ポケットモンスター ダイヤモンド&パール（ポケモンアニメ第3シリーズ）

ポケモンマスターを目指して旅を続ける主人公・サトシとパートナーのピカチュウは、新たな冒険の舞台「シンオウ地方」へやって来た。そこで、トップコーディネーターを目指すヒロイン・ヒカリとパートナーのポッチャマに出会い、一緒に旅をすることに。さまざまな出会いを通じて仲間の大切さを知り、ライバルとのバトルを熱い友情で乗りこえて、成長してゆく･･････。

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ヒカリはシンオウ地方にすむ10才の女の子。今日は新人ポケモントレーナーとして、ぼうけんのたびに出る日だ。まずはさいしょのポケモンをもらうために、となり町のポケモン研究所（けんきゅうじょ）をめざしてしゅっぱつしたヒカリだったが、道にまよってしまう。ちょうどそのころ、研究所では新人用ポケモンのナエトル、ヒコザル、ポッチャマがケンカをはじめて大さわぎ！さらにポケモンたちは、研究所からにげだしてしまい･･････。

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ついにヒカリは最初のポケモン、ポッチャマと冒険の旅に出た。最初の目的地は、ポケモンコンテストが行われるコトブキタウンだ。道中、初ゲットをめざして、ポケモンに出会うたびにバトルを挑むヒカリだったが、ポッチャマとのコンビネーションもイマイチで、なかなかうまくゲットできない。そんな中、ヒカリの目に前に現れた一匹のポケモン、それはなんと、ダメージを受けて弱った姿のピカチュウであった…。

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はなればなれになったピカチュウを必死で探すサトシは、森の中でムックルをゲットしている少年に出会った。ポケモンに対する考え方が全く異なるその少年に挑発され、サトシは3対3のポケモンバトルをするハメに。しかしその頃、ヒカリとポッチャマと行動していたピカチュウは謎の巨大なメカからの襲撃を受け大ピンチに！果たしてサトシのバトルは、そしてピカチュウたちの運命は！？

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いっしょにたびをはじめたものの、なかなか息（いき）が合わないサトシとヒカリ。野生（やせい）のミミロルをゲットしようとはりきるヒカリに、サトシがあれこれと口出ししたため、２人はケンカになってしまう。そこへあらわれたのは「つぼみポケモン」スボミーをつれたポケモン吟遊詩人（ぎんゆうしじん）、ナオシだった。サトシに自分の力をみとめさせたいヒカリは、ナオシにポケモンバトルをもうしこむが･･･。

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コトブキタウンにむかうとちゅう、ロケット団の気球（ききゅう）につれさられてしまったピカチュウ。サトシは、ムックルのおかげで気球をおとすことにせいこうするが、おちたさきはとおいみずうみのほうがくだった。みずうみへむかって走るサトシたち。いっぽうピカチュウは、おちた気球から野生（やせい）のナエトルにたすけられていた。ガッツにあふれるナエトルは、ピカチュウをかばってロケット団をおいはらうが、なんと、あとからかけつけたサトシまで敵（てき）だと思いこんでしまい･･･。

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あたらしいなかまのナエトルをゲットし、たびをつづけるサトシたちの前に、かつてバトルをした少年、シンジがふたたびあらわれた。彼はサトシとおなじくクロガネジムへのちょうせんをめざしていて、今はジム戦にむけて戦力（せんりょく）をふやしているのだという。そして、サトシはナエトルで、シンジはヒコザルでバトルをすることになる。ところが、その勝負のさいちゅうにロケット団がおそいかかってきたため、サトシたちははなればなれになってしまうが･･･。

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ポケモンコンテストちょうせんをめざすヒカリは、ポッチャマととっくんするが、なかなかうまくいかない。そこでポッチャマは、サトシやヒカリにかくれて、ひとりでトレーニングをはじめる。ところが、やっぱりしっぱいばかり。そんなポッチャマの目の前に、キズついたゴルダックをせおったヌオー、ウパー、ニョロモがあらわれた。ゴルダックはわるいポケモンに木の実をうばわれ、そのときにケガをしたらしい。それを知ったポッチャマは、「ボクにまかせて！」と言いはじめるが･･･。

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ロケット団のニャースがコンビニから出てくると、入口のよこにふてくされたかおをしてすわっているきみょうなポケモンがいた。いっしゅん目があったニャースは、あやしいものをかんじて早くそこからはなれようとする。しかしそのポケモンは、かったるそうにニャースのあとをずっとついてくるのであった。ぶきみに思ったニャースは、スタスタとにげ出すが･･･。このナゾのポケモンのしょうたいは？

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サトシたちのたびの朝はあわただしくはじまる。ヒカリは「ねぐせがなおらない」とさわぎ、サトシはいたずらもののエイパムにとられたぼうしをとりもどそうとドタバタ。そんな中、ピカチュウがいきおいよく道に出たところ、ジュンサーさんの白バイとはち合わせ！あわや交通事故（こうつうじこ）というタイミングに、だれかがとび出して、ピカチュウをたすけてくれた。すごいジャンプを見せたその人のしょうたいは!?

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サトシたちは、シンオウ地方（ちほう）でいちばんの大都会（だいとかい）、コトブキシティにたどりついた。ざっしを手にしてになにかをさがしはじめるヒカリ。どうやら、いまはやっている「ポケッチ」というなまえのべんりな時計（とけい）が、どうしてもほしいらしい。「ぜったいゲットしなくちゃ！」といきごむヒカリ。しかし、とつぜんポケッチが発売中止（はつばいちゅうし）になったと聞かされ、おちこむのだった。そのとき、目の前にやさしいピエロがあらわれて･･･。

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コトブキシティで、はじめてポケモンコンテストにさんかすることにしたヒカリ。コンテスト用のドレスにきがえて、すっかりまいあがるが、だいじなアクセサリーをおとしてしまい、早くもこの先がふあんになってしまう。そのあと、コンテストにむけてサトシとピカチュウをあいてにとっくんをするヒカリとポッチャマだったが、それを見ていたエイパムがとつぜんとびこんできて、みごとなワザを見せ･･･。

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ポケモンコンテスト・コトブキ大会にしゅつじょうしたヒカリとサトシは、ぶじに１次審査（１じしんさ）をかちぬき、２次審査のコンテストバトルにかちすすんだ。「このままかちすすんで、クロガネジムのバッジもゲットしてみせる」とじしんまんまんのサトシだったが、それを聞いていた少女・ノゾミは、「ジムをめざすならコンテストに出ないでほしい」と言ってきて･･･。

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クロガネシティに向かう道中の森でサトシとムックルは、シンオウ地方最初のジム戦に挑戦するべく特訓にはげんでいた。そこで偶然出会ったのは、森の鳥ポケモンたちの観察や管理をしているユカリという女性。彼女の勧めで、とりポケモンの観察に挑戦するサトシ一行だったが、どうも様子がおかしい。ユカリによれば最近、森のとりポケモンの数が急に減っているため、原因を調査中だという。一行はその調査を手伝うことにするが、そこには思いも寄らぬ事態が待ち受けていた。

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サトシ、ヒカリ、タケシの一行は、クロガネシティに向かう途中の山で、ケガをしたコノハナとジョーイさんに遭遇した。人間を恐れるコノハナは、ジョーイさんを威嚇する。タケシはポケモンブリーダーとしての経験を活かし、コノハナの警戒を解いてケガの手当をしてやる。そしてタケシは忙しいジョーイさんに代わり、このコノハナを住みかの巨木まで連れていくことにするのだが、何者かによってコノハナと自分のウソハチを連れ去られてしまう。

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シンオウ地方最初のポケモンジムに挑戦するため、クロガネシティにやってきたサトシたちだったが、残念なことにジムリーダーは外出中。街のはずれの炭坑へ向かった一行は、そこで化石に語りかける不思議な男、ヒョウタに出会う。彼こそがこの地のジムリーダーだったのだ。早速ジムバトルを申し込むサトシ。しかし、先客がいるため順番待ちだという。その先客とは、何とライバルのシンジであった！サトシたちは、ヒョウタ対シンジのジムバトルを見学することにするが、そこで目にしたものは・・・！

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先に対戦したシンジとのすさまじいバトルで、ジムリーダー・ヒョウタの実力を目の当たりにしたサトシ。翌朝には、いよいよクロガネジムに挑戦だ！ヒョウタの手持ちポケモンを念頭に置き、サトシは迷いながらも３対３のバトルにのぞむメンバーを絞り込む。そしてついに朝をむかえ、ヒョウタとのジム戦の幕が切って落とされた。ヒョウタがくり出したのはなんと、シンジ戦で奥の手に使ったズガイドスだった！いきなりの強敵登場に、果たしてサトシはどう戦うのか！？そして丁度その頃、クロガネシティの炭坑博物館にあやしい影が・・・。

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健闘したものの、ジムリーダー・ヒョウタの前に惜しくも敗れたサトシ。ヒカリは、カントーやジョウト地方でゲットしたポケモンたちでの再挑戦を勧めるが、サトシは「絶対にシンオウでゲットしたメンバーで勝ってみせる」と言い張る。そこでタケシはサトシにある練習法を提案する。そして、時を同じくして街の炭坑博物館では、古代ポケモンが大暴れをはじめて大パニックに！いったい何が起こったというのか！？

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サトシはロケット団との戦いで見せたポッチャマの動きから、クロガネジム攻略のヒントをつかんだ。しかし、ジムリーダー・ヒョウタのズガイドスは、なんとラムパルドに進化、さらにパワーアップをして手強くなっていた！そして、ついに迎えたサトシのクロガネジム再挑戦、ヒョウタは一番手にイワークを、サトシはピカチュウをくり出した！自信を持ってのぞんだサトシの奥の手とは一体・・・？

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次なるジムのあるハクタイシティに向かう道中の草原で、サトシたちは”でんきリスポケモン”のパチリスに出会った。その可愛らしいルックスと愛くるしい仕草に、すっかり一目ぼれしてしまったヒカリは、何が何でもゲットしようとバトルを挑むことに。ポッチャマとミミロルのがんばりで苦戦の末、なんとかパチリスのゲットに成功したヒカリだったが、このパチリス、何ととんでもない性格の持ち主だった！！

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サトシたちの目の前に突如として現れた、ボーマンダに乗った謎の女性。彼女はハイテクメカを使いこなし、ポケモンをまるで銅像のように固めて奪い去る、悪のポケモンハンターの一員だった！ポケモン強奪の現場を目の当たりにしたサトシは、ハンターの後を追うが、なんと反撃にあった上にピカチュウを奪われてしまう！ポケモンハンターの悪企みを叩きつぶし、ピカチュウを取り戻すためサトシたちは、同じようにニャースを奪われたロケット団と手を組むことにするが･･･。

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ハクタイジム向かう途中、コトブキシティを再び訪れたサトシたちは、テレビコトブキの街頭インタビューを受ける。レポーターから「ビーボタン同盟」という、ポケモンを進化させずに育てて、その強さや美しさをみがくサークルの存在を教わり、興味津々のサトシ。サークルのリーダーが持つという”最強のコイキング”と”最も美しいヒンバス”を見せてもらうため、一行は「ビーボタン同盟」のあるビルに向かうが、そこに「シーボタン同盟」を名乗る別の集団が現れて･･･。

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旅を続けるサトシ一行は、通りがかった村のお祭りでポケモンコンテストが開かれる事を知って立ち寄ろうとする。ヒカリはゲットして間もないパチリスでぜひ挑戦しようと張り切っていた。ところが道中、遊んでいたエイパムが崖から落ちてしまった。絶体絶命のピンチからエイパムを救ったのは、なんとロケット団のムサシで･･･。

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サトシたち一行は静かな森の中で、一匹の傷ついたビッパに出会う。このビッパ、どうやら仲間とはぐれたらしく、かわいそうに思ったサトシたちは近くの滝に送り届けてあげようとするが、そこに突然ロケット団が現れた！　しかし、いつもと様子が違う。なんとその後に続いて姿を現したのは、激しく怒りまくるハガネールであった！　巨体をうねらせながら辺りをかまわず攻撃してくるハガネール！　サトシたちはロケット団とともにあわてて逃げ出すが・・・。

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サトシとヒカリが野原でポケモンバトルの練習をしていると、目に前に突然現れた女性から、そのピカチュウを３日間だけ借りたいと頼まれてしまう。話を聞けば、彼女はお婆さんとケーキショップを開いていたが、ケーキ作りの手伝いをしていたシュガーという名前のピカチュウが急にいなくなってしまい、３日後に行われるお菓子コンクールに出場できず、困っているのだという。サトシのピカチュウはシュガーのふりをして、お婆さんのケーキ作りに協力する事にするが、果たして無事にお菓子コンクールの日をむかえることができるのだろうか？

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サトシたちはポケモンコンテストが行われるソノオタウンにたどりついた。そこは美しい花が咲き乱れる街で、花にまつわる不思議な伝説が語り継がれていた。そんな中、「ポフィン作り教室」が開かれると知ったヒカリは、サトシたちにも参加を勧める。ポフィンとは木の実からつくるポケモンのおやつで、コンテストを目指すポケモン達に与えるといろんな効果が得られるのだという。”ブーケポケモン”ロズレイドが花の世話をするフラワーショップで、一行はさっそくポフィン作りにチャレンジするが、その姿を見つめるあやしい影が・・・。

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ポケモンコンテスト・ソノオ大会を翌日にひかえたヒカリは、ピカチュウをコーチにむかえてパチリスの特訓にはげんでいた。すると、そこに偶然通りがかった少年が、親しげに話しかけてきた。なんと、ヒカリの幼なじみのケンゴであった。彼は、ヒカリよりも早く旅に出ており、最初にもらったポッチャマをすでにポッタイシに進化させている、なかなかの強者。ヒカリを軽く見ているケンゴは、ヒカリのバトル挑戦を断り、逆にサトシを挑発してきた。サトシは、ケンゴからの挑戦を受け、ピカチュウ対ポッタイシで戦うことに。果たしてこのバトルの行方は？そしてヒカリのコンテスト挑戦はいったいどうなるのか？

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ポケモンコンテスト・ソノオ大会の第一次審査を思わぬアクシデントでスタートしたヒカリとパチリス。機転をきかせてなんとか演技を終了したが、他の参加者もなかなか手強く、審査通過は難関のようだ。そんな中、ついにヒカリの幼なじみ、ケンゴの演技がスタートした。ケンゴがくり出したポケモンは”ねんりきポケモン”のフーディン。ケンゴはフーディンとの見事なコンビーネーションと演技で、観客をひきつけていく。果たしてヒカリは一次審査に勝ち残り、次のステップに進むことができるのだろうか？

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ハクタイシティへ向けて旅を続けるサトシたちは、ある村のポケモンセンターに立ち寄った。そこはジョーイさんとその家族が切り盛りする、小さいながらも明るく楽しいポケモンセンターであった。ジョーイさんの長女のサヤカは”ふうせんポケモン”のフワンテを持っており、近くへのお使いはフワンテに乗ってフワフワ飛んで行くのだという。サヤカがお使いで留守の間、サトシはひょんな事から次女のマイに連れられて森の中の洞窟へ行くことに。そこには姉妹のヒミツのお友達がいるというのだが・・・。

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旅の途中でサトシたちは、テレビ番組「シンオウ・ナウ！」のレポーター、ユウカからインタビューを受ける。彼女たちは、辺りのキャンプ場に集まる腕自慢のポケモントレーナーたちを取材しに来たのだという。サトシとヒカリもさっそく腕試しにと、バトル相手を探したところ、めちゃくちゃ強い二人組みのトレーナーのウワサを耳にする。先へと進むサトシたちが出会ったのは、バトル16連勝中の双子の兄弟、イサナとイサムであった。彼らとタッグバトルで戦うことになったサトシとヒカリだが、急ごしらえのコンビで果たして太刀打ちできるのだろうか？

