ポケットモンスター アドバンスジェネレーション（ポケモンアニメ第2シリーズ）

まだ見ぬ土地、ホウエン地方へと旅を進めたサトシとピカチュウ。そこには未知なるポケモン、まだ知らぬライバル達とのバトルがあった。そんなホウエン地方で出会ったのが、ジムリーダーを父に持つハルカとマサトの姉弟。さらには、かつてから旅をともにしてきたタケシも合流。ハルカはポケモンコーディネーターを目指すようになり、夢と希望の旅が始まったのであった。

サトシはホウエンリーグ・サイユウ大会に挑戦。見事な戦いを見せ、ジョウトリーグにつづくベスト８を勝ち取った。いっぽうハルカも、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバルに挑戦。ライバル・シュウに敗れるも、新たに、トップコーディネーターという夢を発見する。

そして一行の旅の舞台は、一転カントー地方へ。サトシは謎の男・エニシダに勧められ、バトルフロンティア制覇を目指すことに。ハルカもまた、カントー地方で開催されるポケモンコンテストへの出場を目指す。

それぞれが出会うのは、新たなライバルやフロンティアブレーンとの激しいバトル。バトル＆ゲットを繰り返し、進化したポケモン世界を勝ち抜くことができるのであろうか。サトシのピカチュウをゲットしようと、追いかけるロケット団も交え、彼らの旅はまだまだつづく・・・。

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ポケモンマスターをめざし、まだ見ぬ地、ホウエン地方へ旅立ったサトシとピカチュウ。だが、ピカチュウが高熱を出してしまい、サトシはホウエン地方で有名なポケモン博士、オダマキのもとへ向かう。だがその治療中、われをうしなったピカチュウは外へ逃げ出してしまった。サトシとオダマキ博士もすぐにその後を追う。一方、ホウエン地方に住むハルカも、ポケモントレーナーとして旅立つため、ポケモンをもらいにオダマキ博士のもとへやって来ていた。だが、研究所に博士がいないと知り、すぐさま博士の後を追いかけていく。はたして逃げ出したピカチュウはぶじなのか?!　そして新たな土地でのいきなりのピンチを、サトシはどう切りぬけるのか!?

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ホウエン地方での新たな冒険の旅をはじめたサトシとピカチュウ。ひょんなことからいっしょに行動することになった新人ポケモントレーナーのハルカと、ホウエンリーグへの参加登録のため、ポケモンセンターのあるコトキタウンをめざしていた。しかし、まだポケモンのあつかいになれないハルカとの道中はドタバタの連続。それでも、なんとかポケモンセンターにたどり着いた一行は、このセンター内でコトキ遺跡を調査しているというウメヅ博士から、古代ポケモンの謎について話を聞くことになる。博士は、その謎を最近といたという。その夜、ウメヅ博士とサトシたちは、突然あらわれた複数の男たちにさらわれてしまう。謎の男たちの目的は一体なんなのか!?　そしてコトキ遺跡には何がかくされているのか!?

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ホウエンリーグへの参加登録をすませたサトシたちは、ホウエン地区最初のジム戦にのぞむため、自信満々でトウカシティへ向かっていた。しかしハルカは、トウカシティに着くとすぐにジムをさけるように街中に消えていったため、サトシは一人でトウカジムの門をたたいた。中から出てきたのは、ポケモントレーナーにあこがれる小さな男の子。その男の子は、サトシを見るとすぐに先のジョウトリーグでのサトシ戦の批判をしはじめた。ムッとするサトシは、ジムリーダーを出してくれと言うが、男の子は自分がジムリーダーだと言い出し…。

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ハルカにくわえ、その弟マサトともいっしょに旅をすることになったサトシ。良くも悪くもにぎやかになった一行は、一番近いポケモンジムのあるカナズミシティをめざす。森の中で「つばめポケモン」のスバメに出会ったサトシたちは、なわばり荒らしと思われ、スバメの群れにおそわれてしまう。スバメたちは、持ち前の負けん気でピカチュウの10万ボルトもなんのその。そしてサトシたちは、スバメ軍団にとりかこまれてしまい絶体絶命のピンチに。そこに飛びこんできて一行をすくったのは、なんとトキワシティで別れたタケシだった!!　ピンチをきりぬけたサトシたちは、再会をよろこびあい、ハルカとマサトもタケシとすぐに打ちとける。しかしその頃、スバメの強いガッツに目をつけたロケット団が、スバメを利用したピカチュウゲット作戦をたくらんでいて…。

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カナズミシティを目ざし旅をつづけるサトシたちは、森で異様に大きな「まめだぬきポケモン」のジグザグマと出会う。しかしそれは、ポケモンの着ぐるみを着てポケモンの気持ちを理解するという一風変わった少年、キヨの変そうした姿だった。トウカジムへジム戦をいどみに行くとちゅうの彼は、ちょうどいい機会と、トウカジムの娘であるハルカにポケモンバトルを申しこむ。ハルカは受けてたつが、トレーナー初心者のため、なれないバトルにあっさり負けてしまう。トウカジムも楽勝だと言いのこし、得意になってジグザグマのゲットに向かうキヨ。くやしいが、ハルカは文句を言うことしかできない。しかし弟・マサトは、ハルカのみならずジムリーダーの父親をバカにしたキヨにしかえししようと、ひとり別行動を取りはじめてしまい…。

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カナズミシティに向かう森の中を行くサトシ一行。この辺では最近、非道なポケモン密猟者が出没しているらしい。密猟者が使った捕獲ネットの一部を見つけたことから、犯人逮捕の手助けをすることになるサトシたち。その頃、いつものようにピカチュウゲットのため落とし穴を掘ろうとしていたロケット団は、偶然、密猟者のつかまえた大量の「どくタイプポケモン」アーボとドガースを発見する。みずからの相棒アーボックとマタドガスも、もともとはアーボとドガースを育てて進化させたもの。２体に思い入れのあるロケット団は、彼らを助けて自分たちがいただいてしまおうとたくらむ。だが、あっさりと密猟者・リョウに見つかり、逆に彼らのアーボックとマタドガスまでねらわれるはめに。てごわいポケモンを使いこなすリョウに、ロケット団はまったく歯が立たなくて…。

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旅のとちゅう、森の中で以前から気になっていた「もりトカゲポケモン」のキモリに出会ったサトシは、ゲットしようと大いにはりきるが、気持ちが先ばしって斜面を転がり落ちてしまう。サトシの転がりついた先には神秘的な巨大樹が。そして、その存在感に引きよせられるように近づいたサトシに、一匹のキモリがおそいかかってきた。サトシはピカチュウで応戦するものの、キモリのすばやさに押され気味。しかし、数匹のキモリたちがわりこんできたため、わけのわからぬまま戦いは休戦してしまう。どうやらこのキモリたちは、巨大樹のもとで一匹で住みつづけるキモリを連れに来たらしい。意地でもここをはなれることを拒否するキモリに、ほかのキモリたちはこまりはててしまうが、サトシはひたむきに巨大樹のめんどうを見るキモリを応援しはじめる。そんな時、キモリの大量ゲットをたくらんだロケット団があらわれ…。

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森の公園でランチをとるサトシたち一行。旅でもっとも楽しい時間のひとつだ。そんな楽しい時間をすごす一行の食料を、しげみの中から「どくへびポケモン」のハブネークがねらっていた。ハルカのポケモン・アチャモはもてあそばれ、食料をとられてしまうが、サトシのキモリがあざややかにとりかえす！　しかし、おこったハブネークの反撃により、キモリは右腕に深手を負ってしまう。急きょポケモンセンターで治療を受けることになったキモリは、ハブネークにおくれをとった自分をゆるせない。そして、ハブネークと決着をつけるため、ポケモンセンターをぬけ出していく…。ロケット団がハブネークのゲットをねらう中、キモリの意地をかけた第２ラウンドが始まる!!

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カナズミシティへの道中、長かった森をぬけ、ひさしぶりに街へたどりついたサトシたちは、それぞれ都会を満きつしようと２組に分かれて別行動をとることにした。とりあえず腹ごしらえしようとしたサトシとマサトは、路地でおびえている「きのこポケモン」キノココを発見する。最初はサトシたちを警戒するキノココだが、やさしくなだめる２人に心を開いてくれる。森に生息するはずの野生のキノココが街にいるのを不思議に思ったサトシは、とりあえずポケモンセンターへ連れて行こうとするが、その途中、古びた館の前を通りかかると、突然キノココは屋敷内へとかけ出して行く。サトシたちはあわててそれを追うが…。その頃､ショッピングに向かっていたハルカとタケシは、この街にあるというのろわれた屋敷のウワサを耳にしていたが…。

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旅のとちゅう、サトシたちは「世界最強のポケモンがいる」とうたう非公式のポケモンジムを見つける。一行は「世界最強」という言葉をうたがいながらもきょうみがあるようす。サトシたちがジムの門をたたくと、中からは少年アントニーと「みずどりポケモン」のペリッパーが出てきた。サトシはさっそくバトルを開始するが、「みずタイプ」のペリッパーの口からは「くさタイプ」のワザ、さらに「ほのおタイプ」のワザまでもが飛び出してきた!!　常識ではありえないワザのバリエーションに、キモリ、スバメがつぎつぎとたおされる。ピカチュウがなんとか引き分けに持ちこむが、大ダメージを負い、サトシは３匹をポケモンセンターで治療してもらうことになってしまう。そのころ、ペリッパーが最強のポケモンだと聞いたロケット団は、ペリッパーをぬすもうとしたとき、偶然にも変幻自在なワザの秘密をあばいてしまう！　ここぞとばかりにひともうけをたくらむロケット団だが…。はたして世界最強ポケモンの秘密とは一体なんなのか!?

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旅のとちゅう､サトシたち一行は、まよいこんだポケモン保護区で、カクリという女性と「かみつきポケモン」のグラエナたちに出会う。彼女らはこの保護区を密猟者からまもっているポケモン保護官なのだという。強そうなグラエナと、保護官とドクターの資格を持つカクリをあこがれのまなざしで見る一行。しかしグラエナたちにまじって、１匹だけグラエナの進化前であるポチエナの姿が…。どうやら、ほかのグラエナと同じ時期に生まれたのだが、なぜかこのポチエナだけ進化がおくれているらしい。ポケモンの進化を見たことのないマサトは、どうしてもポチエナの進化を見たいと言いはじめた。しかたなく、一行はしばらくここにとどまることにするが…。

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旅のとちゅう､サトシたちはひと休みしていた湖で「うきくさポケモン」のハスボーたちと、フラワーショップの三姉妹ノリコ、レイコ、ナオコと知り合う。彼女たちの店におじゃますることになった一行は､おいしい木の実の料理をいただきながら、ポケモンにさまざまな効果があるという木の実の話でもりあがる。三姉妹の末っ子・ナオコは、どうやらタケシのことを気に入ってしまったようす。木の実の中でもめずらしい「オボンの実」をタケシが見てみたいと言ったことから、ナオコはひとりで森へさがしに出かけてしまった！　森は暗く、夜になれば迷子になる可能性も高い。サトシたちは急いでナオコをさがしに出かけるが…。

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ホウエン地方最初のジム戦にのぞむためカナズミシティをめざすサトシたちは、カナズミシティまでほど近い場所にある他目的施設「カナズミホール」で、ポケモンコンテストの開催を聞きつける。これは、強さで勝負するポケモンバトルとはちがい、ワザのあざやかさや、ポケモンのそだちぐあいで勝敗を決めるポケモンコンテスト。きょうみを持った一行は参加をもうしこむが、残念ながらエントリーは終了していた。しかし、知り合った出場者メグミとエイジの好意で、アシスタントとして出場させてもらうことに。さらに今回は、その昔コンテスト参加経験のあるようすのロケット団のムサシも出場する!?コンテストになみなみならぬ関心をよせるハルカがドキドキしている中､バトルとはひと味もふた味もちがう華麗なポケモンコンテストが今､始まる!!

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元気よくと深い森の中を行くサトシたち。この森をぬければ、最初の目的地カナズミシティだ。そこにひょっこりあらわれた１匹の「いもむしポケモン」ケムッソ。先のポケモンコンテストで見た「ちょうちょポケモン」アゲハントの美しさに心うばわれているハルカは、すかさずアゲハントの進化前のすがたであるケムッソゲットへのり出す。大切にそだてて、アゲハントに進化させたいのだ。にげたケムッソを追い、ハルカはサトシたちをのこしてひとり森の奥へ…。一方､コンテストではさんざんな結果だったロケット団も、アゲハントへの進化を期待してケムッソをねらっていた。ケムッソをさがす２組は、森の中でばったり出くわす。華麗なアゲハントを夢見ているハルカとロケット団のケムッソそうだつ戦が始まる！　はたして、ハルカははじめてのポケモンゲットとなるのか!?　ケムッソをゲットするのはいったいどちらなのか!?

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ホウエン地方最初のジム戦にのぞむため、とうとうカナズミシティまでやって来たサトシたち一行。さっそくカナズミジムのジムリーダー兼ポケモントレーナーズスクールの先生のツツジと知り合えたサトシたちだが、ジム戦の前に、ポケモンについてさまざまなことを学ぶトレーナーズスクールを見学させてもらうことに。ポケモン入門クラスからコンテストクラス、ドクタークラスと、はば広いスクールの内容に、一同わくわくする。中でもマサトは、ポケモンをまだ持てない子供用の入門クラスに、キラキラと目をかがやかす。それを見た校長の好意により、なんとマサトはこのクラスを一日体験できることに！ポケモンがこわくてさわれない子や、ポケモンにきょうみのない子、マサトにライバル心を燃やす子たちとつくえをならべ、マサトのトレーナーズスクール一日体験がはじまった！

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カナズミシティについたサトシたちは、ついにホウエン地方最初のジム戦にいどむ日をむかえた。以前から、バトルよりもワザのあざやかさなどをきそうポケモンコンテストにきょう味のあったハルカは、コンテストを目ざすことを決心し、ジム戦を辞退。今回はサトシひとりの挑戦だ。防御力の高い岩タイプのポケモンをつかうジムリーダー、ツツジに対抗するため、岩タイプに効果抜群のワザ「アイアンテール」を特訓してきたサトシとピカチュウ。だが、完ぺきに使いこなせないピカチュウは、苦戦することに…。ツツジと岩ポケモン「ノズパス」の強れつな攻撃がふりそそぐ中、新たなワザ「アイアンテール」をくり出すことはできるのか?!

