新幹線変形ロボ シンカリオンZ（第2期）

謎の巨大怪物体から日本の平和と安全を守るため、新幹線超進化研究所によって開発された「新幹線変形ロボ シンカリオン」。超進化研究所は新たな敵の襲来に備え、新型ロボ「シンカリオンＺ」、そして在来線から変形し「シンカリオンＺ」をパワーアップさせる新たな武装強化車両「ザイライナー」の開発を進めていた。高い適合率で「シンカリオンＺ」の運転士となった子供たちは、研究所員たちと力を合わせ、再び現れた巨大怪物体を迎え撃つ！　未知なる敵の出現－。そして2 人の少年の出会い－。シンカリオンのさらなる進化が始まる！！！

出典：dアニメストア

小学5年生の新多シンは、「世界の謎を解き明かす男」を自称するオカルト好き。その日も宇宙人の目撃情報を聞きつけて、JR横川駅周辺の調査にきていた。その道中で通りがかった「碓氷峠鉄道文化むら」に、謎の新幹線が運び込まれたという噂を聞いて、何年か前に話題になった新幹線のような幻のロボット「テツドウダー」と関係あるのではないかと怪しむシン。新たな謎に心ひかれるシンだったが……？

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正式に「シンカリオンＺ Ｅ５はやぶさ」の運転士となったシンは、シンカリオンの操縦シミュレーションのため、再び碓氷峠鉄道文化むらを訪れる。そこで待っていたのは、シンと同い年ながらシンカリオンの改造にも関わっている天才整備士・碓氷アブトだった。だが、アブトはなぜかシンカリオンを運転できないのだという。シンが何気なくその理由を尋ねると、アブトは表情を硬くしてその場を立ち去ってしまった……。

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シンたちは「Ｅ６系こまち」に乗って、アブトが夢で見た盛岡駅に「Ｚコード」を探しに行くことになった。Ｚコードは日本全国に隠されており、それを見つけることで新たなザイライナーが閉塞解除されるという。どうしてＺコードのヒントがアブトの夢に出てくるのか？　どうしてＺコードを全国に隠したのか？　シン、アブト、スマットは不思議に思いながらも、新しいザイライナー、新しいＺ合体を見つけるために、盛岡駅周辺を探し歩く。

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「シンカリオンＺ Ｅ６こまち」の運転士・大曲ハナビは、ロックンロールをこよなく愛する熱い少年だった。彼の実家は、秋田県大曲名物の花火を作っている花火工場。ハナビは花火師になるという夢を追いかけながら、自分が好きな音楽の道も、シンカリオンの運転士の道も、本気でやっていると言う。だが、ハナビの父・タネビは、やりたいことをいくつも掛け持ちしているハナビの生き様を認めようとしなかった。

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長野県にある木曽山にやってきたシンたち。アブトによると、ひとけのないこの山奥に３人目のシンカリオン運転士候補・戸隠タイジュがいるらしい。しかし、タイジュは運転士になることに乗り気ではなく、すでに誘いを一度断られたあとだという。もともと東京に住んでいたが、事情があって木曽山に移り住んだというタイジュ。シンたちが登山の末に彼を見つけると、タイジュは祖父のもとで山仕事の見習いを始めていた。

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新たなＺコードを見つけるため長野駅にやってきたシンたち。残念ながらタイジュを運転士に迎えるのは無理そうだとアブトは諦めていた。それでももう一度タイジュと話してみたいシンは、アブトたちに頼んで再び彼に会いに行く。タイジュは、祖父・マサカリにアドバイスをもらい、自分のこだわりを理解してもらうためにシンを森林鉄道記念館に連れて行くことにする。

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シンカリオンの整備士、細川が「妖怪を捕まえた！」と駆け込んできた。細川によると、捕まえたのは人間に化ける「バケダヌキ」だそうだが、シンたちの前にいるのは普通のタヌキにしか見えず、妖怪だという証拠はどこにもない。そんな中、シンだけは「バケダヌキと友だちになる！」と目を輝かせる。そのころ、シンカリオンによって何度も巨大怪物体を退けられたワダツミは、自らの力で横川支部を襲撃しようともくろんでいた。

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シンとＥ５はやぶさが大宮支部に引っ越す日が近づいてきた。しかし、アブトは同行せず、横川支部に残るという。納得できないシンとスマットが理由を問いただすと、アブトは自分の家族のことを語り出す。一方、大宮支部にはＥ５、Ｅ６、Ｅ７が集結。ハナビとタイジュ、横川支部のスタッフとともに、かつての戦いを経験した新しい仲間たちも顔を揃えていた。そこに巨大怪物体が現れ、大宮支部での戦いが幕を開ける。

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突如九州に現れた巨大怪物体を退けたのは、空を飛ぶ新たなシンカリオン、「シンカリオンＺ ８００つばめ」だった。運転士は中洲ヤマカサ。シンたちよりひとつ上の小学６年生で、知力・体力ともに非常に優秀な運転士だという。Ｚコードを探すため、ヤマカサと共に太宰府周辺を探索するシンたち。だが、重大な問題が発生した。なんと、ヤマカサはシンの妖怪話を「非科学的だ」と言い放ち、まるで取り合おうとしなくて……！？

