

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エンジュシティを旅立とうとしたサトシたちであったが、突然どこからともなく鳴り響く鈴の音に足を止めた。この鈴の音に町中の人々もおどろき、ざわめいている。その時サトシたちは、この町に言い伝えられているホウオウ伝説を耳にする。スズのとうから鳴り響く鈴の音、これは伝説のポケモン“ホウオウ”の到来を知らせるものであったのだ。ホウオウがやってくる時に鳴るのは、９階の鈴だけ。しかし、奇妙なことに全階の鈴が鳴り響いている!!激しく鳴り響く鈴の音は、何かを暗示しているのだろうか!?

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次なる目的地を目指し旅を続けるサトシたちは、緑豊かな町ライズタウンへとやって来た。突然サトシたちの目の前に現れたのは、ボードを足につけウィンディを手綱であやつるシゲルの姿。久し振りの再会で、さっそくバトルをしかけたサトシであったが、シゲルは大会を明日にひかえていると言い放ち、去っていってしまった。「大会？」と首をかしげる一同であったが、少し先の野原でもシゲルと同様のかっこうをしたトレーナーたちが、何かを競い合っている姿が。聞けば、これは「ポケモンライド」という競技で、毎年この町で開催される「ポケモン競技大会」に向けてみな練習にはげんでいるらしい。それを聞いたサトシは、ここぞとばかり参加の名乗りを上げる。果たして、このポケモンライドとはどんな競技なのだろうか？

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ライズタウンのタマゾウにポケモンのタマゴをもらったサトシたちは、大切に抱きながら、どんなポケモンが誕生するのか楽しみにしていた。そんな矢先、突然の豪雨に襲われた一行は、近くのポケモンセンターで一晩泊めてもらうことに。大切なタマゴを枕元に置き、一度は床につくサトシ。ところが、夢にうなされたサトシが目を覚ましたところ、なんとタマゴが消えているではないか!!一同あわてふためく中、そこへ警察官（自称、名探偵）のジュンサーがかけつけてきた。彼女が消えた卵の謎を解明してくれるというのだ。厳重に戸じまりをしていたポケモンセンターに何者かが侵入したというのか？それとも、タマゴがひとりでに動き出したというのか!?密室で起きたこの不可解な事件は解決できるのであろうか…？

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次の町､チョウジタウンを目指すサトシ一行であったが、突然サトシのリュックの中から光りがあふれ出した。どうやら、育て屋のタマゾウにもらったポケモンのタマゴが光っているようだ。サトシがケースを開けてみると、突然タマゴがプルプルふるえだした。いよいよ待ちに待ったポケモン誕生か!?とじっと見つめるサトシたち。すると、あたり一面まばゆい光に包まれた!!そしてその光が何か形作っている。そこには卵からかえったポケモンが立っているではないか!!緊張のあまり息をのむサトシらの目の前に誕生したポケモン正体とは!?

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次のジムがあるチョウジタウンを目指し、旅を続けるサトシたちであったが、突然目の前に立ちふさがる３つの影が。その正体はまたしてもロケット団。しかし今回もまたたく間にサトシたちに打ちのめされてしまい、あっけなく引き下がるはめに。毎度のようにくり返される自分たちの失敗に嫌気がさしたロケット団がひっそりと始めたこと、それはロケット団のロケット団によるロケット団のための反省会であった。わが身を振り返りながら、どうすればサトシたちに勝てるのかを話し合うロケット団。あれやこれやと考えた結果、ついに彼らが下した決断とは!?

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チョウジタウンを目指し旅を続けるサトシたちは、スリバチやまの頂上近くまで登っていた。すると突然、あたり一面濃い霧が立ちこめ、彼らの視界が閉ざされてしまった！手探りの状態で山道を進もうとする一行であったが、とても危険で歩けそうにない。ひとまずこの場で待機かと思っていた矢先、突然、霧の中から浮かび上がってきたのは、古風なチャイナドレスを身にまとった女性であった。横には、きつねポケモンのキュウコンを連れている。「霧が晴れるまで、うちで休んでいってください」という彼女の親切な言葉に甘え、一行はこの女性の後について彼女の家に向かったのだが、そこで彼らは、奇妙な出来事に巻き込まれてしまう…。