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カナズミジムでジム戦に勝利し、心は早くもつぎのムロジムにむかっているサトシとその一行。しかし、ムロジムのあるムロ島への連絡船まちで、一行はしばしカナズミシティで自由行動をとることに。街でマサトは、アパレルから食品までなんでも作る夢のような会社、デボンコーポレーション社長のツワブキと知り合う。子供が大好きなツワブキに気に入られ、デボンコーポレーション本社を見学させてもらうことになったマサトは、つぎつぎに出てくる発明品に大こうふん！　そんな中、２人は社員に変そうしている男を見つけ、あやしいと思い尾行をはじめる。そのころ、研究所では設計図がぬすまれ大さわぎになっていた。はたして設計図はその男がぬすんだのか?!　その男の正体とは?!

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ひと月に数本しか出ないムロ島（じま）行きの連絡船にのろうとしていたサトシたち一行は、ハルカのかんちがいでひと便のりすごしてしまう。せきにんを感じムロ行きの船をさがしていたハルカだったが、もと船のりのハギという老人と知り合い、なかよくなる。ハギはムロまで船を出してくれるという。しかし、サトシたちをつれてふたたびおとずれたハルカを待っていたのは、さっきとはうって変わりつめたくおっぱらおうとするハギだった。キツネにつままれたような一行のもとに、ジュンサーさんから気になる情報が。どうやらこの近くで、デボンコーポレーションにしのびこんだアクア団が仲間と合流するらしい。海で仲間と合流するであろうアクア団と、船を持つハギ老人の変化にはなにか関係があると考えた一行は、いそいでハギ老人のもとへともどる！はたしてハギ老人とアクア団はどんな関係があるのか?!　そしてサトシたちはアクア団をつかまえることができるのか?!

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次のジム戦にのぞむため、サトシたちはハギ老人の船でムロジムのあるムロ島（じま）へむけて船を走らせていた。しかし、気持ちのよい船旅にすっかりくつろいでしまった一行は、しばしバカンスを楽しもうと、ハギ老人の秘密の無人島に立ちよることに。なかよく水遊びをしていたところ、とつぜんおそいかかってきたのは、「きょうぼうポケモン」サメハダー！　あぶないところを海岸までのがれた一行だが、島は完全にサメハダーのむれにかこまれていた。どうやらここは彼らのテリトリーらしい。サトシたちのポケモン数体ではまったく勝ちめがない。タケシはいちばん大きい１匹のボスサメハダーをねらうことを提案するが…。

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早くもホウエン地方２つめのジムバッジをゲットすべく、ムロジムにやってきたサトシたち。ところが、ムロのジムリーダートウキは、サトシのジム戦のもうしいれをことわって、サーフィンに出かけてしまった。ジム戦にもえていたサトシははらを立て、しつこくおいすがり、やっとのことでジム戦をうけてもらう。トウキを波のり好きのおちゃらけたヤツと決めつけているサトシは、自信まんまんで勝負をしかける！しかし、力でおすサトシ攻撃を、トウキのポケモンはサーフィンじこみの身のこなしでことごとくよけていく。いらだってまわりの見えないサトシは、それでも力ずくでせめるが…。

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ムロでのジム戦で、ジムリーダーのトウキにやぶれたサトシは、自分の実力はまだまだだと思い、ムロ島でしばらくしゅぎょうをつむことに決めた。しかしその時、サトシたちのポケモンをうばおうとロケット団があらわれた！　なんとかロケット団をおっぱらうサトシたちだったが、気がつくとハルカのケムッソとロケット団のケムッソが入れかわっていた！ケムッソは自分ではじめてゲットしたポケモンだという思い入れがあるハルカは、自分のケムッソがひきょうなロケット団といっしょにいると思うと不安でたまらない。こぼれそうななみだをこらえ、ロケット団をさがしに走るハルカだったが…。

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ムロジム再戦にむけて修業をするため、うでのいいトレーナーというウワサのダイゴをさがして「石のどうくつ」にやってきたサトシたちは、どうくつの中で待ちかまえていたロケット団の落としあなにまんまとはまってしまう。だがその時、落としあなのまわりの地面がかんぼつしてしまった。一行は、ロケット団もろともどうくつの奥底へところがり落ちてしまう。気がつくと、マサトのまわりにはピカチュウとニャースしかいない。どうやらみんなバラバラな場所に落っこちたようだ。マサトたちがだっしゅつしようと動き出したころ、サトシ・タケシ・コジロウ組とハルカ・ムサシ組も出口をさがして動きはじめていた。「てつよろいポケモン」ココドラが住みつくこの危険などうくつで、ケンカのたえない３組はぶじ合流して、だっしゅつできるのか!?　そしてサトシはダイゴに会えるのか!?

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サトシたち一行は、ムロ島の海辺にテントをはり、ポケモン修業をつづけていた。そんななか、とつぜん砂の中を走るなぞの生き物が、サトシたちをおそった。つかまえようとするサトシたちだったが、その生き物はすごいパワーの持ち主で、おさえることすらできない。そして生き物は、テントをあらしまくってどこかへ消えてしまった。あっけにとられながらもきょうみをもったサトシたちは、ふたたびやって来るであろうなぞの生き物の正体をあばくことにする。ジッと相手を待つサトシたち…。するとその夜、謎の生き物はやっぱりあらわれた!!

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気はいいが少々あらっぽい「ごろつきポケモン」ヘイガニを新たな仲間にくわえ、サトシたちはムロ島での修業をつづけていた。そこへあらわれたロケット団とのバトルの中で、ヘイガニは急に高熱を出したおれてしまう。モンスターボールにもどしたいところだが、ボールははなれたキャンプテントにおいたまま。サトシはポケモンセンターまで行ってちりょうしてもらおうと、ヘイガニをかついで走り出した！　だが、ポケモンセンターへは橋のない川をわたって行くしかない。さらに、この川には「どうもうポケモン」キバニアがたくさん住んでいて…。

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ムロジムのジムリーダー・トウキに勝つため修業をつづけているサトシたちは、自分をきたえることとめずらしいポケモンをさがすことをねらい、名もなき川をたどるぼうけんに出た。一行は小さな沼で「ぬまうおポケモン」のミズゴロウと、沼の主「沼じい」と知り合う。なんでもここは初心者用にミズゴロウのタマゴをかえし、そだてている場所なのだとか。ブリーダーに通じるものがあるとタケシがきょうみをしめしていたところ、ミズゴロウをまとめてうばおうとロケット団があらわれた！　水量をコントロールしていたそうちがこわされたため、ミズゴロウたちは沼にながれこんだ大量の水におしながされそうになってしまった!!　はたしてサトシたちはこのピンチにどう立ちむかうのか!?　そしてミズゴロウたちをまもることができるのだろうか!?

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とあるどうくつで修業をつづけていたサトシたちは、そこでねていた「おおごえポケモン」ドゴームをうっかりおこらせてしまう。あばれ出したドゴームからにげようとしているうち、サトシたちはなんと、ピカチュウたちとはぐれてしまうのだった。そのころ、なんとか外にぬけだしたピカチュウたちポケモン一行は、サトシたちをさがそうとしていた。ポケモンたちは、ケンカをしながらも、ちょっとした遠足気分で森を行く。しかし、とつぜんあたりにふしぎな草ぶえがひびきわたると、ピカチュウたちはさいみんじゅつにかかったようにおなじ場所をぐるぐるとまわりはじめてしまった！　いったいポケモンたちになにが起きたのか!?　そして草ぶえをふく者の正体は？

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ムロジムとっぱをめざし、修業をつづけるサトシたちは、とあるどうくつでカズキという少年の秘密基地（ひみつきち）を発見する。しかし、かってに中に入ったサトシたちを見つけたカズキは、おこってすぐにおい出してしまう。そんなやりとりを見ていたロケット団は、カズキの秘密基地をのっとろうとするが、とつぜんあらわれたナゾのぐんだん「マグマ団」が基地をごういんにせんりょうしてしまった！　しかし、マグマ団は秘密基地には目もくれず、基地の中にあなをほりはじめると、どうくつのおくのほうへとおりていくのだった。マグマ団のようすを見て、お宝があるのだと思ったロケット団は、そのあとをおう。カズキに話を聞いたサトシたちも、秘密基地をとりもどそうと、どうくつへひきかえすが…。

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今日もムロ島でしゅぎょうにはげむサトシたち。そこへ、一行のポケモンをうばおうとロケット団がおそいかかってきた！　そのバトルのさいちゅう、なんとハルカの「さなぎポケモン」カラサリスは、「ちょうちょポケモン」アゲハントへと進化した!!この進化を大よろこびするハルカだったが、おもしろくないのはロケット団のムサシ。とてもかわいがっている、おなじ「さなぎポケモン」のマユルドには進化のけはいがさっぱりないのだ。サトシたちにやぶれたあと、ライバルいしきをもやしてマユルドのとっくんをはじめるムサシだが、マユルドが強すぎて、ほかのロケット団の持ちポケモンではとっくん相手にならない。大切なマユルドの進化のため、ムサシは強いポケモンとの対戦をもとめてふたたびサトシたちへいどむが…。

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今日もムロ島でしゅぎょうをつづけるサトシたちは、あばれんぼうでトラブルメーカーであるヘイガニのふるまいにすこしこまっていた。ヘイガニにチームワークを大切にしてもらいたいと思ったサトシは、心をきたえさせるために、今はもうつかわれていない金鉱（きんこう）でのきもだめしをすることにする。ヘイガニをこわい目にあわせて、おとなしくさせようというのだ。オバケ役のハルカとマサトがまちかまえる金鉱の中に、何も知らないヘイガニは足をふみ入れていく…。一方、お宝をさがして同じ金鉱にもぐりこんでいたロケット団は、ぶきみに光る目をもつ何者かにおそわれてしまう!!　はたしてそれは本物のオバケなのか!?　そしてハルカやヘイガニたちの運命は…!?

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ムロジムのジムリーダー・トウキとふたたびたたかうため、しゅぎょうをつづけるサトシたちに、なんとトウキの一番弟子と名のるバトルガールのシノブが勝負をいどんできた！　一番弟子というわりには、かつてのサトシのように力まかせにこうげきしてくるシノブを、しゅぎょうできたえられたサトシは落ちついて受けながしていく。しかし、トウキがわりこんできたためバトルは中止に。トウキは、このあたりに台風が来ることを注意しに来てくれたのだった。だんだんひどくなっていく空もようの中、なんとか近くのどうくつまでにげてきた一行。そんな彼らに、トウキは「大きな力に対しては、むやみにむかうのではなく、やりすごすことも大切」とつげる。そんなトウキの話を聞いて、自分のバトルをふりかえってみたシノブは、なにかに気づいたようだったが…。

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ムロジムとふたたびたたかうため、しゅぎょうをつづけていたサトシは、とうとうジムリーダー・トウキにリターンマッチをうけてもらえることに！　しかし、トウキのひみつのれんしゅう場でのバトルは、前回の対戦とはせめとまもりの立場がひっくりかえってしまう…。しゅぎょうのこうかを見せるサトシは、力でおしてくるトウキのポケモンをかろやかにかわして、しんちょうにチャンスをうかがう。むりやりにワザをくり出すトウキのポケモンは、早くも息が上がってきていた。だれの目にもサトシが有利に見えていたが、タケシだけはちがった。タケシは、サトシにわざとチャンスを作っているかのようなトウキの戦いかたに、なんとなく不安をかんじるているのだった…。

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ムロジムリターンマッチを終えたサトシたち一行は、ハルカのポケモンコンテスト出場のため、かいさい地であるカイナシティへと船でむかっていた。しかし、ロケット団のワナにはまり、船はこわれてしまう。そしてサトシたちは、波にゆられるまま、ブキミな座礁船（ざしょうせん）、「捨てられ船」のあるポイントへながれつくのだった。そこで一行は、捨てられ船をしらべているというヒロミと知り合い、すこしのあいだいっしょにやすむことに。そんな中、とつぜんアチャモがいなくなってしまった！　はじめはふかく考えず船内をさがし歩く一行だったが、つづいてマサトとハルカがすがたを消してしまう。キケンをかんじたサトシたちは、身をよせあってピンチにそなえるが…。

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カイナシティーへやってきたハルカは、さっそくポケモンコンテスト優勝をめざし、「ちょうちょポケモン」のアゲハントとともにとっくんをはじめた。とっくん中のハルカは、おなじくコンテストの優勝をねらうポケモンコーディネーターのシュウという少年と出会う。ハルカはシュウにライバル心をもやし、サトシたちとさらなるとっくんをはじめた。それを見ていた花火しょくにんのハナビシは、ポケモンに食べさせるとコンテストに有利になる「ブリーの実」のそんざいをハルカにおしえる。実をわけてもらうために、ハルカたちは彼の倉庫へとむかうが、そこには「ブリーの実」をすべて食べてしまったアチャモのすがたしかなかった…。「ブリーの実」は、ハナビシが今夜打ち上げるポケモン花火のざいりょうでもあったと知り、せきにんをかんじたハルカたちは、実を見つけるために森へと走るが…。

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ポケモンコンテストの優勝を目ざすハルカは、サトシたちにアチャモをあずけ、アゲハントとともに練習をつづけていた。そのころサトシたちは、ジョーイさんからたのまれ、これからポケモントレーナーになる子供にわたす３匹のポケモンの健康診断（けんこうしんだん）をてつだうことに…。そして、健康診断のあとにジョーイさんからそのポケモンたちをあずかるサトシたちだったが、その中に、にげようとあばれる元気なアチャモがいた!!アチャモをつかまえるためにバトルをはじめてしまったヘイガニ。すると、なんとバトル中にアチャモがワカシャモに進化してしまう!!　こまってしまったサトシたちは、ハルカのアチャモをないしょでみがわりにしようとするが…。

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ポケモンコンテストが開かれる日、会場は人もいっぱいですごいもりあがり。そんな中、ひかえ室のハルカは、きんちょうして落ちつかないようす。コンテスト１次審査（しんさ）のテーマは、「魅せる演技（みせるえんぎ）」。ポケモンたちによる、色とりどりのワザがとびかう中、ライバルであるシュウは「いばらポケモン」ロゼリアで高とくてんをかくとくする。そしてとうとうハルカとアゲハントのでばん。アゲハントは、この日のためにがんばってれんしゅうしてきたワザ、「ぎんいろのかぜ」をくり出し、みごと２次審査へとすすむのであった。つぎの審査は、うつくしさだけでは勝ちぬけないコンテストバトル。ハルカの対戦相手はシュウ！　このバトル、はたしてどちらが勝つのか…!?