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次の街へ向かう道中にある、ハクタイの森にやって来たサトシたちは、大木の下で”たまごポケモン”ラッキーを連れた女性、モミと出会う。彼女は”あまいミツ”を大木に塗り、おびき寄せられた”みのむしポケモン”ミノムッチをゲットしようとしている所だったのだ。聞けばモミは、この森の奥深くにあるという”恐ろしくあまいミツ”を探しに来たのだという。”あまいミツ”の数万倍もの効果があると言われるそのミツは、森の中でもまだ誰も足を踏み入れたことのない場所にあるらしい。モミの話に冒険心をくすぐられたサトシたちは、彼女と行動を共にするが･･･。

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ハクタイの森で出会ったモミと共に、伝説の”恐ろしくあまいミツ”を求めてさまようサトシたちだったが、森の中で迷ってしまいなかなか見つけられないでいた。そこに突然、ボーイッシュで元気なお姉さんが飛び出してきた。彼女はサトシのナエトルを見ると、ハイテンションで2対2のポケモンバトルを申し込んできた。バトルを受けて立ったサトシのナエトルに対して、お姉さんがくり出したのは、”さくらんぼポケモン”のチェリンボ。しかし、チェリンボはすぐに2匹目のポケモンとチェンジしてしまった。そのポケモンとは、何とサトシと同じナエトル！　このバトルを制するのは果たして･･･！？

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“恐ろしくあまいミツ”発見の重要な手がかりをつかんだサトシ一行は、ザロクの花に集まるミツハニーを追って、森の奥深くまで入り込んで行く。ミツハニーの行く手にあった大きな滝、その裏側にはなんと洞窟の入口が隠されていた！　闇の中、ピカチュウの鼻を頼りに微かな甘い匂いを辿りながら進むサトシ達。洞窟の奥深くで彼らを待ち受けていた驚くべきものとは！？　サトシ達は無事に目的を果たし、洞窟から脱出できるのか！？

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人気テレビ番組の特別企画「ポケモンなりきり大会」略して「ポケなり」の公開生放送の現場に居合わせたサトシたち。番組の内容は、ポケモンがメイクや仮装で他のポケモンになりきり、その出来を競い合うという、お祭りノリのバラエティショーだ。優勝者にはポケモンのタマゴがプレゼントされると聞いたサトシは、早速ピカチュウでエントリーしようとするが、ヒカリもタケシもやる気満々！　さらに、噂を聞きつけたロケット団も参加したからもう大変！　このハチャメチャな番組、いったいどーなるの！？

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サトシたち一行は、森の中で傷ついたポケモンを連れたトレーナーたちに出会う。聞くと、近くを流れる川辺におそろしく強いブイゼルが出没し、バトルを挑む相手を次々と打ち負かしているのだという。「そんなに強いブイゼルなら、ゲットしてやるぜ」と、サトシは意気込んで川に向かうが、そこにはヒカリのライバル、ノゾミの姿が。彼女もすでに、ブイゼルゲットを考えていたようで･･･。

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サトシたちはハクタイシティへと向かう旅の途中、バトルの特訓で疲れたポケモン達を休ませるため、峠のポケモンセンターに立ち寄った。待合室のテレビでは、ちょうどポケモンバトルの映像が流れ、そこでは四天王のゴヨウが見事なポケモンバトルを展開していた。サトシもヒカリも、展開されるバトルの凄さに引き込まれ、テレビに見入っていたが、ふと隣から聞こえた声の方を向くと、何とそこにはゴヨウ本人が！　サトシは早速バトルを申し込むが、ゴヨウからの返事は意外なものだった。

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ハクタイシティに着いたサトシたちは、街の歴史博物館で強盗事件に巻き込まれた。犯人は白昼堂々、博物館に展示されていた秘宝”こんごうだま”を奪ったのだ。駆けつけたジュンサーは”スカンクポケモン”のスカンプーと共に、博物館を封鎖するが、捕まったのはなんと、以前旅の途中で知り合った、ポケモン吟遊詩人のナオシさんであった！本人はもちろん、居合わせたジムリーダのナタネも、ナオシの無実を主張するがすっかり犯人扱いされ、聞き入れてもらえない。そこに「異議あり！」という声と共に、もう一人のジュンサーが現れた！

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ついにハクタイジムでのジムバトルに挑戦する事になったサトシ。相手は草タイプポケモン使いのジムリーダー、ナタネだ。ナタネの一番手は”さくらんぼポケモン”のチェリンボ、サトシはナエトルをくり出した。草木が茂り、屋根のないバトルフィールドは草タイプポケモンには絶好の条件。果たしてサトシは、以前ナタネに負けたリベンジを果たし、シンオウ地方2つ目のジムバッジを手にすることができるのか！？

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次なる目的地、ヨスガシティに向かうサトシたちは、自転車に乗ってサイクリングロードを走っていた。空模様があやしくなってきたので、一行はサイクリングロードの近くにあるポケモンセンターに向かおうとするが、同じタイミングで、タケシが持っていたタマゴからポケモンが生まれそうな気配が。急いで、ポケモンセンターに駆け込んだところ、サトシたちの目に飛び込んできたのは、すっかりさびれたポケモンセンターと、自信を失って落ち込んでいるジョーイさんの姿であった。タケシはそんなジョーイさんに、タマゴを託そうとするが･･･。

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ヨスガシティを目指す道中、大きな河に行き当たったサトシ一行は、観光用の蒸気船に乗って移動することに。サトシたちは、船のデッキからのきれいな眺めを見せてあげようと、手持ちポケモン全員をモンスターボールから出す。これには、みんな楽しそうに大はしゃぎ。船の出発までまだ時間があるのでサトシ、ヒカリ、タケシは、近くのお店へ買い物に行くことにした。その間、船でピカチュウたちはお留守番をするが、トレーナーがいなくなるや、パチリスたちはドタバタ大騒ぎ！　一体どうなるの！？

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ポケモンジムとコンテスト会場があるという、ヨスガシティを目指して旅を続けるサトシたち。道中でシンオウ地方の四天王より強いという、チャンピオンのシロナがこの辺りまでやって来ていると聞く。近くの公園に集まった野次馬をかき分け、シロナの姿を見つけたサトシたち。その目に同時に飛び込んできたのは、なんとライバル・シンジの姿。シンジは、大胆不敵にもはるかに格上のシロナにポケモンバトルを挑む。余裕で挑戦を受け入れたシロナはガブリアスを、シンジはヒコザルをくり出した！果たしてこのバトル、シンジに勝ち目はあるのか！？

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旅の途中、森の中で突然サトシたちの目の前に現れたムウマとニャルマー。どことなく見覚えのある、このポケモンたちに導かれて一行が進んだ先には、なんと足をケガしたノゾミの姿が。応急処置をし、近くのノゾミのキャンプまで移動するサトシたち。ヒカリはそこで、ノゾミから次回のポケモンコンテスト・ヨスガ大会は一次審査、二次審査共にポケモンを2体ずつ使ったダブルパフォーマンスで挑戦しなければならないと聞く。未経験のダブルパフォーマンスに不安を感じるヒカリに、ノゾミは一緒に練習しようと持ちかけるが･･･。

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ヨスガシティを目指して、旅を続けるサトシたちは、広い野原で度重なる雷に遭遇した。大慌てで逃げまどうサトシたちが目にしたのは、”いなずまポケモン”ラクライの姿。雷はラクライの仕業だったのだ。そこに現れたのは、ユースケと名乗る青年。彼は、ポケモンの訓練士で、ラクライが発する雷を制御できるように訓練していた所だったが、なかなか言うことを聞いてくれないのだという。その様子を見たタケシは、ラクライを世話したいと申し出る。果たして、プロもてこずるこのラクライの訓練。タケシは成功できるのだろうか？

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旅の道中、道に迷ったまま夜を迎えたサトシたち一行は、雨に降られて近くの朽ち果てた門の下に駆け込んだ。すると、おかしな事に門の向こう側は全く雨が降っていない。サトシたちは謎めいた門の先へと進むが、そこに待っていたのは、タケシの事が大好きなジョーイさんとジュンサーさんや、突然現れた巨大なコロシアムでのグラードンとレックウザのバトルなどなど、とても不思議な光景ばかり。そのうえ、サトシとヒカリは世界一のトレーナーとコーディネーターの決定戦に招待されて･･･って、そんな夢みたいな話、本当にあるの？

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サトシたちは旅の途中、高い崖の途中で身動きが取れなくなった”カバポケモン”のヒポポタスを見つける。困っているヒポポタスを協力してなんとか助け出した一行だったが、安心したのもつかの間、目の前にテレビ・コトブキの取材スタッフが現れた！なんでも彼らはヒポポタスの生態を追うドキュメンタリー番組の撮影中で、一匹だけ群れからはぐれたヒポポタスを探していたら、サトシたちに出くわしたのだという。サトシたちは迷子のヒポポタスを群れに戻すため、一肌脱ごうとするが･･･。

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ポケモンマスターをめざし、シンオウ地方を旅するサトシたち一行。またもやポケモンハンターＪの悪事に遭遇する。

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旅の途中、ヒカリは森の向こうのポケモンセンターでポケッチの新アプリがもらえるというお得な情報をゲットする。しかし、アプリの追加は今日の夕方までの限定サービス！！そこで、ヒカリとサトシたちは、近道と聞いた洞窟を抜けることに。すると突然、洞窟内で、ゴローン、ゴローニャの群れに襲われ、サトシたち、ポケモンたちは、バラバラになってしまう。さらに洞窟の先は、岩の迷路になっていた。果たして、サトシたちは無事迷路の抜け出し、ポケッチの新アプリをゲットできるのか？

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旅の途中サトシたちは、”ねんりきポケモン”ケーシィを連れた女の子・ミルに声をかけられる。なんとケーシィのテレポートで、ヨスガシティへ連れて行ってくれるというのだ。幸運なサトシたちだったが、テレポートした目の前に広がるのは、湖だけ。ミルに理由をたずねると、湖の底に沈んだ学校の中でモンスターボールを探したいという･･･。

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ついにヨスガシティにたどり着いたサトシたちは、ポケモン吟遊詩人のナオシと久々に再会した。どうやら、ナオシも”こおろぎポケモン”のコロトックと共にコンテストに出場するらしい。さらに、コンテスト会場正面の広場は、ダブルパフォーマンスに向けて練習をしているコーディネーターたちで賑わう。そこには、ニャルマーとカラナクシで優勝を狙うノゾミの姿も。今回のヨスガ大会は、ポケモンを二体使ってのダブルパフォーマンス！そしてダブルバトル！強敵ぞろいの大会で、ヒカリは、2つ目のリボンをゲットすることができるのか！？

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ようやくヨスガシティにたどり着いたサトシたち。ところが、ヨスガジムのジムリーダーは旅に出ていて留守のため、ジム戦はお預け。その代わりに、ヨスガシティの名物タッグバトル大会にエントリーすることに。大会は、3日間に渡って繰り広げられ、その場に集まったポケモントレーナーとエントリー時にもらったカードを元にタッグを組み、優勝を目指すというもので、まるでポケモンリーグのような盛り上がり！　ヒカリは、勝てるポケモンバトル方程式を持つというコウヘイと、タケシは、キャモメをつれた素敵なおねえさんのホノカとパートナーを組むことに。そして、サトシのパートナーに選ばれたのは、なんとライバルのシンジだった！

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なんとか一回戦を勝ち進んだ、足並みの揃わないサトシとシンジのタッグ。シンジは２回戦に向けて、ヒコザルにさらに厳しい特訓を強いる。それを見かねたサトシたちは、ヒコザルを何故そこまで追い詰めるのかと問いただす。するとシンジは、静かにヒコザルとの出会い、そして”ネコイタチポケモン”のザングースとヒコザルの過去などを語りだした･･･。

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二回戦にもヒコザルを投入し、なんとか準決勝に進出したサトシとシンジだったが、ヒコザルのバトルに納得できず、ついにシンジはヒコザルを逃がすことに。それを見ていたサトシは一緒に旅をして強くなろうと声をかけ、ヒコザルをゲットする。タッグバトル大会ではヒカリ、コウヘイのタッグが、早くも3回戦に勝利し、ファイナル進出が決定。また、タケシ、ホノカＶＳサトシ、シンジの3回戦では、シンジの一方的なバトルで勝利する。タッグとしてまったくかみ合わないサトシ、シンジのタッグはついに、ファイナルでコンビネーションが抜群のヒカリ、コウヘイのタッグと対戦！果たしてファイナルを制するのはどっちのタッグか？そして、ファイナルでサトシが選ぶポケモンとは？

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次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、いつものように、ポケモンたちと食事をとるサトシたち。しかし、新しく仲間に加わったヒコザルはシンジとの旅との雰囲気の違いに戸惑っていた。そんなヒコザルにサトシはジム戦に向けたトレーニングに誘い、ヒカリ、ポッチャマを相手にバトルするのだが、ヒコザルは負けてしまう。その時、シンジの厳しい視線を思い出し、怒られるのではないかと、脅えてしまうヒコザル。しかし、サトシたちがとった行動はまったく別のものだった！ヒコザルは、そんな、サトシたちに何を感じるのか？さらに、突然ザングースの群れに襲われ、ヒコザル以外のポケモンたちがみんなピンチに！果たしてザングースの群れを前にヒコザルはみんなを助け出すことができるのか？

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旅の途中、小さな街・タジキタウンを通りかかると、そこにはハクタイジムのジムリーダー・ナタネの姿が。どうやら、街の子供たちにポケモンバトルの普及活動をしていたらしい。すると、ロケット団が現れ、ナタネの提案でサトシたちは、ナタネとコジロウ相手にタッグバトルをする事に。そこで、ナタネはコジロウに、サボネアには強くなる素質があるのに、才能を引き出せていないことを指摘し、私に預けないかと提案を持ちかける。コジロウはそれをきっかけに、サボネアと猛特訓を始める。ボロボロになりながらも、ひたむきにトレーニングを続けるサボネア。しかし、中々結果が出ないことに、自信をなくすコジロウ。そんな時、ナタネが再びコジロウの前に現れた！

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旅の途中で立ち寄ったポケモンセンターで、久しぶりにノゾミと再会したヒカリたち。そして、次回のコンテスト開催がズイタウンであるという情報をゲットする。そこで、ヒカリたちは、コンテストに向けノゾミと一緒に練習することに。ヒカリは次のコンテストが初めての出場になるブイゼルで、ノゾミと練習を、隣ではサトシがタケシとジム戦に向けてエイパムとヒコザルでトレーニング中。すると、エイパムとブイゼルは、お互いの練習が気になって自分たちのトレーニングに身が入らない様子。そんな時、ノゾミが、エイパムとブイゼルを交換したらどうかと提案してきた。果たしてサトシとヒカリは提案に対し、一体どんな答えをだすのだろうか？

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サトシとヒカリが次の大会に向け特訓に励んでいると、ブイゼルのソニックブームが近くにあった石を積みあげた塔に激突してしまう。すると突然あたりが薄暗くなり、吹き飛んだ石のひとつに雷が命中する。なんとその石は要石で、そこから、ふういんポケモンのミカルゲが現れた。襲い掛かるミカルゲから何とか逃れ、サトシたちは近くの村に立ち寄る。そこで村人から、悪さをしていたミカルゲを、ピカチュウをつれた波導使いが石で作った御霊の塔に封印してくれたという大昔の伝説を聞く。封印をといてしまった事を知ったサトシたちは責任を感じ、再びミカルゲを封印するために立ち上がるのだが･･･。

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サトシたちはズイタウンに向かう旅の途中、峡谷にかかった工事中の石橋の前で口論をしているブリーダーのイシスさんと設計士に出会う。どうやら、あと三日で橋を完成させなければ橋開通のイベントに間に合わないのだが、石橋作り名人の頭領がぎっくり腰で動けなくなってしまい作業が止まっているらしい。代わりに、設計士が石橋作りの指揮を、イシスさんが石橋の石の切り出しを担当しているのだが、石切り職人”ビーバーポケモン”のビーダルが全く働いてくれないで困っているとの事。そこでサトシたちは石の切り出しを手伝うことに。でも、今まで仕事をさぼったことの無いビーダルが働かない理由って一体？