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チョウジタウンへの近道であるスリバチやまの洞窟を通り抜けたサトシたち。そこで一行が遭遇したのは、木陰の下で、ぼろぼろの青いスカーフを首に巻き、さびしげに座っているけんかポケモンのバルキーであった。かわいそうに思ったタケシが、ポケモンフーズを差し出したその瞬間、バルギーが彼のリュックに飛びつき、中に入っていたポケモンフーズをごっそり奪い去って行ってしまった。ズルがしこいバルギーにしてやられたりの一行は、意地でもポケモンフーズを取り返そうと、バルギーに攻撃をしかけるが、全く歯が立たない様子。そこへ、彼らを助けに現れたのは、道着姿のノブヒコ。聞くところによると、このバルギーは、何か理由があって、村人にいたずらばかりする困り者らしい。なんとかしてバルギーのいたずらを食い止めなければならないのだが…。

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チョウジタウンを目指し、山道を歩くサトシたちであったが、彼らの目の前に立ちはだかるのは、またしてもロケット団。そこで彼らがせっせと仕掛けた自慢の落とし穴に、サトシたちはまんまと落ちてしまう。しかし、なぜかロケット団も同じ穴に落ちてしまうのだった。行き着いた穴の底には、ロケット団も見覚えのない風景が広がっていた。これは一体!?と思いきや、突然、向こうから巫女さんの格好をしたミココという女の子がやってきた。なんだかあわてている様子のミココの後を追う一行。たどり着いた先でサトシたちが見たものは、巨大な円形の空間の中でブランコに乗っているせいれいポケモンネイティオの姿。聞けばここは、ネイティオの占いを信じ、何事もネイティオの占い任せの人々が集まった異様な土地なのだとか…。一体ネイティオに秘められた力とは!?

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次なる目的地チョウジタウンも間近に迫っているというのに、突然ピカチュウとトゲピーに異変が!!あたりを見回すと、他のポケモンたちも皆グッタリしている。とその時、森の向こうから「ウゥゥゥゥー!!」という低いうなり声が聞こえてくるではないか！何かあるに違いない、と一目散でその方向へ駆け出した一行。“いかりのみずうみ”で彼らが目撃したもの、それは「ギャララララァァァー!!」と湖から出現した、きょうあくポケモンギャラドスであった！その姿は何かにもがき苦しみ、体は燃えさかるように赤い。それを見ていた一行の背後に、突如数名の部下を引き連れた黒服の男が現れた。果たして、この黒服の男の正体は!?そして、いかりのみずうみで何が起きているというのか!!

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“いかりのみずうみ”で、赤いギャラドスを目撃したサトシたち。それはタツミ、シラヌイ博士率いるロケット団の進化促進電波によって、無理矢理進化させられたギャラドスであった。サトシたちは、ロケット団の悪行を食い止めようと必死に立ち向かうが、捕獲リングで捕らえられ身動きが取れなくなってしまった！一方、ロケット団の内部には、単身潜り込んでいる人物が…。ポケモンＧメンのワタルだ。彼は、ロケット団になりすまし、アジトを突き止めて、人目を盗んでジュンサーに応援を要請していたのだ！その後、急いでサトシたちの元に駆けつけたワタルが、彼らを連れ出して再度向かった先は、チョウジタウンにあるロケット団のアジトであった。そこには、捕らえられたギャラドスがいる！果たして、サトシたちはギャラドスを救出することができるのであろうか！赤いギャラドスの運命はいかに!?

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７つめのアイスバッジをゲッドするために、気合いを入れてチョウジジムの門をたたいたサトシ。中から現れたのは、シマバアという元気なおばあさん。ジムリーダーのヤナギは裏山で修行中だというのだ。そこでシマバアが彼らを裏山まで案内してくれることに。息を切らせながらなんとかシマバアの後を追う一行が、たどり着いた先で見たものは、一人滝に打たれるヤナギの姿であった。それを見てすぐ、サトシがハッと何かに気づいた様子。ヤナギは、以前、赤いギャラドスの救出にはげむサトシらに「ポケモンと人間は永久に友達にはなれん…」と言い放ち去って行ったおじいさんだったのだ!!不愉快に感じながらもヤナギにジム戦を挑むサトシであったが、なんとヤナギは、その場を立ち去ってしまった！　まったく心を開こうとしないヤナギ。一体、彼の過去に何があったというのだろうか…？