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ポケモンコンテストもおわり、サトシたちはカイナシティでのさいごの１日をすごそうとしていた。ハルカとタケシは町までお買いもの、サトシ・ピカチュウ・マサトは「海の博物館（はくぶつかん）」を見学することにした。博物館はざんねんなことにお休みだったが、サトシたちはちょうどクスノキ館長（かんちょう）に出会い、中をあんないしてもらうことに。そこでサトシたちは、とてもめずらしいやけこげたナゾの岩石を見せてもらう。そこへ、博物館の展示品（てんじひん）をねらうロケット団があらわれ、サトシたちをオリにとじこめてしまう。ところが、ひと足早く館内にしのびこんでいたマグマ団がロケット団とはち合わせ！　とつじょお宝をめぐるバトルが始まってしまう…。

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キンセツシティをめざして旅をつづけるサトシたちは、とちゅうのとうげ道にあるポケモンセンターへとやって来た。だが、その中には人のけはいがない。おくの部屋はあらされていて、ゆかに「ねむりごな」が落ちていた。じけんだと思ったサトシたちは、セキュリティカメラのビデオを見てみることに…。なんとそこにはねむりごなでねむらせたジョーイさんをつれさる「よこしまポケモン」ダーテングのすがたが!!　一行はジョーイさんをすくうため、ダーテングがすむといわれている大木へとむかうが、草系ポケモンたちが大木への道をさえぎろうとする。そのころ、大木の中で目をさましたジョーイは、そばにねかされた１ぴきのコノハナに気づくが…。

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キンセツシティーをめざすサトシたちは、ふかい霧（きり）のでる山道を歩いていた。山中には村があり、そこには道しるべの灯台（とうだい）が。サトシたちは灯台におかれた「光る石」をまもるイズナとカズチと出会うが、カズチはサトシのかっこうを見て、村につたえられる勇者だと思いこんでしまう。まだ一度もバトルのけいけんのないカズチは、「おうえんポケモン」プラスル・マイナンをつれて、あこがれのサトシといっしょにトレーニングすることに。ところがそこにロケット団があらわれ、「光る石」とピカチュウをうばいさってしまう。

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キンセツシティーへむかうとちゅう、サトシたちはある街にたどりついた。一行は「ささやきポケモン」ゴニョニョをつれたアキナと出会い、これからひらかれる「からくり屋敷（やしき）大会」へいっしょにさんかすることに。大会は、からくり大王の作ったしかけを切りぬけて行くもので、優勝者はポロック一年分がもらえるという!!一行は優勝をめざしてゴールへとむかうが、めいろやマルタわたり、おとしあなといったさまざまなしかけや、マイクをもったプリンがジャマをする!!　はたして大会の優勝者はだれになるのか!?

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キンセツシティーについたサトシたちは、３つめのバッジをゲットするため、キンセツジムへとむかう。ジムに入ると、とつぜんきかいじかけのライコウがあらわれピカチュウとバトルに…。その後、すがたをあらわしたジムリーダー・テッセンとのジムバトルをはじめるが、サトシはテッセンをあっさりとたおしてしまった。ところがそのすぐあと、ピカチュウのようすがおかしいくなってしまう。ポケモンセンターでみてもらうと、ピカチュウはライコウとの戦いで電気をためこみ、こうげき力が強くなっていたことがわかり…

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キンセツでのジム戦を終えたサトシたちは、ハルカのポケモンコンテストのためにハジツゲタウンへむかうことに。一行はとちゅうの川でながれてきたスイカを見つけ、ひろって食べようとする。ところが、そこにサトシたちをスイカどろぼうだと思いこんだ少女ナッチがあらわれ、マグマッグとジュプトルでこうげきしてきた！なんとかナッチのかんちがいをといた一行は、ナッチのスイカ畑にまねかれた。そしてサトシとナッチは、畑のすみにあるバトルフィールドでダブルバトルをすることに。ところがそのバトル中、スイカをぬすもうとするロケット団があらわれて…。

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サトシたちはハルカ湖とよばれる湖のほとりにある町へとやって来た。そこでは間もなく行われるというおまつりにむけて、ロミオはバルビート、ジュリエはイルミーゼと、それぞれのポケモンとともにダンスのれんしゅうにはげんでいた。ところがロミオは、バルビートへのしじをミスしてしまい、なさけないすがたをサトシたちに見せてしまうことに…。聞けばロミオはジュリエ、バルビートはイルミーゼにそれぞれ恋をしているらしく、目の前でダンスをするのは相手をいしきするあまり、ふだんの実力が出せないのだという。そこでサトシたちは、ロミオ＆バルビートの手だすけをすることにするが…。

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ハジツゲタウンに向かうサトシたちはがけの斜面にある山道を歩いていた。そこで一行は突然(とつぜん)がけの上から飛び降りてくる不思議な“いしあたまポケモン”タツベイと出会う。サトシはポケモンの持ち主ミッチェルに会い、タツベイは“空を飛びたい”と思っている事を知る…。タツベイは進化してボーマンダになれば確実(かくじつ)に空を飛べるようになるので、早く進化させてあげようとサトシはバトルを始めることに。しかしバトル中にロケット団があらわれ、タツベイを連れていってしまう…。タツベイの運命は！？　はたして進化せずに空を飛べるようになるのだろうか！？

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ハジツゲタウンをめざすサトシたちは、とちゅうの砂ばくにあるオアシスで、カスミとトゲピーにひさしぶりに会うやくそくをしていた。カスミはオアシスのホテルでひらかれるトゲピー祭りにさんかしようとしていたのだが、実行委員（じっこういいん）にへんそうしたロケット団にだまされてしまいトゲピーはミラージュ王国という国へとさらわれてしまう！どうやら、ミラージュ王国にとってトゲピーは王さまをきめるのにひつようなポケモンだという。あとをおったサトシたちは、トゲピーをりようして王さまになることをねらう摂政（せっしょう）のハンゾウと出会い、バトルになるが…。

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ミラージュ王国のつぎの国王になろうとしているハンゾウのワナによって、宮殿（きゅうでん）へとやって来たカスミとサトシたち。 彼らは、そこで出会ったセーラ姫にたすけてもらい、トゲピーといっしょに国の外へだっしゅつしようとしていた。しかし一行は、ハンゾウのヌケニン、テッカニンにおそわれ、トゲピーをうばわれてしまう。まんまと国王になってしまったハンゾウは、トゲピーをりようして、蜃気楼（しんきろう）の先にあるトゲピーの楽園へとむかい、ふうじられていたキケンな力をときはなそうとするが…。

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ハジツゲタウンにむかって旅をつづけるサトシたちは、食料がなくなってしまい、おなかをすかしたまま荒野（こうや）をさまよっていた。そんな彼らをすくってくれったのは、荒野を開墾（かいこん）してくらしているかちぬきファミリー。その一家の長男・リョウヘイは、ポケモンリーグのチャンピオンになるためにきびしい旅に出ているのだという。そして一家は、とつぜん、サトシたちと４ＶＳ４のバトルをもうしこんできた！　ひとクセもふたクセもありそうなこの一家とのバトル、そのけっちゃくは…!?

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ハジツゲタウンを目ざして旅をつづけるサトシたちは、草むらで元気のないエネコを見つける。なぜエネコがよわっているのかわからずなやむサトシたちだったが、かおりでポケモンをいやす「ポケモンアロマテラピー」のそんざいを本で見ていたタケシのかんがえで、「ポケモンアロマテラピー」のけんきゅうをしている「緑の館（みどりのやかた）」へエネコをつれて行くことに。館ではたらくアリサの作ったかおりにいやされ、元気になるエネコ。そのエネコをゲットしようと、バトルをしかけるハルカだったが、そこにロケット団があらわれ、館の香水（こうすい）をうばっていってしまう。

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ハジツゲタウンをめざし、旅をつづけるサトシたちは、とある森で「短パン小僧（こぞう）」のキヨと再会をはたす。キヨは、前にサトシたちと会ったあとにトウカジムにチャレンジしたが、バトルにやぶれ、この森で一からしゅぎょうしなおしているところだった。キヨのしゅぎょうにつき合うことにするサトシたちだったが、バトルのとちゅうで、キヨのザングースのようすがおかしくなる。しげみの中でロケット団が出していたザングースのライバル、ハブネークのそんざいに気づいたからだった。２匹はバトルをはじめるが、じつりょくはハブネークのほうが上。ザングースは負けそうになってしまう。そこへ、サトシのヘイガニがたすけに入り、勝負はストップ。しかし、ザングースもハブネークもけっちゃくをつけようともえていて、２度目のたいけつがはじまることに。はたして勝負のゆくえは…!?

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ハジツゲタウンをめざして旅をつづけるサトシたちは、美しい湖のほとりにあるポケモンセンターにとうちゃくした。そこで「マサトくん」という、マサトとおなじ名前の少年と出会うが、マサトとは気が合わずにケンカをしてしまう。ポケモンセンターを出たあと、マサトは湖のほとりでアメタマをかわいがるマサトくんを見つける。ふたりはまたケンカをはじめてしまうが、そこへアメタマをうばおうとするロケット団があらわれた。おどろいて森の中へにげこんでしまったアメタマをさがしているうちに、しだいになかよくなっていくふたり。そしてマサトとマサトくんは、協力し合ってアメタマをまもろうとけついする！

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サトシたちはついにハジツゲタウンにとうちゃくした。そして、ハルカの２度目のちょうせんとなるポケモンコンテストがいよいよはじまろうとしていた。ポケモンセンターで、チャーレムをつれたコーディネーターのグレースと出会うサトシたち。グレースはハルカのためにいろいろとアドバイスをしてくれるが、それがぎゃくにハルカにはプレッシャーとなる。なんとかプレッシャーをはねのけようと、朝早くからアゲハントとれんしゅうをくりかえすハルカ。ちょうどそのころ、ポケモンセンターでは、シュウとサトシのバトルがはじまろうとしていたが…。

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ハルカとアゲハントにとって二度目のちょうせんとなるポケモンコンテスト・ハジツゲ大会がついにはじまった。一次審査（いちじしんさ）では、ライバルのシュウ、グレースともにうつくしいワザをきめ、高いとくてんをたたき出す。そしてハルカとアゲハントも、れんしゅうのかいあって高とくてんを出し、二次審査へすすむことに。二次審査、ハルカのファーストステージのあいては、一次審査でいちばんのとくてんを出したなぞの女性ムサシーノ。はたしてハルカはムサシーノに勝つことができるのか？

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コンテストもおわり、サトシたちはフエンタウンをめざして山道を歩いていた。そのとちゅう、彼らはガクランすがたの応援団（おうえんだん）と出会う。しかもその中には、山の灯台（とうだい）にいたはずのカズチのすがたが。どうやらカズチは、サトシたちとわかれたあと、ポケモントレーナーになるために旅をはじめ、そのとちゅうでこの応援団と出会ったらしい。「ワザをつかわず、応援の心だけでポケモンのパワーをかいふくさせる」という力をためすため、サトシたちはテストバトルをすることに。だが、応援をうけただけで急に強くなるポケモンを見て、サトシたちはあやしいと思いはじめ…。

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えんとつ山へむかうために「ほのおのぬけ道」とよばれるどうくつをすすんでいたサトシたちは、マグマックのむれにおわれて、なだらかな丘がひろがる牧場にたどりついた。そこでサトシたちは、ドンメルをかうヨウコと出会い、家にとめてもらえることになる。すると、ハルカがエネコに本当のバトルをけいけんさせたいと言い出し、ヨウコとバトルをすることに。ハルカはエネコの新しいワザ「ねこのて」をつかうが、バトルになれているヨウコのオオタチをあいてに、くるしんでしまう。その夜、何者かがドンメルをねらって牧場にしのびこんできて…。

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つぎのジムがあるフエンタウンをめざして旅をつづけるサトシたちは、えんとつ山のふもとにたどりついた。そこからロープウェイで山のてっぺんにむかうサトシたちだったが、そのとちゅうでとつぜんゴンドラがとまってしまう。非常用（ひじょうよう）の電話でたすけをよんでもまったくへんじがないため、サトシはひとりでゴンドラからおりて、たすけをもとめに行く。そのころ、噴火口（ふんかこう）の近くでは、学者のソライシ博士が見つけたいん石をめぐり、マグマ団とアクア団のたたかいがはじまろうとしていたが…。

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ようやくフエンタウンにとうちゃくしたサトシたちは、さっそくフエンジムをおとずれる。しかし、ジムリーダーのアスナといっしょにバトルフィールドにむかうと、フィールドは穴（あな）だらけでボロボロ。しかも審判（しんぱん）もいないというひどいじょうたいだった。アスナに話を聞いてみると、３日前まではアスナのおじいさんのムラ爺（じい）がフエンジムをしきっていたのだが、とつぜんアスナにジムをまかせ、旅に出てしまったのだという。のこされたアスナは、ジムリーダーとして自分のポケモンを強くすることだけしかかんがえていなかったのだ。そのころ、旅に出たはずのムラ爺は、アスナのことがしんぱいでフエンタウンにもどってきていた。ほんの数日で旅からもどってきてしまい、みんなに合わす顔がないムラ爺は、へんそうしてこっそりアスナを見まもることになるが…。

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いよいよホウエン地方４つめのバッジをかけたジム戦をむかえたサトシたち。ジムリーダーになったばかりのアスナにとっては、はじめてのジム戦だ。対するサトシはたくさんのジム戦をけいけんしているため、自信まんまん。はじめのうちは、ほのおポケモンとたたかうさくせんを考えていたサトシがバトルをリード。しかし、元ジムリーダーのムラ爺（じい）からアドバイスをうけていたアスナも、だんだんおちついてきて、ゆだんしていたサトシにこうげきをはじめ…。

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トウカジムをつぎのもくてきちにきめ、フエンタウンをしゅっぱつしたサトシたちは、山道で数匹のパッチールと出会う。その中には、ひたいにハートのかたちのもようがついているめずらしいものが。そこへ、そのハートのパッチールをつかまえようと、クレアという女の人があらわれた。だが、ハートのパッチールはしげみの中ににげこんでしまう。こまっているようすのクレアからじじょうを聞いてみると、ハートのパッチールはある人からあずかっていて、今日、その人に返さなくてはならないのだという。そこでサトシたちは、クレアといっしょにハートのパッチールをさがしはじめるが…。