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旅を続けるサトシたちは、テンガン山のふもとで”コンパスポケモン”のノズパスをつれた少年・アツオに出会った。すると、アツオはいきなりサトシにポケモンバトルを挑む！！野生的なバトルをするアツオに対し、サトシもヒートアップ！これまでにない暑苦しいほどの激しいバトルを繰り広げる。そして、サトシが対岸の岩に向かおうとした時、アツオが突然バトルを中断する。理由を聞くと、対岸はテンガン山ではなくなり、ノズパスがダイノーズに進化できないのだと言う。どうやら、アツオの夢はダイノーズでシンオウリーグに挑戦することらしい。そこでサトシは、同じ目標を持つアツオに共感し、バトルを再開する！果たして、ノズパスはダイノーズに進化することが出来るのか？

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旅の途中、森の中で道に迷ってしまったサトシたちは、地図にも載っていない古いお城を見つけ泊めてもらうことに。そこで、天才探偵を名乗る少女マーブルと”がんこうポケモン”のレントラーに出会う。どうやら怪盗3（スリー）ビューティーズがお城にあるお宝「こだいのおまもり」を狙っているらしく、サトシたちは怪盗と間違われてしまったのだ。そこへお城の主マシューが現れ、はやとちりなマーブルを手伝ってほしいと頼まれるのだが・・・サトシたちは無事お宝を守りきることが出来るのか！？　3ビューティーズの正体とは！？　そのとき、3ビューティーズの影が忍び寄る！！

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ついにズイタウンにたどり着いたサトシたち。ポケモンコンテスト・ズイ大会に向け特訓に励んでいると、ヒカリの幼馴染・ケンゴがやってきた。どうやらケンゴはこれからズイの遺跡に行くらしい。ついていくことにしたサトシたちはディアルガとパルキアが祭られる遺跡の前でバトルすることに。一方その頃、遺跡の内部では、なにやらあやしい儀式が行われていた。すると突然、”シンボルポケモン”のアンノーンが暴れだし、遺跡に異変が起こる！そして、その異変でサトシたちは遺跡に閉じ込めてられてしまう。果たして、サトシたちは無事遺跡から脱出することが出来るのか？

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ついに明日に迫ったポケモンコンテスト・ズイ大会！！ポケモンセンター前のフィールドで、ヒカリはポケモンたちと最終調整のためトレーニングに励む。順調な仕上がりのヒカリだが、今回も新たなパートナー・キノガッサを得て、ますます成長した幼なじみのケンゴや、誰も想像がつかない体を張った技で、観客を魅了するムサリーナと強敵ぞろい！！前回のヨスガ大会、一次審査で敗れているヒカリは、これまでの反省点をいかし、雪辱戦に挑む！！果たして、ヒカリは無事一次審査を通過し、今度こそ２つ目のリボンをゲットできるのか！？

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サトシたちは次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、タケシの提案でメイドカフェ「やまごや」に行くことに。お店で出迎えてくれたのはメイドのハル、ナツ、アキ。さっそく、やまごや名物”ちちうしポケモン”ミルタンクのミルク！を注文したサトシたちは、ハルとナツがもっているミルタンクの絞りたてミルクを裏の牧場で飲んで大満足！！ところが、アキのミルタンクだけは、わがままな性格で、まったく言う事を聞いてくれなくて困っているらしい。そこで、ブリーダー魂に火がついたタケシが、アキにポケモンの育てかたを特訓することに。果たしてミルタンクはアキの言う事を聞いてくれるようになるのか？一方、アキとタケシの特訓中に店を手伝うことになったサトシとヒカリ、そしてポケモンたち！お店が忙しくなってきたけどほんとに大丈夫？

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サトシたちは旅の途中、ヒカリの幼なじみ・ユモミの実家が経営している温泉に立ち寄ることに！ひさしぶりに再会したユモミとヒカリは大盛り上がり！さっそく一休みしようと露天風呂に飛び込む一行。ところが、温泉の量が少なく、お湯も冷たくて、とても入れる状態ではなかった。事情を聞くと、どうやら、山の上の源泉から引いている温泉が先週くらいから出なくなってしまったらしい。そこでユモミは”いのぶたポケモン”のウリムー3匹を使って新しい温泉を探そうとしていたのだ。協力することにしたサトシたちは、早速何かを発見！なんとそこは、新しいスパリゾートの建設現場だった！でも、ここのお湯は、何故かユモミの実家の温泉とそっくり！これって一体どういうこと！？

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サトシたちは旅の途中、緑豊かなとある街で、ナエトルとエナジーボールの特訓をしていた！すると突然、”キバさそりポケモン”のグライオンと”とびさそりポケモン”のグライガーの群れが襲い掛かってきた！そして、群れはあたりの木の実やくだもの、さらにサトシたちのお昼ご飯を食い荒らして逃げて行ってしまう。そこへ、ジュンサーさんとジョーイさんが現れた。どうやら、ジュンサーさんたちは街に迷い込んでしまったグライオンやグライガーの群れを捕まえて、もといた森へ帰そうとしていたらしい。そこでサトシたちはジュンサーさんたちを手伝う事にするのだが・・・。果たして無事グライオンとグライガーの群れを森へ帰すことが出来るのか？

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トバリシティに向かう旅の途中、大きな砂場を見つけたサトシたちは、みんなで遊ぶことに。ポケモンたちが砂場で大はしゃぎしていると突然、砂場が揺れ始め、大きな砂しぶきと共に足元の砂が盛り上がる。そして、砂の中から現れたのは”じゅうりょうポケモン”のカバルドン。好奇心旺盛なパチリスは、カバルドンの頭の上に乗ったまま大きな口を覗きこんでいると、なんと口の中に滑り落ちてしまった！サトシたちは大慌てでパチリスを助けようとするのだが、カバルドンはまた砂にもぐってしまってどこにいるのか分からなくてお手上げ。そんな時、以前、群れに返してあげたはずのヒポポタスがサトシたちの前に現れた！

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ついにトバリシティにたどり着いたサトシたちは、街外れの森の中で、格闘家風の女の子と”はどうポケモン”のルカリオが激しいバトルをしているのを見つけ見学していた。すると木の陰からエレブーがあらわれ、ピカチュウにちょっかいを出してきて大喧嘩に！そこへエレブーに声をかけるそだてやの青年の姿が。なんと、シンジの兄・レイジだったのだ。そして、レイジから格闘家風の女の子がトバリジム・ジムリーダーのスモモだと紹介され、サトシは早速ジム戦を申し込むのだが、断られてしまう。どうやら、シンジが原因で、スモモはジムリーダとしてやっていく自信をなくしてしまったらしい。そんな状況に自分をかさねるヒカリは、スモモにある提案を持ちかける！

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スモモに自信を取り戻してもらうため、初のジムバトルにチャレンジすることになったヒカリ。決戦を前にサトシのピカチュウやブイゼル相手に、ポッチャマたちとバトルの特訓に励む！そしてサトシは、ムクバードに新しいわざを覚えさせるため、レイジが育てている”もうきんポケモン”のムクホークに協力してもらいトレーニングを続けていた！その頃、スモモは板張りの道場のようなジムのフィールドで、明日のバトルに向け、ルカリオと共に精神統一をはかる。ついに迎えるジムバトル当日！果たしてスモモは立ち直ることが出来るのか？そして、スモモＶＳヒカリのジムバトルの結果はどうなる！？

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ヒカリのおかげで、忘れていたバトルの楽しさ、そして、ジムリーダーとしての自覚を取り戻したスモモは、サトシのジム戦の申し出を受けてくれることに！そして、ついに始まったトバリジムでのジム戦！かくとうタイプのポケモンの使い手・スモモが一番手に出してきたポケモンは’かいりきポケモン’のゴーリキーだ！対するサトシは新しいわざを特訓中のムクバードでバトルに挑む！コンビネーションもバッチリのルカリオがあとに控えるスモモに対し、サトシはどんな戦いを繰り広げるのか？そして、バトルの結末はどうなる？

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トバリジムのジム戦を終えたサトシたちは、新たな目的地に向かう前夜、レイジから見せたい物があると言われてついていくことに。街外れの高台へ向かい石段を上っていくと、幻想的にライトアップされた大小の隕石が光る公園にたどり着く。トバリシティのシンボルでもある隕石の不思議な光景に感動した一行の前に、隕石を奪おうとたくらむヘリ部隊があらわれた･･･。

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サトシたちがグライガーのバトル特訓をしていると、どこからともなくポケモンの鳴き声が聞こえてきた。リーシャンの声である。そのリーシャンを追ってきたのはポケモンマジシャンのシズエ。どうやら彼女は、３匹のリーシャンたちとのマジックショーを見せながら旅しているらしい。美しいコーラスが重要らしいのだが、１匹のリーシャンが甘えん坊で困っているらしく･･･。

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サトシたちは旅の途中、ケガをしているリオルに出会った。手当てをしようと近寄るサトシだが、警戒するリオルは、なんと”はどうだん”を放って逃げ出してしまう。するとそこへ、リオルを追っているというポケモンレンジャーのハジメが現れた。ハジメとともにリオルをさがすことにしたサトシたちに、ポケモンハンターたちが襲い掛かってきて･･･。

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サトシたちを追って湖のほとりにあるポケモンセンターまでやってきたロケット団。すると、ムサシのドクケイルは色違いのドクケイルを見つけ湖へ飛んでいってしまう。そこへタイキと名乗る少年が現れ、「僕のドクケイルとあなたのドクケイルは恋をしているようですね！」とムサシに声をかけてきた。どうやらこの季節は、湖面に映る満月の輝きに導かれ、恋をしたドクケイルたちが湖に集り、テンガン山を越えて渡りをするらしい。しかも、今日はその満月の日だったのだ！ドクケイルが恋をしている事を知り、幼い頃の切ない恋の記憶を思い返していたムサシ。すると、突然の落雷で湖の縁の岩が崩れ、水が流れ出し、このままでは渡りが出来なくなってしまうことに！そんな状況の中ムサシがとった行動とは一体！？そしてドクケイルの恋の行方はいかに！？

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旅の途中、森の中でランチタイムをとっていたサトシたちは、”こねずみポケモン”のピチューと”ねずみポケモン”のライチュウを連れた少年・ショウに出会った。すると突然、ショウがサトシのピカチュウをやせいのポケモンと勘違いして、ゲットしようとライチュウでバトルを挑んできた。どうやらショウは、最強のピチュー、ピカチュウ、ライチュウのしんかセットを育てたいらしい。そんなショウと、改めてバトルする事になったサトシとピカチュウだが、ライチュウの体格を生かした”はかいこうせん”を前にやられてしまう。そして、ひんし状態のピカチュウはポケモンセンターで治療を受けなんとか意識を取り戻すと、ライチュウにリベンジを果たしたいと必死にサトシに訴える。しかし、このままではあのライチュウには勝てないと考えたサトシはあるどうぐを取り出した！！

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ノモセシティへの旅の途中、サトシたちはとある町のポケモンセンターで休憩をとっていた。すると、ラウンジのモニターから、リッシ湖畔でポケモンコンテスト・ミクリカップが開催されるという情報が流れてくる。なんと、ホウエン地方のチャンピオンマスターまで登りつめ、現在はコンテストマスターという不動の地位をきずきあげたミクリがシンオウ地方でポケモンコンテストを開催するというのだ。そこで、２大会連続1次審査敗退で自信を無くしていたヒカリは、ミクリカップを復活戦にしようと決意する！そんな時、今ミクリが仕事のオフで近くに来ていると知ったサトシたちは、偶然、近くの湖で”いつくしみポケモン”のミロカロスとミクリの姿を目にするのだが・・・

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サトシたちは、ある人物を迎えにリッシ湖畔近くのリッシポートへきていた。するとそこへ、「久しぶりかも～！」と現れたのはなんと・・・ハルカだった！！久しぶりの再会を喜ぶハルカとサトシたち。なんと、ハルカもミクリカップにエントリーしていたのだった。そんな一行はハルカが予約していたリッシ湖畔で人気NO.１の「レストラン七つ星」で昼食をとる事に。ところが、このレストラン、ポケモンバトル好きのオーナー、チアキとフィアンセのチナツにタッグバトルで勝たないと料理が食べられないというのだ。そこで、サトシはタケシと、ヒカリはハルカとタッグを組むことに！！果たしてサトシたちは、豪華料理を食べることが出来るのか！？

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３日間に渡って繰り広げられるポケモンコンテスト・ミクリカップの会場、レイクサイドリゾートにやってきたサトシたち。するとそこへ、ミクリカップに出場するためノゾミも現れた。今大会はドームの中心に大きなプールがある特設ステージで会場も大興奮！そして、審査員にミクリを迎えついに始まったミクリカップ。ところが、２大会連続の敗退で自信を無くしていたヒカリは、本番を前に緊張して落ち着きがない様子。ノゾミは新しいパートナー”はねうおポケモン”のケイコウオ、ハルカは”かめポケモン”のカメール、そしてサトシはミクリに勧められブイゼルでコンテストに挑む！！みんながライバルとなるミクリカップ。果たして、ヒカリは1次審査をクリアできるのか！？

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ミクリカップ1次審査を無事クリアしたサトシたちは、レイクサイドリゾートのホテルに戻り、それぞれの旅を振り返えっていた。そんな中、近くの湖に散歩に出かけたサトシとピカチュウ。すると突然、湖の中心で何かが光り、生き物のような姿をした影が現れた。ところが近づこうとした瞬間、影は消えてしまう。そんな奇妙な体験をしたサトシはホテルに戻りヒカリたちと湖の伝説について語り合うことに。そして迎えたミクリカップ２日目！２次審査のトップバッターに決まったヒカリはミミロルでコンテストに挑む！一方サトシには”ライトポケモン”のランターンを使う手ごわいコーディネーターが立ちはだかる。サトシ、ヒカリ、ハルカ、ノゾミそれぞれのバトルの行方はいったいどうなる？

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ついに迎えたミクリカップ最終日は、セミファイナルに勝ち進んだヒカリ、ハルカ、ノゾミ、そして僅差でサトシを破ったカイトの4名が華麗なコンテストバトルを繰り広げる！！セミファイナルの対戦カードはヒカリＶＳカイト、そしてハルカＶＳノゾミ。ヒカリはファイナルで戦おうというノゾミとの約束を果たすため、満を持してポッチャマと共にバトルに挑む。対するカイトのポケモンは、”ならずものポケモン”のシザリガー。ヒカリはカイトを破り、ファイナルに進出することが出来るのか？そして、ノゾミはニャルマー、ハルカは”ちょうちょポケモン”のアゲハントと激しいバトルを繰り広げる！果たして、ミクリカップを制し優勝を手にするのは一体誰なのか！？

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サトシたちはノモセシティへの旅の途中、池のほとりで”うすばねポケモン”のヤンヤンマを追った新人トレーナーのタイセイに出会った。どやらタイセイは、チャッピーという名前をつけたポッチャマと旅を始めたばかりで、最初に触ったヤンヤンマをゲットしようと３日間ずっと追いかけていたらしい。ところがいつも逃げられてしまうというのだ。そこで、タイセイの初ゲットに協力することにしたサトシたち。バトルのアドバイスを受けながら、遂にヤンヤンマを追い詰めることに成功したタイセイがモンスターボールを投げようとした瞬間、池の底から何者かが現れた！なんと、それは、ヤンヤンマを横取りしようとたくらむロケット団だったのだ！

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次のジム戦に向けバトルの特訓をしていたサトシたちは、シンジに出会う。するとやはりサトシとシンジが、お互いのポケモンに対する考え方の違いから口論に。熱くなったサトシはバトルを申し込むが、シンジはそれを断り、去ろうとするのだった。その時ヒコザルが、バトルをしようとシンジに訴える。ヒコザルに感化されてバトルをはじめたシンジは、リングマを繰り出し･･･。

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ついにノモセシティにたどり着いたサトシたちは、さっそくジムへ。ジムリーダーのマキシに、すかさずジム戦を申し込むが、用事があるからと断られ、逆にマキシの用事に付き合うことに。そして一行が列車に乗ってたどり着いたのは、ノモセ大湿原。すると一面に広がる草むらから奇妙な泣き声と共に無数のグレッグルがあらわれた。この日は１年に一度の”グレッグル祭り”の日だったのだ･･･。