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ジムリーダー・ヤナギとのジム戦に挑むために、チョウジジムへとやって来たサトシ一行。７つめのアイスバッジを賭けた戦いというだけあって、思わず拳に力が入る。だが、ヤナギにバトルフィールドに案内された一行は、思わず息をのんだ。なんと、床はすべて氷でできていて、中央にはあちこちに氷のかたまりが浮いたプールがあったのだ！そしてジム戦が開始、最初にヒシアラシを持ち出したサトシであったが、氷の上ですべったり転んだりして、ヤナギの“あしかポケモン”ジュゴンを相手に、かなりの苦戦をしてしまう。なれない氷の上での戦いに、大ピンチのサトシ！冬に強いベテラントレーナー・ヤナギを相手に、一体どのような攻撃をしかけていくのだろうか！！

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激しい戦いの末、チョウジジムで７つめのバッジを手に入れることができたサトシ。いよいよ最後のバッジをゲットするため、一行はフスベシティを目指していた。とその時、木陰に数匹のナゾノクサが倒れているのを目撃する。サトシたちのおかげでなんとか回復したナゾノクサ。何が起こったのかをたずねるサトシたちを、ナゾノクサはある場所へと連れていく。たどり着いた先は谷の前に広がる草原だったが、そこではなんとラフレシアとキレイハナがケンカをしていた！あわてて止めに入ったサトシたちであったが、そこへ現れたのは、草タイプポケモン研究所のサイガという男であった。彼の口から語られたこの異常事態のいきさつとは…!?

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次の目的地フスベシティを目指すサトシ一行であったが、途中焼けつくほどの暑さに襲われて、みなバテバテになってしまった。どうやら火山地帯に入り込んでしまったらしい。早くここから抜け出そうと足早に進む一行であったが、道のど真ん中でグーグー寝ている「ようがんポケモン」のマグカルゴに遭遇。道をふさがれ、すっかり足止めを食った一行は、マグカルゴを無理矢理起こそうとするが、マグカルゴは突然怒り狂って大暴れしてしまった！得意な水ポケモンを持ち出しカスミが食い止めようとするが、機嫌の悪いマグカルゴ相手にやられっぱなし。その時、その様子を一部始終見ていた元気の良い少年・ヤケイシが、そんなカスミを笑い飛ばしてきた。それには当然黙ってはいられないカスミであったが…。

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突然、「ピカチュウちゃ～ん」とひとりの女の子がピカチュウに抱きついてきた！あっけにとられているサトシ一行に、横に“くらやみポケモン”のヤミカラスを連れているその子は、“ポケモン魔法使いのリリー”と名乗る。リリーが持つ魔法の秘伝書には、先祖代々伝わる魔法の使い方が書かれているという。彼女はその秘伝書の中でも、いまだかつて誰も成功していないとされる「ポケモンの気持ちがわかる魔法」をかけるのに必要な材料を探し集めていた。どうやらこの秘伝書には、ピカチュウの10万ボルトも必要だと書かれているようだ。この話に興味津々のサトシ一行は、その魔法を成功させるべく、リリーとともに残りの材料を探しに行くことにしたが…。

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フスベシティを目指し旅を続けるサトシたちであったが、近道しようとしたのがあだとなり、森の中ですっかり迷ってしまった。そんな彼らの目の前に現れたのは、強力な電気吸い取り器を持ち出してピカチュウをゲットしようとしてきたロケット団。ピカチュウの電気が全部吸い取られて大ピンチになるサトシたちだったが、そこへツバサという女性が助けに来てくれた。ボロボロのピカチュウを見てツバサが一行に告げたこと、それは「ピカチュウを回復させることはできるが、この先で見るものを決して誰にも話さないで」ということであった。きびしい顔つきで一行にかたく約束をちかわせるツバサ。緊迫した空気の中、禁断の地に足をふみ入れた一行がそこで目にしたものとは…!?

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フスベシティを目指し旅を続けるサトシたちは、とある小さな町にたどり着く。すると、突然トゲピーが道ぞいに建つ民家の庭へと入り込んでしまった。サトシたちも後を追って庭に入ると、一行の目の前にひょっこりと現れたのは２匹のププリン。続いてＣＤデッキ片手に家の中から飛び出してきたのは、チヒロという名の女の子であった。聞けばこの２匹のププリンは、テレビやコンサートにひっぱりだこの歌って踊れる双子のアイドルポケモンであったのだ。コンサートを目前にひかえて練習にはげむププリンたちのショーを見学させてもらうことにしたサトシたち。リズムに乗って息がぴったり合ったププリンたちの歌やダンスを見るや、一同「かわいー!!」と、もうメロメロの様子。そんな中、突然どこからともなく１匹のプリンが現れた。ちやほやされる双子のププリンに負けじと、ステージに立って歌い始めるプリンであったが…。