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トウカシティをめざして旅をつづけるサトシたち。キンセツシティに立ちよるルートをえらぶが、とちゅうで道にまよってしまう。すると、「せきたんポケモン」のコータスが数匹のポケモンたちにこうげきされているのを見かける。コータスをたすけたサトシたちは、このばしょが、なわばりを強くいしきする「はがねポケモン」がすんでいる「ハガネの谷」だと気づいた。キンセツシティへの道をいそぐサトシたちは、たすけたコータスといっしょに谷をぬけることにするが…。

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５つめのバッジを手に入れるためトウカジムをめざすサトシたちは、トウカシティへのとおり道にあるキンセツシティにとうちゃくした。ひさしぶりの大きな町をたのしみながら歩いていると、いろいろなしゅるいのゲームをそろえたゲーム場をはっけん。サトシたちは自分のポケモンをモンスターボールから出し、いっしょにゲームをたのしむが、なんとこのゲーム場はロケット団のワナだった。ロケット団につかまってしまうポケモンたち。それをたすけてくれたのは、かつてキンセツジムでたたかったジムリーダーのテッセンだった。サトシは新しいなかま、コータスの力をためすため、テッセンにバトルをもうしこみ、れんしゅうじあいをすることに…。

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ポケモンコンテストがひらかれるシダケタウンをめざして旅をつづけるサトシたち。だが、ロケット団とのバトルでエネコが声を出せなくなったため、とちゅうにあるポケモン診療所（しんりょうじょ）に立ちよることに。ちりょうをうけ、元気をとりもどすエネコ。てあてをしてくれた女性が、ゆうめいなでんせつのコーディネーター・アヤネだと知ったサトシたちは、いろいろと話を聞いてみることにする。しかし、そんな一行にあやしいカゲがしのびより…。

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サトシたちはポケモンコンテスト・シダケ大会がひらかれるシダケタウンにとうちゃくした。一行がポケモンセンターに立ちよると、ハルカのライバル、シュウがキズついたロゼリアをあずけていた。仮面（かめん）をつけたナゾのトレーナーにバトルでまけてしまい、今回のコンテストには出られないのだというシュウ。それを聞いたサトシは、つよいシュウをたおしてしまったという仮面のコーディネーター・ファントムに、きょうみをもつのだった。そして、そんなサトシたちにも、ファントムがちかづいてきていて…。

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ポケモンコンテストがひらかれるシダケタウンにやってきたサトシたちは、気がよわい少年・キミマロと出会う。彼の母親はポケモンが大きらいで、キミマロに「ポケモン禁止令（きんしれい）」を出していた。だが、じつはキミマロはポケモンのことが大すきなのだということを知ったサトシたちは、彼の父親・タムラマロと力をあわせて、なんとかしてキミマロをポケモンコンテストに出してやろうとかんがえる。また、今回のシダケ大会は、はじめてコンビをくむエネコといっしょに２つめのリボンをめざしているハルカにとっても、だいじなコンテストなのだった。はたして、ハルカとキミマロ、ふたりのコンテストのけっかは？

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つぎのジム戦のため、トウカシティをめざすサトシたちは、森のおくにある小さな村に立ちよった。そこでタケシのハスボーは、とつぜんハスブレロに進化（しんか）してしまう。ハスブレロを見た村人たちは、なぜかおがみはじめた。どうやら、村では２週間前から水がひあがってしまったらしく、村の水の神とされるハスブレロをおがんでいたのだという。水ぶそくのげんいんが、ちょうど２週間前に森にあらわれたソルロックのせいだとかんがえた村人たちは、ソルロックを森からおいだそうとするが…。

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トウカシティをめざすサトシたちは、そのとちゅう、まよいこんだ森の中でキズついたチルットを見つける。どうやら、前日の嵐がげんいんでケガをして、群れからはぐれてしまったらしい。そこでサトシたちは、チルットのケガがなおるまでめんどうをみることにする。サトシたちががんばってかんびょうしたため、キズがなおったチルットは、なかまのもとへ帰ろうとする。しかし、なぜかうまくとび上がれず、地面に落ちてしまった。げんいんがわからないサトシたちは、チルットがもう一度空をとべるようにと、いろいろと作戦を立てるが…。

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つぎのジムがあるトウカシティへむかうとちゅう、とある町へやって来たサトシたちだったが、とつぜんナゾの警戒警報（けいかいけいほう）が聞こえてきた。ジュンサーによると、この町ではある時期になるとゴクリンの群れがやって来て、町中の食料をうばっていってしまうという。これまでの被害（ひがい）があまりにも大きいため、町ではこんどこそくいとめようと、ゴクリン研究家（けんきゅうか）のシャクジイ博士にゴクリンたいじをおねがいした。その話を聞いて、博士をてつだうことにしたサトシたちだったが…。

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トウカシティをめざすサトシたちは、とちゅうの森で朝食をとっていた。たのしくすごす一行だったが、どうもキモリのようすがおかしい。サトシが話しかけてもまったくへんじがない。そのとき、ドゴームが大声をあげてあばれながらとび出してきた。そこへかけつけた少年・ガイに話を聞くと、このドゴーム、さいきんトレーナーであるガイの言うことを無視（むし）してあばれ出すことが多いという。ガイはそのげんいんもわからず、こまっているのだ。ストレスがげんいんじゃないかと考えたサトシは、ストレスをなくしてあげようと、ガイとバトルをすることに。すると、さきほどまでしずかだったキモリが、とつぜんやる気を出し、「自分を出せ」とサトシにアピールしはじめた。そこでサトシは、キモリをバトルにつかうことにするが…。

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いよいよトウカシティにちかづいてきたサトシたち。そこでサトシは、自分のポケモンたちに、キモリから進化したジュプトルをしょうかいする。みんながかんげいする中、なぜかヘイガニだけは気に入らないようす。そんなとき、木々のあいだからルンパッパをつれたヒゲの男・パンチョがあらわれた。昼ごはんをかけてのバトルをもうしこんでくるパンチョ。ジム戦の前にいいれんしゅうができると考えたサトシは、勝負することにする。バトルにジュプトルを出そうとするサトシ。しかしそれを見たヘイガニは、ジュプトルをおしのけて、自分が出たいと言いはじめ…。

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トウカシティでのジム戦にむかうサトシたちは、となり町のキタトウカシティにとうちゃくした。一行がポケモンセンターに立ちよると、ハルカとマサトのすがたを目にした町の人々は大さわぎ。ふたりは、町のあこがれのジムリーダー・センリの子どもであるため、大人気なのだ。そのようすを見たロケット団は、あるけいかくを思いつく。たくさんの人たちを前に、ポケモンのワザを見せることになってしまったハルカ。そしてサトシは、あるトレーナーからバトルをいどまれるが…。

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ふたたびセンリにジム戦をいどんで５つめのバッジをゲットするため、サトシはトウカシティにやってきた。この町はハルカとマサトにとっては、ひさしぶりの故郷（こきょう）でもあった。実家にもどったハルカたちは、両親に会えるのを楽しみにしていたが、父・センリのすがたはなかった。母・ミツコのようすがなんだかいつもとちがうことをふしぎに思うハルカ。どうやら、センリはジョーイとうわきをしているらしい。ラブラブだったふたりの間にいったい何がおこったのか？そのころ、トウカジムの巨大な温室（おんしつ）では、ヤルキモノ、ナマケロ、ケッキングをうばおうと、ロケット団がしのびこんでいたが…。

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いよいよ５つめのバッジをかけた戦いが、トウカジムではじまった。ジムリーダーは、ハルカとマサトの父・センリ。こんどこそセンリをたおそうと、サトシはやる気まんまんでフィールドに立った。まずはピカチュウで先手をとろうとするサトシにたいして、センリはナマケロをくり出す。やる気なさそうにフィールドにねそべっているナマケロだったが、ピカチュウのこうげきをつぎつぎとよける。センリの頭をつかったみごとな戦いぶりに、サトシたちはすっかりのみこまれてしまうが…。

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トウカジムで５つめのバッジをゲットしたサトシ一行は、ヒワマキシティをめざす前に、オダマキ研究所（けんきゅうじょ）によることにした。そこでオダマキ博士とばったり出会うサトシたち。オダマキ博士が、これからオーキド博士をむかえにいくと聞き、サトシはそのあとをついていくことに。ところが、研究所でまっているはずだったハルカとマサトが、ぐうぜんにも先にオーキド博士と出会ってしまう。この地方ではめずらしいトレーナー用のポケモンをオーキド博士に見せてもらうハルカたちだったが、ちょっとしたすきにロケット団にうばわれてしまい…。

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つぎのもくてきち、ヒワマキシティにむかうサトシたちは、そのとちゅう、カテキンタウンで夜を明かすことにする。なかなかしゅっぱつのじゅんびができないハルカに、サトシはイライラ。口ゲンカをはじめてしまう。そこへ、ハデないしょうのふたり組、オスカーとアンドリューがあらわれ、２対２のタッグバトルをいどんできた。タッグバトルはふたりのコンビネーションがたいせつなのに、足をひっぱりあってしまうサトシとハルカ。このままふたりはやぶれてしまうのか…？

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ヒワマキシティをめざすサトシたちは、森の中で道にまよい、いきなりとび出してきたエアームドにハルカをつれさられてしまう。いそいであとをおうサトシたちだったが、ぶあつい木のトビラと、ナゾの男たちがその前に立ちはだかった。男たちはこの森にすむ村人たち。かれらにとってそのトビラの先は禁断（きんだん）の地とよばれ、中に入ったものは「くさポケモン」のいかりにふれると、むかしからおそれられているらしい。ハルカをすぐにでもたすけ出したいサトシたちは、村人のすきをついてトビラをのりこえるが…。いっぽう、禁断の地にひとりとりのこされたハルカは、フシギダネ、クサイハナ、ウツドンといった「くさポケモン」にかこまれていて…。

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シワブキタウンに立ちよるサトシたち。ポケモンセンターのテレビ電話で、オーキド博士とれんらくをとったサトシは、サトシのフシギダネを転送（てんそう）させて、ハルカのフシギダネとあそばせてあげようと思いつく。そして、いよいよ転送をはじめるが、なにも出てこない。どうやら、きかいをしゅうりする人にへんそうしただれかが、転送マシンをかいぞうして、転送したモンスターボールをよこどりしていたのだモンスターボールをとりもどすため、サトシたちはいそいでそのあとをおいかけるが…。

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みずうみのほとりでひと休みすることにしたサトシたち。これまでたたかってきたバトルで手に入れたバッジをながめていたサトシだったが、うっかりバッジをケースごと水の中におとしてしまう。すると、みずうみから巨大（きょだい）ナマズンがあらわれ、バッジケースをパクリと口にくわえていってしまった。あわててあとをおい、みずうみにとびこむサトシだったが、おぼれてしまう。サトシをたすけたのは、ぐうぜんそこにいた釣り師（つりし）だった。この釣り師、なにやら巨大ナマズンとかかわりがあるようだったが…。

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ホウエンリーグに出るために旅（たび）をつづけるサトシたちは、キリキリ山にのぼることに。しかし、ふかい霧（きり）につつまれた山の中で、サトシとピカチュウはみんなとはぐれてしまう。まいごになったサトシたちは、とつぜん霧の中からあらわれたナゾのおばあさんと出会うが、彼女はおかしなわらべ歌を歌いながら、ふたたび霧の中にきえてしまう。なおもさまよいつづけるサトシは、ガケからおちそうになったヤジロンをたすけたことをきっかけに、クルヨと名のる少女と出会う。まぼろしの古代遺跡（こだいいせき）をしらべていたクルヨは、先ほどのわらべ歌を手がかりにしていたが…。

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たびのとちゅう、サトシたちはルイボスタウンにたちよった。この街でポケモンコンテストがあると知ったハルカは大よろこび。ライバルのシュウにも出会い、火花をちらしていると、ママさんたちがものすごいおうえんをはじめ、ふたりはびっくりする。しかも、「ポケモン大すきママさんズ」と名のるそのメンバーのひとり、ツキコも大会にしゅつじょうするという。ツキコとなかよくなったハルカは、きんちょうしている彼女のれんしゅうのあいてになってあげる。いっぽう、この大会がコンテストリボンをもっている人だけがしゅつじょうできると知ったロケット団は、ハルカたちのリボンをねらおうとするが…。

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いよいよルイボスタウンでのポケモンコンテストがはじまった。アゲハントのちょうしがいいため、よゆうたっぷりのハルカ。いっしょにれんしゅうしたツキコも、しあいのカンをとりもどし、なかなかいいできばえ。ライバルのシュウも、ロゼリアの花ふぶきで会場のお客をウットリさせた。 　そろって一次審査（いちじしんさ）を勝ちハルカたち。だが、ハルカの二次審査のたいせんあいては、なんとツキコにきまってしまった。フシギダネのデビュー戦をさいこうのものにしたいと、気合（きあい）じゅうぶんのハルカだったが…。

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つぎのジム戦があるヒマワキシティをめざすサトシたちは、そのとちゅう、元気のないようすのバネブーに出会う。頭の真珠（しんじゅ）をどこかでなくしてしまいこまっていると知ったサトシたちは、いっしょにさがしてあげることに。ところが、まるいものを見つけるとなんでも頭にのせてしまうバネブーに、サトシたちはふりまわされてしまう。やっとの思いでミズゴロウに見つけてもらった真珠を自分の頭にのせ、よろこぶバネブー。ホッとするサトシたちだったが、そこへロケット団があらわれ…。

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ヒワマキシティをめざすサトシたちは、そのとちゅう、クロスゲートタウンでつよい風にあおられた「わたりどりポケモン」のチルットをたすけ、少年カイトと知り合う。風の交差点（こうさてん）とよばれるこの街では、リングをつかってトレーナーとポケモンのコンビネーションをきそう「ポケリンガ大会」がおこなわれるという。さっそく、サトシとハルカはエントリーするが、会場にはなんと、かつてポケリンガのとっくんをしていたというコジロウのすがたもあり…。