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ジム戦を前に最終調整をしていたサトシとポケモンたち。そんな中、精神統一をしていたブイゼルにトレーニングをしていたピカチュウのワザが命中し、けんかになってしまう。そこへあらわれたのは、フローゼルを連れたノモセジムリーダーのマキシだった･･･。いよいよジム戦では、マキシの一番手・ギャラドスに対して、サトシはピカチュウでいどむことに。チームワークに不安が残るが･･･。

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サトシたちはヨスガシティへの旅の途中、草原で”ほしがたポケモン”のピィと、美しいメイド姿の女性モニカに出会った。すると突然、大雨が降りだし、モニカが仕えているというお屋敷で雨宿りさせてもらうことに。そこで出迎えてくれたご主人のウラヤマさんは色々なところでポケモンを集めてきて自慢の裏庭で遊ばせ、トレーナーやブリーダーなどに開放しているという。そして、おやつの時間になるとお屋敷に裏庭からたくさんのポケモンたちが集り、うれしそうに食べていた。その時、どこからともなく”いのぶたポケモン”のウリムーが現れみんなのポフィンを食べてしまう。そんな大食いのウリムーのためにヒカリはポフィンを作ろうとするのだが･･･。

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サトシたちは旅の途中、ランチをとっていると、バトルの練習がしたいとグライガーがサトシに訴えてきた。そこでサトシは強くなりたいというグライガーの気持ちを汲んで特訓をはじめることに。ところが、以前シンジのグライオンとのバトルでバトルに対する恐怖心を持ってしまったグライガーはブイゼルやナエトル相手に怯えて逃げ出してしまう。そんな時、リッシ湖へ伝説のポケモンを調べに行く途中だという、ライバルのシゲルに久しぶりに再会し、グライガーの練習相手になってもらう事に。しかし、シゲルの的確なアドバイスでも恐怖心を克服することが出来ないグライガーに悩むサトシ。すると、シゲルが「これを使えば恐怖心もへるだろう」とあるどうぐをとりだした。これはまさか･･･。

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ヨスガシティにたどり着いたサトシたちは、前回ジムリーダー不在で出来なかったジム戦にチャレンジするため、ヨスガジムに向かった。ところが、またもやジムリーダーが不在でジム戦が出来ず落ち込むサトシ。するとそこへ、アイドルポケモンスタイリストのパリスが”うさぎポケモン”のミミロップと共に現れた。そして、ヒカリのミミロルをみて、明日開かれるヨスガコレクションに参加しないかと声を掛ける。ヨスガコレクションは誰でも参加できるポケモンを飾る手作りアクセサリーの発表会で、なんと、優勝したらポケキャンのグラビアを飾る事が出来るというのだ。そこでヒカリはミミロルで、なぜかサトシもピカチュウで出場する事にするのだが・・・いったいどうなるの？

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サトシたちはカンナギタウンへの旅の途中、深い谷の１本道で３匹のコダックに出会う。道を通ろうとするサトシたちは、なぜかコダックたちから一斉に攻撃されて通せんぼされてしまうのだった。なんとかして道を通りたいサトシたちはバトルを挑むが、コダックたちの力を合わせた攻撃にまるで歯が立たない。通せんぼするのには何か理由があるのではないか、と考えたサトシたちは･･･。

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サトシたちは旅の途中、テンガン山のふもとでナナカマド博士が主催するポケモンサマースクールへ参加することに。サマースクールは様々なところからトレーナーたちが集まり、1週間を共に過ごし、たくさんのポケモンたちとふれあい学ぶところ。そしてそれぞれのトレーナーは赤組、青組、緑組に別れクラス対抗で得点を競い合う。初日のプログラムは、みんなの自己紹介も兼ねて、ナナカマド研究所で管理しているモンスターボールを１つずつ選び、選んだポケモンと仲良くなってお互いにポケモンバトルをすること！！でもどんなポケモンがパートナーになるかは選んだモンスターボール次第。サトシが選んだモンスターボールは･･･？

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ポケモンサマースクール3日目のプログラムはポケモンの観察。スクールの近くにある湖にいる水タイプのポケモンたちとふれあい、その観察結果をクラスごとに先生に発表するというものだ。さっそく湖へ向かったサトシたちは、自分の選んだ水タイプのポケモンたちをスケッチしたり、一緒に泳いだりして観察する。すると突然、湖の奥で青い光が輝き、アオイのコリンクがいなくなっていることに気づくサトシたち。そんな時、一緒にいた青組のコウヘイから、この湖には「青き不思議な光輝く時、ポケモンがいなくなる」という伝説があるという事を聞く。果たしてコリンクの行方は？そして、青い光の正体とはいったい？

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ポケモンサマースクール5日目のプログラムはゴーストタイプのポケモンたちとの正しい触れ合い方を学ぶこと。ルールはクラスごとにペアをつくり、近くの山の遺跡に置いてあるプログラムメダルを取って校庭にもどってくるという、いわば肝試しだ。そこで、サトシはアオイと、ヒカリとタケシはそれぞれクラスメートとペアを組むことに。一方、青組のコウヘイはなぜか、スクールに参加していないはずの小さな女の子に誘われペアを組むことになる。そんな中、遺跡を目指す途中でヒカリは、霊界に人を連れて行くという”てづかみポケモン”のヨノワールにコウヘイが襲われているところを目撃する。ところが、そこには一緒にいたはずの小さな女の子の姿が無かったのだ。これって一体どういうこと！？

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ポケモンサマースクール最終日のプログラムはサマースクール最大のイベント・ポケモントライアスロン。これは、一週間にわたって学んだことや体験したことを生かし、ポケモンと協力して３つの難関を乗り越えゴールする競技だ。まずはスタート地点でスクールから用意されたモンスターボールを選び、中に入っているポケモンと共に森を抜け湖へ向かう。そしてそこで、次のモンスターボールを選んで水タイプのポケモンと湖を渡り、最後は自分のパートナーのポケモンたちと一緒にゴールを目指すのだ。コウヘイのいる青組に続いて２位のサトシたち赤組は、このポケモントライアスロンで逆転優勝を狙う。果たして優勝するのはいったいどのクラスなのか？

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カンナギタウンを目指すサトシたちは旅の途中、特訓のしすぎで倒れてしまったポッチャマをポケモンセンターに連れて行くことに。その頃、ポケモンサマースクールでのノンビリした生活とたっぷり稼いだアルバイト代で、３食昼寝つきのリッチな生活を続けていたロケット団は、サトシたちを追って坂道を登っていた。ところが、すぐに疲れてしまい、近くのレストランで豪華ランチをとる一行。すると、ムサシがニャースの異変に気づく。なんと、ニャースの額の”こばん”がぜい肉に埋もれていたのだ！さらにムサシ、コジロウもまんまるに太っていた事に気づく。そんな中”シャープでクール、そしてハングリーな悪の中の悪”という本来のロケット団へ原点回帰を決意したムサシたちは特訓を開始するのだが･･･。果たしてロケット団はサトシのピカチュウをゲット出来るのか！？

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旅の途中、とある町のポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは、見知らぬ相手とコンテストバトルをしているノゾミに再会し、バトルの観戦をすることに。ところがノゾミは、ムウマージをつかうトレーナーにまったく歯が立たず負けてしまう。なんと、その相手はヨスガジムのジムリーダー・メリッサだったのだ。１トレーナーとしてポケモンをゲットし、バトルをして経験を重ね、自分だけのバトルスタイルを見出そうと旅をしているというメリッサ。以前はトップコーディネーターとしても活躍していた彼女が目指すのは、コンテストの美しさ！そしてジム戦の激しさ！二つをひとつにしたオリジナルのバトルスタイル。そんなメリッサにサトシはポケモンバトルを、そしてヒカリはコンテストバトルを申し込むのだが・・・

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カンナギタウンへの旅の途中、山小屋で休憩をとるサトシたち。そんな中、ポケモンに良く効くと評判の薬屋が近くにあると知ったタケシは、自分の留守中にやっておく事をまとめたメモをサトシに託し買出しに。メモの内容は、まずポケモンたちにシャワーを浴びさせる事。早速、サトシとヒカリは手分けしてポケモンたちをきれいにしていく。次はランチタイム。ヒカリが手作りのホットケーキをみんなに振る舞い、順調にノルマをこなしていく。すると、パチリスが高熱を出して苦しんでいるのに気づくサトシとヒカリ。ところが、近くにはポケモンセンターが無い上、タケシも不在で不安がつのる二人は「サトシが冷たいシャワーを浴びせたから！」「ヒカリが作ったホットケーキでお腹を壊したんだ！」と大喧嘩を始めてしまう。パチリスはいったいどうなっちゃうの！？

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カンナギタウンにたどり着いたヒカリたちは、コンテスト出場を前にヒカリの母・アヤコと、昔ライバルだったユリについて電話で話していた。ユリは20年前、コーディネーターとして連戦連勝を重ねていたアヤコが初めて負けた相手で、現在はコーディネーターを引退し、トレーナーとポケモンの両方をスタイリングするトップポケリストとして世界を飛び回っているというのだ。そんなユリの店が近くにあると知ったヒカリは店を訪ねるが、外出中で会うことが出来ないままコンテスト会場へ向かうことに。そして始まるポケモンコンテスト・カンナギ大会！ヒカリは控え室でミミロルと1次審査の出番を待っていた。すると控え室のモニターから1次審査最初のコーディネーターが現れる。なんと、それは20年ぶりの復活！”サクラポケモン”のチェリムを連れたユリだったのだ！

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コンテストを終え、ヨスガシティへ向けて出発しようとしていたサトシたち。するとテレビから臨時ニュースが飛び込んでくる。それは「ハクタイシティからカンナギタウンの歴史研究所へ向け輸送中だった伝説の宝玉”こんごうだま”が、ギンガ団の襲撃にあい奪われてしまった」というものだった。そんな中、歴史研究所にチャンピオン・シロナが来ていると知ったサトシたちは会いに行くことに。久しぶりに再会したシロナから、研究所の館長を務める祖母・カラシナと、シンオウ時空神話を研究しているというアカギを紹介される。彼の提案で、カラシナから研究所に保管されているもう一つの宝玉”しらたま”を見せてもらうサトシたち。すると突然、ものすごい揺れと共に研究所の外から爆発音が鳴り響く。なんと、それはギンガ団の仕業だったのだ！！

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伝説の宝玉”しらたま”を奪おうと、突如サトシたちの前に現れたギンガ団。そこには作戦の指揮をとるサターンや”とらねこポケモン”のブニャットをつれたマーズ、そして無数のゴルバットの姿が。そんなギンガ団から宝玉を守るべく、シロナはガブリアスと”ウミウシポケモン” のトリトドンで、サトシたちもポケモンたちと協力して立ち向かう。そして、次第に激しさを増していく”しらたま”争奪バトル。すると突然、研究所の警備についていた警官が”しらたま”を奪い逃走しようとする。なんと、それは警官に変装していたロケット団だったのだ。果たして”しらたま”の行方はどうなってしまうのか！？そして、”新世界創造”を掲げるギンガ団の目的とは！？今、神と呼ばれるポケモン・ディアルガとパルキア、そして2つの宝玉の関係が明らかに！！

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サトシたちはヨスガシティへ向かう旅の途中、ズイタウンにあるアオイの実家の”そだてや”に立ち寄ることに。そして久しぶりの再会を喜ぶサトシたちは、旅先で聞いた「ズイタウンにエリマキ怪物が現れた！？」という噂についてアオイに尋ねると、そんなのはただの噂だと否定される。ところが、サトシが「それらしい影を森で見かけた」と言った瞬間、アオイは急用を思い出したと外へ飛び出して行ってしまう。心配になったサトシたちが後をつけていくと、そこは小さな洞窟の入り口で佇むアオイの姿が。どうやら両親が不在の間、そだてやとしてアオイが任されていたポケモンがこの洞窟にいるらしく、それが噂のエリマキ怪物と関係があるらしいのだが・・・これって一体どういうこと！？

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サトシたちが旅の途中で立ち寄った町には、なにやら人だかりが。なんと四天王のリョウが公開練習をしていたのだ！見学後、ひょんなことからリョウのトレーニングセンターに招かれるサトシたち。そこでは虫タイプのポケモンたちが悠々と過ごしていた。そんな中、ヒカリが見つけた一枚の写真。そこに写っていたのは、まだ幼いリョウと一匹の”いもむしポケモン”ケムッソだった。そのケムッソは初めてリョウがゲットした、親友のようなポケモンだったという。しかし、周囲を見渡してもそれらしきケムッソの姿はない。どこに行ったのかと尋ねたサトシに対しても、口ごもってしまうリョウ。人に言えない四天王の過去。それって一体どういうこと！？

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チャンピオンマスター防衛戦を観戦するため、とあるポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは久しぶりにシンジと遭遇。しかし、ヒコザルをめぐる口論が発端で二人はバトルをすることに！サトシはシンジの”おおボスポケモン”ドンカラスを相手にナエトルで挑む！いざバトルが始まると、強力なドンカラスのわざの前に、徐々に追い詰められてしまうサトシたち。そのとき、ドンカラスの攻撃を受けたナエトルが、なんとハヤシガメに進化！一気に攻勢に出ようとするが、ハヤシガメに以前のようなキレがないと戸惑うサトシ。だが、そんなハヤシガメを冷静に見つめるポケモンの姿が。それはシンジのドダイトスだった・・・。

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今度こそメリッサとジム戦をするため、再びヨスガシティにやってきたサトシたち。すると突然”ドンッッ！！”と見知らぬトレーナーがぶつかってきた！だが、そのトレーナーはぶつかったことを悪びれもせず「なんだってんだよー！」とわめき散らして走り去ってしまった。一瞬あっけにとられるも「目的はジム戦！」と、気合を入れ直したサトシたちだったが、またしてもお預け！度重なる足止めにガッカリしながら歩いていると、そこに再び”ドンッッ！！”と衝突！顔を上げると見覚えのある姿が。彼の名前はジュン。どうやらパートナーのエンペルトと共に世界最強のトレーナーを目指しているようだ。しかも憧れの存在はシンジだって！？サトシは一体どうするの！？

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ついに、ヨスガジムのジムリーダー・メリッサとのジム戦を迎えたサトシ！メリッサの一体目は”シャドーポケモン”のゲンガー。一方のサトシはブイゼルを選んだ。バトルには絶対の自信を誇るブイゼルだったが、ゲンガーのゴーストタイプ特有の動きに大苦戦！さらに追い討ちをかけるように、メリッサのポケモンが最も得意とするわざ『さいみんじゅつ』が！この戦術を防ぐために特訓を積んできたサトシとポケモンたち。生み出した秘策を試すときがきたのだが・・・。果たして、サトシはメリッサに勝利し、５個目のバッジをゲットすることが出来るのか！？

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飛行船での移動を経て、ミオシティに到着したサトシたち。しかし、待ち受けていたロケット団の罠で、サトシたちは手持ちのポケモンと離れ離れになってしまう。「先に見つけてゲットしてやる！」とムサシ・コジロウはここぞとばかりに猛ダッシュ！サトシたちも慌てて追いかける！一方、サトシたちを探すピカチュウたちの前に現れたのは、ロケット団のニャース。当然のように警戒するも、ニャースの様子がいつもと違う！？なんとロケット団を辞めて、サトシたちの仲間になりたいと言うのだ！一緒に行動することになったピカチュウたちとニャース。果たしてニャースの真意とは！？ピカチュウたちは無事サトシたちの元に辿り着けるのか！？

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多くの島々から成るミオシティ。その中のミオジムのある島を訪れたサトシたち。ジム戦を申し込もうとしたのだが、そこに現れたのは、目の下に大きなクマを作った弟子だった。ジムリーダーは不在だとサトシたちに伝えた弟子は、あろうことか大あくびをして立ったまま眠ってしまう！サトシたちが不思議そうに様子を見ていると、弟子は突然悲鳴をあげて目覚め、立ち去ってしまった。わけのわからないサトシたちは、町の交番でジュンサーさんに話を聞くことに。それによると、この島の人々は毎晩悪夢にうなされて十分眠れていないらしい。さらに、その理由を尋ねると驚くべき返事が！なんと原因は”あんこくポケモン”ダークライだった・・・。