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最後のバッジ獲得のためにフスベシティを目指し旅を続けるサトシたちは、悟りの湖といわれている「ヤドンの湖」にたどり着いた。そこへ姿を現したのは、またまたロケット団。はりつめた空気の中、両者がいざ勝負！という時に、突然、黄色い旗をくわえた「まぬけポケモン」のヤドンがノソノソとやって来た。このヤドン、特に何をするわけでもなく、ただボーっとしているだけ。おかげでサトシたちはすっかり拍子抜けしてしまう。尼さんのミヤビによると、実はヤドンは、こう見えても「自分がいったい何者であるのか」というよな深いことを考えつづけているポケモンなのだという。サトシ一行も、ロケット団も、いざ自分が何者かと問われると、口ごもってしまう。そんな彼らを、ミヤビは「ヤドン寺」というさとりを開くためのお寺に案内する。そこでサトシたちは修行をすることになるが…。

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ポケモンセンターで休憩をとっていたサトシ一行。オーキド博士がパーソナリティーをつとめるラジオ番組を聞いていたところ、今度、番組の公開録音を開催するらしい。博士との久しぶりの再会を楽しみにしながら、当日、開催地に足を運んだ一行であったが、会場に入るや大変な事件が起こっていた!!なんとオーキド博士と名乗る人物が２人もいるのだ!?まちがいなく１人はニセモノのインチキ博士なのにもかかわらず、どちらも我こそが本物だと言いはって聞かない。そこで、博士ならばポケモンのことにくわしいはずだと、クイズ大会で勝った方を本物とすることになってしまった！とんだハプニングに会場は騒然。果たしてこの珍勝負、一体どうなるのか…!?

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道中、ちょっとひと休みをして月見をすることにしたサトシ一行。しかし、サトシだけはきれいなお月様もそっちのけで、食べるほうにすっかり夢中。ふと空を見上げれば、なんとも幸運なことに流れ星が降ってきた。あわてて願いごとをする一同であったが、すぐさまこの流れ星の異変に気づく。だんだん地上に近づいてくるのは流れ星ではなく、巨大な飛行物体だったのだ。「まさか、ＵＦＯ!?」とまるで夢のような光景に目を丸くする一行。おまけにこの謎の飛行物体の中から、サトシたちの近くに何かが落ちてきた！飛び出したゴマゾウが見事キャッチしたその物体の正体は「ほしがたポケモン」のピィであった!!ＵＦＯらしき物体から落ちてきたこのピィの正体、まさか…宇宙人!?

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次なる目的地・フスベシティを目指して旅を続けるサトシたちは、通りすがりに何やら人だかりを見かける。行ってみると、そこでではポケモンバトルがくり広げられていた。聞くところによると、ヤスジという強者が「おたまポケモン」のニョロボンで、何人もの相手を打ち負かし、全勝を果たしているというのだ。相手が水ポケモンだときたら、当然引き下がってはいられないカスミは、自分のニョロゾでヤスジにバトルを挑む。だが、さすが相手はニョロゾの進行形・ニョロボンだけあり、強さもケタ違い。カスミは、いとも簡単にバトルに敗れてしまう。ポケモンのレベルの差をまざまざと見せつけられてしまったカスミは、くやしがる反面、ニョロボンを尊敬のまなざしで見るのだが…。

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次なる目的地、フスベシティをめざして旅をするサトシたちは、道中出くわした女性から、「バトルパーク」の存在を教わる。どうやらそこは、ほとんどのポケモンがそろっており、対戦したいポケモンを自由に選んでバトルすることができる場所だというのだ。ポケモンバトル好きにはもってこいの話を聞いて胸が高なるサトシたちは、さっそくバトルパークへ向かう。そこでサトシたちを出むかえた謎のスタッフは、最強ポケモン陣とのスペシャルバトルコースをすすめてきた。最強と聞いてますます燃え上がるサトシ。はたして彼をむかえうつ相手とは!?