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ヒワマキシティへのたびのとちゅう、道にまよったサトシたちは、雨やどりをさせてもらおうとして入った洋館（ようかん）にとじこめられてしまう。洋館から出ることができず、イライラするハルカとマサト。口ゲンカをしてしまい、みんなの前からとび出したマサトは、いかりの念（ねん）を食べようとまちかまえていた「にんぎょうポケモン」のカゲボウズと出くわす。なかよくなったマサトは、カゲボウズにきょうりょくしてもらい、ハルカをこまらせるためにあるけいかくを思いつくが…。

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広い森でひと休みするサトシたち。ピカチュウたちもポケモンフーズを食べて、のんびりムード。ところが、ヘイガニに自分の分をとられたアチャモがおこり出し、ふんいきはいっきにわるくなってしまう。さらにほかのポケモンたちもまきこんで、大さわぎに。いっぽう、食べものをさがしてさまよっていたロケット団たちは、森のキノココの食料（しょくりょう）をうばうが、おこったキノココたちはつぎつぎとキノガッサに進化してしまい…。

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６つめのバッジがあるヒマワキシティのすぐそばまでやって来たサトシたちは、とちゅうの道で大雪にあい、ピンチになる。そこで一行は、天気によってすがたが変わる「てんきポケモン」のポワルンと出会う。ポワルンに「お天気研究所（けんきゅうじょ）」にあんないされたサトシたちは、天気データをあつめている巨大なコントロールマシンにおどろく。それをねらってあらわれるロケット団。さらに、アクア団もやって来て…。

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ついにヒワマキシティにたどりついたサトシたち。街は「フェザーカーニバル」という年に一度の「空」をテーマにしたおまつりで、大にぎわい。そこで一行は、エアームドのせなかに子どもたちをのせてあそばせているナギと出会う。彼女は「ひこうタイプ」せんもんのヒワマキジムのジムリーダーだという。ジム戦を前に、このおまつりをたのしむサトシたち。そのころ、ロケット団のコジロウは、思い出の「レアなポケモン」チリーンを手に入れていたが…。

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いよいよ６つめのバッジをかけたジムバトルがヒワマキジムではじまる。サトシは気合じゅうぶん。たいするナギは、戦いを前にしずかに空にいのりをささげていた。「ひこう」と「ドラゴン」というふたつのタイプをもつチルタリスを出したナギにたいして、サトシは「ひこうタイプ」がにがてなジュプトルでいどむが…。

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ヒワマキジムでフェザーバッジをゲットしたサトシたちは、つぎのジム戦をめざして旅をつづけるとちゅう、道ばたで身動きのとれなくなったバクーダをたすける。そのとき、サトシたちはタカヤという少年とも出会う。タカヤは、小さな村の人たちに映画を見せてあげるために、フィルムと映写機（えいしゃき）をはこんで旅をしているという。そのようすをうかがっていたロケット団は、映写機をうばいとろうと、彼らの前に立ちはだかった！

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ミナモシティへむかって旅をつづけるサトシたちは、まわりを山にかこまれたバレータウンにたどりついた。旅のつかれをいやそうと、ポケモンセンターに立ちよるサトシたち。だが、なにやらようすのおかしいジョーイさんにおいはらわれてしまう。しかたなく野宿（のじゅく）をすることにするサトシたちは、あやしい二人組におそわれてしまった。二人組の正体は「ポケモン不思議（ふしぎ）クラブ」のケンとメリー。彼らは、この町の近くに落ちたいん石と、「宇宙からきたポケモン」ををさがしているらしかったが…。

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「バナナナマケロ園」と書かれたおもしろいかんばんを見つけたサトシたちは、立ちよってみることに。そこはナマケロだけをあつめた動物園で、バナナのスイーツもあると聞いたマサトとハルカは大よろこび。ところが、園内は人がぜんぜんいなくて、さびしいようす。どうやら、「いねむりポケモン」のカビゴンが園内のバナナを食べつくしてしまい、ナマケロたちがすがたを見せなくなってしまったらしい。園長のマッキーにおねがいされたサトシたちは、カビゴンおい出し作戦をたてることにするが…。

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いよいよミナモシティに近づいてきたサトシたち。ところが、手前の森でいきなりロケット団におそわれてしまった。ばくはつにまきこまれて、ふきとばされたサトシたち。そして、目をさましたピカチュウは、ばくはつのショックで記憶喪失（きおくそうしつ）になってしまっていた。いっしょにふきとばされたニャースは、チャンスだとかんがえ、ピカチュウにウソをおしえてロケット団のなかまにしてしまう。

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ついにミナモシティにとうちゃくしたサトシたち。公園でおこなわれていたきのみ市場のにぎわいを見てワクワクした一行は、そこでカナタとそのあいぼうの「あやつりポケモン」ブービックと友だちになり、カナタの家にしょうたいされる。そしてハルカたちは、きのみブレンダーの機械（きかい）をつかって、ポロック作りにちょうせんすることに。いっぽう、サトシのスバメは、ワザおしえ名人とよばれているカナタのおじいさんから「つばめがえし」をおそわるが…。

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いよいよはじまったポケモンコンテスト・ミナモ大会。だが、いちばん最初に登場したハルカとワカシャモに、思わぬトラブルが。競技中、ころんだハルカの頭の上に、ワカシャモの炎がふりかかってしまったのだ。なんとかピンチをきりぬけ、フィニッシュするハルカ。そして、そんなハルカのすがたを見て気合が入るカナタが、ブーピッグとともに登場した。はたしてカナタとブーピッグは、どんな演技（えんぎ）を見せるのか？

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３つめのリボンをゲットしたサトシたちは、つぎのジムがあるトクサネシティをめざし、連絡船（れんらくせん）にのりこんだ。ところが、行き先をまちがえてしまい、彼らののった船はバンバ島にたどりついてしまう。そこでサトシたちは、フシギソウやリザードをつれた少年・ジミーと出会った。彼は、ポケモンバトル審判養成学校（しんぱんようせいがっこう）で、審判になるためにべんきょう中だという。養成学校の先生・サリナにたのまれて、サトシとタケシはポケモンのダブルバトルの実習授業（じっしゅうじゅぎょう）をてつだうことになるが…。

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サトシたちは、レフレ島にむかうとちゅう、小舟（こぶね）でただようバネブーを見つけた。バネブーは頭の上の真珠（しんじゅ）をおとしてしまい、こまっているという。そこでポケモンたちは、海にもぐってさがしてあげるが、なかなか見つからない。そこへ、イザキという紳士（しんし）があらわれ、「２まいがいポケモン」のパールルをさがせばいいとおしえてくれた。イザキにあんないされて、パールル研究所（けんきゅうじょ）にやって来たサトシたちは、めずらしい青い真珠を見せてもらう。そこへ、ロケット団があらわれるが…。

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ワズワ島のビーチで、ソウヤという男と出会うサトシたち。彼は、海にもぐって見つけたたからをみやげものとして売るトレジャーハンターだという。そんなソウヤが、大むかしにしずんだ船の財宝（ざいほう）を見つけたかもしれないと聞いて、サトシたちは大さわぎ。さっそく海へと財宝さがしにむかうが、ウワサを聞きつけたロケット団も近づいてきて…。

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イロハ三島（さんとう）にやって来たサトシたち。島のポケモンセンターに元気のないワカシャモをあずけた一行は、オダマキ博士とバッタリさいかいした。このあたりでは、パールルがハンテールとサクラビスに、それぞれの島でべつべつに進化（しんか）するのだという。博士のけんきゅうによると、その進化のひみつをとくカギは「しんかいのキバ」と「しんかいのウロコ」にあるらしい。サトシたちはしんかいのナゾをとこうと、島の少女ナミコとともに、古い言いつたえのあるどうくつにむかうが…。

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ガンガ島にやって来たサトシたちは、そこでポケモンバトルに勝つために筋力（きんりょく）トレーニングにはげむ人たちに出会い、いっしょにトレーニングをするはめになってしまう。そしてサトシは、島で最強（さいきょう）のトレーナー、イワシミズからダブルバトルをいどまれた。「水タイプ」のヌオーとトドゼルガに対し、ピカチュウとジュプトルを出したサトシは、思いがけぬピンチにおいこまれてしまうが…。

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トクサネシティへむかって船で旅をつづけるとちゅう、ロケット団にピカチュウをうばわれそうになったサトシたち。その戦いのさいちゅう、ピカチュウの電撃（でんげき）がひきおこしたばくはつで、サトシたちとロケット団は海にとばされてしまった。そこへとつぜんあらわれたマグマ団の潜水艦（せんすいかん）は、サトシたちをつかまえてしまう。「超古代（ちょうこだい）ポケモン」グラードンの力をりようして世界せいふくをねらうマグマ団は、ついにカイオーガをはっけんしていたのだが…。

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超古代（ちょうこだい）ポケモンをめぐるマグマ団とアクア団に、ついにたいけつの時が来た。アクア団のボス・アオギリは、紅色の珠（べにいろのたま）でカイオーガをよみがえらせる。いっぽう、マグマ団のもつグラードンをコントロールできる藍色の珠（あいいろのたま）が、なんとピカチュウに融合（ゆうごう）してしまった。邪悪（じゃあく）な心であやつられ、大ぼうそうするカイオーガ。そこへ、火山の大ばくはつがおこり、藍色のパワーをおびたピカチュウとともにグラードンもふっかつする!!

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７こめのバッジをゲットするため、ついにトクサネシティにとうちゃくしたサトシたちは、この町にある宇宙（うちゅう）センターに行くことに。センターの中でまよってしまったサトシたちは、地下訓練室（ちかくんれんしつ）でポケモンバトルをするふたごのフウとランと出会う。彼らはヤジロンの念力（ねんりき）をつかって、無重力状態（むじゅうりょくじょうたい）の中でバトルをしていたのだ。彼らのあんないでセンターをたのしむサトシたち。そのとき、フウとランの父である宇宙飛行士（うちゅうひこうし）・ジンののっているロケットがうち上げられることに。それを知ったロケット団は、なにやらたくらんでいるようすで…。

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いよいよサトシのホウエン地方７つめのバッジをかけたジムバトルが、トクサネジムではじまった！　あいては、ルナトーンとソルロックをつかう双子（ふたご）のジムリーダー、フウとラン。ピカチュウとオオツバメを出したサトシは、ちょっとかわったダブルバトルにちょうせんする！　このしょうぶに勝つのはいったいどちらか…!?

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８個めのジムバッジゲットをめざすサトシは、もくてきちのルネ島へむかうとちゅう、とある島にたどりつく。食事をしようと立ちよった店で、ぐうぜんにも四天王（してんのう）のひとりのゲンジと出会い、一行は大はしゃぎ！船長である彼のあんないで巨大な帆船（はんせん）を見に行ったサトシは、ポケモンバトルにさそわれることに。四天王とのたいけつに、きあいじゅうぶんでのぞむサトシだったが…。

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つぎのもくてきちであるルネシティへむかうとちゅう、サトシたちはある島に立ちよった。島で「いわつぼポケモン」のユレイドルを見つけたマサトは、おいかけてるうちに一行とはぐれてしまう。マサトをひっしでさがす一行は、そのとちゅうでドクターモロボシという男に出会う。古代（こだい）のポケモンをよみがえらせるけんきゅうをしているという彼は、めずらしい「むかしえびポケモン」のアノプスの進化（しんか）を見せてくれるという。だがそこへ、ロケット団のジャマが入り…。

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さいごのジムバッジゲットをめざすサトシたち一行は、ポケモンコンテストが開かれるイザベ島のプリカシティにとうちゃくした。４つめのリボンにちょうせんするハルカとフシギダネは、ちょうしがよく、一次審査（いちじしんさ）を楽にクリア。いっぽう、会場にはみどり色の衣装（いしょう）に身をつつんだ挑戦者（ちょうせんしゃ）ハーリーが、「あくタイプ」のノクタスとともに勝ちすすんでいた。なぜか自分にいじわるなハーリーにとまどうハルカだったが…。

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８個めのバッジゲットをめざすサトシたちは、イザベ島をよこぎっているとちゅう、ほろびの谷にたどりついた。そして、そこで出会った仙人（せんにん）のシゲモリに、大いなる力が封印（ふういん）されているでんせつの巨大モンスターボールがある湖にあんないしてもらうことに。そこへ、ウワサを聞きつけたロケット団があらわれた。ロケット団が巨大モンスターボールをうばおうとしたその時、ボールの封印がとかれ、巨大なネンドールが目ざめてしまう！　サトシたちはシゲモリのもつ古文書（こもんじょ）をたよりに、巨大ネンドールに立ちむかうが…。

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旅のとちゅう、野原でひと休みするサトシたち。そこでサトシは、うでだめしにとタケシとひさしぶりにポケモンバトルをすることに。ところがバトル中、コータスのオーバーヒートこうげきでハスブレロがふきとばされ、森にいた「あざむきポケモン」のクチートにぶつかってしまう。ハスブレロに恋してしまうクチートだったが、ハスブレロは知らんぷり。いっぽう、トレーナーのサユリから、「リボンダンス」というワザを見せてもらったハルカは、クチートにきょうみをもつ。ところが、とおくから見ていたあやしい人たちもクチートをねらっていて…。

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イザベ島をすすんでいるとちゅう、広い荒野にまよいこんでしまったサトシたち。そこには「ありじごくポケモン」ナックラーの大きな巣穴（すあな）があった。きけんなばしょである巣穴のあんぜんをまもるレンジャーのアキコと、ナックラー研究員（けんきゅういん）・ヘイハチローと知りあった一行。ナックラーが作る地下迷宮（ちかめいきゅう）にあるという湖をさがす彼らについていくことにするが、そこへロケット団がおそいかかってきた。そして、ピカチュウがナックラーの巣穴にのみこまれてしまい…。

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サトシたちはセルロスタウンをめざすとちゅう、けわしい岩山のふもとにあるリヤド村にとうちゃくした。ちかごろこの村では、めったに見ることがないといわれる「わざわいポケモン」のアブソルがすがたをあらわし、わざわいをおこすのでこまっているらしい。だが村の少年・ノボルによると、彼の兄・サトルは、わざわいのげんいんがアブソルではないことをしょうめいするために村を出て行ったという。ノボルといっしょにサトルをさがしにむかうサトシたち。いっぽう、アブソルハンターになりすましたロケット団が、すきを見てピカチュウをゲットしようとたくらんでいたが…。