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ミオシティに滞在中のサトシたち。久しぶりに連絡をしたオーキド博士から、『ホテル森の洋館』だけで食べられるという『森の羊羹（ようかん）』の話を聞き、さっそく羊羹を食べに行くことに。だが、あいにくホテルは休業中。しかも、ホテルにはお化けが出るというのだ！諦めて引き返そうとしたその時！誰もいないはずのホテルの扉が勝手に開いた！驚くサトシたち。そんな中ピカチュウだけが何かに気付き、ホテルの中へ入って行ってしまう！慌てて追いかけるサトシたち！ 仕方なく静まり返ったホテルを進んでいくと、目の前の床に場違いな電子レンジが。不思議そうに見つめるサトシたちをよそに、ピカチュウだけは興味津々。すると突然、電子レンジが襲い掛かってきた！！

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ジムリーダーの帰りを待ちながら特訓に励むサトシたち。ヒカリも、ウリムーから進化した”いのししポケモン”イノムーを次のコンテストでデビューさせようと特訓を始めるが、イノムーはヒカリの言うことをまったく聞いてくれない！しまいには食べ物の匂いにつられ、どこかへ行ってしまった。これから先、イノムーと上手に付き合っていけるか不安になるヒカリ。そんな中、『ポケモン仲良しこよしスクール』と書かれた張り紙を見つけたサトシたち！なんと、スクールのプログラムをポケモンと一緒にやるだけで、ポケモンと仲良くなれるという！これならバッチリ！と張り切るヒカリ。さっそくスクールに向かったのだが・・・。

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ジムリーダーが帰ってきたことを知り、ミオジムに向かったサトシたち。ジムの前まで来たところで中から大声が聞こえてきた！中に入ってみると、バトルフィールドにはミオジムのジムリーダー・トウガンと、クロガネジムのジムリーダー・ヒョウタの姿が！なんと、この二人は親子だという！さっきの大声は親子揃って化石から復活させたポケモンを使いこなすジムリーダーとあって、どちらの方が化石好きかで言い争っていた声だった。しかも口論だけでは収まりがきかず、ついにはバトルに発展！ヒョウタのラムパルドをトウガンは自慢のトリデプスで迎え撃つ！両者一歩も譲らぬ大激戦！いったいどうなるの！？

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いよいよ待ちに待ったジムリーダー・トウガンとのミオジム戦がやってきた！サトシはヒコザル、ブイゼル、グライオンを選んでバトル開始！トウガンの一体目はドーミラー！対するサトシは相性のいいヒコザルで挑む！ほのおわざで一気に攻め立てるヒコザルだが、トウガンの守りを固めてチャンスを待つ戦術を前に、なかなか決定的なダメージを与えられない！それでも攻撃は最大の防御！とサトシは攻撃の手を緩めず、強気に攻め続ける！守りのトウガンか、攻めのサトシか。両者の譲れない信念のぶつかり合いが、六個目のバッジの行方を決める！！

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次のコンテストが行われるアケビタウンへ向かおうと、ミオシティの船着場を訪れたサトシたち。昼食をとっていると、突然現れた”でんこうポケモン”ルクシオにポケモンフーズを奪われてしまった！ルクシオを追って地下水路にたどり着いたサトシとピカチュウ。そこで目にしたのは、ルクシオが迷子になった”たまくじらポケモン”ホエルコにポケモンフーズをあげる姿だった！ルクシオはこの地下水路で暮らすポケモンたちのリーダーで、ホエルコを助けてあげたいと考えていたのだ。ルクシオの思いを知ったサトシはホエルコを海に帰す手伝いを申し出る！でも、ルクシオたちと協力して立てた作戦は、とっても大掛かり！本当に上手くいくの！？

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ミオシティのポケモンセンターで、アケビタウン行きの船を待つサトシたち。そこに一本の電話が入った。相手はなんとこうてつ島で修行中のジュン！だが、ジュンの様子がいつもと違う。話を聞くと、なんとジュンのエンペルトが突如暴れだしたのだという。「原因を調べてみせる！」と意気込むジュンを手伝うため、サトシたちもこうてつ島へ向かうことに！到着したこうてつ島で目にしたのは、暴れまわる”はがねタイプのポケモン”たちの姿だった。ポケモンがポケモンを襲うという光景に、言葉を失うサトシたち。どうにかして暴走を止めようとするサトシに、はがねタイプのポケモンたちが襲い掛かる！！その時、サトシをかばうようにルカリオと一人のはどう使いが現れた！！

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はどう使いのゲンと共にこうてつ島の異変を調査することにしたサトシたちは、はがねタイプのポケモンが暴走する原因が、島全体に発生している低周波であることを知る。そんな中、はどうの力で低周波から身を守っていたゲンのパートナー・ルカリオは、突如天を貫くように発生した強力なエネルギー波を抑えきれず、ついに暴走してしまう！そんなルカリオを追った先でサトシたちが目にしたのは、なんと！巨大な遺跡を調査するギンガ団幹部・マーズの姿だった。そしてエネルギーの発生源である怪しげな装置を見つけたサトシたちはギンガ団に立ち向かう。ギンガ団の狙いとは何なのか？果たしてはがねタイプのポケモンたちを救うことが出来るのか！？

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サトシたちは次のポケモンコンテストが開かれるアケビタウン行きの船に乗っていた。船内で遊ぶポッチャマとピカチュウ。だが、サトシたちが少し目を離した隙に、船内に忍び込んでいたロケット団に連れ去られてしまった！「いい感じ～！」と逃げ去るロケット団だったが、突然、海が荒れはじめピカチュウたちに逃げられてしまう！そんなピカチュウたちが流れ着いたのは、とある無人島。サトシたちの元に戻ろうと奮闘するピカチュウたち。すると、なにやら一生懸命に島のポケモンたちが岩を運ぶ姿を見かける！後をついていくと、そこには不思議なマユとそれに反応する沢山の岩が・・・このマユの正体とは一体！？そしてピカチュウたちは無事サトシたちのもとへ戻れるのか？

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ポケモンコンテストが行われるアケビタウンに到着したサトシたち。すると、なんだか町はお祭り騒ぎで、あちこちに”かいようポケモン”フィオネのグッズが売られていた！どうやらこの時期、アケビタウンでは野生のフィオネを見ることができるらしい。しかもフィオネを見ることが出来れば、幸運が訪れるというのだ。これからコンテストに挑もうと意気込んでいたヒカリにとってみれば、またとないチャンス！「絶対フィオネを見つけるんだから！」とフィオネウォッチングが出来るという船に乗り込む。すると、遠くに光る影が・・・！果たしてヒカリたちは、フィオネに出会い幸運を手にすることが出来るのか！？

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明日開かれるポケモンコンテスト・アケビ大会に向け特訓を終えたヒカリたち。お待ちかねのおやつタイムに、大好きなポフィンを目の前にして大喜びのパチリス！ところが、目の前でポフィンを”ほらあなポケモン”ガバイトに踏み潰されてしまった！怒りに震えるパチリスは、食べ物の恨みからか新たなわざ、”いかりのまえば”を発動！だがそれを制するように一人のコーディネーターが現れた！少女の名前はウララ。ガバイトと共にグランドフェスティバルを目指してアケビ大会にエントリーしたのだという。しかもウララはヒカリに対してなぜか敵意むき出し！その態度に我慢の限界をむかえたヒカリは、アケビ大会での勝負を挑むのだが・・・。

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キッサキシティでのジム戦に向け旅を続けるサトシたち。そこにピカチュウを狙ってロケット団が現れた！”１０まんボルト”でなんとか切り抜けたピカチュウだったが、勢い余って空中で体制を崩してしまう！落ちてくるピカチュウに間に合わないと焦るサトシたち。その時！バイクにまたがったジュンサーがピカチュウを空中でダイレクトキャッチ！間一髪のところで助けてくれた。でも、サングラスをかけ、肩に”おんぷポケモン”ペラップをのせたそのジュンサーは、どこか他のジュンサーと雰囲気が違う・・・。そんな中、サトシたちは自らをワイルドジュンサーと名乗るその人物からロケット団逮捕の捜査に協力して欲しいと頼まれるのだが・・・

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キッサキシティを目指し、雪道の中、旅を続けるサトシたち。だが、降り続く雪のせいで道に迷ってしまう。そんなサトシたちのもとに手招きする “ゆきぐにポケモン”ユキメノコが現れた。ついていくと、そこには山小屋が！温かいスープに、ポケモンのためのお風呂まで用意してくれたユキメノコ。喜んでお風呂に飛び込んだポッチャマだったが、次の瞬間氷づけに！なんと、山小屋は罠だったのだ！「どうしてこんなことするの！」と問い詰めるヒカリ。すると奥からロケット団のニャースの声が。先に罠にかかったニャースが言うには、ポッチャマを助けるにはユキメノコに協力しなければいけないらしい。果たしてユキメノコの狙いは一体何なのか！？

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いつものごとくピカチュウを狙いサトシたちを邪魔するロケット団。だが、またしても失敗。ピカチュウに飛ばされ身も心もヘロヘロのロケット団は美味しそうなラーメン屋を見つけると、空腹を満たそうと飛び込んだ。そこで思わぬ出会いが！その店の店長はムサシとコジロウのロケット団養成所時代の後輩だったのだ！しかもニャースのことをラーメン屋としてスカウトしたいらしい。失敗ばかりのロケット団に嫌気が差していたニャースは、なんとその誘いを受けてしまう！さらにニャースの決意を聞いたムサシまでもがロケット団を辞めると言い出した！一人残されたコジロウ。一体ロケット団はどうなってしまうの！？

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旅の途中、ウインドタウンに立ち寄ったサトシたち。その町では、ひこうタイプのポケモンたちがリングを奪い合う『ポケリンガ』という競技の大会の真っ最中だった。『ポケリンガ』に興味津々のサトシたちは、ムクバードで大会にエントリーすることに！巧みにわざを使い分け一回戦を勝ち抜いたサトシとムクバード。二回戦を待つまでの間、他の参加者の試合を見ようと、モニターの前にやってきたサトシたち。そこで目に飛び込んできたのは、なんとシンジとドンカラスの姿だった！両者順当に勝ち進み、遂に決勝で激突！サトシＶＳシンジ。『ポケリンガ』ウインド大会を舞台に繰り広げられる勝負の行方はいかに！？

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キッサキシティを目指すサトシたちは、深い森を越えようとしていた。そんな中、水筒の水がなくなったことに気付いたヒカリは、一人で水を汲みに行くことに。その時、目の前にボスゴドラが現れ、ヒカリに襲い掛かってきた！逃げようとしたヒカリは勢いあまって崖から転落！川に流されてしまう。なんとか川辺に上がったヒカリは、サトシたちを探すため森の中を進んでいく。するとそこに、またしてもボスゴドラが現れた！逃げてばかりじゃきりがないと心を決めたヒカリが選んだのは、重量級のボスゴドラに唯一対抗できるマンムー！だけどマンムーはまだ言うことを聞いてくれない。果たしてヒカリとマンムーは、このピンチを乗り切れるのか！？

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サトシやヒカリはポケモンたちと一緒にいったいどんな旅をしているのか。シンオウに来てからどんな人やポケモンと出会い、どんなバトルをしたのか。まだダイヤモンド・パールのことよく知らないというひとにもわかりやすくまとめた特別編だ。もちろん毎週見てくれているみんなにも名シーン、名バトルがてんこ盛り。

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キッサキジムへ挑むため、雪道の中、旅を続けるサトシたちはハヤシガメの特訓をしていた。その時、今までの晴天が嘘のような吹雪が！慌てて避難しようとするサトシたちだったが、あっという間に氷漬けに！すると、サトシたちを嬉しそうに見つめる一匹のポケモンが。”じゅひょうポケモン”ユキカブリだ！どうやら、人間にいたずらをして気を引こうとしているらしい。ヒコザルの炎で何とか氷を溶かしたサトシたちだったが、その後も続くユキカブリのいたずらに大混乱！だが、悪気のないユキカブリを怒るわけにもいかず、仕方なく一緒に行動することに。サトシたちとユキカブリの珍道中。一体どうなるの！？

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タツナミタウンでポケモンコンテストが開かれると知ったヒカリは、コンテストに向けて特訓をしていた。いつものようにモンスターボールから飛び出す、元気なヒカリのポケモンたち。だが、なぜかポッチャマだけ元気がない。どこか悪いのかと心配するみんなをよそに、大丈夫だと強がるポッチャマ。その時、突然ポッチャマの体が光り始めた！進化の兆しに沸き立つ一同だったが、なんとポッチャマは、『がまん』を使い、進化のエネルギーを放出してしまった！進化を嬉しく思ったヒカリにしてみれば、このポッチャマの行動が理解できない。果たして、進化を拒絶するポッチャマの真意とは一体！？

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いよいよタツナミ大会本番！グランドフェスティバル出場にリボンあと１個と迫っているヒカリは気合十分だ。幼なじみのライバル、ケンゴも出場するとあって練習に余念がない。そして始まるタツナミ大会は１次審査から大激戦！ヒカリにリボン１個分遅れをとるケンゴは、この大会で絶対に追いついてみせると、高らかにヒカリに宣戦布告！言葉通り最高の演技でゴーリキーの力強さを見せつける。対するヒカリも５個目のリボンは譲れないとばかりに、新たな動きを織り交ぜたエテボースと息の合った演技を見せる！ライバル同士、意地と意地のぶつかりあい。タツナミリボンは誰の手に！？

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ジュンがエンペルトと一緒に頂点を目指すと意気込む、ポケモンピンポン大会。初心者ながらサトシたちも参加することに。ポケモンピンポンとは、ポケモンとトレーナーが二人一組になり、玉を打ち合う競技。サトシはピカチュウ、ヒカリはエテボースで大会に挑む。本番までの時間を使いポケモンピンポンの猛特訓。そこでエテボースが二本の尻尾を使い強烈なスマッシュを見せる！その様子を見ていたのは前大会チャンピオンのオウ選手。どうやらエテボースには抜群のセンスがあるらしい。期待が高まる中、ついにポケモンピンポン大会が始まった！バトルにもコンテストにもない興奮がここにある！息詰まる熱戦、優勝の栄冠を手にするのは一体誰だ！？

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旅の途中コマコタウンにやってきたサトシたち。そこで出会ったのは、かわいいポケモンしか愛さないという、変わった『マイルール』を持った少女、マリリン！そのルールによると、ヒカリのミミロルはルールをクリアしてるけど、ポッチャマはダメという。わけの分からない『マイルール』に振り回された上に、ポッチャマをけなされ怒り心頭のヒカリは、マリリンから挑まれたバトルを受けることに！だが、マリリンは”さくらんぼポケモン”チェリンボに攻撃の指示を出そうとしない。それどころかダメージに耐えるチェリンボを見て、「けなげでかわゆい！」と言うばかり。そんなマリリンのバトルを見て、それは違う！と声をあげたのは、なんとタケシだった！

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ようやくキッサキシティに辿り着いたサトシたち。そこで久々にノゾミと合流することに。その時、サトシたちめがけ『こおりのつぶて』が飛んできた！その先には”じゅひょうポケモン”ユキノオーと、一人のトレーナーの姿が！その正体は、キッサキジム・ジムリーダーのスズナだった！手荒い歓迎を受けたサトシたち。しかしスズナ流の挨拶と分かり、そのまま町を案内してもらうことに。そんなサトシたちが連れてこられたのはトレーナーズスクール。なんとスズナはそこで先生をやっているのだという！ジムリーダーのする授業に興味津々のサトシたち。だが、始まったのはポケモン早押しクイズ！驚くサトシたちだったが、実はこのクイズには秘密があった・・・。