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旅のとちゅう、湖のほとりで昼寝をしていたサトシたち。目をさましたニョロトノが、タケシお手製のおむすびを見つけて食べようとした瞬間、手がすべっておむすびがコロコロころがっていってしまった。あわてて追いかけるニョロトノのもとへ、突然かけ寄ってきたのは、チアリーダー風の女性。その女性は、別のニョロトノとまちがえて、むりやりカスミのニョロトノをどこかへ連れ出してしまった。行き着いた先でそんなニョロトノを待ち受けていたのは、全国大会を目ざして日々練習にはげむポケモンチアリーダーたちだったが…。

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次の目的地、フスベシティをめざすサトシ一行は、旅の途中で「氷の洞窟」を発見する。近道と思われるこの洞窟の中を通りぬけることにした一行。しかし、洞窟内は氷でおおわれた坂道になっていたため、あやまってカスミが足をすべらせてしまう。それをきっかけに、サトシたちは全員。誰かがしかけた氷の落とし穴にはまってしまうのだった。それがロケット団のしわざだと知り、すぐさま追い払ったものの、全身ずぶぬれの彼らは、身をふるわせながらどこか暖まる場所を探し歩いていた。そこで見つけたのは、なんとポケモンセンターだった。一行は、中から現れたルージュラとジョーイさんに手あつく介抱してもらう。どうやらジョーイさんは、ここでこおりタイプのポケモンの研究をしているらしいのだが…。

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ついに目的地のフスベシティへたどり着いたサトシ一行は、湖の近くで眠っているドラゴンポケモンの「ミニリュウ」を発見する。ものめずらしそうに歩み寄る一行であったが、突然湖の中からギャラドスが出現し、彼らに向かって猛攻撃を加えてきた！そんな中、あばれるギャラドスを静めてくれたのは、イブキという女性。聞けば彼女は、大切なミニリュウをこのギャラドスに守ってもらっていたらしい。そこへ、イブキのもとにひとりの老人が何かを抱えてかけ込んできた。その老人は、サトシたちが目指すあのフスベジムにつかえる者だと名のるが…。

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８つめのバッジをゲットするために、最後の砦（とりで）・フスベジムの門をたたいたサトシたち。いよいよジムリーダー・イブキとのジム戦の幕がきって落とされた。イブキが初戦からキングドラを出してきたのに対し、サトシは早くもピカチュウで勝負する。白熱のバトルがくり広げられている最中、フスベジムの家宝「竜の牙」が大切に保管される宝物庫には、お宝に目がくらんだロケット団がもぐりこんでいた。それを聞きつけたサトシたちは、やむなくバトルを中断し、急いでかけつけるが、すでにロケット団は竜の牙をうばって逃げたあとだった。必死でロケット団を追跡する一行。果たして竜の牙のゆくえは!?

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ロケット団の手によってフスベジムに代々伝わる「竜の牙」がうばい去られてしまった。後を追うサトシたちの前に突然上空から飛来してきたのは、リザフィックバレーのジークと彼女の元で修行中のサトシのリザードンであった。心強い助っ人の出現で、ともにロケット団の後を追うサトシたち。一方、この地でドラゴンポケモンの守護神といわれるカイリュウを味方につけて逃亡中のロケット団は、味をしめて平和の象徴「祈りの炎」と呼ばれる金の器まで盗み出すしまつ。ところが、器から発せられる炎が、あたり一帯に燃え移って事態は大ごとに。そして突然、カイリュウが豹変(ひょうへん)しあばれ出してしまった！一体、カイリュウに起こった異変とは!?

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竜の牙の盗難騒動で、フスベジムのジムリーダー・イブキとのジム戦が一時中断となっていたサトシ。仕切り直しで再度イブキとサトシの熱戦の火ブタが切られた！前回のジム戦で自分の手持ちポケモンでは、形勢不利だと察したサトシは、ポケモンセンターでポケモンを入れ替えていた。イブキは前回同様、キングドラを出すが、サトシは戦略を変えてカビゴンで勝負に出た。キングドラの猛烈な破壊光線に圧倒されるものの、カビゴンも並はずれた体力を武器に一歩も引かない様子。最後のバッジゲットに執念を燃やすサトシだが、このバトル、果たして軍配はどちらに上がるのか!?
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ついに最後のバッジをゲットしたサトシたちは、いよいよジョウトリーグを目指して旅をしていた。その情報をかぎつけたロケット団は、一行からバッジを盗み出そうとたくらんでいた。たくみな変装で見事サトシらをだまし、バッジをうばうことに成功したロケット団。これで手柄がたつとよろこぶ彼らは、うばったバッジをソーナンスに手渡す。箱にバッジとフルーツをつめてルンルン気分のソーナンス。しかし、木陰で何やら気配を感じ、気を取られているすきに、あるばずの箱が一瞬にして消えていた!?わけもわかからずロケット団に責め立てられ、ぬれぎぬを着せられてしまったソーナンスは大、大、大ピンチ！