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ホウエン地方８つめのバッジゲットをめざして旅をつづけるサトシたちは、イザベ島の山のてっぺんにやってきた。そこでサトシは、イタズラずきの「ゆきかさポケモン」ユキワラシから、バッジケースをうばわれてしまう。ふぶきの中、おいかけるサトシだったが、急なしゃめんに足をすべらせ、ふかい谷ぞこにおちてしまった。さらに、サトシをたすけにむかったピカチュウは、ユキワラシとともにロケット団につかまってしまい……。

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森の中でひと休みしていたサトシたちは、ぐったりとよわっている「きもちポケモン」のラルトスを見つける。どうやら川におちてぬれてしまったため、ねつがあるらしい。ラルトスをポケモンセンターへとつれて行こうとするサトシたち。ところが、とつぜん目の前にジェントルマンなトレーナーとサーナイト＆キルリアがあらわれ、なぜかサトシたちのジャマをする。あやしげなかれらとバトルすることになったサトシは、ラルトスをマサトにまかせて先に行かせようとするが…。

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ついにルネシティに到着し、気合いの入るサトシは、ジム戦をまえに水の都と呼ばれるこの町の名物、アートフェスティバルを楽しむことに。かんしゅうから大人気を集める、水のアーティスト・アダン。彼の水系ポケモンを使った芸術的なステージにみりょうされるサトシたち。そして、彼がこの町のジムリーダーだと知ってサトシたちは驚き、さらに巨大なプール状のバトルフィールドに案内され、あっとうされてしまう！

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サトシは８つめのバッジをかけてルネジムにいどんだが、ジムリーダー・アダンのはなつ水タイプポケモンたちはかなり手ごわく、くるしめられることに。たのみのジュプトル、ヘイガニも、アダンのはなった「ランデブーポケモン」ラブカスとナマズンのうまいこうげきにまどわされ、たおれてしまう。そこでサトシは、「つばめがえし」をおぼえたオオスバメを出すことにするが…。

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つぎのもくてきちへとむかうサトシたちは、そのとちゅう、ギバン島（とう）に立ちよることに。だが、そこでハルカは、モンスターボールをだれかにぬすまれてしまう。どうやらはんにんは、まるいものをあつめるというちょっとかわった習性（しゅうせい）をもつマッスグマらしい。サトシたちは、かいぬしのケイマとともにそのあとをおいかけるが、そこにロケット団があらわれて…。

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キナギタウンでのつぎのポケモンコンテストにむけ、もえているハルカの前に、ライバルのシュウがあらわれた。ふたりは海辺でバトルをはじめるが、そのさいちゅうにロケット団がおそいかかってきたため、ぜんいんバラバラになってしまう。なかまのゆくえをさがすハルカは、島の老人ロクスケと出会う。そして、自分たちが磁石（じしゃく）のきかないまぼろし島（じま）の森にとばされたと知るのだった。

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明日はハルカのしゅつじょうするポケモンコンテストがひらかれる日。そこでサトシたちは、コンテストがおこなわれるキナギ島（とう）へむかう。ところが、船のこしょうにより、しかたなくちかくのドント島（とう）にたちよることに。サトシたちはその島で、ゴロゴロころがるダイナミックな愛のダンスでメスにプロポーズするオスのドンファンたちと出会う。ここは「よろいポケモン」ドンファンの楽園（らくえん）で、今はちょうど彼らの恋のきせつだったのだ。ところかまわずころがってくるドンファンに、ふりまわされるサトシたち。はたしてハルカは、ぶじキナギ島にたどりつき、明日のコンテストにさんかすることができるのか!?

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いよいよポケモンコンテスト・キナギ大会の朝がやってきた。ポケモンセンター前の広場では、しあい前のコーディネーターたちが、はやくもポケモンたちとれんしゅうしている。ハルカのポケモンたちはぜっこうちょうだが、エネコだけはよそ見をしていた。そのとき、サトシととっくんしていたユキワラシがぼうそうして、広場は大こんらんに。そしてエネコは、会場からとび出したエイパムにつられて外へ出て行ってしまう。エネコのあとをおいかけたハルカは、そこで島にすむポケモンコーディネーターのトシキとエリコに出会い…。

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はげしいたたかいがつづくキナギ大会。ハルカとエネコは、ぶじに一次審査（いちじしんさ）をとっぱした。この島で知り合ったトシキとエリコも勝ちのこっている。二次審査はコンテストバトル。うつくしくワザをきめることが勝負のカギとなる。さいしょのバトルはムサシンスキーVSエリコ。ルージュラに気に入られてしまったニャースは「あくまのキッス」からにげまわってばかりいたが…。いっぽう、ハルカのたいせんあいてはトシキ。バトルスタートとどうじに、エネコとヘルガーはおたがいのスピードを生かした勝負をくりひろげ…。

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カイナシティめざして旅をつづけるサトシたちは、木の実のたくさんある島にたどりついた。島のポケモンセンターにあるブレンドルームで、ハルカはとくせいポロック「ハルカデリシャス」をかんせいさせる。さっそくポケモンたちに食べさせるが、あまりのマズさにポケモンたちはたおれてしまった。しかし、もくもくと食べつづけるポケモンのすがたが…。そのしょうたいは「おおぐいポケモン」のゴンベだった。そんな時、子どもたちのポロックがきえてしまうというじけんが。「大食いのゴンベがはんにんだ」と子どもたちは大さわぎをはじめるが…。

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カイナシティへの旅のとちゅうにたちよった島で、サトシはユキワラシと「れいとうビーム」のとっくんをつづけていた。するととつぜん、山から大きなおにぎりがころがりおちてきた。そのうしろには、それをおいかけて走るひとりの少年のすがたが。彼の名前はマサムネ、世界一のウルトラトレーナーをめざして旅をしているという。とつぜんポケモンバトルをいどんできたマサムネ。サトシとピカチュウはそれをうけて立つことに。はたして「てっきゅうポケモン」ダンバルをあやつるマサムネのじつりょくとは!?

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豪華客船（ごうかきゃくせん）セント・フラワー号にのり、カイナシティをめざすサトシたち。しかし船には解散（かいさん）したマグマ団のバンナイがのっているという。さらに船の中には、グランドフェスティバル優勝者（ゆうしょうしゃ）にわたされる「リボンカップ」がかざられていたが、なんとそのカップがニセモノとすりかえられていた。そして、カップのウラにはバンナイのマークが入ったカードが…。そこでサトシたちは、バンナイをさそい出すためにあるさくせんをはじめる！

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ポケモンマスターをめざし、たびをつづけるサトシ。そして、トップコーディネーターをめざすハルカ。サトシはポケモンリーグ・サイユウ大会しゅつじょうのためのジムバッジを８つゲット。ハルカも、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバルしゅつじょうをもくひょうに、リボン５つをそろえた。そんなふたりのちょうせんは、ここからはじまっていた…。

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いよいよポケモンコンテスト・グランドフェスティバル当日がやってきた！ハルカは予備戦を前にして緊張気味だが、母親のミツコの激励や、各地の仲間から届いたたくさんの電報を読み、気合いが入る。共に大会に出場するシュウやハーリーと再会したハルカだったが、父親のトウカジムリーダー・センリが会場内でポケモンアドバイスを行っているというチラシを目にする。センリはジム戦で忙しく会場には来ていないはずだが・・・。

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激闘の続くグランドフェスティバル。シュウ、ハーリーと共に予備戦を突破したハルカは、明日の本戦に備えて練習に励んでいた。そんな中、ユキワラシの特訓中だったサトシは、フェスティバル参加者のトンペイに出会う。トンペイはコンテストパスとリボンをなくしてしまったらしい。聞けば、おかしな三人組とぶつかった後にパスとリボンがなくなっていたようだ。サトシたちは、手分けして三人組を探すことにするが・・・。

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激闘の続くグランドフェスティバル。２次審査のコンテストバトル１回戦、ハルカ対ハーリーの試合が始まった！ジュペッタとノクタスを使うハーリーに対してアゲハントとフシギダネで迎え撃つハルカだが、相手をわざとカッコ悪く見せることでポイントを減らそうとするハーリーの作戦の前に苦戦する。一方、会場の一角では、コンテスト出場のために参加者に変装しようと企むロケット団によって優勝候補の一人、ロバートが捕らえられそうになる。その時、サトシがロバートを助けに現れる！混乱のグランドフェスティバル。果たして大会の行方はいかに！？

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サトシたちは、ハルカがふくびきで当てたチケットでひこうきにのり、サイユウ島（とう）にむかうことになった。しかし、じつはそのふくびきもひこうきも、ロケット団のワナだった！　さらにそのひこうきにトラブルがおこり、とある小島にとうちゃくしてしまう。その島でロビンという男と出会うサトシたち。かつてのっていた船でそうなんしたという彼は、「たまくじらポケモン」ホエルコにたすけてもらってから、この島でくらしているという。サトシたちはロビンの力をかりて、この島からだっしゅつしようとするが…。

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ついにサイユウシティにとうちゃくしたサトシたちは、町でゆうめいなラーメン店・サイユウ軒へとむかった。しかし、一行はまよいこんだ路地（ろじ）でヤミカラスのむれにおそわれてしまう。サトシたちをたすけたのは、長靴（ながぐつ）をはいたニャースとトレーナーのテツヤだった。大会の聖火（せいか）ランナーをつとめるというテツヤ。だがロケット団が、ファイヤーの炎（ほのお）からとった聖火をぬすもうとたくらんでいて…。

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サイユウ大会の前日、サトシは大会にそなえてポケモンたちとトレーニングにはげんでいた。そこにとつぜん、巨大（きょだい）なオニギリがころがってきた！後をおいかけてくるのはサトシのライバル、マサムネ。マサムネは、ロケット団のしかけたおとしあなにおちてしまうが、テツヤにたすけてもらうのだった。いよいよ大会の予備選（よびせん）がはじまった。マサムネのさいしょのあいては、エレブーつかいのジャンプ。前にすすむしかワザがないマサムネのダンバルは、エレブーのぼうぎょにくるしむが、きあいで立ちむかう！

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いよいよダブルバトルであらそわれる予選（よせん）トーナメントの当日がやってきた！マサムネのあいては、ガラガラとカイリキーでたたかうガロン。マサムネはガーディとグライガーでむかえうつ。バトルはおたがいに一歩もゆずることなく、長い勝負になりそう。いっぽう、サトシのあいてはトロピウスとマルノームでたたかうトモノ。サトシはヘイガニとコータスのコンビネーションで立ちむかう。早くも大げきせんがくりひろげられることに!?

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予選（よせん）トーナメントの1回戦、2回戦と勝ちすすんだサトシの3回戦のあいては、「ほほえみの貴公子（きこうし）」とよばれるヒュウガ。炎（ほのお）タイプのポケモン、リザードンとマグマラシでたたかうヒュウガにたいして、氷（こおり）タイプのオニゴーリ、草タイプのジュプトルでたたかうサトシ。ポケモンたちとのみごとなコンビネーションを見せるヒュウガに、サトシはどのようなたたかいかたでむかえうつのか!?

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ポケモンリーグ・サイユウ大会。みごとに予選（よせん）トーナメントを勝ちすすんだサトシは、決勝トーナメント1回戦でカエデと戦っていた。カエデの頭をつかったさくせんにくるしむサトシだったが、なんとか勝って2回戦へとすすむ。その夜、ポケモンセンターでは2回戦のくみあわせがはっぴょうされた。サトシはマサムネと戦うことになるが…。

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サイユウ大会2回戦のサトシのあいては、なんとライバルのマサムネ。だが、マサムネはこうげきをしかけずに、にげまわるばかり。そのため、しあいはサトシがリードすることに。しかし、自分をしんようしてくれているポケモンたちのすがたを目にして、マサムネは燃（も）えはじめる。そして、2人の友情（ゆうじょう）をこえた本気バトルは、大接戦（だいせっせん）に！

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３回戦にとつにゅうしたポケモンリーグ・サイユウ大会。サトシのたいせんあいてはテツヤ。２人は、まけずおとらずの戦いをくりひろげる。そして、サトシはピカチュウ、テツヤは長グツをはいたニャースによって勝負をきめることになった。この戦いに勝って、ベスト４にすすむのはどっちだ!?

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サイユウ大会が終わり、それぞれの家へと帰るサトシとなかまたち。サトシはそのとちゅう、なつかしい思い出の場所、トキワジムに立ちよる。するとそこに、サングラスをかけたあやしい男があらわれた。よゆうたっぷりのこの男の名はエニシダ。彼は、新しいバトル施設（しせつ）・バトルフロンティアのそんざいをサトシにおしえる。エニシダにつれられトキワジムの中に入ったサトシ。そこには新しいジムリーダーのキクコがいた。そしてサトシは、強気のキクコとバッジぬきのしんけんバトルをはじめることに…。

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はげしいバトルの日々をわすれることができるふるさと、マサラタウン。そこにサトシはかえってきた。ひさしぶりに会うむすこのすがたに、サトシのママはごきげんなようす。オーキド研究所にあずけたポケモンたちも、サトシたちとの再会（さいかい）に大よろこび！サトシたちは、バトルフロンティア制覇（せいは）にむけたたびだちの前に休息（きゅうそく）をとろうとする。だが、ポケモンをたくさんゲットするチャンスだとかんがえたロケット団がおそいかかってきて…。

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マサラタウンをたびだったサトシたちは、お月見山のふもとを通りかかる。このあたりには、たいへんめずらしい「ほしがたポケモン」のピィがすんでいる。人間にはなかなかなれないピィも、サトシたちのポケモンには心をゆるして、すぐになかよくなった。そこにとつぜんあらわれたロケット団。パワーアップした武器（ぶき）によって、サトシとポケモンたちは、とおくにふきとばされてしまうが…。

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サトシたちは、バトルフロンティアのさいしょのもくてきちであるバトルファクトリーに行くとちゅう、道にまよってしまった。そこで彼らがぐうぜんもくげきしたのは、でんせつのポケモン、フリーザーが空をとんでいるすがた。雪の中、うつくしいそのすがたに、サトシたちはしばらくのあいだみとれるのだった。エニシダの力をかりて、ようやくもくてきちについた彼らを出むかえたのは、ダツラと名のる男。彼は、おかしな機械（きかい）のはつめいにむちゅうだったが…。

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ついにフリーザーをパートナーにえらぶダツラ。それに対して、サトシがこのバトルのためによびよせたのは、しゅぎょうをつんできたえ上げられたリザードンだった。氷タイプのフリーザーに対して、リザードンのこうげきはこうかバツグン。だが、ダツラのアドバイスにより、フリーザーもどんどん自分の実力を出してくる。そしてフリーザーは、キレのいいスピードでリザードンの火炎（かえん）こうげきをつぎつぎにかわしたあと、あたり一面に霧（きり）をはなち…。