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ついに、キッサキジムのジム戦の日がやってきた！こおりタイプのポケモンを揃えるジムリーダー・スズナとのバトルは、シンオウ地方初の４VS４のジム戦！サトシはハヤシガメ、ムクホーク、グライオン、ヒコザルで挑む。気合十分のスズナが一体目に選んだのは、”かぎづめポケモン”のニューラ！対するサトシはハヤシガメを選ぶ。もともと素早いニューラは、氷のフィールドを利用してますます加速！ハヤシガメをスピードで圧倒する展開に。相性に加えてスピードでも不利なハヤシガメ。しかし、一瞬の隙をついてシンジのドダイトスから教わった重量級の戦い方を発揮！両者互角の立ち上がり。サトシはグレイシャバッジをゲットできるのか！？

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キッサキシティのポケモンセンターで夜を明かしたサトシたち。そこで、シンジとその兄・レイジに出会う。久々の再会に驚くサトシたちだったが、さらに思わぬ出会いが！なんと、カントー地方のフロンティアブレーンである、ピラミッドキング・ジンダイが現れたのだ！カントーでのバトルの話に花を咲かせるサトシたち。しかしサトシがジンダイに勝ったという話をした途端、シンジの顔色が一気に変わった。その様子はいつもの冷静なシンジからは想像できないほど険しい。そんなシンジが突然、ジンダイにバトルを挑んだ！果たしてシンジの内に秘めたる思いとは一体！？

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シンジとジンダイのバトルを観戦したサトシたちのもとに、一台の車が。降りてきたのはキッサキ神殿を守る巫女。なにやら神殿が大変なことになっているのだという！急いで神殿に向かうジンダイとサトシたち。そこで目にしたのは、神殿を襲撃するポケモンハンターJの一団！狙いは、神殿に眠ると言われている伝説のレジギガス。もしJの手に渡ってしまったら大変なことになってしまう！しかし、時すでに遅し、眠りから強引に目覚めさせられたレジギガスは怒りに我を忘れ、暴走を始めてしまった！しかもレジギガスの向かう先にはキッサキシティが！果たしてサトシたちはこの危機を救えるのか！？

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エイチ湖畔に向かうため、列車に乗り込んだサトシたち。その車内で一人の男と出会う。彼の名はハンサム。少しおっちょこちょいなハンサムは、名物の駅弁を買いすぎたので、皆に分けて回っているのだという。そんなハンサムと一緒に、駅弁を配りに列車の運転席へと向かったサトシたち。そこでは”ライトポケモン”デンリュウが運転の手伝いをしていた！ポケモンの活躍にサトシたちが感心していたその時！目の前の信号が赤に変わっているのに気付き、列車は急停車！連絡もなく赤に変わったことを不審に思った運転士は、車掌に調査を依頼する。そこに何故か同行するハンサム。だが、ハンサムのこの行動には隠された秘密があった・・・。

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水面きらめくエイチ湖畔。シンジとのフルバトルの約束を果たすため、この地に降り立ったサトシたち。ポケモントレーナーとして対照的な二人がついに激突する。二人のフルバトルは、両者の勢いそのままにぶつかり合うかと思われた。だが、シンジはともかくサトシまで、冷静に相手のポケモンを見極め、交代を活用するという意外な展開を見せる。バトルが動いたのはサトシのハヤシガメがシンジのドンカラスと対峙した瞬間だった。以前、ナエトルから進化した時に手も足も出なかったドンカラスを目の前にして、ハヤシガメの闘志に烈火のごとき炎が灯る！シンジとサトシ。相容れない二人のトレーナーがバトルの果てに見出すものとは・・・。

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シンジとサトシ。互いの信念がぶつかり合うフルバトル！倒れたポケモンは両者一体ずつで迎えた局面でシンジのブーバーンと対峙するのは、サトシの最高の相棒ピカチュウ。これまでも数々のピンチを、信じる力で乗り越えてきたサトシとピカチュウは、圧倒的なパワーを誇るブーバーンにも果敢に挑む！このサトシのスタイルを否定し続けてきたシンジ。だが、そのシンジの目の前でサトシとポケモンたちとの絆が奇跡を起こす！バトル終盤、シンジのリングマをサトシのヒコザルが倒したときだった。サトシの信頼に応え、底力を発揮したヒコザルに異変が！これはまさか・・・。ライバルバトルついに決着！結末はいかに！

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シンジとのフルバトルに敗れたサトシは、傷ついたポケモンたちを癒すためポケモンセンターに立ち寄る。シンジに負けたこと、怪我に苦しむ仲間たちの姿、様々な思いがサトシを苦しめていた。そんなサトシの姿を見たヒカリは、ポッチャマと作戦を練り、サトシを元気付けるため行動を開始する。一方、傷ついたポケモンたちの治療を続けるジョーイを手伝っていたタケシは、ダメージの大きかったモウカザルのために、きのみを探しに行くことに。タケシが辿り着いたのはエイチ湖畔。そこで目にしたのは、なんと湖面上をただよう伝説のポケモン・ユクシーの影だった！

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スイレンタウンへ向けて旅を続けるサトシたち。ヒカリはコンテストへ向けてマンムーと練習に励んでいた。だが、わざを魅せることに慣れていないマンムーは失敗ばかり。しまいには、すねて森の中へと入って行ってしまった！急いで追いかけてきたヒカリに説得され、みんなの元に戻ろうとしたその時！草むらの方で何かが動く音が。警戒するマンムーとヒカリ。すると突然、目の前に”ツルじょうポケモン”モジャンボが現れ、『すいとる』で攻撃を仕掛けてきた！パワーを奪われ動けなくなるマンムー。だが、そこにモジャンボが近づいてきて、なぜかパワーを回復するオボンのみを置いていった！ 奪っておいて回復させる。これって一体どういうこと！？

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スイレンタウンへと旅を続けるサトシたちは、町の一角で張り紙に目を奪われる。それは、シンオウ地方で大人気の番組『シンオウ・ポケモンハッスル』出場者募集を知らせるものだった！この番組の大ファンであるヒカリはサトシ、タケシと一緒に迷わずエントリー！ところが、実はこの大会、ロケット団が仕掛けたニセの大会だったのだ！運動神経・ポケモンとの連携・苦難を乗り越える力が試される『シンオウ・ポケモンハッスル』は、優秀な団員をスカウトするのにもってこい！と意気込むロケット団。そんな彼らは、ある二人に目を留める！どうにかして仲間にしようとするロケット団だったが、その二人にはある秘密があった・・・。

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スイレンタウンへ向かう道中、シンオウ地方を東西に分ける巨大な山、テンガン山に差し掛かったサトシたち。そのふもとでピンクのカラナクシを見かける。しかし、サトシたちのいるテンガン山の東側には青いカラナクシしかいないはず。その事実を知り、ピンクのカラナクシとテンガン山を越えることに。カラナクシはヒカリのポッチャマと仲良しになり、二人は意気揚々と歩き出す。その時！テンガン山の山際にあったたて穴に落っこちてしまった！急いで後を追うサトシたち！するとそこには人工的なトンネルが続いていた。不思議に思いながらも進んでいくと、目の前に光が！だが、トンネルを駆け抜けたサトシたちの前には思わぬ光景が広がっていた！

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旅の途中、とあるきのみ園にやってきたサトシたち。珍しい木のきのみに囲まれ、おおはしゃぎのポッチャマ。だが、そこに突然何かがぶつかった！その正体は “みずねずみポケモン”マリルの尻尾。怒ったポッチャマが一言文句を言ってやろうと振り返り、マリルと目が合ったその時！ポッチャマの様子が突然おかしくなった！ふらふらと力なくよろけ、目はハートに。これはまさか恋！？ポッチャマはマリルに猛アタック！少しづつ二匹は仲良くなり始めたのだが、やはり簡単にうまくはいかない。仲良く歩く二匹の間を裂くように、一閃の電撃が！現れたのは不敵に笑うエレキッドだった。突如始まる三角関係！ポッチャマの恋の行方はいかに！？

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ヒカリのママ・アヤコがフタバ祭りの役員に選ばれた！？それを聞きヒカリの故郷、フタバタウンにやってきたサトシたち。そこではお祭りの準備が着々と進められていて、アヤコも大忙し！ようやくひと段落し、ヒカリの家で夕飯をご馳走になるサトシたち。部屋には、アヤコのコーディネーター時代のトロフィーがずらりと並ぶ。それを改めて見たヒカリの胸の内に、ある感情が芽生える。それは、成長した自分の力をママに見せたい！という思いだった！グランドフェスティバルを前に、超えなければいけない大きな壁。ニャルマー・ブラッキーを華麗に魅せる母・アヤコを相手に、ヒカリが魅せるパフォーマンスはどこまで通用するのか！？

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大盛況のフタバ祭りで、アヤコの手伝いに励むサトシたち。今日の目玉はオーキド博士のポケモン講座！だが、博士は約束の時間になってもなかなか姿を現さない。心配したサトシたちは近くの沼地まで迎えに行くことに。そこで目にしたのは、何者かに連れ去られる博士の姿！あれはニョロトノ！？一方その頃、フタバ祭りでバイトに勤しむロケット団は、オーキド博士になりすまし、グッズを売って大儲けしようと企んでいた。博士そっくりに変装したコジロウが、さあ商売開始！と意気込んでいたのだが、あまりに似ていたせいか本物のオーキド博士と勘違いされてしまい、なんと舞台の上にあげられてしまう！ハプニング連続の講演会！一体どうなるの！？

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フタバ祭りをお手伝い中のサトシたち。町に並ぶ出店を眺めて歩いていると、そこにジュンが登場！ヒカリと同じくフタバタウン出身のジュンもお祭りのために帰ってきていたのだ。久々の再会ということもあって、サトシとジュンはバトルすることに！エンペルトとピカチュウが激しいバトルを繰り広げていると、突然ジュンが空を飛ぶ何かを発見！それは”せいれいポケモン”ネイティオ！見つけるやいなや、すごい勢いでネイティオを追いかけるジュン！なにやら、そのネイティオには秘密があるらしい。辿り着いた先にあったのは、なんとサーカスのテント！？そこには今までに見たこともないような、ポケモンたちの驚くべき姿が・・・！

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フタバ祭りのメインイベントは、大バトル大会！しかも、優勝者はシンオウ地方最強のフロンティアブレーンである、クロツグと戦うことが出来るという！それを聞いて、サトシはもちろん、ジュン、ヒカリ、さらにはタケシもエントリー！激しいバトルが繰り広げられたこの大会を制したのは、勝負強さを発揮したサトシ！サトシは勢いそのままに、最強の男、クロツグに挑む！そのクロツグが選んだポケモンは”ドリルポケモン”のドサイドン！大地を力強く踏み締めるその姿は迫力十分！そのドサイドンを相手にサトシが選んだのは、同じくパワーで攻めるハヤシガメ！激戦必至！この戦いは絶対見逃せない！！

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次のコンテストが開かれるスイレンタウンを目指すサトシたち。その途中、巨大な塔を見つけ、思いもかけず中に入ることに！しかしその塔、実はロケット団の秘密基地！サトシたちは檻の中に閉じ込められてしまう。作戦成功で大盛り上がりのロケット団！すると、隣の食糧庫からなにやら物音が。のぞいてみるとそこには、大事な食料を盗み食いしている”はりたまポケモン”トゲピーの姿が！幸せを運ぶポケモン・・・のはずが、このトゲピー、とんでもないいたずら好き！あの手この手を使って、ロケット団だけでなく、サトシたちさえも次々罠にかける始末！そしてしまいにはとんでもないことが！最悪のトゲピーの最悪ないたずらとは一体！？

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スイレンタウンを目指すサトシたちは旅の途中で、立ち寄った町で、建物の間に挟まったマリルに出会う！急いで助けてあげると、そこにマリルのトレーナーが。白い大きな帽子が印象的なその少女の名前はコトネ。この町で開催中のお祭りに参加するため、カズナリという少年と共にジョウト地方からやってきたのだという。コトネは”はっぱポケモン”チコリータを、カズナリは”おおあごポケモン”ワニノコをそれぞれパートナーにしていた。初めて見るジョウトのポケモンに、ヒカリは大興奮！そんなヒカリに素敵な話が！なんと、ポケモンのタマゴをかけたバトル大会に参加することになったのだ！意気込むヒカリ！果たしてその結末は！？

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コンテストに向けて特訓中のヒカリ。そして、共に旅をすることになったコトネとカズナリは夢中で観戦中。だが、夢中になりすぎたのか、コトネのマリルがいつの間にかいなくなっていた！辺りを見回してみると、草原の向こうに大きな発電所を発見！人の気配のしない建物の中に恐る恐る入ってみると、いきなり見回りをしているコイルたちが電撃でお出迎え！コイルの追撃をなんとかふりきって飛び込んだ部屋は、館内を監視するモニタールーム！そしてそのモニターの一つにマリルの姿が！どうやらマリルは発電所の倉庫に迷い込んだようだ。だが、サトシたちがこの倉庫に足を踏み入れた瞬間。とんでもないハプニングが襲いかかる！一体どうなるの！？

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コトネ、カズナリと共に旅を続けるサトシたちは、立ち寄ったポケモンセンターで、とっても暴れん坊の”りくザメポケモン”フカマルの噂を聞く。暴れん坊ということは、それだけ強いんじゃないか！と奮い立つサトシはゲットするため行動開始！だが、その横で同じくフカマルゲットに闘志を燃やす男が！なんと普段はおとなしいカズナリだ！譲らぬ両者は競争することに！勢いで探すサトシに対して、冷静に頭を使うカズナリは、陸を泳ぐように進むフカマルの特徴を利用して陸釣り作戦に打って出る！そしてこの作戦が大成功で、釣り上げたフカマルとバトルスタート！ところがこのフカマル、想像以上の暴れん坊！ゲット対決、どっちがゲットするの！？

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ポケモンコンテスト・スイレン大会いよいよ開幕！サトシとクロツグのバトルからヒントを得たヒカリは、秘策をもっていざ会場へ！今回のライバルは、ロケット団のムサシ扮するムサリーナ！しかしいつもと様子が違う・・・。実はこのムサリーナ、風邪をひいてダウンしたムサシの代わりに、コジロウが変装したコジリーナだったのだ！心の準備も整わないコジロウだが、いやおうなくコンテストはスタート！ヒカリはポッチャマを華麗に魅せ１次審査を突破！一方コジリーナもニャースのあっと驚く演技で、まさかの１次突破！そして両者がついに激突！ヒカリが選んだのは、デビュー戦となるマンムー！果たしてヒカリは最後のリボンをゲットできるのか！？

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コトネ、カズナリとお別れの日。サトシたちがやってきたのは、かつて歴代のチャンピオンも戦ったといわれるスイレンコロシアム。最後にシンオウＶＳジョウトのタッグバトルをしようというのだ！サトシ・ヒカリはモウカザルとヒノアラシ、対するコトネ・カズナリはチコリータとワニノコを選んでバトル開始！序盤はコトネ・カズナリが、相性のいいワニノコの攻撃と、ほのおタイプが苦手なチコリータの絶妙なサポートでペースを握る！しかし、サトシ・ヒカリもバトル経験豊富なモウカザルが、ヒカリのヒノアラシのピンチを救うなど抜群のコンビネーションで盛り返し、バトルは互角！果たして勝負の行方は！？

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８個目のバッジゲットのため、ナギサシティへと向かうサトシたちは森の中で道に迷っていた。すると突然、すさまじい地響きとともに”はんこつポケモン”ギラティナが現れ、サトシたちに襲いかかってきた！なんとか逃げ切り胸をなでおろしたのもつかの間、今度は前から猛烈な勢いの鉄砲水が！流れにのみ込まれ、もがき苦しむサトシたち！だが、このハプニング、実は”くらやみポケモン”ヤミカラスが見せていた幻だったのだ！それを教えてくれたのは”よなきポケモン “ムウマを連れた女性。しかもどうやら幻を見せていたヤミカラスとは深い関係があるらしい・・・。これって一体どういうこと！？