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シロガネ大会に出場するためワカバタウンを目指し旅を続けるサトシたちは、途中海ぞいでポケモンシンクロショーの見学ができるという会場に立ちよった。息がぴったり合った水ポケモンたちの華麗なショーに、一同はくぎづけ。おどろいたことに、これらのポケモンの指揮をとっていたのは、リュウジという少年であった。彼は水ポケモンをこよなく愛するリュウグウジムのジムリーダーだという。一行がリュウジに案内された先は、なんと海中にそびえ立つバトルフィールド。彼がカスミの姉たちがいるハナダジムにあこがれをいだいていると知ったカスミは、水ポケモンへの愛情をバトルでためすことにするが…。

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ワカバタウンを目指して旅を続けるサトシたちは、途中、ウツギ博士からある重大な任務を言いわたされる。それはポケモン海洋研究所に行って、ポケモンのタマゴを受け取ってくることであった。サトシたちが向かった先では、ナルミという女性が観測機器を操作し、海で何やら実験を行っていた。すると突然、海中からものすごいエネルギーが発生し、ラプラスの大群が次々に飛び出してきたのだ。その中にはなんと、かつてオレンジ諸島で別れを告げたサトシのラプラスが！ナルミによれば、ラプラスには海中で感知できるといういまだ解析不能の旅のメカニズムがそなわっているのだとか。どうやらラプラスから発せられる声に何か秘密がかくされているらしかったが…。

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ウツギ博士から使命を受けたサトシたちは、海洋研究所のナルミからポケモンのタマゴをあずかった。シロガネ山の禁猟区からぬすみ出されたというタマゴをお腹にかかえ、しんちょうに運ぶサトシ。すると突然タマゴが割れて、何かが生まれ出した！「伝説のポケモンの誕生か!?」と息を飲む一行。中から現れたのは、ふるえているヨーギラスだった。様子がおかしいヨーギラスを、すぐさまポケモンセンターに連れて行くサトシたちだったが、治る気配もなく、ヨーギラスの体温は下がる一方。命の危険を感じ、一行はあらゆる手段で必死に看病にあたるが、ヨーギラスは何かにうなされている様子。その晩、ヨーギラスをだいたままうたた寝していたサトシは、ある奇妙な夢を見るのだった…。

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ポケモンのタマゴから生まれたヨーギラスを故郷に返すため、シロガネ山を目指していたサトシたちは、山の中でとある温泉を見つける。そこで一行は、伝説のポケモン・エンテイのゲットを夢見て旅を続けていた少年・ナオヤと出くわす。この温泉はポケモンたちをいやし、ポケモン同士のいがみ合いをなくす効能があると聞き、さっそく一行はいまだみんなにとけこめずにいるヨーギラスを温泉に入れてあげることに。どうやら岩タイプのヨーギラスは、温泉よりも砂風呂の方がお気に入りの様子。そんな中、またもや彼らのジャマをしに現れたのはロケット団！サトシたちはおびえるヨーギラスを必死で守ろうとするのだが!?

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旅のとちゅう、足をふみ外し山をすべり落ちてしまったサトシたち。目の前に広がっていたのは、ひからびた湖とバテバテのようすで寝そべっているヤドンたちの姿だった。奇妙に思いながらも湖の中で発見した「おうじゃのしるし」にかけよろうとしたその瞬間、物すごいいきおいであらわれた男性にはばまれてしまった。その男性の娘だというアリスから事情を聞くと、この湖はある日突然水位が下がり「おうじゃのしるし」と壁画がうき出てきたというのだ。壁画が語るのは「おうじゃのしるしをかぶってヤドキングに進化したものが、みんなの危機をすくい楽園にみちびく」といういだいな伝説。彼女ら親子は、この地で研究を続けるものの、この伝説のラストについてはいまだに解読できていないというのだ。

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ウツギ博士からあずかったヨーギラスを故郷に返すためにシロガネタウンをめざし旅をするサトシたちは、その道中、でんきポケモンのエレキッドにめぐりあう。ヨーギラスのポケモンフーズを横どりしようと近づいてきたエレキッドであったが、ヨーギラスもろともロケット団に網で捕らえられて逃げられてしまった！ゆくえもわからぬまま必死で探す一行であったが、そこへぐうぜん出くわしたのはナナコ。彼女はあこがれのエレキッドをゲットするため、日々あちこちをさがし回っていたらしい。大事なエレキッドをロケット団にうばい去られ、怒り爆発のナナコは、サトシたちとともにエレキッドとヨーギラスの救出大作戦に乗り出したのだった。