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バトルアリーナにむかうとちゅう、サトシたちは岩だらけのけわしい山の中へと入っていった。山道を歩きつかれてヘトヘトになり、そこできゅうけいすることにするサトシたち。すると、ちょっと目をはなしたすきに、サトシのポケモンたちがイシツブテたちとケンカをはじめてしまう。おこったイシツブテたちは、この岩山の王、イワークにたすけをもとめ…。

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森を行くサトシたちは、とつぜん、しかけられたアミの中につかまってしまった。このワナをしかけたのは、「おおごえポケモン」ドゴームをパートナーにするミツオ。ミツオはまちがってサトシたちをとらえてしまったのだった。ミツオが本当にねらっているのは、「ふうせんポケモン」のプリン。彼のむすめであるリサが、プリンといっしょに歌をうたいたがっているからだった。サトシたちはミツオとリサのため、プリンゲットに力を合わせるが…。

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食いしんぼうのハルカにつきそい、森のケーキ屋により道したサトシたち。そんなところへ、「でんせつのポケモン」ウインディがかけてきた。食べることもわすれて、ウインディをおいかけるハルカ。そこへ、ハルカのライバル、シュウもあらわれた。ゲットしようとするシュウだが、ウインディは「しんそく」により、ぐっとスピードをあげてきえてしまう。ハルカとシュウは、きそいあうようにウインディのいどころをさがしはじめるが…。

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ポケモンコンテストがひらかれるというヤマブキシティにむかうことにしたサトシたちは、そのとちゅう、ワンリキーたちに追われているコダックのすがたを見かける。コダックをたすけたサトシたちは、このコダックをトレーナーに返すことにする。ところが、トレーナーのアヅミは、コダックを追っていたワンリキーたちのトレーナーでもあった。どうやらコダックは、何度もアヅミの家からにげ出しているようなのだが…。

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ヤマブキシティをめざすサトシたちは、かけ出したゴンベをおいかけて、森の中にあるレストランへと立ちよった。おなじころ、ハラペコのロケット団は、べつのレストランに入っていた。じつはこの２つのレストランは、なかのわるい姉妹、レースとトランがそれぞれひらいている店。どちらが父のレストランをつぐのかきめるため、姉妹のシェフであるポケモン、ニューラとバリヤードは料理たいけつをすることに。そしてサトシたちはトランをたすけ、ロケット団はレースのことをたすけることになるが…。

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ついにヤマブキシティの目の前までたどりついたサトシたち。だが、ゴードンの研究所（けんきゅうじょ）に知らずに入ってしまったところをドロボウとまちがわれ、「いもむしポケモン」キャタピーにつかまってしまう。ポケモンにやくだつはつめいをしているというゴードン。でもそのはつめい品は、どれもヘンテコで、つかえそうにないものばかりだった。ドロボウではないとしんじてもらえたサトシたち。だがこんどは、ほんもののドロボウ・ロケット団がしのびこんできた。ロケット団はゴードンのはつめい品をりようしようとして、キャタピーを巨大化（きょだいか）させてしまい…。

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ヤマブキシティについたものの、ハルカはコンテストに出場させるポケモンをまだきめられないでいた。そんなハルカを手だすけにきたのは、何度もウソをつきジャマばかりしてきたハーリー。すっかり心を入れかえたようすのハーリーのアドバイスを、ハルカは聞くことにする。そして、コンテストの一次審査（いちじしんさ）をゼニガメでちょうせんすることに。ところが、トレーニングのまっさいちゅうに、ゼニガメがさらわれてしまい…。

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いよいよヤマブキシティでのポケモンコンテストがはじまる。またもハーリーのきたないワナにはまったハルカは、そのいかりをコンテストの場にぶつけようと、きあいじゅうぶん。いっぽうハーリーは、実力でもノクタスとのコンビネーションですばらしいパフォーマンスを見せる。負けられないハルカも、ワカシャモと息（いき）を合わせて勝ちすすむ。そんなハルカとハーリーの間にわりこんできたのは、なんとムサシだったが…。

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ポケモンコンテスト出場を終えたハルカは、グルメスポットへむかう。そして、ヤマブキシティめいぶつのバトル・ラーメンを食べようとワクワクしていたのだが、お店のキョウタロウがどこかへ行ってしまった。そのあとをおいかけたハルカがたどりついたのは、格闘（かくとう）タイプのポケモン道場。道場の師匠（ししょう）で、キョウタロウの父親のハマグリは、「ラーメン屋をやめて道場をつげ」とキョウタロウに言うのだった。はたしてハルカは、ヤマブキシティ一番のラーメンを食べることができるのか？

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つぎのもくてきち、バトルアリーナをめざすとちゅう、ぶきみな町にまよいこんだサトシたち。ゴーストタウンになっているこの町にはオバケがウジャウジャいるらしい。おびえたサトシたちは、たてものの中ににげこんだものの、こんどは奥（おく）のほうから音楽がきこえてきた。おっかなビックリたしかめに行った先にいたのは…音楽で楽しげにおどるエスパーポケモンたちだった。彼らは町から人間が出て行ったあと、おきざりにされたさびしさを音楽でまぎらわしているのだという。どうやら外にいるオバケと彼らはかんけいがないようだったが…。

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いよいよつぎのもくてき地バトルアリーナにちかづいてきたサトシたち。しかしそのとちゅうで、ゴンベが体調（たいちょう）をくずして食欲（しょくよく）をなくしてしまう。とある城のかんり人だという老人にたすけられたサトシたちだが、城でバッタリ出会ったのはなんとロケット団。この城はコジロウの家だったのだ。家の中ではなぜか自分がロケット団だとバレるのをいやがるコジロウは、いったんたたかうのをやめようとサトシに言うが…。

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バトルアリーナを前に、さいごのトレーニングにはげむサトシとタケシ。そのさいちゅう、タケシのミズゴロウはヌマクローに進化（しんか）するが、いきおいあまってはなったこうげきが「わたげポケモン」モココにぶつかって、ケガをさせてしまう。ポケモンのもちぬしのモモコが、ちりょうのためにモココをはこんだ先は、ポケモンの漢方屋（かんぽうや）。ここでモモコは、おばあさんから漢方薬作りを学んでいるのだった。美人のモモコに恋をするタケシだが、この恋にはライバルがしゅつげん。さらにはヌマクローにもモココへの恋心がめばえてしまい…。

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バトルアリーナにとうちゃくしたサトシは、バトルにむけてはりきっていた。格闘（かくとう）タイプのポケモンをつかいこなすフロンティアブレーン、コゴミに勝負をいどむサトシ。コゴミの「めいそうポケモン」チャーレムにたいして、サトシはオーキド研究所（けんきゅうじょ）からよびよせたカビゴンでむかえうつ。ポケモンどうしの力と力のぶつかり合い。しかしチャーレムの気合いをこめたこうげきによって、カビゴンはピンチに……。

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３ばんめのバトル施設（しせつ）、バトルドームをめざしてたびをつづけるサトシたち。そのとちゅうで立ちよった農場（のうじょう）は、ポケモンのタマゴをあずかってそだてている「そだて屋」だった。ポケモンのタマゴを見たことのないハルカは、かんげきする。農場のむすめ・シロミは、ポケモンコーディネーターになることをゆめに見ながらも、この地をはなれられずにタマゴのせわをしていた。さまざまな土地をたびしてコンテストにしゅつじょうできるハルカに、ついつめたいたいどをとってしまうシロミだったが…。

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バトルドームにむかうとちゅう、ジルバタウンでポケモンコンテストがひらかれると知ったハルカは、さっそくしゅつじょうすることにする。ぞくぞくあつまるコーディネーターの中には、なにやらつかれたようすのサラリーマン、オガタのすがたも。だがステージ上でのオガタはガラリと人がかわり、ハデなかっこうでエレキギターをかきならしてとうじょう。バタフリーとのあついパフォーマンスでハルカたちをおどろかせる。しかし、そこにオガタの妻（つま）とむすこがあらわれて…。

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バトルドームをめざすサトシたちは、そのとちゅう、つりの名所（めいしょ）とよばれる湖のほとりにとうちゃく。しかしそこにはつり人がいなくて、さびしいふんいきだった。この湖を見まもるアサギと出会ったサトシたちは、とつぜん湖にあらわれた「ならずものポケモン」シザリガーのいやがらせのせいで、つり人や湖にすむポケモンが出ていってしまったことを知る。サトシは湖のへいわをとりもどすため、シザリガーをたいじすることにするが…。

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ついにバトルドームにたどりついたサトシたち。このばしょのフロンティアブレーンのヒースは、大にんきのスーパースターだった。ハデにショーアップされたかいじょうのふんいきに、おどろくサトシ。ほのおタイプのウインディとみずタイプのラグラージのコンビでたたかうヒースにたいして、サトシはヘイガニとオオスバメでいどむ。だが、ヒースのけいさんされたさくせんにより、サトシはピンチに…。

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つぎのもくてきち、バトルチューブにむかってたびをつづけるサトシたち。そのとちゅう、森の中であたりにでんきをまきちらす「でんきポケモン」エレキッドと出会う。エレキッドは、つよいでんきのパワーで、森にいるポケモンをつぎつぎにこうげきしていた。そんなエレキッドのこうげきにまきこまれたハルカ。さらに、エレキッドの頭にだいじなタマゴがはさまり、もっていかれてしまった。タマゴをとりもどすため、森をさまようエレキッドをおいかけるサトシたちだったが…。

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セキチクシティへむかうため、森をすすむサトシたち。しかし、ガケくずれによって、先にすすめなくなった。しかたなくすすむほうこうをかえるサトシたちだったが、とつぜんピカチュウが森のおくへと入っていってしまう。とまどうサトシたちの前に、森をちょうさにきたポケモンレンジャーのヒナタがあらわれた。このあたりに異変（いへん）がおきていると聞いたサトシたちは、ヒナタとともにピカチュウをおって森のおくへむかう。そこには、体じゅうキズだらけでおびえているセレビィがいたが…。

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サトシたちはセキチクシティをめざすとちゅう、森の中で忍者（にんじゃ）のかっこうをした少年、コロクと出会う。すぐになかよくなったサトシたちは、ポケモン忍者スクールにあんないされ、コロクといっしょにしゅぎょうをすることに。そんな中、スクールの子どもがそだてた「オレンの実」がぬすまれるというじけんがおきる。スクールにヒョッコリとあらわれた「ぼんさいポケモン」のウソハチがあやしいとうたがわれるが…。

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セキチクシティについたサトシたち。ハルカは、はぐれてしまったゼニガメをさがしている時、ふるぼけた駅（えき）でクニというおばあさんと出会う。クニは、夫のイサオがとおくの町で死んだことをりかいできないまま、いまだにかえりを駅のホームでまちつづけていた。２人のわかれは、数十年前のことだという。ぐうぜんにもそのじだいへとタイムスリップしてしまったハルカとニャースは、イサオのいのちをすくおうとするのだったが…。

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４こめのフロンティアシンボルをかけたバトルの日がやってきた。バトルチューブへとでかけるサトシだったが、たどりついた先はなぜかロケット団がつくったためのバトル施設（しせつ）。そこでサトシは、ピカチュウをうばわれそうになってしまう。そのピンチをすくったのは、この地のフロンティアブレーン、アザミだった。さっそくアザミにバトルをいどむサトシ。だが、まったくぼうぎょをせずに、ひたすらこうげきをくり出すアザミはてごわくて…。

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メタリカ島にある５番目のバトルフロンティア、バトルパレスをつぎのもくてきちにさだめ、海をおうだんするサトシたちの船旅がはじまった。とちゅう立ちよったポプリ島で、トレーナーとポケモン同士の相性をためす行事（ぎょうじ）、ポケモンオリエンテーリングのかいさいを知り、サトシたちはやるきまんまんにさんかをきめる。そのさんかしゃはロケット団のコジロウまで！ コジロウを優勝させようとするムサシとニャースは、サトシたちのじゃまをするが…。

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ポケモンコンテストがひらかれると知り、ポプリ島のうらがわにあるモダマタウンにやって来たサトシたち。ハルカはこの大会でデビューするゴンベとはじめてコンビをくんで、３つめのリボンゲットをめざすことに。そんなハルカの前に、ライバルのハーリーがまたも立ちはだかるが…。

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つぎのポケモンコンテストがひらかれるユズリハ島にむかうサトシたち。そのとちゅうに立ちよったカモミール島で、ジュプトルはひょんなことから「フルーツポケモン」のトロピウスとたたかうことになるが、バトルにやぶれてケガをしてしまう。それをたすけてくれたのは、ジュンサーがひきつれたメガニウムだった。キズのちりょうをうけたジュプトルは、メガニウムに恋をしてしまう。そして、トロピウスとふたたびたたかうために、立ち上がるのだった。

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３つめのリボンをめざすハルカのため、ユズリハ島のポケモンコンテストにやって来たサトシたち。そこでハルカは、シュウにあこがれる新米（しんまい）コーディネーター、ワカナと出会う。じつは彼女、ハルカをライバルだと思っていた。そしていよいよはじまるコンテスト。ハルカはきあいじゅうぶんのゴンベのえんぎで勝ちすすむ。負けじとワカナも、アメタマとの華麗（かれい）なコンビネーションを見せる。そんなワカナには、おどろくべきけいかくがあったのだが…。

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バトルパレスがあるメタリカ島にたどりついたサトシたち。そこはジャングルが広がる島だった。ジュカインのふっかつをねがってトレーニングにはげむサトシだが、なかなかワザを出せないジュカインは、おちこんでジャングルの中へときえてしまう。そのゆくえをおいかけるサトシは、スピアーのたいぐんにおそわれ、さらにピカチュウともはなればなれに。この地のフロンティアブレーン、ウコンによってピカチュウはたすけられるが、サトシはジャングルの中をさまようことに…。

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５ばんめのバトル施設（しせつ）、バトルパレスにやってきたサトシたち。フロンティアブレーンのウコンは、なんとバトルパレスの中のひろびろとしたジャングルをバトルフィールドにつかうという。そのアイデアをよろこんでうけいれたサトシだが、しぜんの力をうまくつかったウコンのこうげきにピンチになってしまう。そして、ウコンが出したさいごのきりふだ、「どぐうポケモン」ネンドールに、サトシはジュカインでしょうぶをいどむが…。

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ふねのたびもおわり、みなと町についたサトシたちは、ロケット団のたくらみでポケモンをうばわれそうになる。ゴンベのワザ「ゆびをふる」でなんとかピンチはきりぬけたが、そのドサクサでピカチュウ、ニャース、ウソハチ、マネネがはぐれてしまった。ひっしでなかまをさがすサトシ＆ロケット団。そんなかれらの前にすがたをあらわしたのは、マネネとウソハチ。ところが、どうもようすがおかしくて…。

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ビルがたちならぶ大とかい、コモダシティをおとずれたサトシたちは、「赤いイナズマ」のウワサを耳にする。その怪人（かいじん）は、赤マントでかおも体もかくし、トレーナーがもっているポケモンにみずからワザをくり出して、バトルをしかけてくるというのだ。ポケモンのワザをつかうのに、人間のことばを話すというこのナゾの怪人により、町はふあんにつつまれていた。そんな中、サトシたちとはなれたゼニガメの前に、赤いカゲが立ちはだかった!!