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ナギサシティへ向け、旅を続けるサトシたち。そして、その横をいつものように並んで歩くピカチュウとポッチャマ。すると突然、ピカチュウ・ポッチャマに異変が！互いに目はハートになり、抱き合ったまま離れなくなってしまったのだ！サトシとヒカリがいくら頑張っても離れない二匹。この異常事態を解決すべく、一行はポケモンセンターへ。だが、ポケモンセンター内で目にしたのは、同じく目がハート状態になったポケモンと、困り果てたトレーナーたちの姿！原因不明の状況に、ジョーイさんもお手上げ。しかし、このポケモンたちの様子を見ていたタケシが、ある共通点に気付く！不可解なこの状況、一体どうしてこうなっちゃったの！？

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旅を続けるサトシたちは、とある草原で傷ついたポケモンを見つける。近づいてみるとそれはロケット団のニャース！傷の手当てをしつつ話を聞いてみると、町はずれの巨大な建物『タタラ製鉄所』と呼ばれる場所で、ギンガ団にやられたのだという！しかもそこではムサシ、コジロウと一緒に国際警察のハンサムも捕らわれているらしい！この一大事に、サトシたちはニャースと共にタタラ製鉄所に乗り込むことを決意する！トバリシティの隕石強奪、ズイの遺跡調査、カンナギタウン襲撃、そして、シンオウ時空伝説のカギを握るテンガン山。全ての点が、線となり、ついにギンガ団がクライマックスに向け動き出す！果たしてサトシたちはその大いなる野望を打ち砕くことが出来るのか！？

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野望の実現に向け、着々と準備を進めるギンガ団の次なるターゲットは、シンオウ各地の湖にすむ伝説の３体。そしてその作戦の指揮をとるのは、なんとポケモンハンターＪ！トバリシティの隕石から作られた『ギンガ爆弾』で早々と湖に穴をあけたＪは、湖の３体を捕獲しようと試みる！自らの身の危機を察知した湖の３体。助けを求める悲痛な思いは届かないのか・・・。だが、遠く離れたサトシたちは、確かにその思いを感じ取っていた！ギンガ団、そしてポケモンハンターＪの作戦を阻止すべく、飛び出したサトシたち！するとそこに、シンオウ最強のチャンピオン、シロナの姿が！シンオウ地方の命運を賭けた決戦の時、迫る！

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ギンガ団の野望、それは、湖の３体が持つ特別な力を使って『神と呼ばれしポケモン』ディアルガとパルキアの２体を呼びだし、その強大なエネルギーの融合で新世界を創造するというもの。もしこの野望が実現すると、シンオウ地方は消えて無くなってしまう。この危機を救えるのはアグノム・ユクシ―・エムリットの３体と、シンクロすることが出来るサトシたちだけ。必死に３体を守り抜こうとするサトシたち。だが、アカギは自らの手に『神の力』を宿していたのだ！そしてその力が発動した時・・・。アカギの理想、そしてサトシたちの願いがついにぶつかりあう！時空伝説をめぐる最後の戦い。結末はいかに！？

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８個目のバッジをゲットするため、ナギサシティに向かうサトシたちは、ジム戦に向けて特訓中！そんな中、『あなをほる』から連続でわざを繰り出そうと、勢いよく地面に飛び込んだモウカザルが、なんと地中に埋まっていた宝箱を発見！驚く一同の様子を木陰から覗いていたのは、お宝大好きロケット団！さっそく奪おうとしたのだが、コジロウの様子がいつもと違う。どうやらその宝箱は、幼いころコジロウが埋めたものらしい！しかも、その中身は絶対に人には見せられないものだという！これはなんとしてもサトシたちから奪い返さなければ！この宝箱に隠された秘密とは！？そして、最後に待ち受ける驚きの真実とは！？

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旅の途中、切り立った崖が連なる地帯にさしかかったサトシたち。そこでは”はさみポケモン”ハッサムと”ふうりんポケモン”チリーンが激しい空中戦を繰り広げていた！その様子を眺めていると、そこにハッサムのトレーナー、ミツゾーとその孫マヨが現れた。話を聞いてみると、ミツゾーは『エアバトルマスター』と呼ばれる空中戦の達人で、ひこうタイプのポケモンを育てる名人らしい。さっそくサトシはグライオンと共にバトルを申し出る！だが、いざバトルをしてみると、グライオンはこの地形特有の風に対応できずミスを連発。これにはミツゾーも、見込みがないと厳しい言葉をかける。悔しさで涙を流すグライオン。特訓を積み、再びミツゾーに挑むのだが・・・。

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旅を続けるサトシたちがやってきたのは、とあるコンテスト会場。そこではヒカリの最高のライバル・ノゾミが５個目のバッジを賭けたバトルを繰り広げていた。ヒカリはもちろん、キッサキシティから駆けつけて来ていたスズナの応援の甲斐もあってノゾミは見事に勝利！一足先にグランドフェスティバルへの出場権を獲得した！さらに実力を上げたライバルの姿を見て決意を新たにしたヒカリは、次の目標をアサツキ大会に決める！だが、この大会はヒカリが苦手とするダブルパフォーマンス。今の実力に不安を感じたヒカリは、早速新たなコンビネーションを生み出すために特訓開始！そしてこの特訓が思わぬ事態を呼び起こす！！

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アサツキタウンに向け旅を続けるサトシたちは、花火のような鮮やかな光が空に広がるのを目撃する！急いで打ちあがった場所に向かうと、そこには”ハミングポケモン”チルタリスと、一人のおばあさんが。話を聞くと、そのおばあさんは、ドラゴンタイプのポケモンに「りゅうせいぐん」を教えているのだという。するとそこに、一匹の野生のポケモンが・・・。それはフカマル！どうやら、「りゅうせいぐん」を覚えたいらしい。タツばあさんから教え方を聞いたサトシが早速フカマルと特訓開始！だが、何度やってもうまくいかない。だが、このフカマル、実はすごい力を秘めていた！！

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ドラゴンタイプにわざを教える、タツばあさんのもとを後にしたサトシたちは、森を抜け、とある町に辿り着いた。その町の入り口でサトシがある違和感に気付く。誰かがサトシの足をつついている！？よーく見てみるとそこにいたのは、タツばあさんのところにいたフカマル！どうやらサトシを気にいってついてきたらしい。そんなフカマルを見たサトシは、一緒に来るか！？と誘い、モンスターボールを投げる！新たな仲間ゲットだぜ・・・と思ったのもつかの間、フカマルはモンスターボールから飛び出してしまった！不思議に思うサトシたち。そこに登場したのは、フカマルゲットに闘志を燃やすジュン！このフカマル、ゲットするのはジュン？サトシ？

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アサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたちは、途中の森で暴れまわる”じばポケモン”ジバコイルに遭遇！大きな体を振り回し、暴走するジバコイルはすごい勢いで町の方へ下って行った！もしそのまま町で暴れたら・・・。急いで後を追ってみると、予想通り町では多くの被害が！なんとかして止めようとするサトシたちは、ジュンサーさんと協力してバトルを挑む！だが、圧倒的なジバコイルのパワーを前にあえなく敗れてしまう。原因を突き止め解決するため作戦会議をしていると、そこに現れたのは同じく暴走するメタグロス！二匹は互いを見つけるやいなや、激しいぶつかりあいを始める！この異常な事態！サトシたちは止めることが出来るのか！？

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旅を続けるサトシたちは、途中の小川で休憩をとっていた。河原で遊ぶポケモンたち。その時！足を滑らせたフカマルが川の中に！だが、急いで助けようと川へ飛び込んだブイゼルが救出に成功！一安心の一同。するとそこに突如二つの影が飛び出してきた！その正体は、ポケモン格闘家・キジュウロウと相棒のバリヤード。鮮やかなブイゼルの救出劇に感心し、ブイゼルにバトルを申し込んできた！当然やる気のサトシとブイゼルは早速バトル開始！勢いよくたたみかけるサトシたちだったが、バリヤードの強烈な『かみなりパンチ』の前にノックアウトされてしまう。リベンジを誓うサトシたちは、ブイゼルの新たなわざ『れいとうパンチ』の特訓を始めるのだが・・・。

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コンテストの開かれるアサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたち。その道中、道の真ん中に巨大なトランポリンを見つけ、ピカチュウとポッチャマは大はしゃぎ！その時、空から”いねむりポケモン”カビゴンが降ってきて、ピカチュウたちを跳ね飛ばしてしまった！戸惑うサトシたちのもとに現れたのは、カビゴンのトレーナー・ユウタ！彼は科学的トレーニングによってポケモンを鍛えているのだという。科学の力より、絆の力を信じるサトシは、自分と違うタイプのトレーナーに興味しんしん！早速バトルを挑む！だが、ユウタはその申し出を断り、なんとバトルではない対決を申し込んできた！それはポケスロンと呼ばれる競技！この対決、勝つのはどっち！？

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ついに、ヒカリ５個目のリボンがかかるポケモンコンテスト・アサツキ大会の日がやってきた！この大会はダブルパフォーマンス！当然マンムーとヒノアラシの新コンビネーション『フレイムアイス』の練習に気合が入るヒカリ。そこに”おうえんポケモン”プラスルと”おうえんポケモン”マイナンの姿が！可愛らしい二匹の登場にヒカリも興味しんしん・・・と思いきや、その姿を見た途端に大慌ての大騒ぎ！しまいには、目を回し倒れてしまった！どうやらヒカリには、プラスル・マイナンに苦い思い出があるらしい。しかもこの２匹、なんとライバル・ウララのポケモンだった！いきなり大波乱のアサツキ大会！リボンの行方はいかに！？

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なんとか１回戦を勝ち抜いたヒカリは、ついにライバル・ウララと激突することに！ヒカリが選んだのは、『フレイムアイス』の猛特訓を積んだマンムーとヒノアラシ。対するウララは、ヒカリが苦手とするプラスルとマイナンをフィールドへ送り出す！先に仕掛けたのはヒカリ！マンムーのこおりのつぶてを飲み込むパワーアップ作戦で、華麗な先制攻撃！そこからたたみかけるようにわざを繰り出すマンムーとヒノアラシだったが、実はウララには切り札となるわざが・・・。両者ともにグランドフェスティバル出場がかかる大事な一戦！果たして勝つのはウララか！それともヒカリか！このバトル、絶対に見逃せない！

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次なる目的地、ナギサシティへと向かうサトシたちは、その道中でジュンに出会う。何やら誇らしげなジュン。その理由はバッジケースの中にあった！なんとジュンのケースの中にはナギサジムに勝利した証、ビーコンバッジが！自信をみなぎらせるジュンは、勢いそのままにバトルを挑んできた！選んだのは当然エンペルト。それに対しサトシはモウカザルを送り出す！だが、相性で不利なモウカザルは、エンペルトの強烈なハイドロカノンを受けてそのまま森の中に飛ばされてしまった！急いで駆け寄るサトシたち。するとその時！森の奥からすさまじい勢いの炎が！顔を見合わせる一同、これはまさか・・・。

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８個目のバッジゲットのため、ナギサシティを目指すサトシたちは、でんきタイプに有利なじめんタイプのフカマルがもつわざ『りゅうせいぐん』の特訓中！だが、この『りゅうせいぐん』何度やってもポッチャマに当たってしまう困った癖があった。フカマルが仲間になってから、幾度となく『りゅうせいぐん』をくらい続けたポッチャマ。例に違わず、今日も直撃！そしてついにポッチャマの怒りは頂点に！！しまいにはサトシたちのもとを飛び出してしまった！怒りと悲しみの中、森をさまようポッチャマ。その姿を見つめる怪しい影。ポッチャマが顔を上げると、そこに現れたのは『ポケモンお助け委員会』と名乗る集団だった！だがその正体は・・・。

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シンオウ地方最強のジムリーダー・デンジのいるナギサシティに到着したサトシたち。早速ナギサジムに向かうも、そこには目を疑うような光景が！なんと、ジムの前にバッジが山のように置いてあり、戦わなくてもゲットできるようになっているのだ！努力して勝ってこそバッジには意味があると怒るサトシ。どうにかして中に入ろうとするのだが、ハイテクジムの警備マシーンに捕まってしまう！その時、一閃の光と共にゴウカザルが現れ、サトシをピンチから救ってくれた！突然のことに驚くサトシたちの前にさらなる衝撃が！そのゴウカザルのトレーナーは、四天王のオーバだったのだ！シンオウ最強のジムリーダーと四天王。２人の関係は一体！？

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ナギサシティの人々の生活を支えるナギサタワー。その町のシンボルに忍び寄る怪しい影・・・。ナギサジムで激しいバトルを続けるサトシ。すると突然ジムの電気が消えてしまった！デンジが言うには、どうやらナギサタワーに異常が発生し、町の電力供給がストップしてしまったらしい！デンジに連れられ急いでタワーへ向かうと、なんとタワーが根こそぎなくなってしまっているではないか！驚くサトシたちが見つけたのは、謎のタイヤの跡。たどっていくとその先には見覚えのある三人組の姿が！そう、この強奪事件の犯人はロケット団！シンオウ征服のため、このタワーを利用するつもりなのだ。この事件、一体どうなってしまうのか！？

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グランドフェスティバルの行われるレイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある海沿いの町にやってきた。そこで３人を待っていたのはヒカリのママ！なにやら事情があって手伝ってもらいたいことがあるのだという。その手伝いとは、なんとポケモンスクールの先生！まだトレーナーになれない子供たちに、ポケモンのことを知ってもらう教室を１日任せたいというのだ。この話にサトシたちは興味しんしん。喜んでスクールへ向かうことに！だが、集まった子供たちの中に、どうしても言うことを聞いてくれない、いたずら好きの少年が・・・。なんとかしようと頑張るサトシたちだが、事態は思わぬ方向に！

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旅を続けるサトシたちが川沿いで一休みしていると、川の上流から一匹の”おおあごポケモン”オーダイルが。このオーダイル、よく見てみると何かを背負っている！急いで駆け寄ったサトシたちが目にしたのは、気を失った一人の少年！なんとか目を覚ました少年はナツヤと名乗ると、自分はポケモンレンジャーで、ある特別なミッションを行っている最中だと明かす！しかし、ナツヤの腕からは、ポケモンレンジャーにとって最も大切な道具、『キャプチャスタイラー』がなくなっていた！この状況に協力を申し出たサトシたち。果たしてこのミッション、クリアすることが出来るのか！？

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旅を続けるサトシたちは、それぞれの目標に向け特訓中！そんな中、すぐ脇を流れる川に一隻のボートを発見。しかもボートの中には眠ったままの女の子が！このまま流されるとその先は巨大な滝！だが、危険を察知したタケシがいち早く川に飛び込み、ギリギリのところで女の子の救出に成功！目覚めるのを待つことに。しばらくして目覚めた彼女の名はマイ。何やら不思議な雰囲気をかもしだすこの少女に、サトシたちはたじたじ。話を聞くと、マイはある場所へ急いで向かわなければならない理由があり、そこへ向かう手助けをしてほしいらしい。だがこのマイという少女、実はとんでもない秘密を抱えていた！

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旅を続けるサトシたちは、とある町でヨーシチという少年に出会った。この少年、まだ駆け出しのトレーナーで、大事な相棒”ひだねポケモン”ブビィを育てやに預けて強くしてもらっているのだという。だが、よく話を聞いてみると、その育てや、どうも怪しい。急いで育てやがあった場所に向かってみると、不安的中！やっぱりニセモノの育てやだったのだ！途方に暮れるヨーシチ。だがこの町には、ポケモンのことならなんでもわかる、キックーノという人がいるらしい！町の一角で出会えたキックーノ。しかし、タケシだけは気づいてしまった。このキックーノがとんでもない人物だということに・・・。

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レイクサイドリゾートを目指すサトシたちは、その途中、カタクリタウンを訪れた。丁度コンテストが開かれていることもあり、見学しに行くことに。するとヒカリの姿を見つけた一人の女性が声を掛けてきた！フリージアと名乗ったその女性は、ヒカリにあるお願いがあるという！それは、なんと１日王女様と入れ替わってほしいという、とんでもないお願いだった！とにかく話を聞くために王女様のもとへ向かう一行。そこで目にしたのは、ヒカリにそっくりなサルビアという王女様！？しかもサルビア王女はコンテストにとても憧れていて、どうしても出てみたいのだという！驚きの入れ替え出場、結末はいかに！？