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シロガネ山を目ざし旅をつづけていたサトシ一行のもとに、とつじょセンイチという少年がバトルをいどんできた。彼は、ひのこポケモンのブビィで勝負をしてきた。それに対しサトシは、ヒノアラシで真っ向勝負。しかしブビィのすばやい攻撃に、ヒノアラシは完敗してしまう。サトシがブビィの強さの秘けつを聞くと、センイチはシロガネ大会を目ざし日々トレーニングにはげんでいるという。その日、通りすがりにヒノアラシの進化形のマグマラシを見かけたサトシは、その強さに見ほれて、自分のヒノアラシもパワーアップさせようと特訓計画をくわだてる。シロガネ大会に向けてサトシを始め、ポケモンたちもやる気満々でトレーニングを開始。しかし、またもや彼らをねらうロケット団がその様子をうかがっていた…。

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シロガネ山に向かうとちゅう、なにやら気配を感じとったヨーギラス。突然、カスミの顔面に直撃してきたのは、なんと謎の多いシンボルポケモンのアンノーン！しかし、そのアンノーンはすっかり弱っていた。ぶつかった拍子にアンノーンの気持ちが伝わってきたと主張するカスミ。半信半疑の一行であったが、カスミによれば、このアンノーンは具合が悪くて仲間とはぐれてしまったというのだ。アンノーンのすみかは異次元だといわれているにもかかわらず、かならずアンノーンを仲間たちの元へ返すと言い切ってしまったサトシ。果たして約束どおりアンノーンの仲間の居場所を突き止めることができるのであろうか!?

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ウツギ博士からあずかったヨーグラスを故郷に返すために、シロガネ山にやって来たサトシ一行。よろこぶヨーギラスの目の前にあらわれたのは、お腹に大きな傷を持つバンギラスであった。どうやらヨーギラスの母親らしい。サトシらがヨーギラスのタマゴを盗んだのだと誤解したバンギラスは、怒りのあまり一行に攻撃してきた。しかし、そこへあやしい３人組が出現し、バンギラスを特殊装置で捕獲してしまった。ヨーギラスのタマゴはこの密猟団に持ち出されていたらしい。必死で立ち向かうサトシであったが、なんと彼もまた密猟団に捕らえられてしまう。そんな中、タケシはその場をぬけ出し、助けを求めにとある場所へと向かっていたのだった…。

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次なる目的地・シロガネタウンへ向かうとちゅう、ホウオウ院に立ちよったサトシ一行。そこには人が集まっていて、ジョウトリーグシロガネ大会の聖火がともるのを待ちわびていた。昔この地はあらそいがたえず、人もポケモンも傷つき、土地もあれはてた。そこへ伝説のポケモンホウオウが出現し、あたり一帯を焼きはらってあらそいをしずめた。その時燃えのこった炎を「聖なる炎」と呼び、代々保存して守っているという。しかしその聖火は、一向につきそうもない。係員に理由をたずねると、最近になってこのあたりに野生のニューラが住みつき、聖なる炎に近よる者におそいかかってくるのだという。サトシたちは名のりをあげ、聖なる炎から聖火の種火をとってくることを約束するのであったが…。

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ようやくシロガネタウンにたどり着いたサトシたち。ポケモンセンターでジョウトリーグシロガネ大会出場の手つづきを終えたところへ出くわしたのは、サトシのライバル・シゲルであった。ひさしぶりの再会だというのに、優勝あらそいの話題になるや、両者火花をちらす。ますます闘志を燃やすサトシは、ポケモンバトルの選考会が行われるバトルフィールドへ。予選リーグの出場権はこの選考会の結果が大きく左右するため気がぬけない。最初のバトルでサトシはピカチュウで勝負、敵のサブロウはオオタチで攻める。しかし、オオタチの頭脳作戦にピカチュウはタジタジ。選考会とはいえ、シロガネ大会出場を目ざすトレーナーはかなりレベルが高い！はたしてサトシはピンチを切りぬけ、予選リーグに勝ち進むことができるのであろうか？

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シロガネ大会予選リーグ出場権をみごと獲得したサトシ。早くも次の予選リーグ表が発表されていた。予選リーグは一組３人の総当たり戦で、一番勝ち点が多いものが決勝トーナメントに出場できる。対戦相手の一人、モエという女の子とあいさつをかわしたサトシは、その晩、明日のバトルにそなえて戦略をねることに。パソコンでモエのデータ研究をすると、どうやら炎タイプのポケモンを得意とするらしく、サトシは水ポケモンのワニノコとキングラーをエントリーすることにする。ところが当日、キングラーがウォーミングアップ中にケガをしてしまった。他の手持ちの水ポケモンもなくこまりはてるサトシの前に、なんとゼニガメ消防団として活躍しているはずのサトシのゼニガメが突然現れ…。