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いよいよ４こめのリボンゲットをめざし、ポケモンコンテスト・アベリア大会にのぞむハルカ。だいじにそだててきたイーブイのちょうしもいいようす。あとは大会がはじまるのをまつばかり。そのとき、ユマというポケモンブリーダーがぐうぜん通りかかった。かつてはポケモンコーディネーターだったという彼女は、タケシのポケモンのそだてかたをほめて、今回のコンテストにさんかすることをつよくすすめるのだった。そしてタケシもコンテストにエントリーすることになるが…。

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サトシたちはバトルタワーをめざすとちゅうの山道（やまみち）で「くちづけポケモン」ムチュールに出会う。あまりのかわいさに、だきあげようとするハルカ。そのとき、林のおくからだれかがとつぜんワザをくり出してきた！　そのしょうたいは、３体のルージュラ。もうすこしでバトルになりかけるが、ルージュラはムチュールをまもろうとしていたのだと気づいたサトシたちは、道をとおまわりすることに。そのあと、森にひそんでいたロケット団は、このかわいいムチュールに出くわし、あるたくらみを思いつく。

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いよいよバトルタワーへのちょうせんの日がちかづいてきた。サトシとピカチュウは、こうふんしてなかなかねむれない。明けがた、たまらずに外へはしりに出たサトシとピカチュウは、たがいにバトルに勝つことをちかい合うのだった。ところがそこへとつぜん、野生（やせい）のスピアーがおそいかかってきた！　あわてるサトシたちをピンチからすくったのは、うつくしい顔だちの少年、リラだった。彼がピカチュウをだき上げたその時、こんどはピカチュウをねらうロケット団がおそいかかってきて…。

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バトルタワーでのリラとのバトルにやぶれたサトシ。くやしさをこらえきれず、ふたたびたたかいたいと思うが、いきおいまかせなこれまでのたたかいかたでは勝ちめがない。ポケモンのじつりょくをひき出せなかったことをはんせいしたサトシは、とっくんをはじめるのだった。ポケモンと心をひとつにしてたたかうリラに勝つには、ふつうのとっくんではダメだと考えたサトシは…。

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バトルピラミッドへのちょうせんをめざすサトシと仲間たちは、とちゅうの山岳地帯上空でオーロラをもくげきする。それとどうじにピカチュウや周囲のやせいポケモンにいへんが起き、なんとモンスターボールが使えなくなってしまう。ただならぬようすの中、一行の前に現れたのは、かつて行動をともにしたポケモンレンジャーのヒナタだった。彼女はこのいじょうじたいをちょうさ、かいけつするミッションを受け、この地をおとずれたのだという。そんな中、上空の空間がとつぜん、なぞのポケモン デオキシスが出現した！ たのみのつなは、ゆいいつうごくヒナタのキャプチャスタイラーのみ！ サトシたちの運命やいかに！？

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さいごのバトル施設（しせつ）、バトルピラミッドへのちょうせんをめざすサトシたちは、森の中でキラキラとかがやく黄金（おうごん）のウソッキーと出会う。このめずらしいポケモンをゲットしようとするサトシだったが、にげられてしまった。ちかくの町にたどりついたサトシたちは、黄金のウソッキーを見たということを話すと、こわそうな男たちに「ウソッキーのじょうほうをよこせ」とせまられるはめに。そんなサトシたちのピンチをすくったのは、キンヤという少年だった。彼は黄金ウソッキーのひみつを知っているようだったが…。

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ポケモンコンテスト・カジノキ大会にエントリーし、５つめのリボンゲットをめざすハルカ。すでにリボンを５つあつめ、グランドフェスティバルしゅつじょうをきめたライバルのハーリーにプレッシャーをかけられ、きあいが入ったハルカは、もうれんしゅうにはげむ。いっぽうハーリーは、今回のコンテストにへんそうしてエントリーしていたロケット団にちかづき、ハルカをたおすために手をむすぼうとするのだった。

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ライバル・ハーリーとロケット団のぼうがいにもめげず、コンテスト一次予選（いちじよせん）をつうかしたハルカ。しかし、二次審査（にじしんさ）のコンテストバトルは、てごわいあいてばかり。くるしみながらも勝ちすすむハルカだったが、ハーリーたちのわるだくみはまだおわったわけではなかった。ハーリーたちのワナがせまるなか、はたしてハルカはコンテストを勝ちぬくことができるのか!?

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今日もピカチュウゲットにしっぱいして「やなかんじー！」ととばされたロケット団の３人。そしてついに、ムサシ、コジロウ、ニャースはトリオを解散（かいさん）することにする。ちょうどそのころ、サトシたちはサビシティでおこなわれるワンデートーナメント・ポケモンバトルにさんかしようとしていた。しかし、それはロケット団のヤマト、コサブロウがしくんだワナだった。サトシたちの、そしてロケット団の３人のうんめいは…!?

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バトルピラミッドに行く前に、ニビシティにたちよったサトシたち。ひさしぶりにおとずれたタケシの実家（じっか）のニビジムは、なぜかいぜんとはちがう、おかしな外見（がいけん）になっていた。のこされた弟たちによれば、ジムリフォーマーとなのるあやしい業者（ぎょうしゃ）が、タケシの両親（りょうしん）をうまいことばで言いくるめて、改装（かいそう）をはじめたのだという。聞けば聞くほどあやしいジムリフォーマー。彼らはいったいなにものなのか？　かわいい弟たち、そしてニビジムをまもるため、タケシが立ち上がった!!

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サトシたちはさいごのバトル施設（しせつ）、バトルピラミッドを目のまえにしながら、古代（こだい）の地下通路（ちかつうろ）におちてしまう。そこで古代遺跡（こだいいせき）のワナにかかり、サトシたちはピンチにおちいるが、でんせつのポケモン「レジロック」をつかう男・ジンダイによってたすけられた。彼に「気がゆるんでいる」と言われるが、そのことばを聞こうともしないサトシ。しかし、そのすぐあとに遺跡にふれたため…。

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ハルカのグランドフェスティバルしゅつじょうにむけ、セキエイ高原（こうげん）をめざすサトシたちは、農夫（のうふ）におわれたエイパムの大群（たいぐん）に会う。そのときサトシはぼうしを、ハルカはたいせつなリボンケースをうばいとられてしまった。どうやら、それまでおとなしかった山のポケモンたちが、果樹園（かじゅえん）をあらしはじめていて、農夫たちはこまっているらしい。さらに、山にはぶきみなうなり声をあげる大きな魔物（まもの）まですがたをあらわすという。さっそく、サトシたちはちょうさをはじめるが…。

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サトシ一行はついに、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバルが行われるセキエイ高原（こうげん）にたどりついた。２度目のグランドフェスティバル挑戦（ちょうせん）で優勝（ゆうしょう）をねらうハルカはきあい充分（じゅうぶん）だが、出場者（しゅつじょうしゃ）はみんなリボンを５ついじょうゲットしたつわものばかり、さらに会場内にはライバルのシュウ、ナゾのくろづくめコーディネーター、スタッフの中にまぎれこんだロケット団など油断（ゆだん）ならぬ面々（めんめん）もいるのだった。はたしてハルカははれの舞台（ぶたい）、グランドフェスティバルの予選（よせん）をぶじにかちぬくことができるのか？

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ポケモンコンテスト・グランドフェスティバル・セキエイ大会のよせんをかちぬいたハルカ。しかし、本選（ほんせん）ではさらにきびしいがたたかいがまちうけていた。とくに、ライバルのシュウのやる気と、彼をむかしから知るコーディネーター、サオリのじつりょくを目の前にして、ハルカはたじたじする。そして、二次審査（にじしんさ）のコンテストバトルにすすんだハルカのたいせんあいては、なんと、これまでズルいさくせんで、なんども彼女をくるしめてきたハーリーだったが…。

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ついにライバルのシュウとたたかうことになったハルカ。おたがいにポケモン２体ずつでたたかう「ダブルバトル」でのたいせんは、どちらも一歩もゆずらないスリリングなあらそいに。はげしくもうつくしいワザがみだれとぶはくりょくのバトルに、かいじょうは大いにもり上がる。だがそのとき、サトシにだれかがちかづいてきて…。

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バトルピラミッドをめざすとちゅう、イタズラもののエイパムをおいかけていたサトシは、ちかくの村でおこなわれる「王様（おうさま）えらび」というイベントに出会う。そのイベントは、村につたわる王冠（おうかん）をみんなでうばい合い、日がしずんだときに手にしていた人が、つぎの１年間王様になれるというもの。このイベントには村人いがいの人でもさんかできると聞き、サトシたちはしゅつじょうすることにするが…。

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人間の声をまねる「おんぷポケモン」のペラップと、それをおいかけている女の人、アンリに出会うサトシたち。アンリは、ペラップをくんれんして、いっしょにまんざいコンビをくもうとしているという。かのじょのゆめは、まんざいグランプリでゆうしょうして、おわらい芸人（げいにん）になることなのだ。しかし、ペラップはかってにどこかへとんでいってしまい、こまっているというアンリ。かのじょの家に立ちよることにするサトシたちだったが、そこにあやしいセールスマンがあらわれて…。

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サトシたちは顔にキズをもつマニューラからとつぜんのこうげきをうけた。ピカチュウとエイパムがはんげきするが、マニューラのものすごいつよさの前にふきとばされてしまい、エイパムはかなりのダメージをうけてしまう。森林警備隊（しんりんけいびたい）のカワダにたすけられたサトシたちは、あのマニューラはむれからはなれた「はぐれマニューラ」で、ポケモンをつれた人間を見るとバトルをしかけてくるのだと聞く。はぐれマニューラはなぜ人間をおそうのか？そのウラには、かつておきたあるじけんがかんけいしているようなのだが…。

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ついにフェンネル谷にたどりつき、バトルピラミッドにまたしてもバトルをいどむサトシ。しかし、ジンダイがいそがしいため、バトルはつぎの日へもちこしとなる。そこで、すぐちかくのポケモンセンターにむかったサトシたちは、ポケモンバトルがすきなジョーイさんにかんげいされる。しかも、ジョーイさんがサトシのれんしゅうバトルのあいてをしてくれることになった。しかしサトシは、ジョーイさんとパートナーのラッキーのたくみなコンビネーションによりピンチになってしまい…。

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バトルピラミッドでジンダイにやぶれたサトシは、なやんでいた。そこへやって来たのはオーキド博士（はかせ）。博士にあずけているポケモンたちや、なかまからのおうえんメッセージにかんどうするサトシ。しかし、なによりも心をうごかされたのは、ライバルのシゲルがポケモンのけんきゅうをがんばっているというしらせだった。そしてサトシは、ジンダイとのたたかいにむけて自分もがんばろうと思うのだった。ちょうどその時、ハルカの前にライバルのシュウがすがたをあらわしていた。グランドフェスティバルがおわり、もくひょうを見うしないかけていたハルカは、シュウにバトルをもうしこむことに…。

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ジンダイとのたたかいにむけ、フェンネル谷のポケモンセンターでトレーニングをするサトシたち。ところが、ポケモンセンターをひとりできりもりするジョーイさんが、とつぜんびょうきでたおれてしまった。サトシたちはポケモンセンターのしごとをたすけることにするが、そのころ、ちかくの山道でたくさんのポケモンたちがケガをしてしまったというじこがおきてしまう。サトシたちはこのピンチをのりこえることができるのか？

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バトルピラミッドにもういちどむかうため、サトシはフシギダネ、ゼニガメ、リザードンといったなつかしいなかまたちをよびよせた。さいしょにいっしょにたびをしたポケモンたちと山ごもりすることで、初心（しょしん）にもどり、ジンダイをたおすヒントをえようというのだ。むかしからのなかまとすごし、なにかをつかみかけるサトシ。しかし、山にはそんな彼らをねらう、あやしいカゲがひそんでいて…。

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バトルピラミッドのたたかいは、４VS４のバトル。大きなワザと小さなワザをうまくつかうジンダイにくるしめられるサトシだったが、もちまえのガッツとポケモンたちとのコンビネーションで、ごかくのたたかいをくりひろげる。そしてついに、おたがいのポケモンはラスト１体に…。そこでジンダイが出したのは、なんとでんせつのポケモン、レジアイスだった。サトシはピカチュウでレジアイスにいどむが…。

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バトルフロンティアとグランドフェスティバルという、それぞれのもくひょうを終わらせたサトシ、ハルカたちは、故郷（こきょう）に帰るため、港町（みなとまち）のトネリコタウンにやって来た。港から海をわたるハルカとマサトは、サトシたちとここでおわかれだ。ちょうどおまつりがあるため、町はにぎやか。そこでサトシたちは、ポケモンコンテストがひらかれることを知る。コンテストにさんかすることにしたサトシとハルカ。勝ちすすんだ2人は、たいけつすることになるが…。

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さいごのポケモンコンテストの決勝戦（けっしょうせん）でぶつかったサトシとハルカは、ともにベストをつくしてたたかいぬいた。そのおどろきのけっちゃくに、大かんしゅうはわきあがる。そして、たたかいがおわり、サトシたちにはわかれの時がせまっていた。たびの思い出をむねに、それぞれ帰ろうとしていたサトシたちは、ハルカからあることを聞かされることに。そして、マサラタウンをめざすサトシの前に、おどろきの出会いがまっていて…。

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