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ついに目前に迫ったグランドフェスティバル！新たな仲間、トゲキッスをゲットしたヒカリは早速特訓開始！優雅な動きで飛び回るトゲキッス。その姿に感心するサトシたちだったが、ヒカリだけはなぜか浮かない表情。どうやら上品なトゲキッスには、わざを出す前に優雅な動きを入れてしまうクセがあるらしい。そのせいか、なかなか演技もバトルも思うようにいかず、ヒカリは思い悩んでいたのだ。なんとかしてそのクセを直そうとするヒカリだが、どうしてもうまくいかない。そこに、その優雅さにひかれたロケット団が登場！トゲキッスに大ピンチが訪れる！果たしてヒカリはこの危機を乗り切れるのか！？

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レイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある広場で特訓中！すると、ランチを作っていたタケシのところにポッチャマがやってきて、みんなの分を食べだしてしまった！驚きながらも止めようとする一同。だが、ポッチャマは一向にやめようとしない。そこになんと、ポッチャマがもう１匹現れた！どっちがヒカリのポッチャマ？と戸惑っていたサトシたちの元に、一人のトレーナーの声が。その声を聞いた瞬間、１匹のポッチャマが光に包まれ姿を変えていく！そう、実はこのポッチャマ、”へんしんポケモン”メタモンがへんしんしていたのである。メタモンのトレーナー・マキナは、自信満々でサトシにバトルを仕掛けてきたのだが・・・。

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長かったリボンゲットの道。そして、ようやく辿り着いたグランドフェスティバル！ついにその華麗で激しい戦いの火ぶたが切って落とされる！レイクサイドリゾートに到着したヒカリたちは、まず参加者が集まる開会パーティーへ向かうことに。そこには、今まで幾度となく激戦を繰り返してきたノゾミをはじめとするライバルたちの姿が。それぞれが熱い思いを抱える中、いよいよ１次審査が始まる！ヒカリが選んだのはヒノアラシとミミロル。美しいコンビネーションで氷と炎を織り交ぜた演技を披露！今までにない緊張感の中、果たしてヒカリとポケモンたちは１次審査を突破できるのか！？

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見事２次審査へと駒を進めたヒカリ。いよいよ次はコンテストバトル！気合十分のヒカリとポケモンたち。今回はマンムー・パチリスコンビの、特訓を重ねた “氷のシャンデリア”で勝負に出ることに。そんなヒカリの前に立ちはだかる相手は、１次審査で今まで誰も見せたことがない強烈なパフォーマンスを披露してきたウララ！ヒートアップする会場、いざバトル開始！先に仕掛けたのは、勢いそのままに波に乗るウララ。ガバイトとブースターのコンビネーションがさく裂する！その後も一気にたたみかけるウララに対して、ヒカリたちはなかなか流れに乗ることが出来ない。この状況を逆転するには、大技で勝負するしかない・・・。果たしてこのバトル、勝つのはどっちだ！？

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華麗なる祭典、グランドフェスティバルもいよいよ大詰め！セミファイナルへと駒を進めた４名の熱いバトルが繰り広げられる！まずはノゾミＶＳナオシ。実力者同士の試合は、予想通りの激しく、美しいバトルになった。ノゾミが選んだのはリーフィアとムウマージ。対するナオシはコロトックとミミロップを送り出す。バトル序盤、くさタイプ・むしタイプでのバトルを得意とするナオシの、意表を突くミミロップでの演技がさく裂！ポイントで大きくノゾミを引き離す。その様子を不安げに見つめるヒカリ。だが「ファイナルで会う約束」を果たすため、絶対に負けられないノゾミは怒涛の反撃に出る！果たしてこのバトル。最後に笑うのはどっちだ！？

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コンテストに出場するトレーナーたちにとっての最大の夢、トップコーディネーター。いよいよ、その栄光の座を賭けたファイナルが始まる！ここまで、強力なライバルたちとの激闘を勝ち抜いてきたヒカリ。そしてファイナルで戦うのはヒカリにとって最高の親友であり、最大のライバルでもあるノゾミ。二人が初めて出会ったコトブキ大会で交わした約束。「いつかファイナルで戦おう」この約束に込められた互いの思いを確かめ合うように繰り広げられる、激しくも華麗なバトル！泣いても笑ってもこれで最後のパフォーマンス！果たして栄冠を勝ち取るのはヒカリか、それともノゾミか！？

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グランドフェスティバルを終え、最後のバッジがかかるナギサシティへ向かうサトシたちの前に、毎度おなじみロケット団が現れた。だが、彼らの作戦は今回もあえなく失敗。空の彼方へと飛ばされてしまう。そして見知らぬ土地で目を覚ましたムサシたち。あたりを見回すと・・・一緒にいたはずのニャースがいない！？実はニャースは、道で気絶していたところを救ってくれたニャルマーに一目ぼれ！すっかり夢中になっていたのだった。「ニャーはしあわせだニャー・・・」しかし、そんな楽しい時間はあっという間に過ぎるもの。合流したムサシたちに無情にも連れ戻されてしまったニャースは、ニャルマーを忘れられず、とんでもないことを思いつく。翌朝、ムサシたちが目を覚ますと、ニャースは姿を消し、「ロケット団をやめます」という手紙が残されていた・・・・・・。

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待ちに待った、ナギサジムジムリーダー・デンジとの再戦の日がやってきた！気合いを取り戻したデンジの実力は、シンオウ地方最強のジムリーダーと呼ばれるほど。サトシは特訓を重ね、ピカチュウ、ゴウカザル、ドダイトスで挑む！お互いの１体目はドダイトスとエレキブル。タイプの相性で圧倒的有利のドダイトスがまずは勢いに乗って攻撃を繰り出す！だが、決めにいったサトシのドダイトスがロッククライムを繰り出した瞬間。エレキブルの手が淡く光りだし、突進してくるドダイトスに、れいとうパンチが一閃！完全なデンジの対策にまんまとやられてしまうサトシ。緊迫した好勝負！果たして勝負の行方は！

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シンオウリーグの開かれるスズラン島へ渡ろうとナギサシティを訪れたサトシたちは、ケンゴと出会った。何やら誰かとコンテストバトルをしているようだ。その相手とはなんと、ジョウト地方アサギジムのジムリーダー・ミカン！意外な再会に驚くサトシたち。次のグランドフェスティバルへ向けての特訓中だというケンゴの話を聞き、自分はこの先どうするのだろう･･･と迷うヒカリ。そんなヒカリの様子を見たケンゴの口から思わぬ言葉が！それは、サトシとのバトルに勝ったら一緒に旅をしてほしいというものだった！突然の事態に戸惑うヒカリをよそに、ケンゴにとって一世一代のバトルが始まる！果たして結末は！？

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ついにシンオウリーグ開催の地、スズラン島へと向かう船に乗り込んだサトシたち。まだ見ぬライバルとの出会いに胸躍らせるサトシのもとに、１人のトレーナーが現れた！彼の名はバク。なにやらリーグとは違う目的でこの船に乗り込んだらしい。話を聞いてみると、バクは世界のあちこちに眠る『お宝』を探すトレジャーハンター！そしてなんと、次に狙うお宝がスズラン島の近くに眠っているという！お宝を探すカギは、バクが海底で見つけた地図。そしてその地図には謎のポケモンたちの姿が描かれていた･･････。ここで会ったも何かの縁、サトシたちはリーグ前の肩慣らしもかねてバクに協力することに！だが、そのお宝が眠る島にはとんでもないヒミツが隠されていた！はたしてバクとサトシたちは、島に眠るお宝を見つけることが出来るのか！？

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ようやく辿り着いたシンオウリーグ開催の地、スズラン島。シンオウ地方各地のジムリーダーとのバトルを勝ち抜いたつわものたちが、今ここに集結する！これからのバトルは、今まで以上に一瞬たりとも気の抜けないバトル。となればメンバー選びにも慎重を期さないといけない。そこでサトシは、今までの旅でゲットした全てのポケモンたちからメンバーを選抜することを決める。久々に会うかつての仲間たち。ワニノコにヘイガニ。カビゴンやベイリーフにヒノアラシ！だけど感動の再会は思わぬハプニングの連続！会場のキッチンでカビゴンは勝手にお食事！ワニノコたちは公園の噴水で大暴れ！ようやく辿り着いた大舞台、本当にこれで大丈夫！？

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サトシ１回戦の相手は、ポケモン吟遊詩人のナオシ！グランドフェスティバルにも出場し、ノゾミとの激戦を演じたのは記憶に新しい。ナオシ、サトシ。それぞれの目指す強さ、これまでの旅の全てがフィールド上でぶつかり合う！むし・くさタイプを得意とするナオシは、ロズレイドを１体目に送りだす。対するサトシは相性で有利なムクホーク！だが、先に主導権を握ったのはナオシとロズレイド！独特のリズム・戦術から繰り出される怒涛の波状攻撃の前に、ムクホークはなかなか攻略の糸口を掴めない。最初の１体目を失うのは、この短期決戦で圧倒的不利になる。そんな焦りからか、勝負は思いもかけない展開を迎えることに・・・！

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ナオシとの激闘を制したサトシは順調に２回戦も突破！舞台はリーグ三回戦を迎えようとしていた。対戦相手決定の瞬間、サトシの相手は”七色のバトルスタイルをもつ”曲者コウヘイ！相手も決まり気合いを入れるサトシ。だが、その横で更に燃える男が…。それはジュン！対戦相手が憧れていたシンジに決まったことで、感情を抑えられないようだ。その一方、いつも通りの表情を崩さないシンジ。全く対照的な二人だが『バトルに勝ち続け、優勝する』という目標は同じ。やはりバトルは熱い展開に！両者一歩も譲らない好勝負。果たして勝利するのはどちらだ！？

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ライバルたちの激闘を目の当たりにしたサトシ。次の相手はコウヘイ！変幻自在のバトルスタイルを前に一体どんなバトルを繰り広げるのか。そして始まる３回戦！互いの最初のポケモンはツボツボとフカマル！サトシはスピードのあるメンバーで、一気に勝負を決めようとしていた。序盤はその作戦が大成功！コウヘイのポケモンたちを圧倒していく！だが、やはり強敵ぞろいのシンオウリーグ、一筋縄ではいかない。コウヘイがヨノワールを繰り出した瞬間、バトルの流れは大きく変わった！その理由は、ヨノワールのわざ『トリックルーム』！果たしてこのわざの持つ恐ろしさとは！？

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シンオウ地方の旅が始まった時から、最大にして最強のライバル・シンジ。戦い方、ポケモンとの付き合い方、育て方。なにもかもがサトシとは正反対。今までも幾度となく衝突を繰り返してきた二人だが、エイチ湖でのフルバトルを経て、サトシはシンジを。シンジはサトシを。少しずつだが認め始めた。そんな二人が、もう一度フルバトルを約束した地、それがシンオウリーグ。決して交わることのなかった二つの線が、夢の舞台で交差する！史上最大のフルバトル、サトシＶＳシンジ！二人にとっての本当のシンオウリーグがついに始まる！

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バトル序盤は勢いに乗ったサトシがシンジをリードする展開。しかし、シンジの３体目”ばけさそりポケモン”のドラピオンがフィールドに現れて流れは一変！大きな尻尾と強烈な『ミサイルばり』でサトシのポケモンを追い詰めていく。そんな悪い流れを断ち切ろうと、サトシがフィールドに送りだしたのは、最大のパートナー・ピカチュウ！一方のシンジも一旦ドラピオンを下げ、新たなポケモンを送り出す。怪しげな雰囲気と共に現れたのは”ゆきぐにポケモン”のユキメノコ！ゴーストタイプをもつユキメノコは、サトシたちをあざ笑うかのように宙を舞う！果たしてサトシたちは再び流れを取り戻すことが出来るのか！？

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最高の舞台でのバトルもいよいよクライマックス！お互いのこれまでの旅、その中で見出したそれぞれが目指す『強さ』。サトシ、シンジ、二人のトレーナーとしての生き方に答えが出される瞬間がやってきた！フィールドで次の相手を待ち構えるサトシのゴウカザル。かつてのトレーナーであるシンジをみつめる眼差しには、サトシと共に旅をしてきたことで芽生えた自信に満ちている。対するシンジは信頼のおけるパートナー、エレキブルをフィールドに送りだす。ゴウカザルのマッハパンチがバトル再開の合図！出会うべくして出会った二人の最後のバトル、その先に待つ結末とは・・・。

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最大のライバル・シンジを激闘の末破ったサトシは準決勝にコマを進める。そしてその対戦相手は、今大会最強ともうたわれるトレーナーのタクト。なんとこの男、ここまでの全ての試合をたった１体のポケモンだけで勝ち進んできたのだ！しかもそのポケモンとは”あんこくポケモン”ダークライだが、どんな奴が相手だろうとひるむわけにはいかない。目前に迫った優勝に向けて、後は勝ち続けるのみ！そして始まる準決勝、サトシが１体目に選んだのはヘラクロス！一方のタクトは、やはりダークライを送り出す！相性こそサトシ有利のスタート。しかしタクトがみせたのは、そんなものを全てかき消すような驚くべきバトルだった・・・。

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シンオウリーグを終えたサトシ、ヒカリ、タケシの３人は、ヒカリの故郷フタバタウンに向かう船に乗っていた。長かった旅も少しずつ終わりに近付いている・・・。そんな寂しさを噛みしめていると、そこに１匹のピチューが。思わず顔がほころぶ３人。それもそのはず、その後ろから次々とピィにププリン、ルリリにヒメグマなどの可愛いポケモンがやってきたのだ！甲板は途端に和やかなムードに包まれる。しかし、その船の下、海底では恐ろしいことの前兆が起きていた。平和に暮らしていたドククラゲをロケット団が刺激したせいで、怒ったドククラゲたちが海面に向かってきていたのだ！そんなことには気づくはずないポケモンたち。そして、事件は起こった・・・！

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ヒカリの故郷、フタバタウンにやってきたサトシたち。長いようであっという間のシンオウ地方の旅もいよいよ終わりの時を迎えようとしていた。カントー地方へ向かう船が出る時間まであと少し。別れを惜しむ３人、そして同じように寂しさをこらえるポケモンたち。だが、どうしても気持ちを抑えきれなくなったポッチャマの目からは、ポロポロと涙が・・・。

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サトシたちとの旅を終え、フタバタウンに戻ってきたヒカリは次のグランドフェスティバルに向けて特訓を続けていた。その様子を見たヒカリのママは、バトルをしようと申し出る！かつてトップコーディネーターとして名を馳せたママと対等に渡り合うヒカリ。久々のバトルを終えたヒカリの中には、もう一度旅に出てもっと強くなりたいという思いが込み上げていた。新たな旅立ちへの思いを相談するため、ナナカマド博士のところへ向かうヒカリ。だが、到着した研究所は何やら慌ただしい。実は、今日旅立ちの新人トレーナーが来ているのだという！そのトレーナーの名はシンコ。ヒカリと同じく最初のポケモン選びで悩んでいるようだ。ここはバッチリ先輩がアドバイス・・・と思ったのだが、事態は思わぬ方向に！

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故郷であるニビシティに帰ってきたタケシは、弟、妹たちの面倒を見ながらドクターになるための勉強に励んでいた。そんな中、旅立ちを決めた時からジムを任せていた弟のジロウの元に、一人のチャレンジャーが現れる。そのチャレンジャーは本当のジムリーダーであるはずのタケシを出せと、ジロウとのバトルを頑なに拒んでいた。仕方なくフィールドに向かったタケシは、そのチャレンジャーの姿を見るなり一変！目をハートにし、すっかり浮かれモードに。それもそのはず、このチャレンジャーは実は元ジョーイのポケモン監察官だったのだ！ジムが公認のものにふさわしいかをチェックする任務を持つ監察官ジョーイは、今のニビジムの在り方を見て、厳しい審査を下そうとしていた。大事なジム、そして兄弟たちを守るためにタケシがバトルに挑むのだが･･･！

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