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ジョウトリーグシロガネ大会の予選リーグの初戦で、みごと対戦相手モエを打ちやぶったサトシ。次なる相手は、ワカバタウンのジュンイチである。しかし、バトルを目前にひかえているというのに、サトシのフシギダネとジュンイチのメガニウムが、ちょっとしたことで大ゲンカに！そこへ現れたハヅキのおかげで、なんとかケンカは丸くおさまり、サトシは出場停止にならずにすむのだった。いよいよサトシとジュンイチのバトル本番！ジュンイチは初戦でモエに敗退しているため、もう負けることはできない。一方、サトシはジュンイチに勝てば予選リーグを通過、負ければみな同点でふり出しにもどってしまう。ジュンイチが水ポケモンのマリルリを出し、サトシは電気ポケモンのピカチュウで立ち向かう！はたして両者決勝トーナメント出場をかけたはげしいバトルの結果は!?

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ジョウトリーグ・シロガネ大会予選をみごと勝ちぬき、順調に決勝トーナメントにコマを進めたサトシ。しかし、決勝トーナメント１回戦の相手は、なんとライバルのシゲルだった！決着がつかなかった過去の勝負をふり返り、あらためて闘志を燃やす２人。オーキド博士やサトシのママも応援にかけつけ、さらにサトシのもとにはリザフィックバレーで修行中のリザードンも飛んできてくれた。みんなの気持ちが高まる中、２人の運命のバトルが今はじまる！

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ついに始まったサトシとシゲルのバトル。サトシのポケモンたちは善戦するものの、シゲルのポケモンたちの圧倒的パワーに次々とたおされていく。ついに手持ちのポケモンが残り１体までおいつめられてしまい、サトシは絶体絶命に!!最後のポケモンはサトシが強い信頼をよせるリザードン。しかしシゲルはそれをお見とおしといった様子で…。そしてライバル対決がついに決着する!!

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シロガネ大会決勝トーナメント１回戦で、ライバルのシゲルをたおしたサトシ。次の２回戦は、ホウエン地方出身のハヅキとの対決である。クセのあるポケモンで攻めてくるハヅキと、相変わらず予想外な作戦で応戦するサトシは、一進一退のすばらしいバトルをくり広げる。そして接戦の末、サトシはハヅキを追いこむが、ハヅキの最後１体のポケモンは、サトシにとってはまだ謎の多いホウエン地方のポケモン・バシャーモだった…！

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シロガネ大会決勝トーナメント、サトシとハヅキのバトルもいよいよ終わりに近づいていた。両者のこり１体となり、ハヅキのバシャーモとサトシのリザードンという炎タイプ同士の一騎打ちとなった。おたがい一歩もゆずらない、文字どおり死力をつくす激しいバトル！　この熱いバトルの軍配は一体どちらに上がるのか…!?　そして試合終了後、シゲルがサトシにある決心を語り出し…。

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ジョウトリーグ・シロガネ大会も幕を閉じ、一行はサトシのふるさと・マサラタウンを目ざしていた。途中、カスミは姉たちのわがままで、ルスになるというハナダジムに帰らざるをえなくなってしまう。長旅の苦楽を共にした３人に、とうとうわかれの時がおとずれる。さびしさにとまどうカスミは、サトシの無神経な言葉につい腹を立ててしまう。そして、タケシもシゲルもそれぞれの事情で旅立っていくのを見送りながら、サトシは１人取り残されたような不安を感じ…。

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まだ見ぬ希望の地、ホウエン地方を目ざし、マサラタウンを旅立ったサトシ。初心に返り、パートナーのポケモンはピカチュウのみ。だがそこにロケット団が立ちはだかる！　いつものように手持ちのポケモンでむかえうとうとするサトシだが、今の仲間はピカチュウだけ。そのため、上手く立ち回れずに、サトシたちははなればなれになってしまう…!!どさくさでロケット団のニャースといっしょになってしまったピカチュウは、ひょんなことからポケモン同士のあらそいにまきこまれていた。サトシならきっとこうすると、すすんであらそいを止めに立ち向かうピカチュウ。一方のサトシは、一番大切なパートナー・ピカチュウを必死にさがしていた…。誰よりも強いきずなでむすばれているサトシとピカチュウは、はたして、ぶじ再会できるのか!?　それともこのまま二度と会えないのか!?

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