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シンとヤマカサの相性は水と油で、どうしても打ち解けられそうにない。ヤマカサはシンの「非科学的な」話に興味を示そうとはせず、シンもヤマカサを遠ざけてしまっていた。どうすればヤマカサが自分の話を聞いてくれるか悩むシンに、ハナビとタイジュ、アブトとスマットがある作戦を提案する。それは、シンが苦手で食べられない「おきゅうと」をいろんなアレンジレシピで食べてみるという突拍子もない作戦で……？

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アブトが夢で見た名古屋へやってきたシンたち。同じころ、超進化研究所 名古屋支部では、安城シマカゼ、安城ナガラというふたりの兄弟が「シンカリオンＺ Ｎ７００Ｓのぞみ」の運転士を決める最終試験に臨んでいた。試験の結果は両者合格。しかし、兄のシマカゼは運転士の座を弟のナガラに譲り、自分は辞退してしまった。シマカゼに逃げられたようで気にくわないナガラ。その時、名古屋港に巨大怪物体が襲来して……？

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華々しい初陣を飾ったＮ７００Ｓのぞみ。シマカゼに助けられたナガラは、運転士の座をかけて、改めてシマカゼに空手の勝負を申し込む。リュウジが立会人となって、兄弟の拳での語り合いが始まった。一方、アブトはＺコードが隠されている場所のさらなるヒントを夢に見る。ところがそのヒントは、「東京でもあり、名古屋でもあり、京都でもある」という摩訶不思議な場所を示していた。

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アブトが父の設計図どおりに作った『シンカリオンＺ Ｎ７００Ｓのぞみ』と『ザイライナー ＨＣ８５ヒダ』のＺ合体テストが失敗してしまう。このままでは父に追いつけないと焦るアブトは、島に連れられてかつての父の職場を訪れる。そこは、鉄道の技術革新の担い手・先導役である「鉄道総合技術研究所」だった。その時、関ヶ原に巨大怪物体が出現。シンカリオンＺを待ち受けていたのは、ソウギョクがしかけた無数の敵だった。

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鉄道博物館に「謎の巨人」が出現するという噂を聞きつけたシンは、ハナビ、タイジュ、アユとともに潜入調査を試みる。すると、彼らは本当に巨人らしき人影を発見してしまう。その巨人と友だちになるため、シンはアユたちを巻き込んで鉄道博物館で大捜索を繰り広げるが……？その折、大宮支部を目がけて「闇の新幹線」が襲来。なんと「闇の新幹線」は自ら変形し、シンカリオンＺになって襲いかかってきた！

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シンのひらめきで、テオティが狙う謎の結晶体、「ブラックストーン」のありかの手がかりがつかめた。これまで巨大怪物体が出現した場所が、昔からある街道沿いだということに気付いたのだ。それを知ったゲンブは、シンたちを東京都内のさまざまな街道関連スポットに案内する。ゲンブには、かつてあった「万世橋駅」のことを通じてシンに伝えたいことがあるようで……？

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かつての戦いでシンカリオンに手痛い敗北を喫したあと、キトラルザスのソウギョクは新たな協力者を探していた。そんな折、彼はとあるきっかけからふるさとの桜島に帰ることになり、盛岡駅から鹿児島中央駅への在来線の旅を始める。一方、元気のないシンは、ハナビとタイジュに連れ出されて温泉旅行に行くことに。その道中で、シンたちは車体にキティちゃんが描かれた新幹線と出会う。

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シンが「シンカリオンＺ Ｅ５はやぶさ」に乗って戦っていることが姉のアユと母のトキにバレてしまった。シンは自分のやっていることを理解してもらうため、二人を横川の鉄道文化むらの「車両ペイントイベント」に誘う。鉄道文化むらには、ハナビやタイジュの家族や大宮支部のスタッフたちもやってきていた。その頃、細川は島から特別な任務を任される。それは、京都支部の「シンカリオンＺ ５００こだま」のＺ合体に関する重大な任務で……？

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鮮やかなデビューを飾った「シンカリオンＺ ５００こだま」の運転士、嵐山ギンガに会うため、シンたちは新幹線超進化研究所 京都支部を訪れる。ギンガは芸能事務所に研究生として所属するアイドルの卵で、キラキラした雰囲気を持つ異色の少年だった！なぜか適合率が下がってしまい、元気のないシン。そんな彼を見て、ギンガはチームシンカリオンの「センター」を自分が務めると言い出し、シンたちを驚愕させる。

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細川が開発を進める「ザイライナー ３２３オオサカカンジョウ」が完成間近。京都でＺコードを探し始めるシンたちだが、「アブトの夢」という手がかりがなくなったために場所の見当さえつかない。疲れ果てたシンたちを、ギンガは自分のライブに誘う。一方、ついに父・トコナミとの再会を果たしたアブトは、彼こそがダークシンカリオンの開発者であることを知る。さらに、トコナミには重大な秘密があるようで……？

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大宮支部で運転士一同を集めて懇親会が開かれることになった。しかし、スマットの様子がおかしい。慕っていたアブトが敵になってしまったショックで、スマットは無意識のうちにアブトに関わるデータを封印しようとしているらしい。スマットを元に戻すため、シンは横川にあるアブトの家に向かう。その頃、度重なる敗北に戦士としての誇りを傷つけられたワダツミは、自らの全てをかけてシンカリオンとの決着をつけようとしていた。

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